genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.201.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66588791--66589015	46	4.8	46	71	13	131	24	28	20	27	1.99
66596835--66596944	27	4.0	26	83	9	130	36	21	23	18	1.95
66596835--66596944	55	2.0	54	85	5	150	36	21	23	18	1.95
66600755--66600885	44	3.0	41	82	8	147	36	25	15	22	1.93
66613415--66613468	27	2.0	27	96	0	99	29	3	27	38	1.74
66619148--66619359	43	5.0	43	78	9	218	26	15	24	33	1.95
66619150--66619356	86	2.4	86	83	8	253	27	15	24	32	1.96
66624226--66624282	30	1.9	30	96	0	105	22	12	26	38	1.89
66626166--66626260	45	2.1	45	100	0	190	21	6	18	53	1.66
66626855--66626986	43	3.1	43	85	2	167	22	13	25	38	1.91
66627960--66627997	16	2.4	16	86	8	51	76	10	2	10	1.12
66635495--66635543	23	2.2	23	81	3	55	42	20	18	18	1.89
66637171--66637359	67	2.8	67	95	0	333	31	16	30	21	1.96
66644698--66644852	27	5.7	27	77	6	136	27	28	16	28	1.97
66644703--66644853	55	2.8	54	80	5	171	26	27	16	29	1.97
66656398--66656643	40	6.2	40	94	1	388	22	21	28	27	1.99
66661477--66661644	43	3.9	43	89	1	257	29	32	23	13	1.93
66661637--66661720	38	2.2	38	86	0	123	32	27	20	20	1.97
66669974--66670005	15	2.1	15	94	0	55	46	25	12	15	1.81
66670379--66670538	47	3.4	47	90	0	230	45	21	13	20	1.85
66676676--66676711	15	2.4	15	90	0	54	27	16	19	36	1.93
66682974--66683003	15	2.0	15	93	0	51	43	0	13	43	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66683912--66684061	43	3.5	43	79	10	164	27	20	23	29	1.98
66686260--66686320	24	2.5	24	89	0	86	24	18	29	27	1.98
66692525--66692596	26	2.8	26	77	6	76	34	23	15	26	1.94
66692585--66692743	27	5.9	27	86	0	203	25	22	20	32	1.98
66695540--66695587	25	1.9	25	86	0	69	35	22	12	29	1.91
66695635--66695671	11	3.5	11	78	14	51	35	13	18	32	1.90
66695718--66695812	25	3.8	25	91	2	147	26	25	21	27	1.99
66695718--66695837	50	2.4	50	82	8	147	27	24	21	26	1.99
66695717--66695839	25	5.0	24	82	10	101	27	24	21	26	1.99
66696032--66696112	31	2.6	31	88	0	117	30	18	28	22	1.97
66703544--66703597	11	5.4	10	78	12	58	35	11	18	35	1.86
66703669--66703738	25	2.8	25	100	0	140	27	24	21	27	1.99
66703958--66704038	31	2.6	31	90	0	126	30	19	27	22	1.98
66707978--66708033	29	2.0	28	92	3	94	23	23	23	30	1.99
66720678--66720755	33	2.3	33	88	2	120	42	30	8	17	1.81
66724461--66724494	16	2.1	16	94	0	59	79	0	0	20	0.73
66730396--66730425	16	1.9	16	93	6	53	66	0	6	26	1.16
66733787--66733849	31	2.0	31	87	0	90	25	22	14	38	1.92
66734043--66734160	23	5.0	24	89	7	179	28	22	20	28	1.98
66734043--66734160	47	2.5	47	90	6	177	28	22	20	28	1.98
66734210--66734276	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
66734210--66734265	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66734313--66734360	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
66736433--66737054	47	13.3	47	90	3	940	26	30	10	33	1.89
66736833--66736907	22	3.3	22	65	17	62	26	30	10	32	1.90
66749423--66749691	40	6.8	40	92	1	427	23	21	27	27	1.99
66754659--66754706	25	1.9	25	87	8	71	25	2	2	70	1.09
66754673--66754697	10	2.5	10	100	0	50	24	0	0	76	0.80
66755245--66755374	64	2.0	65	93	1	226	36	17	11	33	1.86
66761384--66761426	18	2.3	19	80	8	52	60	0	2	37	1.10
66761761--66761804	9	4.6	10	88	11	58	31	0	2	65	1.05
66764825--66764866	22	2.0	21	85	4	57	23	2	16	57	1.51
66765206--66765407	94	2.1	95	88	2	309	40	15	11	32	1.84
66765011--66765519	225	2.3	223	84	2	644	38	14	13	33	1.86
66765298--66765624	128	2.5	128	84	5	415	37	14	14	33	1.86
66765329--66765538	64	3.3	63	66	16	153	39	14	13	32	1.85
66775659--66775697	20	2.0	19	90	5	60	58	2	0	38	1.12
66775659--66775711	19	2.8	20	83	8	58	54	1	0	43	1.11
