genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.299.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   

This is table  299  of  343  ( 41150 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97979597--97979644	14	3.5	13	74	20	53	39	2	8	50	1.44
97979610--97979659	14	3.6	14	78	10	66	38	4	4	54	1.38
97979596--97979659	28	2.3	28	97	2	121	37	3	6	53	1.42
97981355--97981615	127	2.1	127	93	0	450	29	17	16	36	1.91
97981579--97981652	37	2.0	37	100	0	148	40	13	2	43	1.58
97981452--97981756	164	1.9	164	86	2	443	31	16	14	37	1.89
97982518--97982622	52	2.0	52	94	0	183	38	26	0	34	1.63
97983050--97983110	29	2.1	29	90	0	95	45	21	8	24	1.78
97997890--97997937	20	2.5	20	86	3	62	64	2	6	27	1.28
97999803--97999865	6	10.7	6	83	8	76	80	0	3	15	0.83
98006246--98006293	20	2.5	20	86	3	62	64	2	6	27	1.28
98007573--98007635	28	2.2	29	91	5	101	34	28	4	31	1.78
98008122--98008186	31	2.1	31	91	0	103	50	10	13	24	1.74
98009516--98009634	57	2.1	57	83	0	157	29	42	3	25	1.71
98011877--98011913	14	2.6	14	86	0	56	45	40	2	10	1.53
98011898--98011961	28	2.2	28	86	2	83	48	37	0	14	1.44
98011859--98011952	43	2.2	40	78	16	93	52	35	1	11	1.45
98012482--98012516	16	2.1	17	89	5	54	51	8	0	40	1.33
98014287--98014343	26	2.2	26	84	12	73	40	5	1	52	1.34
98014798--98014906	51	2.1	51	94	0	191	32	20	18	29	1.96
98017265--98017346	41	2.0	41	82	0	101	29	17	21	31	1.96
98017321--98017386	33	2.0	33	85	5	89	33	19	25	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98035103--98035155	22	2.3	24	81	12	67	41	13	11	33	1.80
98035118--98035250	65	2.0	65	100	0	266	35	27	7	29	1.84
98036438--98036464	14	1.9	14	100	0	54	88	0	0	11	0.50
98044762--98044858	20	4.8	20	73	11	81	46	13	7	32	1.70
98044769--98044856	40	2.2	41	84	8	110	46	13	7	31	1.72
98047771--98047803	17	1.9	17	88	11	50	45	9	9	36	1.68
98048326--98048366	18	2.2	20	86	8	59	65	2	9	21	1.34
98057875--98057916	18	2.3	18	84	11	59	35	0	7	57	1.26
98057873--98057945	20	3.8	19	79	15	71	32	0	4	63	1.14
98057900--98057957	10	6.2	10	76	9	52	31	0	1	67	1.01
98057912--98057954	17	2.6	16	79	13	52	27	0	0	72	0.85
98060806--98060848	13	3.1	14	84	12	54	60	0	0	39	0.97
98065964--98066014	25	2.0	25	100	0	102	49	7	7	35	1.61
98067084--98067113	6	5.0	6	91	0	51	20	16	13	50	1.78
98072590--98072649	31	1.9	31	86	0	84	68	3	5	23	1.24
98073706--98073805	19	5.0	21	77	17	88	38	16	9	37	1.80
98073732--98073805	19	3.9	19	92	3	132	35	16	10	37	1.83
98073725--98073805	37	2.2	38	89	8	132	34	17	9	38	1.83
98073924--98073962	21	1.9	20	89	5	60	10	0	15	74	1.07
98074155--98074428	45	6.1	45	78	8	297	25	27	15	31	1.96
98074169--98074337	89	1.9	89	93	2	295	26	28	13	30	1.94
98074368--98074662	78	3.8	78	89	2	441	25	23	18	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98083216--98083253	20	1.9	20	89	10	60	73	0	0	26	0.83
98083544--98083632	19	4.8	19	91	8	157	38	14	10	37	1.80
98083544--98083632	35	2.4	37	90	9	155	38	14	10	37	1.80
98083751--98083787	19	1.9	19	88	0	56	10	2	13	72	1.21
98085914--98086072	44	3.7	42	76	11	142	27	21	25	25	1.99
98085970--98086080	42	2.6	42	72	14	102	27	21	25	25	1.99
98089362--98089403	18	2.3	18	87	4	57	64	0	0	35	0.94
98091124--98091302	91	2.0	91	81	8	213	30	22	13	32	1.93
98094605--98094798	3	63.0	3	67	17	60	28	7	4	59	1.45
98094603--98094675	19	3.8	19	74	0	74	31	5	0	63	1.17
98094644--98094798	22	6.8	22	64	21	68	27	7	5	58	1.49
98094736--98094805	19	3.7	19	73	16	65	32	7	1	58	1.34
98094751--98094794	16	2.8	16	89	6	63	29	9	0	61	1.27
98095201--98095242	12	3.5	12	80	0	57	40	7	0	52	1.29
98099493--98099547	19	2.9	19	78	10	58	30	3	1	63	1.22
