genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.86.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28563921--28563962	18	2.3	18	87	0	57	26	14	35	23	1.93
28563931--28563966	18	2.0	18	100	0	72	27	11	38	22	1.88
28564150--28564275	63	2.0	62	96	1	234	19	18	15	46	1.85
28568137--28568179	18	2.2	21	84	12	56	34	16	23	25	1.95
28573870--28573929	30	2.0	30	96	0	111	31	10	6	51	1.61
28573935--28574000	33	2.0	33	100	0	132	18	36	6	39	1.75
28575681--28575874	40	4.9	40	92	0	318	22	28	22	26	1.99
28579732--28579788	30	1.9	29	92	3	96	29	26	19	24	1.98
28579736--28579799	30	2.2	29	85	2	83	32	25	17	25	1.96
28580796--28580821	13	2.0	13	100	0	52	46	23	0	30	1.53
28594494--28594532	20	2.0	20	85	10	53	48	10	20	20	1.78
28595977--28596007	8	3.9	8	100	0	62	38	25	25	9	1.86
28595973--28596015	16	2.7	16	88	0	68	46	20	23	9	1.79
28596138--28596174	19	2.0	18	89	5	56	24	16	40	18	1.90
28596255--28596366	29	3.9	29	80	10	113	25	17	30	25	1.98
28596247--28596359	58	2.0	57	82	8	140	28	16	29	25	1.97
28599887--28599927	14	2.9	15	75	14	50	48	24	2	24	1.63
28602501--28602650	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
28602525--28602708	67	2.8	64	76	8	185	29	16	30	22	1.96
28604606--28604697	45	2.0	45	85	0	121	16	20	17	45	1.85
28605262--28605618	180	2.0	180	86	2	493	34	20	8	37	1.82
28609542--28609875	179	1.9	181	87	2	494	33	19	6	41	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28610445--28610782	50	6.7	50	77	6	324	30	24	18	26	1.98
28610506--28610787	101	2.8	101	87	0	393	31	24	17	25	1.97
28610509--28610828	101	3.2	100	84	2	291	32	24	17	25	1.97
28613478--28613542	30	2.2	30	100	0	130	32	30	18	18	1.95
28618583--28618708	39	3.2	39	93	0	198	22	20	29	27	1.98
28618583--28618778	39	5.0	39	83	4	193	21	21	28	28	1.99
28622426--28622460	12	2.9	12	86	0	52	34	22	0	42	1.54
28624931--28625007	24	3.2	24	63	14	59	27	12	15	44	1.83
28640118--28640374	80	3.3	79	81	9	285	25	21	27	25	2.00
28640119--28640341	40	5.6	40	85	7	278	24	21	27	25	1.99
28647527--28647610	38	2.2	38	95	2	150	38	17	17	26	1.92
28648622--28648735	35	3.2	36	74	4	108	19	16	13	50	1.77
28650876--28650915	20	2.0	20	95	0	71	35	22	0	42	1.54
28652626--28652709	27	3.1	27	78	10	73	23	20	9	46	1.80
28654142--28654259	51	2.3	51	86	0	155	25	28	12	33	1.93
28656142--28656245	29	3.6	29	69	15	81	63	0	3	32	1.12
28656184--28656294	19	6.2	17	68	22	50	61	0	5	32	1.25
28656153--28656234	9	8.8	9	77	13	78	63	0	2	34	1.08
28656228--28656273	16	2.8	17	83	6	67	63	0	6	30	1.20
28656489--28656603	20	5.7	20	71	16	76	39	4	1	54	1.30
28656505--28656599	10	9.4	10	68	19	54	41	4	2	52	1.32
28656500--28656599	41	2.5	40	80	9	114	40	5	2	53	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28659206--28659245	17	2.4	17	87	8	55	65	0	2	32	1.06
28659493--28660507	247	4.1	246	82	4	1107	28	14	12	44	1.81
28659525--28660506	495	2.0	495	84	2	1285	29	14	12	44	1.81
28660992--28661109	62	1.9	63	89	1	184	51	13	6	27	1.66
28661005--28661099	28	3.2	27	68	25	66	51	14	6	27	1.66
28661488--28661540	3	18.0	3	96	3	99	32	0	0	67	0.91
28678115--28678231	48	2.6	42	77	18	103	28	17	30	23	1.97
28678163--28678335	46	3.7	45	79	10	154	27	19	28	24	1.98
28679342--28679443	41	2.5	41	88	1	152	25	24	38	11	1.89
28682838--28682910	26	2.8	26	81	4	76	19	17	23	39	1.92
28683825--28683856	17	1.9	17	93	6	57	46	12	21	18	1.82
28687176--28687203	14	2.0	14	100	0	56	78	0	7	14	0.95
28697786--28697869	28	3.2	28	64	25	74	22	17	29	29	1.97
28697686--28697913	49	4.6	49	83	4	278	24	18	27	29	1.98
28699964--28700026	31	2.0	31	93	0	108	23	23	15	36	1.94
28700221--28700341	24	5.0	24	90	7	183	28	22	20	28	1.99
28700221--28700341	49	2.5	47	90	6	181	28	22	20	28	1.99