66780772--66780859	41	2.1	41	91	4	142	20	25	18	36	1.95
66792193--66792349	43	3.6	44	80	12	182	24	18	26	29	1.98
66799821--66800233	39	10.5	39	92	0	628	29	29	22	18	1.97
66806595--66806798	53	3.8	53	77	3	201	36	17	24	21	1.94
66811782--66811955	46	3.8	46	77	10	183	22	21	27	28	1.99
66811777--66811947	93	1.8	93	88	0	261	23	21	26	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66825541--66825627	43	2.0	43	97	0	165	41	13	14	29	1.85
66836921--66837171	82	3.1	79	84	4	306	19	25	17	36	1.94
66836945--66837164	122	1.8	122	86	2	325	18	26	17	37	1.93
66836922--66837171	41	6.1	41	80	6	274	19	25	18	36	1.94
66853405--66853450	19	2.4	19	85	7	58	69	0	21	8	1.15
66854574--66854617	19	2.4	19	85	11	56	40	0	6	52	1.28
66857821--66857855	16	2.1	17	89	10	54	34	2	0	62	1.10
66858425--66858459	6	5.7	6	86	6	52	37	0	0	62	0.95
66858425--66858459	13	2.8	12	87	8	52	37	0	0	62	0.95
66866716--66866749	16	2.2	15	89	5	50	44	0	0	55	0.99
66866870--66866913	8	5.5	8	100	0	88	40	0	0	59	0.98
66871313--66871342	9	3.3	9	100	0	60	46	23	0	30	1.52
66876465--66876494	15	2.0	15	93	0	51	20	23	6	50	1.71
66878990--66879040	19	2.9	17	83	11	66	37	7	15	39	1.77
66878999--66879056	19	2.8	20	85	12	73	36	5	15	43	1.69
66884149--66884206	22	2.7	21	81	7	71	36	3	15	44	1.63
66886646--66886685	20	2.0	20	85	5	53	40	12	10	37	1.77
66888652--66888701	21	2.4	21	86	3	66	38	24	0	38	1.56
66891047--66891177	28	4.7	28	88	0	190	25	32	16	25	1.96
66898814--66898916	28	3.7	28	86	0	143	28	33	14	24	1.94
66901295--66901323	14	2.1	14	100	0	58	20	0	13	65	1.26
66901611--66901646	6	6.0	6	100	0	72	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66902034--66902093	30	2.0	30	90	0	93	26	1	13	58	1.45
66903220--66903334	59	1.9	59	87	6	171	41	6	15	36	1.72
66907435--66907486	17	3.0	17	80	2	59	15	7	3	73	1.21
66907433--66907474	9	4.7	9	79	8	50	9	9	2	78	1.05
66909548--66909596	25	2.0	25	84	4	64	63	8	0	28	1.23
66909560--66909624	25	2.9	23	80	15	66	66	7	0	26	1.19
66909586--66909624	19	2.0	20	90	5	62	71	7	0	20	1.10
66913928--66914186	105	2.5	105	85	3	353	30	25	12	31	1.92
66914856--66914883	3	9.3	3	100	0	56	67	0	32	0	0.91
66918486--66918582	38	2.6	38	86	3	124	28	10	4	56	1.51
66919845--66919875	13	2.3	14	94	5	55	64	9	6	19	1.45
66921310--66921557	49	4.8	50	84	5	293	20	29	24	26	1.99
66921309--66921557	99	2.4	104	87	7	348	20	28	24	26	1.99
66921652--66921683	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
66921894--66921951	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
66928907--66929155	50	4.8	50	85	4	284	20	29	24	26	1.99
66928906--66929155	100	2.4	104	88	6	357	20	29	24	26	1.99
66929250--66929281	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
66929493--66929550	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
66930565--66930589	12	2.1	12	100	0	50	40	0	16	44	1.47
66939543--66939661	59	2.0	59	100	0	238	31	13	28	26	1.94
66941422--66941463	17	2.5	17	73	3	50	50	28	9	11	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66946887--66946977	24	3.7	24	71	19	71	72	2	4	20	1.13
66946877--66946977	11	9.4	10	74	19	64	73	2	3	19	1.13
66968654--66968705	25	2.1	25	92	0	86	44	1	7	46	1.43
66969156--66969197	17	2.5	17	88	7	59	69	0	0	30	0.89
66969156--66969206	17	3.1	16	78	10	57	68	1	0	29	1.00
66970120--66970171	15	3.2	15	73	19	50	44	0	1	53	1.11
66970199--66970245	13	3.3	14	80	14	51	48	2	0	48	1.13
66970204--66970244	13	2.8	16	82	17	54	43	2	0	53	1.13
66970250--66970293	20	2.1	20	87	8	61	54	2	0	43	1.12
66970750--66970803	3	18.0	3	100	0	108	33	0	0	66	0.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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