genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22491947--22491976	3	10.0	3	92	0	51	63	3	0	33	1.11
22492316--22492381	30	2.2	29	84	7	80	40	1	3	54	1.25
22494286--22494327	21	2.0	21	100	0	84	28	14	0	57	1.38
22494646--22494699	24	2.2	24	83	6	65	40	5	0	53	1.24
22496450--22496494	3	15.0	3	100	0	90	0	33	0	66	0.92
22498137--22498171	3	11.7	3	100	0	70	0	31	0	68	0.90
22502513--22502739	48	4.9	48	70	17	174	25	18	25	30	1.98
22509047--22509074	9	3.1	9	100	0	56	64	10	10	14	1.50
22512508--22513607	366	3.0	366	97	1	2060	25	18	21	35	1.96
22515142--22515171	10	3.0	10	95	0	51	26	0	10	63	1.26
22523167--22523205	19	2.1	19	85	0	51	2	38	25	33	1.70
22543897--22543930	17	2.0	17	100	0	68	41	23	5	29	1.78
22544133--22544281	43	3.5	43	76	6	133	28	25	18	26	1.98
22544125--22544244	43	2.8	43	82	2	143	27	24	20	27	1.99
22546001--22546028	8	3.5	8	100	0	56	28	10	14	46	1.78
22549524--22549673	27	5.5	27	76	7	126	40	18	9	32	1.82
22549518--22549673	54	2.9	53	81	4	170	39	18	8	33	1.82
22549671--22549806	27	5.0	27	83	0	173	28	22	8	40	1.84
22549671--22550042	54	6.9	54	74	6	223	33	19	8	37	1.83
22549794--22550205	27	15.2	27	72	7	145	36	19	8	34	1.83
22550193--22550249	27	2.1	27	83	6	71	49	24	12	14	1.77
22550215--22550298	27	3.1	27	80	10	82	42	20	17	19	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22550238--22550301	27	2.4	27	86	5	85	37	17	23	21	1.94
22550999--22551073	20	3.8	20	84	10	86	38	9	17	34	1.82
22551123--22551296	26	6.8	26	92	2	264	27	23	22	26	2.00
22551123--22551309	51	3.7	51	89	3	281	28	22	22	26	1.99
22551443--22551533	42	2.2	42	87	0	128	29	13	20	36	1.91
22551557--22551658	31	3.3	31	94	0	168	32	16	23	27	1.96
22555691--22555763	36	2.0	36	100	0	146	47	5	27	19	1.71
22564256--22564549	50	5.8	50	81	2	320	26	17	25	31	1.97
22564314--22564389	24	3.1	24	67	20	57	25	14	26	34	1.94
22564302--22564538	101	2.4	100	84	0	312	26	16	25	31	1.97
22564264--22564584	151	2.1	152	83	1	401	26	16	26	30	1.97
22567547--22567595	25	2.0	25	83	0	62	36	20	12	30	1.89
22567626--22567681	11	5.6	10	75	12	53	37	10	17	33	1.85
22567644--22567681	20	1.9	20	94	0	67	39	10	18	31	1.85
22567727--22567795	25	2.8	25	95	2	122	26	27	21	24	1.99
22567727--22567822	25	4.0	23	85	8	93	29	25	19	26	1.99
22575635--22575693	19	3.3	19	68	18	63	30	25	0	44	1.55
22575632--22575700	34	2.0	34	100	0	138	28	27	0	43	1.55
22577554--22577683	47	2.8	46	78	15	151	26	19	30	23	1.98
22585134--22585254	47	2.6	46	81	15	142	26	20	30	22	1.98
22586171--22586282	54	2.1	54	89	0	170	26	28	32	12	1.93
22586951--22587004	20	2.7	20	94	0	90	18	22	3	55	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22593075--22593148	20	3.7	20	81	0	94	20	21	6	51	1.70
22596483--22596573	42	2.1	43	82	6	105	43	23	8	24	1.81
22603327--22603406	40	2.0	41	85	9	110	16	37	22	23	1.93
22607643--22607815	46	3.7	46	80	14	221	21	20	28	30	1.98
22607640--22607810	93	1.8	93	96	2	317	21	20	29	29	1.98
22623971--22624003	16	2.1	16	100	0	66	39	0	36	24	1.56
22625146--22625205	27	2.2	27	88	5	86	40	18	23	18	1.92
22631651--22631696	24	2.0	23	86	4	65	6	17	17	58	1.59
22631660--22631690	16	1.9	16	93	0	53	6	19	16	58	1.59
22633701--22633877	27	6.6	26	80	7	169	26	16	28	28	1.97
22633702--22633857	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
22633701--22633877	55	3.3	53	82	7	205	26	16	28	28	1.97
22641858--22642013	27	5.7	27	79	6	145	27	16	28	28	1.97
22641857--22642034	27	6.6	27	74	12	116	28	15	28	27	1.96
22641856--22642013	82	2.0	80	82	3	183	27	16	27	27	1.97
22650440--22650475	17	2.1	17	100	0	72	41	11	5	41	1.64
22661603--22661668	24	2.7	24	97	2	123	30	50	3	16	1.61
