genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110302803

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22197607--22197736	43	3.0	43	80	10	133	33	24	14	26	1.94
22201699--22201729	14	2.3	13	94	5	53	25	0	3	70	1.02
22202835--22202879	22	2.0	22	100	0	90	44	22	13	20	1.85
22205414--22205456	21	2.0	21	90	0	68	11	4	37	46	1.61
22208913--22208965	3	17.7	3	96	0	97	33	1	0	64	1.05
22214877--22214925	25	2.0	25	84	8	64	53	20	12	14	1.73
22219233--22219462	41	5.6	41	83	5	295	24	20	26	28	1.99
22219233--22219462	82	2.8	82	88	3	338	24	20	26	28	1.99
22219572--22219603	15	2.1	15	94	0	55	59	6	3	31	1.38
22219831--22219882	21	2.4	21	78	9	52	25	0	26	48	1.52
22219902--22219994	22	4.2	21	78	8	87	20	0	39	39	1.53
22219906--22220043	7	19.1	7	69	11	64	21	0	37	39	1.59
22221319--22221720	201	2.0	201	99	0	795	29	11	21	37	1.88
22222325--22222370	23	2.0	23	100	0	92	26	8	30	34	1.86
22224411--22224452	21	2.0	21	100	0	84	47	4	19	28	1.69
22225442--22225484	22	1.9	23	85	4	61	58	4	0	37	1.19
22225519--22225701	42	4.3	43	88	3	255	25	18	28	27	1.98
22228427--22228467	19	2.0	21	90	9	68	26	9	7	56	1.58
22230176--22230214	1	39.0	1	84	0	51	92	0	7	0	0.39
22230176--22230218	16	2.7	16	89	7	61	90	0	9	0	0.45
22230176--22230214	19	2.1	18	95	4	69	92	0	7	0	0.39
22230227--22230266	20	2.0	20	90	0	62	52	10	5	32	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22235322--22235352	15	2.0	16	93	6	55	54	0	0	45	0.99
22238092--22238164	36	2.0	36	100	0	146	34	21	16	27	1.95
22240857--22241166	46	6.6	48	75	10	214	27	19	28	23	1.98
22244576--22244668	42	2.2	42	98	0	177	22	32	22	22	1.98
22251538--22251856	46	6.7	50	78	12	293	26	18	30	24	1.98
22251538--22251856	99	3.4	97	78	12	315	26	18	30	24	1.98
22264931--22265053	47	2.6	47	93	0	210	26	24	12	37	1.90
22265191--22265275	44	1.9	44	83	4	109	24	24	12	37	1.91
22270313--22270471	43	3.7	42	78	7	151	30	24	19	25	1.98
22277282--22277357	33	2.3	33	100	0	152	36	21	2	39	1.67
22278043--22278157	44	2.6	42	77	9	106	30	23	20	25	1.99
22283032--22283078	16	2.6	19	77	16	55	34	2	8	55	1.42
22283346--22283453	35	3.1	34	76	12	94	24	17	21	37	1.94
22283292--22283468	71	2.5	71	77	3	176	24	20	20	34	1.96
22294251--22294283	15	2.2	15	89	10	50	60	12	0	27	1.32
22295367--22295444	41	1.9	40	84	2	102	50	15	5	29	1.65
22296098--22296133	18	1.9	19	94	5	65	22	36	19	22	1.95
22299273--22299303	4	8.0	4	92	7	55	77	0	0	22	0.77
22300061--22300251	63	3.0	63	86	2	285	23	4	18	53	1.63
22300191--22300312	38	3.3	35	77	13	113	27	3	14	54	1.55
22300061--22300314	126	2.0	126	80	12	281	24	4	17	53	1.63
22300214--22300314	38	2.9	34	84	10	123	26	3	14	54	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22310647--22310698	27	1.9	27	88	0	77	21	9	44	25	1.82
22311826--22311871	23	2.0	23	100	0	92	21	17	17	43	1.88
22314086--22314159	21	3.5	20	85	3	76	18	25	36	18	1.94
22314101--22314161	21	2.9	21	95	0	104	16	22	39	21	1.92
22315706--22315770	30	2.2	30	97	0	121	40	10	3	46	1.54
22319431--22319469	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
22319588--22319616	8	3.6	8	100	0	58	24	13	27	34	1.93
22319703--22319800	23	4.3	23	93	2	171	20	20	26	32	1.97
22319703--22319800	45	2.2	46	92	3	171	20	20	26	32	1.97
22326800--22326838	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
22326957--22326985	8	3.6	8	100	0	58	24	13	27	34	1.93
22327072--22327168	23	4.3	23	89	5	162	20	20	26	31	1.97
22327072--22327161	44	2.0	44	95	0	162	20	21	26	32	1.97
22330383--22330420	11	3.5	11	80	20	53	65	7	0	26	1.19
22330380--22330421	21	2.0	21	100	0	84	66	9	0	23	1.21
22333020--22333062	21	2.0	21	100	0	86	39	13	23	23	1.90
