genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.104.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34833609--34833843	100	2.3	100	88	2	346	25	20	26	26	1.99
34833616--34833843	51	4.5	51	85	4	345	26	20	26	27	1.99
34833614--34833897	51	5.6	52	80	10	272	25	19	26	28	1.99
34833616--34833900	151	1.9	151	95	0	516	25	20	26	28	1.99
34836975--34837107	55	2.4	55	78	1	142	40	21	19	18	1.91
34836969--34837175	53	3.8	54	79	3	211	38	19	22	19	1.93
34855978--34856094	58	2.0	58	98	0	225	35	35	5	22	1.79
34861376--34861737	180	2.0	181	98	0	699	31	19	27	21	1.97
34872746--34872804	28	2.1	28	100	0	118	35	15	10	38	1.81
34872895--34872991	39	2.5	39	81	5	108	25	29	24	19	1.98
34872928--34873079	78	1.9	78	81	5	182	26	28	21	22	1.99
34872962--34873083	39	3.1	39	90	0	190	27	29	22	21	1.99
34881832--34881967	49	2.7	51	85	2	195	29	26	19	24	1.99
34883568--34883787	46	4.7	46	74	11	153	28	18	30	23	1.97
34889164--34889249	43	2.0	43	95	0	154	33	19	15	31	1.93
34892062--34892246	40	4.7	40	81	7	191	24	22	27	25	2.00
34892063--34892244	79	2.3	81	80	7	203	25	22	26	25	2.00
34899811--34899987	40	4.4	40	82	8	202	24	23	27	24	2.00
34899811--34899987	79	2.2	80	83	7	218	24	23	27	24	2.00
34899864--34900028	79	2.1	79	82	6	192	26	21	26	26	1.99
34902527--34902732	47	4.4	47	93	2	333	29	31	7	31	1.86
34902527--34902732	94	2.2	94	95	0	367	29	31	7	31	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34906405--34906467	31	2.1	31	85	5	85	55	12	0	31	1.37
34910915--34910952	5	8.0	5	82	11	53	23	0	0	76	0.79
34910915--34910957	18	2.4	18	92	0	68	25	0	0	74	0.82
34910917--34910962	23	2.0	23	86	0	65	28	0	0	71	0.86
34914712--34914741	15	2.0	15	93	0	51	66	10	0	23	1.21
34914943--34915013	17	4.2	17	70	20	51	43	1	2	52	1.24
34915143--34915203	28	2.1	29	82	8	72	40	1	4	52	1.33
34915830--34915868	19	2.1	19	85	9	53	38	5	5	51	1.46
34917156--34917201	23	2.0	23	100	0	92	56	4	4	34	1.39
34917257--34917296	21	1.9	21	84	0	53	35	2	15	47	1.58
34917811--34917845	16	2.1	17	94	5	63	80	5	0	14	0.89
34918232--34918286	21	2.5	22	80	13	69	67	7	5	20	1.35
34918235--34918280	19	2.2	20	85	11	58	67	8	6	17	1.39
34918453--34918490	8	4.8	8	86	0	58	76	0	2	21	0.91
34926883--34927100	40	5.5	40	91	2	325	25	27	22	23	2.00
34934955--34935172	40	5.5	40	91	2	316	25	27	22	24	2.00
34937906--34938298	131	3.0	130	83	2	464	38	13	15	33	1.86
34941177--34941336	42	3.7	43	82	12	188	25	27	19	27	1.99
34944079--34944560	48	10.0	48	93	0	793	35	6	26	30	1.82
34944701--34944803	37	2.8	37	95	0	179	22	20	33	24	1.97
34946788--34946900	51	2.1	54	85	7	153	37	12	25	24	1.91
34946788--34946911	27	4.7	26	76	15	94	33	12	25	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34956698--34956807	42	2.6	43	79	5	134	27	16	25	30	1.96
34965546--34965585	13	3.1	13	100	0	80	15	32	37	15	1.88
34966707--34966745	14	2.8	14	96	0	69	7	15	7	69	1.35
34969264--34969528	103	2.6	104	91	2	417	29	29	20	19	1.97
34969856--34969920	30	2.2	29	81	8	76	30	27	6	35	1.81
34969863--34969920	30	1.9	30	85	0	80	31	24	6	37	1.82
34976732--34976996	104	2.6	104	90	1	408	29	30	20	19	1.97
34977324--34977388	30	2.2	29	81	8	76	30	27	6	35	1.81
34977331--34977388	30	1.9	30	85	0	80	31	24	6	37	1.82
34987984--34988229	40	6.2	40	95	0	431	28	27	22	22	1.99
34992551--34992598	25	1.9	25	86	0	69	33	25	14	27	1.94
34992637--34992713	9	7.9	9	72	16	64	35	7	22	35	1.83
34992646--34992717	11	7.1	11	70	17	57	36	11	20	31	1.88
34992635--34992717	20	4.2	20	93	0	148	36	10	20	32	1.87
34992770--34992913	24	6.0	24	88	8	204	30	20	20	28	1.98
34993106--34993169	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
