genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.167.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55746818--55746883	34	1.9	34	90	0	105	18	19	25	36	1.94
55750774--55750879	44	2.4	44	82	7	117	33	3	23	39	1.73
55755456--55755575	52	2.3	52	90	5	181	40	22	18	18	1.91
55755456--55755552	26	3.7	26	98	0	185	40	23	16	19	1.91
55755486--55755575	26	3.5	26	90	6	80	41	23	20	15	1.90
55755719--55755772	27	2.0	28	85	7	76	29	18	20	31	1.96
55764247--55764281	8	4.4	8	86	13	54	85	0	0	14	0.59
55767204--55767517	96	3.3	93	75	15	252	25	29	17	27	1.97
55767203--55767567	46	7.7	48	74	12	190	25	29	17	27	1.98
55779157--55779187	16	1.9	16	93	0	53	54	0	3	41	1.16
55779370--55779415	21	2.1	23	84	15	62	30	8	8	52	1.62
55780626--55780663	20	1.9	20	84	10	51	50	21	2	26	1.62
55781634--55782022	190	2.1	190	92	0	636	35	15	20	28	1.94
55783706--55783856	43	3.5	43	89	0	221	25	14	23	35	1.93
55783706--55783899	86	2.3	86	83	3	230	27	15	23	33	1.95
55785391--55785461	33	2.2	33	81	0	79	26	15	18	39	1.90
55793110--55793146	18	2.0	19	85	15	51	67	2	18	10	1.32
55804300--55804517	40	5.5	40	92	3	327	25	28	22	23	1.99
55809947--55810007	20	3.0	20	79	13	61	39	3	1	55	1.26
55810254--55810285	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
55810290--55810347	13	4.8	12	81	14	57	74	0	15	10	1.08
55810306--55810347	4	10.5	4	85	10	50	76	0	16	7	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55812348--55812455	36	2.9	37	91	2	173	27	30	18	23	1.98
55812597--55813166	48	12.0	48	92	2	884	29	26	7	36	1.84
55816771--55817257	40	12.0	40	85	4	652	26	28	21	23	1.99
55816769--55817259	82	6.0	82	93	0	806	26	28	21	23	1.99
55818531--55818676	37	3.9	37	96	0	247	26	31	18	23	1.97
55818817--55819216	48	8.0	48	85	9	514	29	28	6	36	1.81
55819007--55819129	63	2.0	63	96	0	228	30	27	5	36	1.80
55818959--55819177	111	2.0	111	94	0	384	29	26	6	36	1.81
55818911--55819216	159	1.9	159	94	0	540	30	26	6	36	1.81
55822286--55822348	27	2.4	27	97	2	119	50	11	15	22	1.75
55824853--55825070	50	4.4	50	90	2	305	26	11	22	39	1.88
55826293--55826341	23	2.1	23	92	0	80	22	16	24	36	1.94
55826333--55826383	21	2.4	21	86	0	75	15	15	25	43	1.86
55836745--55836779	13	2.7	13	95	0	61	5	22	48	22	1.72
55838936--55839073	68	2.0	68	94	0	240	27	21	6	44	1.76
55843076--55843130	24	2.3	25	78	12	62	20	30	5	43	1.74
55850016--55850191	46	3.8	46	77	4	192	30	28	19	21	1.97
55850024--55850195	93	1.8	93	91	0	281	29	29	19	20	1.97
55855517--55855688	93	1.8	93	91	0	281	27	28	21	22	1.99
55855509--55855685	46	3.8	46	79	4	194	28	27	20	23	1.99
55857600--55857714	43	2.7	43	86	2	142	31	26	16	26	1.97
55864735--55864813	32	2.5	32	93	0	131	27	27	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55872149--55872198	26	1.9	26	100	0	100	32	16	12	40	1.84
55873223--55873494	47	5.8	47	72	13	165	29	18	27	23	1.98
55875089--55875146	30	2.0	30	89	3	91	25	15	24	34	1.95
55876579--55876642	32	2.0	32	96	0	119	29	12	10	46	1.76
55891108--55891137	15	2.0	15	100	0	60	20	26	0	53	1.46
55892125--55892189	24	2.7	24	81	13	71	60	3	1	35	1.22
55912835--55913019	40	4.6	41	85	4	225	23	24	24	27	2.00
55916420--55916517	28	3.5	28	95	1	171	32	28	12	26	1.92
55923205--55923351	79	1.9	80	91	1	242	26	27	21	24	1.99
55923205--55923427	40	5.6	39	83	3	232	26	27	21	24	1.99
55923359--55923436	40	1.9	41	82	10	97	28	26	20	24	1.99
55930600--55930822	40	5.6	39	82	3	223	25	28	21	24	1.99
55930754--55930831	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
55935134--55935284	28	5.4	28	92	1	223	33	28	11	25	1.92
55944024--55944063	20	1.9	22	90	10	66	50	2	10	37	1.50
55944079--55944122	21	2.0	22	83	12	56	54	2	2	40	1.25