98099476--98099577	21	5.1	19	71	13	62	30	2	2	63	1.24
98099604--98099643	20	2.0	20	85	14	55	27	2	0	70	1.01
98099606--98099644	18	2.1	18	85	4	51	28	2	0	69	1.02
98101114--98101241	41	3.2	40	78	6	123	42	17	19	21	1.90
98101336--98101454	45	2.6	45	78	10	132	51	30	0	18	1.47
98102292--98102811	230	2.3	228	80	4	573	24	15	23	36	1.93
98102282--98102814	114	4.6	114	78	8	501	24	14	23	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98102887--98103016	59	2.2	59	84	2	163	22	36	3	37	1.70
98105368--98105398	9	3.4	9	90	0	53	51	19	0	29	1.47
98105401--98105430	13	2.3	13	100	0	60	53	10	0	36	1.35
98105376--98105586	56	3.8	56	91	3	352	48	17	0	33	1.51
98105376--98105586	113	1.9	112	93	3	361	48	17	0	33	1.51
98105355--98105599	113	2.2	107	83	10	348	48	16	0	34	1.50
98105540--98105660	9	13.6	9	71	12	63	42	20	2	33	1.65
98105557--98105643	36	2.5	36	84	3	124	45	18	2	33	1.62
98111235--98111312	21	3.9	20	78	20	67	29	20	48	1	1.57
98111223--98111298	21	3.6	21	83	13	102	31	19	48	0	1.49
98111666--98111851	43	4.3	43	89	1	266	21	26	25	25	1.99
98112243--98112276	16	2.2	16	89	5	52	20	2	0	76	0.92
98112471--98112515	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92
98115020--98115096	20	3.7	20	86	8	109	40	0	1	58	1.06
98115028--98115095	22	3.1	22	93	6	113	41	0	0	58	0.98
98115265--98115309	21	2.0	21	83	8	54	35	2	8	53	1.45
98115711--98115831	3	40.7	3	72	14	72	32	6	3	57	1.40
98117669--98117801	3	44.7	3	73	15	89	32	6	3	58	1.37
98118575--98119009	131	3.3	131	81	5	459	34	19	19	26	1.96
98126930--98126998	22	3.1	22	70	10	61	55	0	8	36	1.31
98128646--98128712	30	2.2	29	80	17	75	53	0	1	44	1.09
98151600--98151660	12	5.1	12	75	0	68	14	8	8	68	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98156148--98156278	63	2.1	63	86	2	183	25	21	27	25	1.99
98157338--98157387	24	2.1	23	88	3	73	44	12	6	38	1.66
98157708--98157746	20	2.0	20	95	5	71	33	0	10	56	1.33
98157710--98157756	17	2.6	18	86	10	60	34	0	6	59	1.23
98157709--98157783	19	3.7	21	81	10	77	29	2	4	64	1.26
98157729--98157803	21	3.7	19	79	12	69	26	4	1	68	1.16
98157839--98157878	20	2.0	20	85	14	55	27	2	0	70	1.01
98157841--98157888	18	2.7	18	83	6	53	29	4	0	66	1.10
98160779--98160831	23	2.3	23	87	3	72	75	5	1	16	1.08
98161180--98161239	26	2.4	24	83	8	75	68	3	0	28	1.05
98161226--98161268	21	2.0	22	90	4	70	74	6	0	18	1.04
98164702--98164742	6	6.5	6	83	10	55	0	19	2	78	0.87
98164705--98164742	20	1.9	20	94	0	67	0	21	2	76	0.91
98165369--98165419	24	2.1	24	85	7	68	29	0	1	68	1.00
98166656--98166777	63	2.0	59	82	9	147	38	3	9	48	1.53
98169182--98169239	14	4.1	14	82	12	75	48	0	6	44	1.29
98169182--98169239	28	2.1	28	87	12	84	48	0	6	44	1.29
98190317--98190447	43	3.0	43	90	0	199	32	26	21	19	1.97
98203824--98203873	18	2.8	18	100	0	100	48	0	10	42	1.37
98204268--98204338	38	1.9	38	83	8	94	47	0	5	46	1.26
98204477--98204568	46	2.0	44	83	8	114	39	23	5	31	1.78
98204547--98204597	16	3.2	16	86	10	77	25	31	7	35	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98211194--98211245	20	2.5	21	81	12	63	34	0	7	57	1.27
98211237--98211267	11	2.8	11	100	0	62	25	6	0	67	1.14
98213349--98213530	46	4.0	46	86	1	231	39	13	24	22	1.90
98215295--98215357	30	2.1	30	91	5	101	58	11	4	25	1.51
98218131--98218262	47	2.8	48	87	1	176	20	18	30	31	1.96
98219952--98219991	22	1.9	22	85	10	57	32	2	17	47	1.61
98220430--98220565	63	2.2	64	84	5	179	36	5	6	51	1.50
98220660--98220717	29	2.0	30	86	3	82	32	12	15	39	1.84
98220780--98220829	23	2.2	23	88	0	73	42	2	8	48	1.44
98223836--98223875	21	1.9	21	89	0	62	27	2	2	67	1.16

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343