genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.306.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99614472--99614521	26	1.9	26	88	8	75	84	0	14	2	0.72
99616164--99616226	30	2.1	30	91	5	101	58	11	4	25	1.51
99618374--99618406	15	2.2	15	89	10	50	66	0	0	33	0.92
99622227--99622269	21	2.0	22	90	4	70	67	13	18	0	1.23
99630693--99630746	23	2.5	23	82	8	60	61	7	0	31	1.24
99630694--99630850	25	6.3	25	68	10	72	57	3	7	31	1.43
99630952--99631014	14	4.4	14	73	13	56	63	0	7	28	1.22
99635367--99635466	39	2.6	39	90	0	155	38	24	25	13	1.91
99646504--99646528	13	1.9	13	100	0	50	40	16	16	28	1.89
99661060--99661088	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
99661613--99661659	13	3.8	13	81	10	55	6	10	0	82	0.82
99663003--99663049	18	2.8	16	84	9	58	68	2	0	29	1.02
99671831--99671968	41	3.4	40	91	2	188	34	23	23	18	1.97
99672009--99672056	22	2.1	22	84	3	60	50	25	0	25	1.50
99671988--99672095	54	2.0	55	85	5	148	50	24	0	24	1.55
99672355--99672402	14	3.4	14	80	5	60	25	2	25	47	1.62
99672360--99672402	15	2.9	15	82	3	61	23	2	27	46	1.64
99672448--99672500	22	2.4	22	80	3	61	24	0	37	37	1.56
99672852--99672897	23	2.0	25	87	12	71	63	8	0	28	1.24
99672872--99672911	16	2.4	16	83	4	53	62	10	0	27	1.27
99675857--99675917	30	2.0	30	90	0	95	24	18	16	40	1.90
99677347--99677387	21	2.0	21	95	0	73	26	17	53	2	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99677684--99677771	43	2.0	43	80	4	97	25	17	23	34	1.96
99677738--99677801	30	2.1	31	88	2	94	29	21	18	29	1.97
99679361--99679489	41	3.2	41	88	1	170	58	16	0	25	1.38
99681349--99681381	12	2.7	12	95	4	57	87	0	12	0	0.53
99681861--99681928	32	2.1	32	91	5	111	52	17	0	29	1.45
99688164--99688195	16	2.0	16	100	0	64	12	31	6	50	1.65
99693115--99693139	3	8.3	3	100	0	50	32	0	68	0	0.90
99699668--99699784	27	4.3	27	84	0	153	25	25	10	38	1.87
99702082--99702284	99	2.1	99	98	0	388	27	9	27	35	1.88
99708150--99708185	15	2.5	15	90	4	56	36	38	8	16	1.79
99708902--99708934	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
99709216--99709627	46	9.0	46	90	0	547	22	23	14	40	1.90
99713898--99713945	11	4.2	11	79	10	51	62	2	0	35	1.07
99715849--99715897	3	16.7	3	80	4	55	30	4	4	61	1.33
99717714--99717798	28	3.0	26	81	13	89	58	1	2	37	1.18
99717718--99717802	29	3.0	28	84	6	100	58	1	3	36	1.23
99717990--99718037	22	2.3	22	82	10	66	43	2	0	54	1.12
99718624--99718694	29	2.5	28	86	4	90	64	1	0	33	1.02
99718694--99718756	9	6.5	10	71	12	51	61	3	7	26	1.39
99718734--99718783	18	2.8	17	75	6	55	68	2	4	26	1.18
99720108--99720174	19	3.4	18	82	12	71	40	0	1	58	1.07
99721053--99721098	3	15.3	3	100	0	92	67	0	0	32	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99721293--99721346	3	18.0	3	83	14	67	64	3	0	31	1.11
99721418--99721462	12	3.8	12	82	2	56	68	0	2	28	1.01
99724613--99724724	36	3.0	36	92	3	170	35	25	16	22	1.95
99728104--99728366	3	88.0	3	70	12	141	30	6	1	61	1.31
99728543--99728567	8	3.1	8	100	0	50	12	0	12	76	1.04
99736042--99736088	24	2.0	24	83	8	60	53	4	2	40	1.32
99736615--99736755	39	3.6	39	87	0	185	29	17	5	47	1.71
99736604--99736752	77	1.9	78	86	1	210	28	19	6	46	1.73
99737997--99738036	19	2.1	19	85	0	53	47	7	5	40	1.54
99738116--99738149	14	2.4	14	90	5	50	58	0	2	38	1.13
99739071--99739113	16	2.8	16	86	6	63	41	0	58	0	0.98
99740637--99741038	88	4.4	88	71	14	312	36	20	17	25	1.95
99740763--99740797	14	2.5	14	90	0	52	54	2	22	20	1.58
99740869--99740895	14	1.9	14	100	0	54	51	7	14	25	1.68
99740690--99741059	190	2.0	188	86	5	523	37	19	18	24	1.93
99740972--99741286	127	2.5	127	95	0	558	34	22	16	26	1.95