55949432--55949459	7	4.0	7	100	0	56	71	14	0	14	1.15
55950303--55950474	43	4.0	43	71	10	138	27	15	25	31	1.95
55968538--55968660	43	2.9	43	85	2	140	26	16	26	30	1.96
55976394--55976475	43	1.9	43	84	0	110	23	15	30	30	1.96
55985112--55985322	43	4.9	43	86	4	291	23	19	29	27	1.98
55985886--55985918	16	1.9	18	88	11	52	18	12	18	51	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55992279--55992529	43	5.8	43	85	1	335	25	18	29	25	1.98
55993094--55993126	16	1.9	18	88	11	52	18	12	18	51	1.76
55996050--55996092	22	2.0	22	85	0	59	6	23	2	67	1.27
55998597--55998818	46	4.8	47	82	9	269	20	21	29	29	1.98
56001752--56001801	15	3.4	15	86	2	66	10	18	12	60	1.59
56004195--56004370	46	3.8	46	82	7	223	19	19	31	28	1.97
56005699--56005810	27	4.1	27	76	7	102	18	22	21	37	1.94
56018917--56018971	23	2.4	23	93	0	92	30	14	27	27	1.95
56020872--56020979	54	2.0	54	96	0	198	32	19	12	36	1.88
56022387--56022488	20	5.1	20	69	13	75	16	30	18	34	1.93
56022387--56022708	40	8.1	40	84	2	369	19	27	16	35	1.94
56022387--56022708	80	4.0	80	83	2	407	19	27	16	35	1.94
56022389--56022708	120	2.7	120	84	4	414	20	28	16	35	1.94
56022443--56022627	20	9.2	20	63	9	72	18	28	16	36	1.92
56026404--56026575	40	4.3	40	88	2	222	25	21	27	25	1.99
56026404--56026575	79	2.2	79	84	3	220	25	21	27	25	1.99
56026431--56026608	79	2.2	80	80	3	191	25	21	28	24	1.99
56033747--56033918	40	4.3	40	88	2	222	25	21	27	25	1.99
56033774--56033951	79	2.2	80	80	3	191	25	21	28	24	1.99
56036060--56036097	18	2.1	19	95	5	69	34	15	7	42	1.76
56040389--56040805	27	15.6	27	78	7	358	38	19	11	30	1.87
56040389--56040779	53	7.3	53	82	5	405	38	19	10	30	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56040389--56040750	132	2.7	132	84	3	469	38	19	10	30	1.86
56040743--56040821	27	2.9	27	86	3	106	36	18	17	26	1.94
56055869--56055994	47	2.7	45	80	16	150	23	30	17	28	1.97
56059101--56059148	22	2.2	22	84	0	60	25	27	12	35	1.92
56063321--56063728	47	8.7	46	72	17	238	23	29	18	27	1.98
56063564--56063728	46	3.5	46	81	9	183	23	29	18	28	1.98
56070710--56070823	43	2.7	43	77	6	117	32	26	16	24	1.96
56079410--56079469	28	2.1	28	90	0	93	28	5	36	30	1.78
56082580--56082687	27	4.0	26	86	10	137	36	22	25	16	1.94
56082580--56082687	54	2.0	54	87	7	157	36	22	25	16	1.94
56088814--56088841	13	2.2	13	100	0	56	35	10	21	32	1.88
56093819--56093858	19	2.1	19	90	4	62	80	0	2	17	0.83
56103598--56103643	16	3.1	16	70	23	55	32	4	15	47	1.65
56109281--56109309	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
56111963--56112129	72	2.3	72	86	5	223	23	14	27	34	1.93
56114267--56114297	16	1.9	16	93	0	53	41	3	12	41	1.59
56132648--56133411	383	2.0	383	99	0	1510	35	19	13	31	1.91
56135826--56135851	13	2.0	13	100	0	52	23	46	0	30	1.53
56141784--56141863	38	2.1	38	88	0	115	20	20	30	30	1.97
56141835--56142023	43	4.4	43	91	1	292	12	22	34	30	1.92
56147329--56147408	38	2.1	38	88	0	115	20	21	28	30	1.98
56147380--56147568	43	4.4	43	91	1	292	13	24	33	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56147885--56147992	45	2.5	42	83	8	119	24	24	25	25	2.00
56152224--56152376	37	4.1	37	93	1	236	26	32	17	22	1.96
56152495--56152954	47	9.7	47	93	1	742	28	30	9	31	1.88
56171703--56171745	18	2.4	18	100	0	86	32	27	11	27	1.92
56172810--56172983	40	4.4	40	85	6	196	25	22	27	24	2.00
56172810--56172950	40	3.5	40	89	3	214	24	21	27	25	2.00
56172810--56172983	79	2.2	78	82	10	192	25	22	27	24	2.00
56180539--56180647	25	4.4	24	68	13	60	36	19	26	17	1.94
56182634--56182799	49	3.4	50	77	8	164	22	29	19	28	1.98
56202205--56202469	40	6.7	40	83	5	252	25	27	21	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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