genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.156.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51968339--51968561	40	5.6	39	80	3	178	23	30	21	24	1.99
51968337--51968508	80	2.2	79	80	1	200	23	31	21	23	1.98
51976288--51976417	40	3.2	40	86	0	170	23	30	22	23	1.99
51991385--51991553	40	4.3	40	83	1	171	23	30	21	23	1.99
51991383--51991553	80	2.2	78	80	2	198	23	30	21	23	1.99
51994210--51994326	5	22.8	5	69	22	50	20	3	4	71	1.17
51994201--51994328	8	15.2	8	70	20	59	20	3	4	71	1.17
51994208--51994328	13	9.5	12	66	19	52	19	3	4	72	1.15
51994271--51994326	18	3.1	18	71	19	53	19	0	7	73	1.06
51994236--51994326	21	4.3	21	67	18	55	20	3	4	71	1.18
52009601--52009693	38	2.4	38	89	0	132	23	22	25	27	2.00
52009697--52009893	43	4.6	43	94	0	342	11	24	32	30	1.91
52014972--52015074	38	2.7	38	81	0	107	23	17	29	30	1.97
52021098--52021141	23	1.9	23	86	9	63	65	4	9	20	1.38
52021381--52023556	725	3.0	725	99	0	4334	35	18	13	32	1.90
52024217--52024272	23	2.4	24	87	3	78	16	1	5	76	1.05
52024209--52024274	29	2.3	30	84	10	84	15	1	4	78	0.98
52024215--52024272	6	9.8	6	81	3	73	15	1	5	77	1.02
52028317--52028492	45	4.1	44	74	14	152	23	16	28	31	1.96
52028329--52028492	83	1.9	85	81	8	201	24	17	28	29	1.97
52044415--52044444	15	1.9	16	93	6	53	60	13	10	16	1.59
52049677--52049736	28	2.1	30	84	6	79	43	3	25	28	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52050227--52050373	43	3.4	43	77	5	145	29	15	23	31	1.95
52057411--52057452	20	2.1	20	100	0	84	52	9	33	4	1.55
52059354--52059432	25	3.3	25	61	10	65	32	5	29	32	1.79
52059341--52059565	49	4.7	48	97	1	391	30	8	30	29	1.88
52059341--52059565	96	2.3	95	94	3	389	30	8	30	29	1.88
52059683--52059761	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
52061627--52061729	43	2.4	43	98	0	197	22	14	35	27	1.93
52061711--52061782	29	2.5	29	88	4	101	26	15	31	26	1.95
52062094--52062448	40	8.9	40	83	1	358	25	21	27	25	2.00
52062094--52062445	119	2.9	119	82	4	388	25	21	27	25	2.00
52065973--52066051	25	3.3	25	61	10	65	32	5	29	32	1.79
52065960--52066179	49	4.6	48	98	1	390	30	9	30	29	1.88
52065960--52066179	96	2.3	95	95	3	388	30	9	30	29	1.88
52066296--52066374	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
52069452--52069671	110	2.0	110	99	0	431	45	8	21	23	1.79
52071615--52071799	40	4.6	40	94	1	309	23	22	27	26	2.00
52071611--52071831	80	2.8	79	86	4	293	26	21	25	26	2.00
52073312--52073607	39	7.5	39	91	1	407	18	21	29	30	1.97
52075916--52076057	39	3.6	39	86	1	178	23	21	28	26	1.99
52075921--52076073	78	2.0	78	81	5	184	23	20	29	26	1.99
52078290--52078404	45	2.6	45	94	0	203	16	11	29	42	1.83
52078683--52078713	10	3.1	10	95	0	53	38	0	3	58	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52087945--52088122	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
52087946--52088101	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
52087942--52088122	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
52091629--52091701	27	2.7	27	82	0	83	31	16	21	30	1.95
52091699--52091766	27	2.5	27	90	0	100	33	25	10	30	1.89
52091725--52091948	81	2.8	81	80	6	240	41	20	8	29	1.82
52091737--52092006	54	5.0	54	79	4	240	41	18	9	31	1.82
52091725--52092014	27	10.7	27	78	8	187	40	18	10	31	1.84
52092051--52092124	27	2.7	27	81	4	87	37	21	18	21	1.94
52092499--52092581	33	2.8	28	78	18	96	26	25	22	25	2.00
52092517--52092621	33	3.2	33	88	0	165	26	20	23	29	1.99
52092880--52092929	17	2.8	18	77	17	59	44	18	12	26	1.84
52100864--52101348	48	10.1	48	95	0	862	36	5	27	30	1.81
52101495--52101603	37	2.9	37	94	0	182	23	19	30	26	1.98
52103365--52103574	40	5.3	39	87	5	233	24	21	28	25	1.99
52103312--52103574	120	2.2	120	81	4	300	25	21	27	25	1.99