28700409--28700464	25	2.2	25	93	0	94	25	17	21	35	1.95
28706973--28707075	43	2.4	43	82	4	120	25	23	23	28	2.00
28708822--28708944	55	2.2	56	88	2	176	26	12	28	33	1.92
28708822--28708944	28	4.4	28	90	2	176	26	12	28	33	1.92
28708847--28708957	28	4.0	27	90	3	116	28	11	26	33	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28717007--28717100	27	3.6	27	91	5	156	27	11	28	31	1.92
28717007--28717113	27	4.0	27	87	7	112	29	11	26	32	1.91
28723717--28723892	46	3.8	45	77	10	167	21	20	27	30	1.98
28723713--28723884	93	1.8	93	88	0	263	20	20	28	29	1.98
28727541--28727601	30	2.0	30	84	6	79	40	8	22	27	1.82
28741886--28742069	40	4.6	40	81	6	221	25	22	26	25	2.00
28741886--28742069	80	2.3	80	86	3	246	25	22	26	25	2.00
28744260--28744338	41	1.9	42	89	2	124	22	17	29	30	1.97
28748177--28748431	46	5.5	46	90	1	359	21	23	14	40	1.90
28748171--28748503	92	3.5	93	85	7	364	22	24	13	39	1.90
28748372--28748491	60	2.0	60	98	0	231	23	25	15	35	1.94
28767409--28767483	38	2.0	37	89	2	114	50	10	6	32	1.63
28772635--28772758	63	2.0	63	91	0	203	31	20	22	25	1.98
28779199--28779269	22	3.2	22	84	7	81	33	19	25	21	1.97
28779217--28779280	22	2.8	22	88	4	83	34	21	25	18	1.96
28787862--28788023	42	3.8	40	80	10	128	25	17	24	32	1.97
28787899--28788029	42	3.1	41	85	4	154	26	16	22	34	1.95
28787908--28788060	42	3.6	42	79	4	110	26	18	23	32	1.97
28793206--28793240	16	2.2	16	94	0	61	5	25	17	51	1.67
28814549--28814609	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
28816401--28816502	28	3.6	28	91	0	159	30	22	10	36	1.88
28821471--28821626	28	5.5	28	75	3	150	30	33	17	17	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28821441--28821625	57	3.2	57	89	1	271	30	35	16	17	1.93
28823602--28823708	28	3.8	28	92	0	160	29	25	10	34	1.89
28829393--28829453	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
28833525--28833594	28	2.5	28	90	4	106	27	12	27	32	1.93
28837335--28837363	11	2.6	11	100	0	58	65	6	10	17	1.44
28839644--28839813	46	3.7	46	73	13	159	21	20	28	29	1.98
28839641--28839811	93	1.8	93	88	0	261	21	20	28	29	1.98
28840040--28840077	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
28844750--28844787	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
28850303--28850367	20	3.2	20	93	0	112	32	21	12	33	1.90
28850303--28850356	11	5.3	11	70	17	53	31	20	12	35	1.90
28850404--28850451	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
28855069--28855121	9	5.4	9	75	16	52	37	20	7	33	1.81
28855063--28855127	20	3.2	20	97	0	121	33	21	10	33	1.88
28855063--28855116	11	5.3	11	74	17	62	33	20	11	35	1.88
28855164--28855211	25	1.9	25	91	0	78	25	14	25	35	1.94
28860372--28860505	39	3.4	39	92	0	223	21	20	26	31	1.98
28868293--28868426	39	3.4	39	92	0	214	22	21	27	28	1.99
28891173--28891251	28	2.8	28	86	0	104	34	11	25	29	1.91
28893926--28893982	28	2.0	28	82	3	69	19	5	5	70	1.26
28900191--28900224	16	2.1	16	88	5	50	8	0	14	76	1.01
28902059--28902262	40	5.1	40	83	7	254	25	27	22	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28902045--28902262	79	2.7	80	82	7	248	26	27	21	24	1.99
28910131--28910313	79	2.3	81	85	7	241	25	27	22	24	2.00
28910111--28910313	40	5.1	40	82	7	245	25	28	22	24	1.99
28917683--28917860	27	6.6	27	85	3	205	29	29	14	26	1.95
28917683--28917860	54	3.3	54	85	3	232	29	29	14	26	1.95
28917704--28917859	81	1.9	82	88	3	235	29	29	14	26	1.95
28925897--28926126	40	5.9	40	82	7	242	28	28	19	23	1.98
28925894--28926067	79	2.2	78	87	5	251	28	28	17	24	1.98
28925894--28926113	79	2.8	79	83	6	211	28	28	18	25	1.98
28928271--28928448	27	6.6	27	82	6	189	29	29	14	26	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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