genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.193.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64788771--64788888	43	2.8	42	72	13	98	28	18	23	28	1.98
64792237--64792264	13	2.2	13	100	0	56	28	0	14	57	1.38
64793681--64794007	40	8.2	40	90	3	507	22	21	26	29	1.99
64793681--64794007	161	2.0	159	93	2	557	22	21	26	29	1.99
64799996--64800046	22	2.3	22	86	0	75	19	21	23	35	1.96
64802797--64802881	42	2.0	42	86	0	116	25	28	18	27	1.98
64805473--64805502	16	1.9	15	93	6	51	26	10	16	46	1.78
64807871--64807980	34	3.0	35	76	15	107	30	4	3	60	1.34
64807963--64808032	28	2.5	28	83	2	77	37	1	1	60	1.15
64811281--64811369	44	2.0	44	97	0	169	31	23	15	29	1.95
64822640--64822728	27	3.2	27	87	6	117	17	24	24	32	1.97
64828430--64828653	39	5.6	39	81	6	211	25	27	21	25	1.99
64828458--64828653	79	2.5	79	80	5	200	25	26	21	26	1.99
64833537--64833626	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
64833537--64833651	55	2.1	56	83	8	146	19	24	21	34	1.96
64837768--64837830	23	2.6	24	85	5	74	31	30	19	19	1.96
64844081--64844111	16	2.0	15	93	6	53	67	0	0	32	0.91
64858311--64858431	47	2.6	47	82	4	136	23	29	17	28	1.97
64866181--64866400	46	4.7	46	78	8	198	21	30	20	28	1.98
64865985--64866400	94	4.4	94	75	10	307	23	30	18	26	1.98
64870677--64870715	21	1.9	20	89	5	60	46	17	0	35	1.49
64871740--64871800	27	2.3	26	88	5	86	29	13	22	34	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64874589--64874758	40	4.3	40	85	1	207	23	21	30	24	1.99
64874611--64874793	79	2.3	80	80	1	208	25	21	29	24	1.99
64880012--64880181	40	4.3	40	85	1	207	23	21	30	24	1.99
64880034--64880216	79	2.3	80	80	1	208	25	21	29	24	1.99
64889481--64889535	23	2.8	18	71	23	56	40	27	5	27	1.78
64892526--64892554	14	2.1	14	93	6	51	79	6	0	13	0.93
64902715--64902754	13	3.1	13	92	0	71	17	37	30	15	1.90
64916637--64916675	20	2.0	20	94	0	69	33	35	15	15	1.89
64917260--64917307	21	2.4	21	83	13	57	45	16	0	37	1.48
64929315--64929355	18	2.3	18	83	8	57	9	26	46	17	1.79
64930290--64930338	18	2.7	18	79	17	57	40	2	14	42	1.57
64931999--64932104	43	2.5	44	83	10	146	28	16	28	26	1.97
64932480--64932519	19	2.2	19	86	4	55	47	0	12	40	1.41
64936133--64936239	26	4.1	26	88	0	133	38	17	15	28	1.91
64936494--64936677	25	7.4	25	81	1	181	17	15	28	38	1.90
64936511--64936677	50	3.3	50	87	1	210	18	14	28	38	1.90
64940624--64940648	12	2.1	12	100	0	50	24	0	24	52	1.48
64947784--64947821	15	2.4	16	82	13	51	26	5	15	52	1.64
64951975--64952027	27	2.0	27	85	7	72	16	22	26	33	1.96
64958507--64958726	40	5.6	40	79	5	205	25	24	24	25	2.00
64975833--64975884	26	2.0	26	85	7	70	30	15	23	30	1.95
64975988--64976046	30	2.0	30	93	0	100	27	8	20	44	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64975989--64976053	30	2.2	30	88	0	94	29	7	18	44	1.77
64978744--64978774	16	1.9	16	93	0	53	54	22	0	22	1.44
64979545--64979634	44	2.0	44	89	0	135	50	4	7	37	1.52
64986009--64986060	23	2.3	23	80	6	61	48	0	3	48	1.20
64987784--64987907	43	2.9	43	84	2	151	25	15	25	34	1.94
64988652--64988677	8	3.2	8	100	0	52	38	0	26	34	1.57
64990236--64990280	23	1.9	24	90	4	74	22	20	11	46	1.81
64990408--64990603	55	3.6	53	80	6	189	21	26	17	35	1.95
64995250--64995307	17	3.4	17	88	4	73	34	8	12	44	1.72
64995256--64995308	17	3.1	18	89	5	74	35	7	11	45	1.69
65002115--65002340	50	4.7	48	78	8	192	25	29	17	28	1.97
65009454--65009625	40	4.3	41	85	5	219	24	20	27	27	1.99
65012657--65012876	50	4.6	47	76	7	169	26	27	18	27	1.98
65014296--65014347	26	2.0	26	100	0	104	50	7	3	38	1.50
65014302--65014348	15	3.4	15	72	22	57	48	8	4	38	1.53
65021788--65021841	24	2.2	24	84	12	67	29	38	16	14	1.89
65025674--65025738	33	1.9	34	87	9	98	23	26	20	30	1.98
