genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.215.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70822292--70822367	33	2.3	33	80	14	79	22	22	18	36	1.95
70823436--70823496	29	2.1	29	93	0	104	45	9	8	36	1.67
70826405--70826491	45	2.0	44	90	2	138	24	20	17	37	1.93
70829093--70829245	43	3.6	43	80	0	144	27	24	18	29	1.98
70835487--70835662	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
70835484--70835655	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
70842275--70842450	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
70842272--70842443	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
70848340--70848417	24	3.2	24	75	12	63	23	23	19	34	1.96
70850235--70850288	19	2.8	19	78	10	56	33	7	22	37	1.82
70852923--70852992	26	2.7	26	88	0	95	24	22	22	30	1.99
70852974--70853062	23	3.9	23	74	12	85	23	23	19	33	1.97
70860560--70860683	23	5.3	23	75	10	110	23	24	19	33	1.97
70862688--70862738	22	2.4	21	80	3	57	11	29	39	19	1.87
70870729--70870804	38	2.0	38	97	0	143	34	17	28	19	1.94
70872107--70872318	49	4.2	49	80	6	221	26	13	27	32	1.93
70872282--70872387	42	2.5	42	83	3	133	29	15	26	29	1.96
70872449--70872482	15	2.3	15	100	0	68	35	5	23	35	1.79
70873084--70873135	26	2.1	26	83	16	67	48	0	21	30	1.51
70880944--70880982	14	2.7	15	84	11	55	25	15	28	30	1.96
70890618--70890671	25	2.2	25	80	12	58	38	3	1	55	1.28
70897236--70897359	43	2.9	42	74	8	124	29	25	16	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70900579--70900608	14	2.1	14	93	0	51	46	36	0	16	1.47
70906132--70906264	62	2.2	57	82	6	158	42	3	3	51	1.35
70906208--70906269	12	5.1	12	72	27	51	48	1	1	48	1.21
70909190--70909214	12	2.1	12	100	0	50	24	24	0	52	1.48
70909496--70909576	23	3.6	23	77	3	92	17	1	39	41	1.57
70911585--70911622	20	1.9	20	88	0	58	34	21	15	28	1.94
70926092--70926116	13	1.9	13	100	0	50	16	40	32	12	1.84
70939535--70939577	19	2.2	20	83	8	52	65	2	11	20	1.36
70939542--70939579	19	2.0	19	89	0	58	57	2	13	26	1.49
70940922--70940988	10	6.3	10	76	10	62	73	2	2	20	1.10
70946057--70946096	21	2.0	20	90	5	62	70	10	2	17	1.27
70952551--70952723	46	3.8	45	78	13	199	23	20	27	29	1.99
70952550--70952718	93	1.8	93	93	0	293	23	20	27	28	1.98
70967344--70967439	47	2.0	47	100	0	192	25	18	14	41	1.88
70976930--70977105	46	3.8	45	76	11	169	20	18	30	30	1.97
70976926--70977098	93	1.9	93	90	2	276	20	19	30	29	1.97
70983204--70983281	39	2.0	39	89	0	120	35	17	5	41	1.72
70991595--70991629	15	2.3	15	90	0	52	31	11	2	54	1.51
70991773--70991833	24	2.5	24	86	0	86	16	42	3	37	1.64
70994013--70994060	9	5.3	9	78	9	53	43	0	31	25	1.55
70996019--70996077	18	3.3	18	80	4	57	37	15	11	35	1.84
70997297--70997337	20	2.2	19	91	8	66	0	26	0	73	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70999686--70999738	19	2.9	19	79	17	60	26	7	0	66	1.18
71005166--71005341	46	3.8	46	76	12	171	21	19	28	29	1.98
71005162--71005333	93	1.8	93	88	0	263	21	20	29	28	1.98
71008682--71008774	40	2.4	39	80	12	93	21	7	2	68	1.25
71008686--71008760	19	3.8	20	76	15	66	22	8	2	66	1.31
71008685--71008768	19	4.3	20	70	20	61	21	7	2	69	1.25
71011575--71011599	10	2.5	10	100	0	50	40	12	8	40	1.72
71013188--71013293	53	2.0	53	100	0	212	43	13	16	26	1.85
71013789--71013831	21	2.0	21	100	0	86	18	44	13	23	1.86
71014410--71014454	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92
71020682--71020726	12	3.8	12	87	0	63	51	0	6	42	1.28
71020681--71020726	24	1.9	24	90	0	74	50	0	8	41	1.33
71027335--71027394	29	2.1	29	96	0	111	25	21	15	38	1.92
71027335--71027383	16	3.2	16	66	16	50	24	20	16	38	1.92
71029384--71029599	49	4.6	46	75	13	165	24	29	19	26	1.99
