genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.102.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33130989--33131183	44	4.5	42	80	11	198	30	25	17	25	1.97
33130989--33131183	86	2.3	85	83	7	234	30	25	17	25	1.97
33133320--33133481	41	4.0	40	80	7	128	32	24	16	27	1.96
33133371--33133512	40	3.5	40	84	2	160	33	26	15	25	1.95
33135701--33135858	68	2.3	67	96	0	271	30	14	31	24	1.95
33135735--33135932	68	2.9	67	84	8	192	33	15	29	21	1.94
33143271--33143422	62	2.3	67	90	7	242	30	14	28	25	1.95
33148354--33148444	27	3.4	27	78	6	105	25	20	10	42	1.85
33148397--33148456	26	2.3	26	91	0	102	28	16	11	43	1.83
33148434--33148597	27	6.1	26	72	11	100	42	20	7	29	1.80
33148473--33148597	27	4.6	27	78	5	128	44	20	5	29	1.74
33148448--33148574	54	2.4	54	80	5	132	42	21	7	29	1.79
33148716--33148807	27	3.4	26	83	5	103	34	20	23	20	1.96
33149610--33149757	26	5.8	26	90	0	201	27	21	21	29	1.99
33149909--33149991	42	2.0	42	87	0	121	30	15	16	37	1.90
33150018--33150096	31	2.5	31	93	0	131	29	15	26	29	1.96
33152352--33152417	27	2.4	27	89	0	105	24	22	10	42	1.85
33152352--33152437	27	3.2	26	85	4	102	24	23	10	41	1.85
33152395--33152452	26	2.2	26	84	6	73	25	18	12	43	1.85
33152507--33152850	110	3.1	109	80	4	458	40	17	9	32	1.82
33152432--33152897	27	17.2	27	73	7	255	39	19	9	31	1.84
33152894--33152968	27	2.8	27	84	9	91	33	20	24	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33153762--33153936	26	6.8	26	90	0	264	26	23	22	27	1.99
33153762--33153936	78	2.3	77	93	2	298	26	23	22	27	1.99
33154081--33154168	42	2.1	42	89	0	131	34	13	15	36	1.87
33154196--33154274	31	2.5	31	93	0	131	30	17	25	26	1.97
33156302--33156399	27	3.5	28	84	2	117	29	28	13	28	1.94
33173821--33173859	19	2.1	19	85	9	53	79	0	20	0	0.73
33207998--33208133	47	2.9	47	92	0	218	33	11	29	25	1.91
33208107--33208243	46	3.0	46	86	0	193	35	8	30	25	1.86
33217101--33217328	40	5.7	40	96	0	384	30	20	26	22	1.98
33225778--33226004	40	5.7	40	95	1	375	30	19	26	22	1.98
33225778--33226004	119	1.9	120	91	0	375	30	19	26	22	1.98
33225778--33226004	79	2.8	80	92	1	375	30	19	26	22	1.98
33231875--33232256	188	2.0	187	89	8	591	18	23	17	40	1.91
33234092--33234165	39	1.9	39	88	2	114	24	20	17	37	1.93
33249118--33249260	40	3.6	40	93	1	225	25	29	24	20	1.99
33250518--33250556	10	3.9	10	83	9	53	0	17	0	82	0.68
33266309--33266370	30	2.0	31	96	3	117	37	11	22	29	1.89
33267753--33267791	20	1.9	21	85	15	55	43	0	2	53	1.14
33275083--33275265	46	3.9	46	78	8	174	30	19	28	21	1.98
33282184--33282303	46	2.6	44	85	5	150	28	19	28	24	1.98
33283348--33283387	21	2.0	21	90	5	64	10	32	30	27	1.89
33286941--33286986	19	2.4	19	85	0	65	8	30	34	26	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33287062--33287086	13	1.9	13	100	0	50	0	48	28	24	1.52
33304197--33304599	47	8.6	47	92	3	652	32	7	29	30	1.85
33306015--33306160	43	3.4	43	100	0	292	22	15	35	26	1.94
33306142--33306215	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
33306528--33306763	40	5.9	40	79	4	192	24	22	27	25	2.00
33311035--33311441	47	8.6	47	95	1	706	32	8	29	29	1.87
33311035--33311441	190	2.2	190	95	0	737	32	8	29	29	1.87
33319278--33319303	13	2.0	13	100	0	52	15	30	38	15	1.88
33340307--33340543	39	6.1	39	92	0	393	21	25	29	23	1.99
33351270--33351447	40	4.5	40	92	2	279	24	24	27	24	2.00
33359289--33359466	40	4.5	40	90	0	268	22	23	28	25	1.99
33360929--33360959	14	2.2	14	94	0	53	48	3	0	48	1.17
33364731--33364775	22	2.0	22	91	0	72	28	24	15	31	1.96
33364680--33364824	71	2.0	73	86	2	204	28	25	19	26	1.99
33365060--33365113	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
33366070--33366164	25	3.8	25	88	0	136	28	23	22	26	1.99
