genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.285.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   

This is table  285  of  343  ( 41150 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94386408--94386756	46	8.0	46	82	10	426	23	23	15	38	1.92
94386586--94386745	38	4.0	38	85	12	230	25	25	16	33	1.96
94386540--94386755	84	2.6	84	96	0	396	25	24	15	35	1.94
94388890--94388966	31	2.5	32	77	10	88	54	3	1	40	1.27
94393909--94393991	34	2.5	33	84	4	94	13	16	7	62	1.52
94398678--94398746	36	1.9	36	87	0	102	17	8	31	42	1.80
94403180--94403220	11	3.6	12	80	9	50	75	7	0	17	1.02
94403175--94403229	22	2.5	22	82	5	67	70	7	0	21	1.11
94403205--94403229	10	2.5	10	100	0	50	68	8	0	24	1.16
94406166--94406198	13	2.3	15	90	10	52	54	0	3	42	1.15
94406311--94406335	13	1.9	13	100	0	50	64	4	0	32	1.12
94408766--94409051	144	2.0	144	95	0	518	26	32	9	31	1.89
94409076--94409122	19	2.5	19	92	0	76	31	21	14	31	1.94
94412705--94412739	15	2.2	16	90	5	54	31	2	2	62	1.24
94412712--94412791	3	27.0	3	71	16	51	30	5	2	62	1.29
94412712--94412800	9	10.9	8	68	20	51	31	5	2	60	1.32
94412762--94412791	15	2.0	15	100	0	60	26	0	0	73	0.84
94412913--94412970	21	2.8	21	81	5	64	24	3	5	67	1.27
94413248--94413298	3	17.0	3	100	0	102	33	0	0	66	0.92
94415596--94415640	19	2.3	20	85	7	58	22	20	13	44	1.85
94417416--94417466	14	3.3	15	75	22	52	52	0	9	37	1.34
94418306--94418342	18	2.1	18	100	0	74	21	16	35	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94426915--94427126	105	2.0	105	96	0	388	46	15	20	17	1.84
94434777--94434809	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
94435090--94435455	46	8.0	46	88	2	486	20	23	13	41	1.88
94435095--94435459	92	4.0	92	91	1	536	20	23	13	41	1.88
94440234--94440258	12	2.1	12	100	0	50	60	0	0	40	0.97
94441321--94441395	22	3.6	21	70	21	59	48	1	10	40	1.46
94441323--94441405	20	4.1	20	77	11	87	48	1	10	39	1.46
94445607--94445640	17	1.9	18	88	5	52	50	0	8	41	1.34
94450686--94450874	64	3.0	64	88	1	281	40	13	21	25	1.89
94452089--94452151	25	2.6	25	82	2	74	26	25	15	31	1.96
94456202--94456336	26	5.2	26	93	1	227	34	4	24	37	1.76
94456202--94456336	51	2.6	51	95	2	234	34	4	24	37	1.76
94457930--94458069	27	5.2	27	86	2	174	17	23	22	35	1.95
94457930--94458069	54	2.6	55	88	2	194	17	23	22	35	1.95
94462042--94462175	26	5.2	26	94	3	227	32	5	25	36	1.78
94462042--94462175	50	2.6	52	95	3	236	32	5	25	36	1.78
94463759--94463898	27	5.2	27	84	2	156	18	22	22	36	1.95
94463759--94463898	54	2.6	55	85	2	176	18	22	22	36	1.95
94467860--94467995	26	5.2	26	94	0	236	33	5	25	36	1.78
94469581--94469696	27	4.3	27	83	1	142	18	21	23	36	1.95
94469648--94469720	27	2.7	26	83	10	92	17	24	20	36	1.94
94469594--94469720	54	2.4	54	82	5	141	20	22	20	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94470875--94470910	18	2.0	18	100	0	72	50	22	5	22	1.70
94478674--94478723	7	7.0	7	86	4	73	44	38	2	16	1.59
94478667--94478723	21	2.8	21	86	7	73	43	36	1	17	1.60
94479854--94479919	34	2.0	32	82	8	80	36	0	4	59	1.18
94482687--94482821	60	2.2	62	77	9	143	30	25	17	26	1.97
94482842--94482887	20	2.3	20	85	3	67	28	26	17	28	1.98
94484564--94484772	104	2.0	104	99	0	409	33	34	11	19	1.88
94485119--94485341	46	4.8	46	92	1	331	40	14	24	20	1.90
94485430--94485524	26	3.6	26	75	13	70	38	4	18	37	1.71
94485451--94485533	26	3.3	24	72	16	69	45	4	15	33	1.67
94487689--94487738	5	10.0	5	78	8	57	44	0	2	54	1.11
94489044--94489150	21	5.1	21	74	8	110	15	24	24	35	1.94
94489049--94489147	42	2.4	42	94	0	171	14	25	25	35	1.93
94502615--94502681	24	2.8	24	83	0	98	46	25	14	13	1.82
94505533--94505653	60	2.0	60	98	0	233	32	14	15	37	1.89
94509865--94509912	21	2.3	21	78	7	53	25	2	31	41	1.67