71031848--71034343	832	3.0	832	98	0	4805	34	21	14	30	1.93
71034462--71034743	139	2.0	137	88	2	413	35	15	10	39	1.81
71045950--71046007	22	2.5	22	80	5	62	62	6	3	27	1.37
71047309--71047348	9	4.4	9	83	0	53	42	22	10	25	1.84
71047361--71047421	17	3.4	17	68	12	50	50	11	3	34	1.55
71047359--71047480	37	3.3	37	89	4	185	48	13	4	33	1.63
71048817--71048875	15	3.8	15	70	16	57	18	35	5	40	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71049874--71049918	18	2.3	20	85	14	60	60	2	0	37	1.09
71054516--71054558	9	4.7	9	82	5	59	20	0	32	46	1.51
71054731--71054764	13	2.6	13	90	0	50	23	0	41	35	1.55
71055928--71056124	44	4.5	44	73	8	132	29	22	20	27	1.98
71055923--71056171	133	1.9	133	88	1	374	29	21	20	28	1.98
71055956--71056215	44	5.9	43	73	6	173	28	22	20	28	1.98
71056284--71056324	21	2.0	21	90	0	64	21	36	9	31	1.86
71056305--71059000	44	59.7	44	65	15	313	27	20	20	32	1.97
71056300--71059157	227	12.6	227	84	3	3556	27	20	20	32	1.97
71057984--71058363	182	2.1	182	88	3	559	27	18	21	32	1.97
71058028--71058409	183	2.1	182	86	4	520	28	19	20	31	1.97
71061491--71061562	22	3.4	21	77	11	76	25	22	29	23	1.99
71066302--71066353	5	10.8	5	87	2	54	28	1	3	65	1.21
71066303--71066349	20	2.4	19	82	6	67	27	2	4	65	1.22
71066936--71066970	14	2.3	16	90	9	56	74	0	2	22	0.95
71079366--71079470	26	4.0	26	94	0	183	30	6	26	36	1.82
71089265--71089372	26	4.2	26	97	0	207	36	26	6	30	1.82
71092453--71092482	15	2.0	15	100	0	60	46	0	13	40	1.43
71092449--71092511	27	2.3	26	78	10	72	36	0	12	50	1.41
71093250--71093292	18	2.3	19	84	15	54	32	11	4	51	1.59
71096246--71096290	15	2.9	15	84	12	56	22	2	0	75	0.91
71097844--71097873	15	2.0	15	93	0	51	50	0	10	40	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71097840--71097902	27	2.3	26	76	10	63	38	0	11	50	1.38
71098642--71098684	18	2.3	19	84	15	54	37	11	0	51	1.39
71102812--71102851	19	2.2	19	86	4	55	5	7	10	77	1.11
71103022--71103087	35	1.9	33	82	11	80	33	1	3	62	1.20
71106956--71106990	17	2.0	18	88	5	54	31	8	0	60	1.27
71113369--71113417	25	2.0	24	84	4	62	53	8	0	38	1.31
71114342--71114406	19	3.4	18	77	12	51	60	1	1	36	1.16
71114378--71114407	13	2.4	12	94	5	51	63	0	0	36	0.95
71114378--71114407	6	4.8	6	92	8	51	63	0	0	36	0.95
71114755--71114801	23	2.0	23	95	0	85	44	2	4	48	1.34
71119871--71119900	15	2.0	15	93	0	51	46	43	3	6	1.46
71121979--71122038	10	5.9	10	77	16	52	65	1	5	28	1.23
71124805--71124876	19	3.7	19	83	7	83	51	5	1	41	1.34
71124846--71124899	26	2.1	26	82	3	65	53	3	1	40	1.29
71130815--71130868	25	2.0	28	82	10	69	33	1	20	44	1.62
71130958--71131273	48	6.6	48	76	5	271	29	18	28	23	1.98
71130945--71131273	143	2.3	143	83	4	396	28	17	28	24	1.98
71131009--71131273	96	2.8	95	83	2	316	29	18	28	24	1.98
71142326--71142537	40	5.3	40	90	1	320	29	25	21	23	1.99
71145377--71145558	45	4.1	45	75	4	163	21	20	14	43	1.87
71150488--71150547	3	18.7	3	74	19	50	33	0	6	60	1.23
71150664--71150727	31	2.0	32	85	8	87	45	0	7	46	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71151562--71151610	14	3.4	14	86	13	73	34	0	14	51	1.43
71153056--71153184	46	2.8	46	94	2	215	20	21	29	28	1.98
71158745--71158912	46	3.7	46	74	17	177	21	21	29	27	1.99
71158742--71158909	92	1.8	92	93	0	291	21	21	29	27	1.98
71160712--71160753	20	2.2	20	87	12	61	50	0	21	28	1.49
71164697--71164724	14	2.0	14	100	0	56	42	14	7	35	1.73
71165584--71165660	38	2.0	38	89	0	118	27	40	20	11	1.87
71168886--71169013	34	3.8	34	88	0	166	21	23	20	35	1.96
71181175--71181255	37	2.2	37	95	0	144	62	4	19	12	1.47
71185915--71186042	65	2.0	65	92	0	211	28	10	20	40	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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