genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.216.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71190914--71190961	25	1.9	25	91	0	78	39	6	14	39	1.71
71195578--71195628	25	2.0	25	92	0	84	39	5	17	37	1.74
71195581--71195628	12	3.9	12	75	5	51	39	4	18	37	1.70
71204101--71204364	131	2.0	128	97	2	501	25	12	15	46	1.80
71208792--71208816	13	1.9	13	100	0	50	32	0	20	48	1.50
71209906--71210108	44	4.7	44	83	10	231	24	20	25	29	1.99
71216468--71216494	13	2.1	13	100	0	54	29	0	22	48	1.51
71217588--71217705	44	2.7	44	88	2	175	22	19	27	29	1.98
71223133--71223163	16	1.9	16	93	0	53	48	0	9	41	1.36
71225876--71225964	45	2.0	45	82	8	110	32	19	23	24	1.97
71232217--71232340	46	2.7	47	85	9	166	29	18	27	24	1.98
71232217--71232532	47	6.7	48	71	13	187	26	18	28	25	1.98
71246770--71246802	17	1.9	18	88	11	52	48	0	9	42	1.35
71248168--71248193	11	2.4	11	100	0	52	46	23	0	30	1.53
71256281--71256308	12	2.3	12	100	0	56	57	7	10	25	1.58
71257766--71257851	43	2.0	43	81	4	102	26	29	20	23	1.99
71267936--71268057	46	2.6	47	82	13	146	22	20	29	27	1.98
71277437--71277524	45	2.0	45	100	0	176	22	20	20	36	1.95
71286296--71286343	22	2.2	22	96	0	87	29	33	14	22	1.94
71315864--71316082	79	2.8	79	83	4	262	15	18	25	40	1.89
71315863--71316082	40	5.6	40	85	5	277	15	18	25	40	1.89
71315876--71316097	119	1.9	117	83	6	286	14	17	26	40	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71316569--71316593	12	2.1	12	100	0	50	24	8	28	40	1.83
71320437--71320512	32	2.3	33	77	6	84	34	17	26	22	1.96
71331605--71331665	24	2.6	24	82	7	63	50	13	19	16	1.77
71334852--71334883	16	2.0	16	100	0	64	56	37	0	6	1.25
71336111--71336168	24	2.4	24	85	5	82	46	20	22	10	1.81
71336107--71336173	8	8.4	8	71	0	53	50	17	20	10	1.75
71336389--71336498	59	1.9	57	81	3	130	27	15	32	24	1.95
71341532--71341599	19	3.4	19	69	11	64	47	1	8	42	1.43
71341524--71341605	41	2.0	41	100	0	164	46	2	12	39	1.54
71348147--71348199	25	2.1	25	96	0	97	39	15	26	18	1.90
71354692--71354795	48	2.2	48	91	1	165	26	12	35	25	1.92
71357965--71358008	22	1.9	24	86	9	65	52	4	4	38	1.42
71360793--71360908	40	2.9	40	94	0	196	32	35	13	18	1.90
71361226--71361345	47	2.5	48	86	8	154	20	30	28	20	1.98
71361251--71361345	47	2.0	48	93	2	165	22	27	28	22	1.99
71367015--71367063	25	2.0	25	100	0	98	28	4	28	38	1.75
71368617--71368824	55	3.9	54	83	4	240	21	24	17	36	1.95
71368803--71368924	47	2.6	47	96	0	217	26	24	12	36	1.91
71370200--71370241	19	2.2	19	100	0	84	11	28	9	50	1.70
71377453--71377477	12	2.1	12	100	0	50	28	32	8	32	1.86
71379376--71379759	126	3.0	126	98	0	741	38	18	15	27	1.91
71383159--71383210	26	2.0	26	88	3	77	34	19	5	40	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71387795--71387839	21	2.2	20	84	4	54	62	13	0	24	1.31
71392504--71392528	8	3.1	8	100	0	50	48	16	0	36	1.46
71412412--71412639	46	5.0	46	91	1	332	39	15	23	21	1.92
71414487--71414597	31	3.5	31	82	6	125	50	14	15	19	1.78
71414734--71414835	27	3.8	26	87	5	123	37	21	22	18	1.94
71414994--71415058	22	3.0	22	84	8	87	35	21	21	21	1.96
71415503--71415679	27	6.6	27	86	2	230	24	19	20	35	1.96
71415719--71416031	27	11.6	27	87	0	430	30	8	21	39	1.83
71420801--71421118	49	6.6	48	76	8	213	23	26	20	29	1.99
71420898--71421118	46	4.7	48	79	5	227	24	26	19	28	1.99
71420898--71421116	94	2.3	94	83	3	271	25	26	19	29	1.98
71422975--71423089	35	3.3	35	92	1	187	39	29	12	19	1.88
71426085--71426120	17	2.1	17	94	0	63	52	11	0	36	1.37
71425699--71426487	262	3.0	267	90	3	1225	38	15	4	41	1.69
71429733--71429763	15	2.1	15	93	0	53	16	6	9	67	1.39
71431376--71431451	37	2.1	36	83	11	93	40	0	2	56	1.13
71438236--71438302	27	2.5	27	87	4	91	28	26	13	31	1.94
