genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.258.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85123111--85123198	26	3.4	26	88	0	131	2	32	0	64	1.06
85123106--85123198	20	4.8	20	76	9	75	2	33	0	64	1.06
85130951--85131174	104	2.2	104	93	1	378	31	31	19	17	1.95
85131503--85131566	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
85131510--85131566	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
85136044--85136074	14	2.2	14	100	0	62	25	0	0	74	0.82
85148471--85148912	176	2.5	176	93	1	744	29	18	22	29	1.97
85148750--85149038	132	2.2	132	91	1	465	27	18	22	31	1.97
85149729--85149768	22	1.9	20	90	10	62	7	12	5	75	1.18
85150822--85151058	45	5.3	44	66	10	115	27	26	17	28	1.97
85150753--85151199	132	3.4	132	88	0	653	26	23	21	29	1.99
85151160--85151980	87	9.5	86	82	4	776	21	22	20	35	1.96
85151178--85151514	44	7.8	44	76	7	303	19	23	20	36	1.95
85151160--85151980	44	18.9	43	67	15	295	21	22	20	35	1.96
85151147--85151979	347	2.4	344	80	6	951	21	22	20	35	1.96
85151159--85151980	260	3.2	255	80	6	866	21	22	20	35	1.96
85152063--85152185	64	1.9	64	90	3	194	36	13	18	30	1.90
85156652--85156697	9	4.8	10	77	17	53	50	13	17	19	1.78
85156652--85156697	19	2.4	19	85	7	58	50	13	17	19	1.78
85158835--85158865	15	2.1	15	93	0	53	64	0	3	32	1.09
85159326--85159369	23	1.9	23	90	0	70	56	6	9	27	1.55
85159320--85159452	49	2.8	48	75	11	137	54	3	9	32	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85159772--85159813	21	2.0	22	90	4	68	61	2	4	30	1.29
85164257--85164312	12	4.7	12	74	14	53	64	0	23	12	1.27
85168689--85168738	23	2.2	23	96	0	91	48	16	12	24	1.79
85170149--85170215	5	13.4	5	100	0	134	59	0	0	40	0.97
85176652--85176802	27	5.6	27	81	4	160	27	15	27	28	1.96
85176653--85176802	82	1.8	81	85	4	212	27	16	28	28	1.97
85176734--85176813	27	2.9	26	79	5	79	27	16	27	28	1.97
85183371--85183450	40	2.0	40	92	4	135	23	21	20	35	1.96
85187842--85187874	12	2.7	12	95	4	57	75	6	3	15	1.11
85188573--85188601	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
85193718--85193876	9	18.1	9	70	12	73	33	1	19	45	1.58
85193735--85193821	36	2.5	36	87	7	126	34	1	17	47	1.55
85193768--85193894	43	3.0	43	94	0	209	33	0	18	47	1.55
85193881--85193907	13	2.1	13	100	0	54	37	0	11	51	1.37
85194333--85194379	10	5.0	9	80	15	51	51	0	8	40	1.33
85194339--85194393	26	2.1	27	83	10	69	56	0	9	34	1.31
85197475--85197853	116	3.3	114	79	8	344	35	22	16	25	1.95
85197756--85197951	98	2.0	98	89	5	299	38	22	12	26	1.89
85198203--85198254	16	3.2	16	73	10	61	46	5	0	48	1.26
85198200--85198263	32	2.0	32	96	0	119	42	9	0	48	1.35
85198495--85198553	14	4.2	14	80	0	55	49	32	0	18	1.48
85198489--85198542	21	2.5	21	84	3	63	46	37	0	16	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85199498--85199592	41	2.3	41	88	0	145	18	21	24	35	1.95
85201938--85202011	33	2.2	33	92	0	121	24	32	31	12	1.92
85204989--85205087	29	3.4	29	87	8	155	33	11	31	24	1.90
85205080--85205209	33	3.9	33	90	0	188	37	9	20	33	1.84
85209174--85209222	13	3.2	17	67	27	54	61	6	6	26	1.43
85212775--85212850	38	2.0	38	97	0	143	35	19	5	39	1.75
85229725--85229769	18	2.6	18	80	13	51	60	0	2	37	1.09
85230848--85230904	30	1.9	30	82	13	73	45	3	0	50	1.18
85235827--85235930	50	2.1	50	90	0	163	41	11	24	23	1.87
85241532--85241567	17	2.1	17	100	0	72	22	22	27	27	1.99
85249562--85249732	46	3.7	47	84	8	201	27	20	30	21	1.98
85257518--85257649	57	2.3	57	84	7	178	43	0	3	53	1.16
85257818--85257870	16	3.3	16	86	0	70	32	20	5	41	1.76
85261416--85261453	19	2.0	19	85	10	51	71	0	0	28	0.87
85261873--85261913	22	1.9	22	90	5	66	34	0	2	63	1.08
85261955--85262047	27	3.5	26	77	13	82	52	2	0	45	1.12