33366368--33366595	54	4.2	54	87	2	264	27	21	15	34	1.94
33366396--33366613	27	8.1	27	87	3	305	27	21	17	33	1.95
33366439--33366754	27	11.7	27	83	4	144	29	16	18	36	1.92
33366629--33366778	54	2.8	54	84	2	176	30	9	19	41	1.83
33372679--33372732	27	2.0	27	85	0	72	38	12	7	40	1.72
33376575--33376678	46	2.3	47	88	3	149	31	16	22	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33378762--33378887	45	2.9	45	87	6	170	23	23	28	24	1.99
33378824--33378930	41	2.6	41	83	5	126	29	20	28	21	1.98
33379407--33379439	16	1.9	18	88	11	52	24	15	12	48	1.78
33384130--33384187	23	2.5	22	84	13	73	46	0	3	50	1.18
33386021--33386124	51	2.0	51	94	0	181	43	9	11	35	1.74
33390244--33390305	5	12.4	5	100	0	124	59	0	0	40	0.97
33391550--33391609	26	2.3	26	80	5	77	18	18	21	41	1.90
33391739--33391792	25	2.2	25	83	6	65	27	35	11	25	1.90
33399308--33399377	26	2.7	26	74	10	81	18	22	22	35	1.95
33401439--33401635	82	2.4	82	79	0	232	34	17	27	20	1.95
33401420--33401638	41	5.3	41	77	0	204	33	17	28	21	1.96
33402801--33402858	21	2.7	21	89	2	89	51	1	3	43	1.28
33403352--33403395	22	2.0	22	86	0	61	40	0	15	43	1.47
33407543--33407567	13	1.9	13	100	0	50	24	20	32	24	1.98
33413868--33414273	184	2.2	185	87	2	602	40	7	26	25	1.81
33414610--33414659	18	2.5	20	84	12	68	34	0	6	60	1.21
33414773--33414820	7	7.0	7	92	2	80	41	27	14	16	1.87
33417049--33417093	22	2.0	22	83	8	56	46	4	0	48	1.22
33417907--33417955	26	2.0	26	84	8	66	36	0	8	55	1.30
33422853--33423181	40	8.2	40	98	0	633	25	30	19	24	1.98
33430761--33430890	40	3.2	40	98	0	251	26	30	20	23	1.98
33446657--33446714	29	2.2	25	77	19	64	18	17	24	39	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33452958--33453016	31	1.9	31	86	6	84	37	16	1	44	1.59
33454491--33454773	50	5.6	50	77	3	275	31	27	15	25	1.96
33454542--33454722	101	1.8	100	86	1	263	29	26	17	26	1.97
33454485--33454769	150	1.9	151	86	5	407	31	27	16	24	1.96
33463715--33463755	18	2.2	19	91	4	66	60	2	31	4	1.30
33469573--33469757	40	4.7	40	79	7	191	24	22	27	25	2.00
33469573--33469757	79	2.3	81	81	7	209	24	22	27	25	2.00
33469627--33469790	79	2.1	79	81	6	190	26	21	27	25	1.99
33476199--33476538	41	8.2	41	91	2	504	36	25	19	18	1.95
33482009--33482071	28	2.2	28	85	0	81	17	41	22	19	1.90
33485624--33485682	30	2.0	30	83	6	75	47	13	6	32	1.69
33487384--33487609	43	5.3	43	87	1	235	30	24	21	23	1.98
33487702--33487795	47	2.0	47	97	0	179	48	24	6	20	1.72
33487998--33488037	21	1.9	21	94	0	71	12	30	20	37	1.89
33490626--33490673	25	1.9	25	82	0	60	31	20	16	31	1.95
33490784--33490853	25	2.8	25	91	0	104	27	24	22	25	2.00
33490783--33490880	25	4.0	24	80	11	76	28	23	22	25	1.99
33491074--33491182	31	3.5	31	91	1	175	33	20	26	20	1.97
33495439--33495486	25	1.9	25	86	0	69	31	22	16	29	1.96
33495881--33495985	31	3.4	31	89	1	158	33	19	25	21	1.97
33498604--33498630	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
33507754--33507779	12	2.2	12	100	0	52	30	26	7	34	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33509595--33509750	9	17.6	9	68	13	83	36	1	17	44	1.58
33509609--33509765	36	4.0	41	85	10	165	36	1	16	45	1.56
33509656--33509765	36	3.1	36	95	0	202	35	1	16	46	1.58
33512743--33512767	13	1.9	13	100	0	50	16	32	40	12	1.84
33517552--33517722	23	7.4	23	71	11	118	33	19	22	24	1.97
33517551--33517722	46	3.7	46	84	1	220	33	19	22	24	1.97
33530685--33530720	18	2.0	18	88	0	54	41	11	16	30	1.83
33544774--33545381	96	6.4	94	94	2	1002	32	8	29	29	1.88
33544774--33545381	47	12.7	47	94	2	1002	32	8	29	29	1.88
33545500--33545578	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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