52103365--52103609	80	3.1	80	81	3	228	25	21	28	24	1.99
52110939--52111148	40	5.3	39	87	5	233	24	21	28	25	1.99
52110886--52111148	120	2.2	120	81	4	300	25	21	27	25	1.99
52110939--52111183	80	3.1	80	81	3	228	25	21	28	24	1.99
52113254--52113285	15	2.0	17	88	11	50	12	0	37	50	1.41
52114450--52114478	15	1.9	15	100	0	58	31	13	27	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52117178--52117295	27	4.4	27	84	2	157	35	19	21	23	1.96
52117178--52117291	53	2.1	54	87	3	160	35	18	21	23	1.95
52123916--52124070	27	5.7	27	84	4	197	38	21	18	21	1.93
52123916--52124088	54	3.2	54	87	3	242	38	20	18	22	1.94
52123917--52124088	81	2.1	81	86	0	236	38	20	18	22	1.93
52123920--52124088	27	6.3	27	81	8	157	38	21	17	22	1.93
52124739--52124790	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
52126614--52126706	40	2.3	40	88	3	134	23	15	25	35	1.94
52128836--52128929	30	3.1	30	98	0	179	24	35	22	18	1.96
52128855--52128907	17	3.4	17	65	20	51	28	37	16	16	1.91
52129327--52129366	17	2.4	17	100	0	80	47	10	20	22	1.79
52129641--52129898	47	5.5	47	78	10	210	21	31	18	28	1.97
52129641--52129898	140	1.8	140	85	3	358	21	31	18	28	1.97
52136960--52137172	40	5.5	40	72	8	172	23	14	25	36	1.93
52136973--52137202	112	2.1	108	89	3	343	25	14	24	34	1.94
52137843--52137889	16	3.2	16	66	27	50	23	10	14	51	1.74
52137828--52137889	27	2.3	27	100	0	124	24	11	16	48	1.78
52138791--52138943	43	3.6	42	81	7	184	31	16	23	28	1.96
52142832--52142979	50	3.0	50	81	3	174	25	16	30	27	1.97
52148440--52148624	40	4.7	40	80	6	198	25	23	27	23	2.00
52148493--52148657	79	2.1	79	82	6	192	27	21	27	24	1.99
52156499--52156683	40	4.7	40	80	7	191	24	22	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52156553--52156716	79	2.1	79	82	6	199	26	20	27	25	1.99
52159291--52159405	43	2.7	42	81	2	140	29	24	15	30	1.96
52161842--52161974	45	3.0	44	74	19	127	22	17	27	33	1.96
52161852--52162003	41	3.6	41	78	11	137	24	17	28	29	1.97
52161459--52162064	300	2.0	299	89	0	915	28	18	22	30	1.97
52166766--52166898	45	3.0	43	78	13	139	24	18	25	32	1.97
52177601--52177714	43	2.7	42	83	2	147	29	25	14	30	1.94
52184276--52184483	49	4.3	49	75	7	140	25	25	18	31	1.98
52189079--52189139	30	2.0	30	87	0	86	31	22	6	39	1.80
52190566--52190632	25	2.7	25	83	0	80	47	10	19	22	1.79
52190988--52191049	22	2.8	23	85	7	83	30	20	25	22	1.98
52191481--52192236	27	28.0	27	91	0	1026	24	21	18	36	1.95
52192228--52192397	27	6.3	27	78	6	121	32	9	20	37	1.85
52192275--52192456	54	3.4	54	81	5	165	30	9	23	36	1.87
52192293--52192456	27	6.1	26	80	7	141	31	9	21	37	1.86
52194596--52194770	27	6.5	27	86	0	217	26	14	18	39	1.90
52195097--52195181	18	4.7	18	85	2	109	24	21	12	41	1.88
52195102--52195181	36	2.2	36	91	4	126	23	21	13	41	1.89
52204031--52204139	53	2.1	53	92	0	182	28	13	24	33	1.94
52205581--52205623	22	2.0	22	85	0	59	41	25	20	11	1.86
52212097--52212138	18	2.2	18	87	8	57	42	2	4	50	1.36
52216134--52216190	25	2.2	27	90	9	93	36	3	21	38	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52220947--52221097	27	5.5	27	93	3	239	26	13	28	31	1.94
52220947--52221097	55	2.7	55	94	0	257	26	13	28	31	1.94
52242459--52243039	47	12.3	47	96	0	1036	32	8	28	29	1.87
52242954--52243081	42	2.9	42	86	5	130	32	9	30	27	1.88
52243204--52243282	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
52248177--52248224	25	1.9	25	86	0	69	33	20	14	31	1.93
52248344--52248415	26	2.8	26	80	2	74	27	22	22	27	1.99
52248635--52248713	31	2.5	31	89	0	122	31	17	27	22	1.97
52253006--52253263	42	6.1	42	82	1	311	32	22	19	25	1.98
52260138--52260389	42	6.0	42	87	1	346	34	22	19	23	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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