85274506--85274530	12	2.1	12	100	0	50	52	0	8	40	1.31
85277541--85277586	24	1.9	23	82	8	56	65	2	6	26	1.28
85280933--85281002	31	2.3	30	90	7	113	24	17	14	44	1.85
85281210--85281279	32	2.2	32	86	0	95	22	17	14	45	1.84
85281653--85281748	29	3.2	30	74	11	81	54	11	13	20	1.70
85281652--85281782	60	2.2	61	80	5	149	51	11	13	22	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85281669--85281783	61	1.9	60	83	5	151	51	10	13	24	1.73
85284291--85284341	25	2.0	25	100	0	102	15	23	23	37	1.93
85287451--85287505	17	3.2	17	84	7	67	56	0	0	43	0.99
85289731--85289799	16	4.2	16	96	3	129	24	0	37	37	1.56
85289731--85289799	33	2.1	32	97	2	129	24	0	37	37	1.56
85290019--85290069	16	3.0	18	78	18	56	54	3	0	41	1.19
85290117--85290329	67	3.1	67	65	16	168	46	3	3	46	1.37
85289922--85290243	156	2.1	156	96	0	590	44	4	6	45	1.47
85290191--85290225	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
85290108--85290373	137	1.9	138	91	0	435	44	3	4	47	1.40
85290129--85290407	137	2.0	135	82	6	330	45	5	3	45	1.45
85293833--85293867	9	4.0	9	92	7	63	65	0	0	34	0.93
85293833--85293867	17	2.0	17	94	5	61	65	0	0	34	0.93
85298989--85299240	131	1.9	132	84	0	335	27	17	19	36	1.94
85300543--85300581	18	2.2	18	85	0	51	64	0	0	35	0.94
85301245--85301272	6	4.7	6	100	0	56	14	0	0	85	0.59
85304852--85304880	9	3.3	9	95	4	51	10	0	0	89	0.48
85316835--85316870	13	2.6	14	86	13	56	52	5	0	41	1.24
85319214--85319294	41	2.0	42	87	2	119	39	8	12	39	1.74
85319478--85319547	34	2.1	33	94	2	122	54	17	7	21	1.66
85322084--85322122	19	2.1	19	100	0	78	48	25	15	10	1.76
85324424--85324500	28	2.7	27	79	16	77	41	0	2	55	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85324437--85324516	28	2.8	26	77	21	65	38	0	2	58	1.11
85324464--85324516	29	1.9	29	85	11	76	37	0	1	60	1.08
85329746--85329789	2	22.0	2	100	0	88	50	0	50	0	1.00
85335036--85335221	59	3.1	56	69	19	144	43	2	3	51	1.32
85335082--85335269	61	3.1	61	68	17	165	43	2	5	48	1.41
85335029--85335319	120	2.4	122	88	4	453	44	2	4	49	1.34
85335263--85335299	19	2.0	19	85	15	51	45	0	0	54	1.00
85335464--85335554	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
85335535--85335587	16	3.2	16	94	5	97	37	37	0	24	1.56
85338775--85338809	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
85339322--85339379	3	19.7	3	78	7	57	32	5	1	60	1.29
85343153--85343239	43	2.0	43	95	0	156	19	19	10	50	1.76
85343996--85344105	26	4.2	26	95	0	175	32	5	25	36	1.79
85345724--85345831	27	4.0	27	82	9	121	18	23	21	37	1.95
85345722--85345834	54	2.1	54	85	3	147	17	23	21	38	1.94
85345897--85345936	19	2.0	22	85	14	59	17	2	47	32	1.61
85352722--85352847	4	31.2	4	96	1	234	50	23	0	25	1.49
85357317--85357367	20	2.7	18	74	11	57	31	3	3	60	1.33
85374400--85374426	14	1.9	14	100	0	54	51	0	18	29	1.46
85375184--85375380	98	2.0	99	83	4	247	29	12	16	41	1.84
85407934--85408048	51	2.3	51	98	0	221	26	23	17	33	1.96
85410607--85410639	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85410920--85411289	46	8.0	46	91	1	501	22	23	14	39	1.91
85433662--85433818	43	3.7	43	78	7	169	28	14	27	29	1.95
85443945--85444215	47	5.8	46	79	9	248	27	18	30	23	1.98
85443950--85444213	140	1.9	141	84	7	358	27	18	29	24	1.98
85451610--85451865	47	5.4	48	77	10	172	26	20	29	23	1.99
85451638--85451867	47	4.9	48	80	8	229	26	19	30	22	1.98
85451596--85451868	94	2.9	94	83	5	295	27	20	29	23	1.98
85469378--85469493	47	2.5	47	81	6	121	25	16	31	26	1.96
85473352--85473407	27	2.1	27	86	6	78	32	7	7	53	1.55
85498919--85498975	27	2.2	26	87	9	80	56	0	1	42	1.10

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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