94510674--94510743	23	3.0	23	78	4	68	57	0	1	41	1.08
94510682--94510750	23	2.9	23	76	8	66	53	0	1	44	1.09
94511764--94511866	52	2.0	52	98	0	197	33	15	14	36	1.88
94518320--94518383	27	2.4	27	84	5	85	23	21	18	35	1.95
94520805--94520944	73	1.9	73	97	0	262	33	23	10	32	1.89
94521672--94521833	66	2.4	65	87	4	234	30	22	18	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94521817--94521873	29	2.0	29	86	6	80	29	15	19	35	1.93
94524019--94524060	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
94524023--94524059	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
94524092--94524148	15	3.5	15	71	17	51	49	1	1	47	1.22
94525718--94525770	21	2.5	21	93	0	88	22	9	37	30	1.86
94527780--94527940	32	5.0	32	88	0	241	44	10	11	32	1.75
94527778--94527940	64	2.5	64	92	1	272	44	10	11	33	1.75
94532685--94532739	21	2.6	21	88	0	65	32	9	29	29	1.88
94533011--94533050	14	3.0	14	82	10	57	50	0	0	50	1.00
94534553--94534606	21	2.6	21	90	0	63	48	0	0	51	1.00
94534548--94534601	11	4.9	11	79	6	56	48	0	0	51	1.00
94537594--94537662	31	2.2	31	78	0	75	40	8	15	34	1.79
94542821--94542853	17	1.9	17	88	11	50	39	0	9	51	1.34
94550345--94550384	21	1.9	21	84	0	53	22	17	0	60	1.37
94555119--94555148	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
94568142--94568719	44	12.7	44	68	14	212	33	17	19	29	1.95
94568214--94568311	50	2.0	50	84	8	128	32	16	22	28	1.95
94568127--94568375	138	1.8	138	82	6	326	33	17	19	29	1.94
94568308--94568747	138	3.2	138	79	3	449	33	18	17	30	1.94
94568142--94568558	182	2.3	182	75	8	409	33	17	20	29	1.95
94568076--94568701	320	2.0	320	89	1	959	33	17	18	30	1.94
94571697--94571730	17	2.1	17	88	5	52	44	0	0	55	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94579697--94579791	40	2.4	40	81	0	118	28	15	31	24	1.96
94580336--94580465	67	2.0	62	84	10	163	50	5	3	41	1.41
94584065--94584167	46	2.3	46	83	9	126	27	13	26	33	1.94
94584098--94584233	52	2.8	49	81	8	145	29	13	22	34	1.92
94584419--94584467	24	2.0	24	96	0	89	40	8	18	32	1.80
94586088--94586176	39	2.2	39	84	4	106	32	14	31	21	1.93
94587735--94587825	19	4.9	19	88	8	143	37	10	15	36	1.83
94587756--94587811	18	3.5	15	81	18	60	37	10	16	35	1.83
94587743--94587832	35	2.5	37	87	10	134	37	11	15	35	1.83
94589071--94589218	26	5.8	26	87	2	203	27	22	22	27	1.99
94589065--94589218	51	3.0	50	88	6	222	27	22	21	28	1.99
94589267--94589341	20	3.8	20	87	6	102	36	18	8	37	1.80
94589282--94589334	11	5.2	11	78	15	60	37	18	7	35	1.80
94589284--94589340	9	5.8	10	76	15	57	36	19	7	36	1.79
94593393--94593567	26	6.8	26	86	0	237	26	22	23	26	2.00
94593393--94593567	52	3.4	52	92	1	291	26	22	23	26	2.00
94593712--94593803	42	2.2	42	90	0	139	29	13	22	34	1.92
94596152--94596296	54	2.7	54	89	0	209	30	23	8	37	1.84
94596151--94596296	27	5.4	27	86	0	184	30	23	8	38	1.84
94596106--94596318	81	2.6	81	75	1	221	35	22	7	34	1.83
94596273--94596561	81	3.6	81	86	4	334	41	20	7	30	1.81
94596273--94596564	27	10.8	27	82	3	273	40	19	8	31	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94596595--94596686	27	3.4	27	89	3	123	33	19	26	20	1.96
94597467--94597641	26	6.8	26	88	0	237	27	21	22	28	1.99
94597467--94597641	52	3.4	52	93	1	291	27	21	22	28	1.99
94597786--94597877	42	2.2	42	88	3	132	28	13	22	35	1.92
94597901--94597979	31	2.5	31	91	0	131	30	16	24	29	1.96
94602188--94602335	26	5.8	26	86	2	203	27	22	22	27	1.99
94602182--94602335	51	3.0	51	91	2	249	27	22	21	28	1.99
94602385--94602441	20	3.0	20	87	10	75	33	19	8	38	1.82
94603629--94603672	22	2.0	22	86	8	63	52	20	22	4	1.65
94609616--94609655	7	5.6	7	83	16	55	85	0	12	2	0.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343