genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.243.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80432188--80432290	42	2.5	40	78	10	109	27	22	25	25	2.00
80440468--80440561	42	2.3	41	85	9	120	26	20	25	27	1.99
80440447--80440616	41	4.2	40	72	18	143	23	21	27	28	1.99
80447781--80447952	42	4.1	42	80	5	172	35	24	20	19	1.96
80452108--80452152	22	2.0	22	95	0	81	44	17	24	13	1.85
80458417--80458677	46	5.6	47	75	17	181	25	24	19	30	1.98
80462056--80462512	47	9.7	47	95	0	783	32	8	30	28	1.87
80462103--80462181	25	3.3	25	61	10	65	32	5	29	32	1.79
80462631--80462709	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
80464542--80464883	40	8.6	40	85	3	302	24	21	28	25	1.99
80467769--80467991	47	4.7	47	91	1	331	32	8	30	27	1.88
80467816--80467894	25	3.3	25	61	10	65	32	5	29	32	1.79
80468110--80468188	37	2.1	37	88	0	113	25	18	29	26	1.98
80472635--80472684	20	2.5	20	100	0	100	22	24	34	20	1.97
80474745--80474918	46	3.8	46	92	0	267	29	27	21	21	1.99
80478930--80479062	45	3.0	43	80	11	128	22	15	27	34	1.94
80482180--80482240	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
80486613--80486673	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
80489250--80489279	8	3.9	8	91	8	53	40	46	0	13	1.43
80489250--80489279	15	1.9	16	93	6	53	40	46	0	13	1.43
80489535--80489574	21	1.9	21	85	10	55	10	0	27	62	1.27
80489818--80489878	7	8.7	7	81	13	63	19	0	40	39	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80489827--80489878	21	2.5	21	90	0	86	19	0	40	40	1.51
80490065--80490373	123	2.5	123	88	4	448	34	14	25	25	1.94
80490065--80490448	123	3.1	123	83	3	384	33	15	24	26	1.95
80491713--80491749	5	7.4	5	100	0	74	40	18	0	40	1.51
80492047--80492095	15	3.1	17	80	14	59	10	24	16	48	1.76
80493138--80493500	105	3.4	105	93	2	611	33	5	4	56	1.44
80493771--80493886	18	6.8	18	69	13	84	48	15	0	35	1.51
80493824--80493886	9	7.0	9	81	0	72	47	14	1	36	1.54
80498965--80498993	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
80499788--80499909	43	2.8	43	75	8	122	28	27	13	30	1.95
80500351--80500408	28	2.1	28	100	0	116	20	18	17	43	1.89
80504293--80504468	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
80504290--80504461	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
80511807--80511982	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
80511804--80511975	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
80516641--80516693	25	2.1	25	85	0	70	28	11	15	45	1.80
80519304--80519427	40	3.1	40	91	0	212	21	18	29	29	1.97
80527797--80527971	40	4.4	40	89	0	269	20	18	30	29	1.97
80527797--80527995	80	2.5	80	84	1	211	22	20	29	28	1.98
80530810--80531307	125	4.0	125	90	0	753	28	16	17	37	1.91
80530814--80531308	251	2.0	250	90	0	783	28	16	16	38	1.91
80531172--80531651	240	2.0	236	94	1	843	35	16	12	36	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80531725--80531766	22	1.9	22	100	0	84	42	14	0	42	1.45
80531747--80531821	34	2.2	35	85	2	98	46	13	0	40	1.43
80531873--80531951	35	2.3	34	82	2	86	44	25	2	27	1.67
80537711--80537772	30	2.1	30	82	17	76	29	16	8	46	1.75
80537933--80538011	25	3.2	25	80	7	88	31	17	24	26	1.97
80537970--80538037	25	2.7	26	76	17	72	33	22	22	22	1.97
80541560--80541686	42	3.0	42	77	6	132	42	18	23	15	1.88
80541555--80541623	21	3.3	21	75	0	57	40	20	24	14	1.90
80541789--80541855	24	2.8	24	90	0	107	20	29	7	41	1.80
80551215--80551261	25	1.9	25	86	4	69	25	23	14	36	1.93
80554050--80554237	40	4.7	40	89	3	281	26	26	22	25	2.00
80560969--80561016	20	2.4	21	82	10	64	29	0	27	43	1.55
80578953--80578989	15	2.4	15	90	4	56	27	0	24	48	1.51
80580620--80580658	19	2.0	20	85	5	53	33	0	20	46	1.51
80589698--80589812	27	4.3	26	85	5	140	36	23	22	17	1.95
