genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.174.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58237253--58237404	55	2.8	54	83	4	171	27	15	28	28	1.96
58237254--58237404	82	1.8	82	81	2	187	27	15	28	28	1.96
58239660--58239687	13	2.2	13	100	0	56	64	14	7	14	1.48
58240482--58240533	20	2.5	21	81	3	61	40	23	21	15	1.91
58246066--58246127	10	5.9	10	74	10	52	33	32	3	30	1.74
58246066--58246128	21	3.0	21	88	2	90	33	33	3	30	1.74
58253557--58253682	63	2.0	63	96	0	234	17	20	17	44	1.87
58254030--58254207	56	3.2	56	90	0	293	34	23	13	29	1.93
58259388--58259474	40	2.2	40	89	2	129	28	10	11	49	1.72
58259637--58259673	11	3.5	11	89	10	51	21	2	16	59	1.49
58267534--58267563	10	3.0	10	100	0	60	90	0	10	0	0.47
58269583--58269637	15	3.8	14	80	7	65	74	1	21	1	1.01
58279531--58279582	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
58284609--58284784	46	3.8	46	76	14	182	22	20	27	29	1.98
58284606--58284777	93	1.8	93	91	2	283	22	20	27	28	1.99
58290766--58290966	55	3.7	53	80	7	215	34	17	26	21	1.95
58293751--58293787	7	5.3	7	100	0	74	54	16	13	16	1.72
58295792--58295869	34	2.3	33	85	8	104	25	24	23	26	2.00
58305449--58305617	43	4.0	43	78	9	175	34	25	13	27	1.93
58313862--58313914	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
58321211--58321428	40	5.5	40	87	2	280	26	28	22	22	1.99
58324044--58324228	40	4.7	40	84	7	227	23	22	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58324044--58324226	79	2.3	81	85	7	241	24	22	27	25	2.00
58324045--58324261	79	2.7	78	78	12	237	25	21	27	25	2.00
58331285--58331330	10	4.5	10	81	5	56	15	23	21	39	1.92
58331282--58331330	21	2.4	20	89	3	71	14	22	22	40	1.90
58331555--58331579	13	1.9	13	100	0	50	28	0	8	64	1.22
58332764--58332970	46	4.5	46	76	16	171	27	19	29	23	1.98
58335158--58335216	29	2.0	29	96	0	109	33	22	3	40	1.70
58353550--58353622	35	2.1	35	100	0	146	39	19	5	35	1.75
58357995--58358070	40	1.9	40	86	0	107	30	28	17	23	1.97
58361613--58361766	84	1.8	84	82	0	200	32	26	14	25	1.95
58361725--58361910	48	3.9	48	89	4	259	30	21	16	31	1.95
58361594--58361935	48	7.7	42	79	6	177	30	24	16	28	1.96
58361923--58362045	37	3.4	37	83	5	151	26	26	17	28	1.98
58365834--58365893	29	2.1	29	90	0	93	41	28	0	30	1.56
58365840--58365887	15	3.3	15	73	5	53	43	25	0	31	1.55
58367194--58367249	30	1.9	28	85	7	76	53	3	30	12	1.55
58368300--58368384	42	2.0	42	97	0	161	35	15	16	32	1.90
58370526--58370585	29	2.1	29	90	0	93	41	28	0	30	1.56
58370532--58370579	15	3.3	15	73	5	53	43	25	0	31	1.55
58373847--58373950	43	2.4	43	83	1	120	21	18	29	30	1.97
58373876--58373958	43	1.9	43	95	0	148	19	19	31	30	1.96
58375853--58375899	23	2.0	23	91	0	76	17	29	31	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58377319--58377389	15	4.8	14	86	8	97	14	14	15	56	1.68
58377313--58377389	30	2.6	30	89	4	111	15	12	15	55	1.69
58380439--58380543	43	2.5	43	82	4	124	24	15	26	33	1.95
58380513--58380612	51	2.0	51	84	4	130	24	15	26	35	1.94
58382710--58382964	55	4.8	53	78	7	225	36	16	24	22	1.94
58382717--58382917	108	1.8	110	86	4	291	35	15	24	23	1.95
58385747--58385843	30	3.2	30	71	8	81	27	27	15	28	1.96
58391432--58391742	49	6.5	47	95	2	541	32	7	30	28	1.85
58391432--58391742	143	2.2	144	97	1	579	32	7	30	28	1.85
58391622--58391703	27	3.2	27	62	28	70	32	4	30	31	1.79
58391432--58391754	96	3.4	96	93	4	553	32	7	30	28	1.85
58395873--58396127	55	4.8	54	79	10	262	36	16	25	21	1.94
58395880--58396080	108	1.8	110	89	4	318	34	16	25	22	1.95
58396318--58396348	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
58400979--58401049	28	2.5	28	88	8	101	30	26	14	28	1.95
58408692--58408762	28	2.5	28	88	8	101	30	26	14	28	1.95