34996209--34996233	13	1.9	13	100	0	50	40	16	4	40	1.67
35005048--35005081	16	2.2	16	89	5	52	17	29	20	32	1.96
35008264--35008479	39	5.6	40	86	4	291	28	23	18	28	1.98
35008264--35008475	76	2.7	78	87	5	279	28	23	19	28	1.98
35012723--35012831	42	2.6	42	83	4	130	31	26	17	24	1.97
35012719--35012858	43	3.3	42	79	7	140	32	27	16	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35014601--35014923	144	2.2	144	86	2	443	28	29	16	25	1.97
35014601--35014923	96	3.4	96	87	1	443	28	29	16	25	1.97
35014601--35014923	48	6.7	48	85	1	398	28	29	16	25	1.97
35018801--35018984	47	3.9	47	79	11	196	29	19	28	22	1.98
35023309--35023423	39	2.9	38	80	10	124	31	23	22	22	1.99
35029700--35029877	47	3.8	48	79	10	215	28	19	30	22	1.98
35029660--35029875	93	2.3	94	83	6	260	27	18	30	24	1.98
35036770--35036941	93	1.8	93	91	0	281	27	29	21	20	1.98
35036762--35036931	46	3.7	46	80	4	207	28	29	21	20	1.98
35040846--35040924	28	2.8	28	84	0	86	34	10	25	30	1.89
35044061--35044091	4	7.8	4	92	0	53	74	0	3	22	0.96
35044343--35044516	89	2.0	89	96	0	321	37	16	6	39	1.76
35045285--35045355	35	2.0	35	100	0	142	49	22	11	16	1.78
35046673--35046704	2	16.0	2	100	0	64	50	50	0	0	1.00
35046931--35046980	22	2.3	22	85	0	64	30	22	34	14	1.93
35049580--35049631	20	2.5	20	87	3	77	25	13	11	50	1.75
35051772--35051820	17	2.9	17	84	6	64	32	0	8	59	1.27
35052182--35052211	6	5.0	6	95	0	51	50	0	13	36	1.42
35052397--35052494	45	2.2	45	85	3	126	53	9	1	36	1.40
35052411--35052499	45	2.0	45	90	0	142	53	7	1	37	1.37
35058784--35058840	20	2.8	20	89	0	78	49	0	29	21	1.50
35060745--35060814	31	2.3	31	82	0	86	42	21	15	20	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35067960--35068071	44	2.5	44	84	7	129	21	15	29	33	1.94
35067987--35068074	44	2.0	44	90	0	140	20	18	29	31	1.96
35071518--35071543	12	2.2	12	100	0	52	7	23	42	26	1.81
35072441--35072482	18	2.4	18	92	4	68	26	14	16	42	1.86
35077589--35077740	43	3.6	44	78	9	140	30	17	22	30	1.96
35080789--35080971	79	2.3	81	84	7	232	25	27	22	24	2.00
35080768--35080971	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	24	2.00
35088111--35088312	40	5.1	40	80	10	220	25	27	22	24	2.00
35088130--35088308	78	2.3	78	80	10	195	25	27	21	24	1.99
35092732--35092762	10	3.1	10	100	0	62	41	29	0	29	1.56
35105822--35105921	50	2.0	50	100	0	200	48	26	6	20	1.72
35105828--35105908	25	3.2	25	63	13	67	50	23	7	18	1.72
35112454--35112522	6	11.3	6	76	14	70	49	14	18	17	1.80
35112477--35112578	31	3.3	31	87	0	150	48	13	17	20	1.81
35113084--35113382	27	11.1	27	83	3	327	42	6	20	31	1.76
35113084--35113382	54	5.6	54	85	0	366	42	6	20	31	1.76
35113084--35113382	81	3.7	81	83	2	361	42	6	20	31	1.76
35113375--35113531	27	5.8	26	82	12	167	28	7	24	40	1.81
35113379--35113533	81	1.9	82	83	9	201	27	7	25	40	1.81
35113378--35113531	54	2.9	52	82	7	193	27	7	25	40	1.81
35113526--35113596	27	2.6	27	79	0	88	26	23	18	30	1.97
35116998--35117119	47	2.6	47	88	0	190	37	13	22	25	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35117098--35117294	54	3.6	54	83	4	245	36	18	24	20	1.95
35119523--35119601	25	3.1	25	78	5	70	21	25	21	31	1.98
35130542--35130610	30	2.3	30	97	0	129	15	26	33	24	1.95
35132564--35132623	18	3.3	18	80	0	66	33	16	8	41	1.78
35132755--35132781	6	4.5	6	100	0	54	48	14	18	18	1.82
35133766--35133806	19	2.3	17	91	8	64	2	26	0	70	0.99
35136372--35136536	25	6.7	24	69	16	63	21	29	16	33	1.95
35136417--35136470	25	2.1	26	82	6	65	24	29	14	31	1.95
35136502--35136569	25	2.7	25	79	6	66	26	29	19	25	1.98
35149894--35150066	46	3.7	46	76	10	172	21	18	27	31	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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