80589698--80589812	54	2.1	54	87	3	160	36	23	22	17	1.95
80591420--80591529	26	4.2	26	97	0	184	36	24	5	33	1.79
80595468--80595582	27	4.3	26	87	5	149	36	23	23	16	1.94
80595468--80595582	54	2.1	54	88	3	169	36	23	23	16	1.94
80597197--80597306	26	4.2	26	95	0	175	35	24	6	33	1.81
80600709--80600941	40	5.8	40	89	1	344	22	24	29	23	1.99
80610518--80610550	14	2.5	13	90	9	57	72	0	9	18	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80611934--80612001	27	2.5	27	100	0	136	14	13	26	45	1.82
80619847--80619885	10	3.7	10	80	12	51	58	2	0	38	1.12
80622817--80622848	13	2.4	14	94	5	57	75	0	0	25	0.81
80626043--80626069	8	3.4	8	100	0	54	40	0	0	59	0.98
80630192--80630235	19	2.2	21	84	8	56	45	6	11	36	1.67
80633355--80633405	18	2.7	19	81	9	59	54	5	1	37	1.36
80633364--80633410	18	2.6	18	86	6	60	51	4	2	42	1.33
80637072--80637114	17	2.6	17	81	3	52	41	20	4	32	1.73
80641884--80641923	19	2.0	20	85	4	55	77	2	12	7	1.07
80643916--80643958	21	2.1	21	87	8	63	16	4	23	55	1.59
80645758--80645802	23	2.0	23	100	0	90	40	4	37	17	1.70
80648687--80648723	19	1.9	20	88	5	58	48	8	10	32	1.67
80657418--80657464	22	2.1	22	96	0	85	25	19	8	46	1.77
80661271--80661312	21	2.0	22	85	4	59	69	2	2	26	1.13
80669100--80669133	18	1.9	17	88	5	50	79	0	14	5	0.91
80669176--80669250	19	4.0	19	83	10	59	69	0	2	28	1.02
80669172--80669246	6	12.0	6	85	5	60	70	0	2	26	1.00
80669208--80669250	3	14.0	3	90	4	68	65	0	2	32	1.06
80681790--80681952	46	3.5	46	80	9	143	27	18	29	24	1.98
80701757--80701936	96	1.9	96	86	4	256	23	31	17	27	1.97
80701712--80701946	48	4.9	48	78	2	222	25	30	17	26	1.97
80703961--80704009	23	2.1	23	81	7	55	30	24	10	34	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80708668--80708725	30	2.0	29	83	10	73	55	31	1	12	1.47
80709360--80709594	48	4.9	48	79	2	238	23	29	19	27	1.98
80713968--80714035	31	2.2	31	86	0	91	36	14	7	41	1.74
80725098--80725280	79	2.3	81	82	7	214	24	22	27	25	2.00
80725099--80725282	40	4.6	39	81	9	194	24	22	28	25	1.99
80725151--80725305	79	2.0	79	82	7	190	25	20	27	25	1.99
80736021--80736058	20	1.9	20	89	10	60	47	15	21	15	1.82
80742782--80742815	13	2.4	14	90	9	52	67	0	2	29	1.05
80743787--80743829	22	1.9	23	85	4	61	20	6	0	72	1.08
80744047--80744088	17	2.5	17	92	0	66	42	2	7	47	1.43
80744064--80744117	23	2.3	23	87	0	72	37	3	7	51	1.48
80745644--80745668	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
80761179--80761304	63	2.0	63	95	0	225	38	17	4	38	1.71
80761416--80761446	14	2.2	14	94	0	53	38	9	12	38	1.77
80762831--80762896	25	3.0	21	73	16	69	54	13	1	30	1.48
80762870--80762930	32	1.9	32	86	0	86	57	16	1	24	1.48
80766674--80766725	25	2.0	26	85	3	70	69	1	13	15	1.28
80776053--80776098	18	2.8	18	84	15	64	0	30	41	28	1.56
80778838--80778951	56	2.0	56	98	0	219	34	14	20	30	1.93
80782236--80782274	20	1.9	21	89	5	62	66	2	0	30	1.05
80782376--80782430	23	2.4	24	77	22	64	54	10	0	34	1.36
80782948--80783009	5	12.4	5	100	0	124	59	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80783037--80783075	19	2.0	20	90	5	62	33	7	5	53	1.51
80783551--80784190	325	2.0	325	88	2	946	29	14	30	25	1.95
80789923--80789970	23	2.1	23	100	0	96	39	18	16	25	1.91
80791971--80792021	20	2.7	19	82	14	54	41	0	21	37	1.54
80793987--80794057	24	3.0	24	82	12	76	19	14	33	32	1.92
80793997--80794067	24	3.0	24	87	0	88	21	12	32	33	1.91
80795846--80795967	47	2.6	44	82	12	138	28	17	29	24	1.97
80795891--80796197	142	2.2	140	81	9	354	27	17	29	26	1.98
80799569--80799676	51	2.1	51	82	0	126	41	16	11	30	1.83
80805554--80805592	21	2.0	20	85	10	53	30	5	20	43	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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