22339772--22339825	28	1.9	28	88	0	81	38	18	3	38	1.69
22339994--22340135	18	7.9	18	79	0	131	35	15	11	38	1.83
22339986--22340135	36	4.2	36	80	0	174	34	15	11	38	1.83
22339994--22340135	54	2.6	54	88	0	203	35	15	11	38	1.83
22340523--22340557	17	2.0	18	88	5	54	37	11	2	48	1.54
22341357--22341397	19	2.1	20	90	4	66	0	26	2	70	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22341481--22341522	15	2.6	16	85	14	52	50	9	0	40	1.35
22343632--22343739	18	5.9	18	78	4	110	41	16	8	33	1.78
22343772--22343823	18	2.8	19	73	5	61	50	11	7	30	1.67
22343950--22344065	53	2.2	53	84	0	151	43	21	16	18	1.88
22347067--22347105	19	2.1	19	100	0	78	25	0	0	74	0.82
22349373--22349423	17	3.1	17	77	8	52	50	0	1	47	1.12
22353794--22353829	18	2.0	18	100	0	72	44	16	5	33	1.71
22357681--22357773	48	2.0	47	89	2	141	27	13	21	36	1.92
22357778--22357874	41	2.3	41	83	1	113	22	15	30	30	1.95
22367471--22367573	43	2.4	43	77	1	100	31	23	16	29	1.96
22371885--22371959	39	1.9	39	100	0	150	25	5	26	42	1.76
22377096--22377139	19	2.3	19	96	0	79	63	13	11	11	1.52
22380691--22380718	11	2.5	11	100	0	56	53	28	7	10	1.62
22384526--22384581	28	2.0	28	92	0	94	30	12	21	35	1.90
22389565--22389589	8	3.1	8	100	0	50	52	0	0	48	1.00
22393516--22393559	24	1.9	22	86	9	61	59	2	0	38	1.10
22395178--22395614	222	2.0	220	90	3	682	32	15	10	41	1.81
22400912--22400953	18	2.3	18	80	8	50	66	4	0	28	1.12
22403255--22403425	46	3.7	46	78	12	197	22	21	27	29	1.99
22403649--22403686	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
22411136--22411173	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
22412273--22412363	42	2.2	42	83	0	119	35	14	23	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22412286--22412423	42	3.3	42	79	2	132	31	14	24	28	1.95
22412595--22412624	15	1.9	16	93	6	53	33	0	26	40	1.57
22420710--22420759	19	2.6	19	79	17	59	36	2	14	48	1.55
22428437--22428700	46	5.6	48	77	11	228	28	17	29	25	1.98
22433539--22433700	42	3.8	42	83	1	180	33	14	24	27	1.94
22437152--22437181	11	2.9	10	90	9	51	20	0	16	63	1.31
22440176--22440213	13	3.0	13	80	3	51	15	0	10	73	1.09
22450992--22451171	52	3.5	51	88	6	249	27	29	15	27	1.96
22475063--22475100	12	3.3	12	85	7	53	5	18	0	76	0.97
22479767--22479801	16	2.3	15	90	5	52	62	2	2	31	1.24
22479952--22480163	23	8.9	25	71	12	99	56	3	6	33	1.43
22480118--22480163	25	1.9	25	86	8	69	60	0	4	34	1.16
22480641--22480737	30	3.2	30	95	0	176	17	6	50	25	1.69
22481391--22481691	88	3.4	88	79	9	332	36	19	14	30	1.91
22481626--22482166	71	7.1	74	80	10	506	33	20	17	28	1.95
22481626--22482166	155	3.6	149	79	13	525	33	20	17	28	1.95
22482103--22482269	88	1.9	87	84	7	221	40	16	14	28	1.88
22482264--22482579	77	4.2	74	82	7	345	33	19	17	30	1.95
22482303--22482645	77	4.4	76	82	9	383	32	20	16	31	1.94
22481840--22482764	416	2.2	408	80	10	1031	36	18	17	28	1.93
22482748--22482792	13	3.4	13	87	6	72	68	6	11	13	1.37
22482584--22482864	100	2.8	101	90	2	406	38	18	18	24	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22482772--22482938	73	2.3	73	87	2	237	34	19	17	28	1.95
22482856--22483024	88	1.9	88	89	7	259	34	18	18	28	1.95
22483810--22483918	44	2.5	44	93	3	184	15	22	16	44	1.85
22489942--22489976	16	2.3	15	90	5	52	62	2	2	31	1.24
22490088--22490147	23	2.9	20	70	15	59	56	5	6	31	1.47
22490125--22490211	25	3.6	23	77	13	86	57	5	5	31	1.46
22490203--22490263	15	4.1	14	72	19	52	57	1	4	36	1.30
22490211--22490340	23	5.6	24	75	7	99	54	3	6	35	1.43
22490295--22490340	25	1.9	25	86	8	69	60	0	4	34	1.16
22490816--22490914	30	3.3	30	91	0	171	18	6	49	26	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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