58415656--58415910	55	4.8	53	78	10	238	37	15	25	21	1.93
58415663--58415863	108	1.8	110	86	4	291	35	15	25	22	1.94
58416101--58416131	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
58422812--58422882	23	3.0	23	81	6	79	26	25	19	28	1.99
58432849--58433066	40	5.5	40	86	4	275	25	27	23	23	2.00
58443369--58443493	43	2.9	43	93	0	205	34	20	14	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58443572--58443854	43	6.6	43	96	0	478	31	20	16	31	1.95
58443290--58443696	203	2.0	203	98	0	778	32	22	12	32	1.91
58457501--58457560	20	3.0	20	95	0	111	20	38	30	11	1.88
58460187--58460383	68	2.9	66	79	10	177	30	16	29	23	1.96
58462030--58462055	4	6.5	4	100	0	52	76	23	0	0	0.78
58462265--58462299	18	2.0	17	94	5	61	42	0	0	57	0.99
58462508--58462566	31	1.9	31	86	13	86	61	5	0	33	1.18
58463172--58463205	12	2.9	12	91	4	52	58	0	0	41	0.98
58463191--58463239	22	2.2	23	79	17	59	65	2	4	28	1.22
58472558--58472594	18	2.1	19	90	10	60	29	10	27	32	1.90
58476710--58476897	40	4.7	40	95	0	322	21	26	20	30	1.98
58490253--58490708	47	9.6	47	92	2	741	29	30	8	32	1.86
58490253--58490708	96	4.8	96	94	1	794	29	30	8	32	1.86
58490253--58490708	143	3.2	141	92	3	741	29	30	8	32	1.86
58492745--58492785	21	1.9	22	85	5	57	24	14	0	60	1.34
58494463--58495134	40	16.8	40	93	0	1047	25	26	21	25	2.00
58497105--58497272	40	4.2	40	80	9	139	27	27	20	24	1.99
58497142--58497272	40	3.3	39	86	4	181	29	27	19	23	1.99
58497140--58497323	80	2.3	79	82	10	214	28	27	20	23	1.99
58504991--58505211	40	5.5	41	76	9	136	27	26	20	24	1.99
58505028--58505158	40	3.3	39	83	4	172	29	26	19	24	1.99
58505026--58505211	80	2.3	80	82	9	220	28	26	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58507337--58507613	27	10.3	27	82	3	256	40	21	8	29	1.83
58507337--58507613	81	3.4	81	82	3	299	40	21	8	29	1.83
58507337--58507651	107	2.9	108	80	5	298	39	22	8	29	1.84
58507634--58507721	27	3.3	27	85	3	106	34	22	20	22	1.97
58508069--58508127	22	2.7	22	81	5	66	20	27	22	30	1.98
58508285--58508373	27	3.3	27	84	6	92	20	20	21	38	1.94
58508325--58508392	27	2.6	26	81	9	75	25	16	19	39	1.91
58508513--58508576	25	2.6	25	92	0	101	17	20	15	46	1.83
58508510--58508585	6	12.3	6	71	20	59	18	18	15	47	1.83
58510594--58510796	27	7.6	27	84	3	223	39	20	8	31	1.83
58510582--58510795	54	4.0	53	82	4	259	39	20	8	31	1.83
58510546--58510795	81	3.1	81	82	4	290	39	20	8	31	1.83
58510594--58510822	107	2.1	108	83	4	293	38	21	8	31	1.83
58510594--58510821	54	4.2	54	79	4	237	38	21	8	32	1.83
58510594--58510859	134	2.0	134	80	2	302	38	21	9	30	1.85
58510816--58510874	27	2.2	27	81	0	64	40	18	15	25	1.90
58511467--58511574	27	4.0	26	84	5	117	20	22	21	36	1.96
58511692--58511791	6	16.3	6	76	15	98	19	18	14	49	1.80
58511692--58511770	31	2.5	31	89	4	115	17	18	13	49	1.80
58511748--58511806	24	2.5	24	85	0	73	23	15	8	52	1.70
58523602--58523640	15	2.6	15	83	0	51	61	0	0	38	0.96
58523602--58523642	20	2.0	20	85	0	55	63	0	0	36	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58529872--58530023	47	3.2	47	98	0	286	27	30	7	33	1.85
58533597--58533748	47	3.2	47	99	0	295	27	31	7	32	1.85
58535431--58535463	16	2.1	16	100	0	66	42	12	6	39	1.67
58537928--58538163	40	5.9	40	93	0	391	22	30	25	21	1.99
58540203--58540354	47	3.2	47	95	0	268	28	30	7	34	1.84
58551657--58551881	99	2.3	99	83	3	274	36	19	17	26	1.94
58551707--58551914	99	2.1	99	81	1	265	35	16	18	28	1.93
58551739--58551957	99	2.2	99	81	1	251	33	19	20	27	1.96
58555433--58555554	43	2.9	42	79	2	136	29	16	24	29	1.96
58559406--58559436	14	2.2	14	100	0	62	35	0	19	45	1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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