99741190--99741384	72	2.7	72	82	4	241	36	23	13	26	1.92
99741267--99741505	122	1.9	124	89	5	378	39	22	12	24	1.89
99741384--99741559	71	2.5	70	85	3	221	34	23	13	28	1.93
99741063--99741559	199	2.5	198	83	3	619	35	23	14	27	1.93
99768926--99768961	17	2.1	17	90	10	56	55	5	5	33	1.46
99769120--99769166	24	2.0	24	83	8	60	53	4	2	40	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99769674--99769832	39	4.1	39	88	2	212	28	22	4	44	1.72
99769692--99769830	39	3.6	39	91	0	217	30	17	4	47	1.67
99770436--99770475	21	1.9	21	84	0	53	32	32	2	32	1.71
99794133--99794179	18	2.5	19	86	13	62	31	6	2	59	1.34
99794456--99794494	20	2.0	20	94	0	69	12	23	41	23	1.88
99798322--99798446	3	41.7	3	74	9	67	28	8	3	60	1.40
99798316--99798343	12	2.3	12	100	0	56	32	0	0	67	0.91
99798349--99798446	30	3.3	30	76	11	92	28	9	3	59	1.43
99798532--99798597	20	3.1	21	78	12	55	16	9	4	69	1.31
99798584--99798622	15	2.6	14	84	8	51	28	15	0	56	1.40
99805665--99805711	22	2.1	23	88	7	71	23	19	10	46	1.80
99810038--99810387	134	2.6	134	81	7	374	29	20	25	25	1.99
99810219--99810454	89	2.6	90	79	5	226	29	20	24	25	1.99
99810308--99810427	45	2.7	44	85	3	168	26	20	26	25	1.99
99810309--99810531	45	5.0	46	70	8	156	31	19	23	25	1.98
99810315--99810605	88	3.3	89	81	2	302	30	19	23	26	1.98
99810450--99810707	133	2.0	133	80	1	295	32	17	21	28	1.96
99810956--99811007	24	2.2	24	83	13	63	48	40	7	3	1.50
99811975--99812133	3	53.7	3	72	5	99	27	5	5	61	1.39
99811969--99812013	12	3.7	12	87	3	63	28	0	2	68	1.01
99812234--99812285	20	2.4	21	78	18	54	19	7	5	67	1.36
99812263--99812310	15	3.3	14	85	5	60	27	12	2	58	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99822147--99822243	3	32.0	3	71	13	65	28	5	3	62	1.31
99822147--99822225	20	3.6	20	74	21	68	30	3	3	62	1.31
99822148--99822206	27	2.2	26	90	3	91	30	5	0	64	1.15
99822179--99822250	11	6.5	11	71	17	51	27	4	5	62	1.36
99822213--99822264	23	2.2	24	83	10	63	26	9	3	59	1.46
99824409--99824467	26	2.3	26	87	0	82	38	8	20	32	1.83
99826584--99826637	26	2.1	26	100	0	108	29	11	14	44	1.80
99834967--99835013	23	2.0	23	88	8	69	12	27	6	53	1.63
99850172--99850237	33	2.0	33	87	0	96	34	18	12	34	1.88
99852230--99852272	18	2.3	19	92	4	70	46	9	9	34	1.68
99852245--99852279	18	1.9	18	88	0	52	42	17	5	34	1.73
99854893--99854918	10	2.6	10	100	0	52	23	7	7	61	1.49
99856751--99856800	2	25.0	2	100	0	100	0	50	0	50	1.00
99862361--99862440	14	5.6	14	75	5	79	47	3	0	48	1.19
99862374--99862426	18	3.3	18	66	33	57	50	3	0	45	1.19
99862363--99862444	29	2.8	29	96	0	146	47	3	0	48	1.19
99866699--99866750	24	2.2	24	100	0	104	26	7	3	61	1.41
99867329--99867368	19	2.1	19	90	0	62	32	0	0	67	0.91
99869872--99869914	21	2.0	21	86	4	59	32	2	4	60	1.30
99870335--99870376	21	2.0	22	85	4	59	54	0	9	35	1.33
99872032--99872227	91	2.2	91	90	1	304	28	16	23	31	1.96
99872123--99872727	132	4.5	132	90	2	856	25	16	24	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99872605--99872845	130	1.9	130	85	1	340	27	17	22	32	1.96
99872955--99873012	7	8.0	7	90	5	89	13	1	43	41	1.55
99873172--99873269	15	6.6	14	75	13	72	19	1	31	47	1.56
99873171--99873229	21	2.8	21	81	2	73	22	0	32	45	1.52
99873177--99873253	29	2.7	29	80	8	93	20	0	32	46	1.51
99873234--99873287	15	3.7	15	79	13	51	18	1	33	46	1.60
99884505--99884537	17	1.9	17	93	0	57	6	3	24	66	1.28
99888819--99889130	37	8.5	37	72	13	200	29	19	13	36	1.91
99888862--99889187	75	4.4	75	74	6	220	30	21	13	35	1.91
99889067--99889145	35	2.3	35	84	4	106	29	25	13	31	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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