22670679--22670720	19	2.2	19	87	8	59	66	2	2	28	1.16
22680664--22681260	47	12.6	47	91	2	942	33	8	29	29	1.86
22680664--22681260	96	6.3	94	92	1	942	33	8	29	29	1.86
22680664--22681260	143	4.2	143	93	2	990	33	8	29	29	1.86
22682711--22682942	40	5.8	40	91	0	365	24	21	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22686936--22687436	47	10.6	47	92	2	797	33	7	29	29	1.85
22686936--22687436	143	3.5	141	94	1	858	33	7	29	29	1.85
22686936--22687436	190	2.6	191	92	2	825	33	7	29	29	1.85
22689872--22689949	23	3.3	24	84	10	74	33	17	20	28	1.96
22689884--22689949	23	2.8	23	88	6	89	36	13	21	28	1.91
22689892--22689962	22	3.2	22	84	7	90	35	12	22	29	1.91
22693055--22693140	45	1.9	44	85	2	118	26	13	23	36	1.93
22695300--22695342	21	2.0	21	90	0	68	20	11	4	62	1.46
22702196--22702419	40	5.7	40	83	6	251	25	27	21	24	1.99
22702196--22702419	79	2.8	79	83	7	274	25	27	21	24	1.99
22703191--22703220	12	2.5	12	100	0	60	33	43	6	16	1.74
22703559--22703677	55	2.1	56	96	1	222	22	24	8	44	1.80
22709882--22710106	40	5.7	40	82	5	242	26	27	20	24	1.99
22709882--22710106	79	2.8	79	81	5	229	26	27	20	24	1.99
22709884--22710106	119	1.9	120	81	6	274	26	27	21	25	1.99
22711238--22711410	56	3.1	56	97	0	319	21	23	8	45	1.79
22715202--22715570	184	2.0	184	95	0	666	31	17	15	34	1.92
22738193--22738247	27	2.0	27	96	0	101	45	7	27	20	1.77
22738366--22739143	301	2.6	301	92	0	1259	36	9	18	35	1.84
22739240--22739264	13	1.9	13	100	0	50	40	8	16	36	1.77
22740330--22740505	52	3.5	50	84	7	205	27	15	29	26	1.96
22751039--22751126	16	5.4	16	72	17	65	57	1	3	37	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22751722--22751761	20	2.0	21	85	5	55	27	0	7	65	1.20
22758743--22758776	17	2.0	17	88	0	50	41	11	11	35	1.78
22762466--22762494	14	2.1	14	100	0	58	55	6	6	31	1.53
22772162--22772213	26	2.0	26	100	0	104	26	26	11	34	1.91
22776270--22776333	31	2.1	31	84	0	83	26	21	15	35	1.94
22776540--22776668	24	5.4	24	93	2	206	27	22	20	29	1.99
22776540--22776668	47	2.7	48	91	3	206	27	22	20	29	1.99
22776719--22776783	20	3.2	20	93	0	112	32	21	12	33	1.90
22776719--22776772	11	5.3	11	70	17	53	31	20	12	35	1.90
22782324--22782488	35	4.7	35	83	1	206	31	12	24	31	1.92
22784830--22784917	40	2.3	38	86	7	117	45	15	14	23	1.84
22789047--22789077	16	1.9	16	93	0	53	32	6	6	54	1.51
22789182--22789214	17	1.9	17	93	0	57	27	6	9	57	1.53
22789535--22789577	12	3.7	12	78	6	52	25	2	4	67	1.22
22789535--22789583	23	2.1	23	96	0	89	24	4	6	65	1.33
22790995--22791044	24	2.1	24	100	0	100	36	16	12	36	1.85
22793495--22793550	28	2.0	28	100	0	112	35	7	14	42	1.73
22793761--22794147	131	2.9	128	83	4	427	27	18	18	36	1.94
22806256--22806641	131	2.9	130	84	2	459	27	17	19	36	1.94
22810269--22810629	179	2.0	179	97	0	686	31	24	13	30	1.93
22816415--22816458	22	2.0	21	83	12	54	25	15	20	38	1.92
22820377--22820505	48	2.7	47	89	3	195	27	32	17	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22824103--22824132	15	2.0	15	93	0	51	40	36	0	23	1.55
22832048--22832082	18	1.9	18	94	0	61	0	37	0	62	0.95
22832734--22832801	25	2.8	25	82	8	70	17	4	5	72	1.22
22832741--22832816	24	3.2	23	75	7	73	19	3	3	72	1.17
22832818--22832889	22	3.3	21	79	9	72	44	1	4	50	1.30
22832854--22832924	35	2.0	35	89	5	108	39	1	1	57	1.16
22832882--22832949	21	3.2	21	81	8	68	44	0	2	52	1.16
22832995--22833054	10	6.4	9	73	19	52	36	0	1	61	1.06
22833102--22833190	30	2.9	29	75	18	74	41	2	2	53	1.25
22834565--22834609	13	3.3	14	77	22	51	60	0	4	35	1.17

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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