71441875--71442142	47	5.7	47	71	18	193	23	30	19	26	1.98
71444536--71444563	14	2.0	14	100	0	56	28	14	7	50	1.69
71448001--71448108	26	4.2	26	93	0	189	37	25	6	31	1.81
71448838--71448883	23	2.0	23	100	0	92	43	26	8	21	1.81
71451373--71451402	15	2.0	15	100	0	60	66	6	20	6	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71468656--71468763	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
71482258--71482301	22	2.0	22	82	8	54	38	13	18	29	1.89
71482528--71482749	40	5.6	40	92	1	358	27	26	22	22	1.99
71491284--71491393	9	11.6	9	72	14	69	10	7	3	79	1.05
71491272--71491369	37	2.6	38	84	7	112	7	11	5	76	1.14
71491286--71491362	26	3.0	25	78	14	75	6	10	5	77	1.10
71491363--71491405	19	2.1	21	87	8	63	23	0	0	76	0.78
71491357--71491405	20	2.3	20	80	16	55	20	2	0	77	0.87
71494553--71494626	30	2.5	30	84	4	96	22	22	21	32	1.98
71507344--71507570	50	4.5	50	85	2	287	28	20	27	23	1.99
71514572--71514618	25	2.0	25	83	8	62	27	14	4	53	1.60
71514879--71515143	46	5.9	46	83	9	316	23	24	14	38	1.92
71515058--71515133	38	2.0	38	97	0	143	25	25	18	31	1.97
71518640--71518913	50	5.5	50	85	0	352	28	20	28	23	1.99
71520864--71521130	48	5.6	48	79	6	278	21	27	22	28	1.99
71520869--71521130	142	1.9	140	86	4	375	21	27	21	29	1.99
71520909--71521128	94	2.3	93	86	5	309	20	28	21	29	1.98
71524661--71524687	9	3.0	9	100	0	54	33	11	0	55	1.35
71526026--71526061	18	2.0	18	88	0	54	25	22	13	38	1.91
71529703--71529880	27	6.6	27	83	3	196	29	28	15	26	1.96
71529724--71529879	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
71537750--71537927	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71537771--71537926	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
71545866--71546043	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
71545887--71546042	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
71550450--71550664	46	4.6	48	75	5	190	23	27	20	27	1.99
71550450--71550663	94	2.3	93	83	4	252	23	27	21	28	1.99
71554009--71554112	34	3.0	33	72	17	95	49	2	2	45	1.32
71554073--71554124	21	2.5	22	81	12	65	57	1	0	40	1.10
71554196--71554264	22	3.1	22	72	12	61	63	0	1	34	1.03
71554217--71554247	10	3.2	10	90	9	55	61	0	0	38	0.96
71554247--71554273	14	1.9	14	100	0	54	74	0	7	18	1.05
71559059--71559103	23	2.0	23	82	8	56	35	22	2	40	1.66
71559444--71559527	39	2.2	39	100	0	168	35	22	28	13	1.92
71559445--71559509	21	3.2	21	70	12	73	38	21	27	12	1.89
71564917--71564999	41	2.0	41	95	0	148	31	16	9	42	1.81
71589051--71589386	170	2.0	170	97	0	636	35	22	11	31	1.89
71591583--71591607	11	2.3	11	100	0	50	48	8	8	36	1.62
71591647--71591681	18	2.0	17	94	5	61	57	0	0	42	0.99
71594884--71594935	24	2.2	24	100	0	104	42	44	5	7	1.57
71598126--71598160	17	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
71598288--71598361	29	2.5	29	86	4	94	50	14	14	20	1.78
71601284--71601312	15	2.0	15	93	6	51	10	13	27	48	1.75
71602313--71602341	12	2.4	12	100	0	58	6	13	31	48	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71603253--71603371	15	8.3	15	75	14	90	16	0	39	42	1.54
71603256--71603372	7	16.4	7	72	16	62	17	0	38	42	1.56
71603312--71603387	22	3.5	20	72	13	62	19	1	38	40	1.60
71603282--71603375	29	3.3	29	83	4	111	17	1	41	40	1.56
71603543--71603609	28	2.4	29	82	7	77	16	1	34	47	1.56
71603605--71603650	14	3.4	14	71	17	51	26	2	32	39	1.68
71603578--71603627	21	2.4	21	93	3	84	22	0	38	40	1.54
71603397--71603887	200	2.5	199	91	3	772	26	2	28	42	1.68
71603777--71603832	21	2.7	21	86	2	78	26	0	33	39	1.57
71603796--71603863	28	2.4	28	83	11	77	26	0	30	42	1.56

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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