65032077--65032252	46	3.8	46	78	15	191	21	17	30	31	1.96
65037129--65037247	38	2.9	40	77	11	125	33	21	14	30	1.93
65037878--65037917	19	2.1	19	86	9	55	47	22	5	25	1.71
65045130--65045169	13	2.9	14	85	11	55	67	0	7	25	1.16
65045403--65045441	20	2.0	20	85	10	53	61	2	0	35	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65048395--65048457	31	2.0	31	96	0	117	47	0	9	42	1.36
65049399--65049463	32	2.0	32	93	0	112	27	18	18	35	1.94
65056720--65056826	52	2.1	52	98	0	205	25	27	19	28	1.99
65059853--65060030	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
65059854--65060009	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
65059850--65060030	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
65059935--65060041	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
65067897--65068074	27	6.6	27	82	3	196	26	14	28	30	1.95
65067894--65068074	82	2.2	81	82	2	220	27	14	27	30	1.95
65067979--65068085	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
65079248--65079316	23	2.8	24	75	14	61	27	24	23	24	2.00
65088155--65088211	23	2.5	23	86	11	73	33	26	14	26	1.94
65088167--65088217	23	2.2	24	89	6	79	27	27	11	33	1.92
65098270--65098450	75	2.5	71	89	3	254	40	6	6	45	1.56
65106667--65106789	57	2.1	59	86	5	171	46	5	18	29	1.72
65110741--65111557	421	1.9	421	92	0	1355	29	24	16	29	1.97
65114146--65114595	47	9.6	47	94	1	724	29	30	7	32	1.85
65114196--65114274	25	3.3	25	66	16	76	31	29	5	34	1.79
65122529--65122555	9	3.0	9	100	0	54	55	22	0	22	1.44
65131897--65131934	14	2.9	13	81	11	51	57	10	13	18	1.63
65139464--65139524	32	1.9	32	93	0	104	18	14	27	39	1.90
65139416--65139570	79	2.0	79	88	0	229	22	14	28	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65142597--65142661	15	4.4	15	79	9	71	10	15	12	61	1.56
65142595--65142661	30	2.3	29	82	7	82	10	14	14	59	1.60
65145406--65145526	47	2.6	47	90	2	181	27	15	28	28	1.96
65161638--65161684	10	4.6	10	80	12	51	53	27	2	17	1.55
65162397--65162548	43	3.5	42	77	10	139	32	27	17	23	1.96
65168813--65168985	43	4.0	43	71	10	129	31	25	18	24	1.97
65173954--65174075	55	2.2	55	98	0	235	17	22	18	41	1.90
65173954--65174092	55	2.6	54	90	2	163	18	22	18	40	1.92
65175834--65175896	32	2.0	32	93	0	108	26	15	12	44	1.83
65178931--65178957	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
65179171--65179230	29	2.1	29	100	0	120	10	6	16	66	1.41
65185452--65185632	79	2.3	80	89	2	267	26	28	23	21	1.99
65185417--65185632	119	1.8	119	83	6	285	25	28	23	22	1.99
65185417--65185632	40	5.4	40	87	4	278	25	28	23	22	1.99
65196285--65196491	53	3.8	54	76	1	200	19	26	17	36	1.94
65198840--65198914	31	2.4	31	97	0	141	18	28	30	22	1.97
65198860--65198914	18	3.3	18	66	23	57	18	29	29	23	1.98
65204015--65204056	11	3.9	11	75	6	50	14	2	4	78	1.01
65207045--65207082	16	2.4	16	95	4	69	10	15	0	73	1.09
65212449--65212557	57	1.9	57	85	5	150	26	32	14	26	1.95
65212444--65212555	28	4.0	28	84	2	127	26	31	14	27	1.95
65212779--65212816	16	2.4	16	90	0	58	5	18	23	52	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65215099--65215157	26	2.3	26	82	8	68	22	10	1	66	1.31
65219371--65219575	55	3.8	54	82	6	245	22	24	15	36	1.94
65219371--65219571	108	1.8	110	89	4	318	22	24	15	36	1.94
65222328--65222379	22	2.5	20	85	11	77	23	1	0	75	0.91
65222416--65222479	6	9.7	7	77	17	50	25	0	0	75	0.81
65222417--65222479	16	4.2	15	77	20	53	23	0	0	76	0.79
65222429--65222464	19	1.9	19	94	5	65	27	0	0	72	0.85
65222452--65222479	6	4.7	6	100	0	56	14	0	0	85	0.59
65222470--65222520	20	2.5	20	81	6	59	7	9	3	78	1.07
65222568--65222660	3	31.7	3	77	20	72	23	2	3	70	1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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