genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.225.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76444450--76444649	108	1.8	109	85	1	285	39	18	23	19	1.92
76457133--76457169	15	2.5	14	87	12	56	70	2	21	5	1.20
76457133--76457186	26	2.1	25	86	3	72	72	1	22	3	1.10
76466632--76466803	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
76466634--76466856	40	5.6	39	83	5	216	25	27	21	25	1.99
76466632--76466856	80	2.8	79	80	7	240	25	27	21	25	1.99
76466788--76466865	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
76474564--76474786	40	5.6	39	82	5	207	26	27	21	25	1.99
76474562--76474786	80	2.8	79	80	7	231	26	27	20	25	1.99
76474718--76474795	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
76478823--76478998	40	4.4	40	90	3	250	26	27	21	24	1.99
76482158--76482193	18	2.0	18	100	0	72	27	11	11	50	1.72
76486472--76486609	39	3.5	39	82	0	168	43	21	5	29	1.75
76488934--76488968	17	2.1	17	88	0	52	40	17	5	37	1.73
76489387--76489586	99	2.0	99	99	0	391	39	12	15	33	1.84
76490187--76490213	13	2.1	13	100	0	54	0	14	0	85	0.61
76492051--76492111	26	2.3	26	85	0	95	39	26	3	31	1.72
76492051--76492114	13	4.9	13	75	7	67	39	26	4	29	1.76
76507639--76507810	40	4.4	40	89	5	239	25	28	21	25	1.99
76510948--76510983	18	2.0	18	100	0	72	27	11	11	50	1.72
76515227--76515338	22	5.6	21	66	27	57	45	18	5	30	1.72
76515216--76515352	39	3.5	39	82	1	168	43	21	5	29	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76515236--76515350	39	3.0	40	88	3	173	44	20	5	30	1.73
76516086--76516119	15	2.4	14	85	9	50	50	32	0	17	1.47
76517657--76517690	16	2.1	17	88	5	52	41	17	5	35	1.74
76518100--76518299	99	2.0	99	99	0	391	39	12	15	33	1.84
76520756--76520816	26	2.3	26	85	0	95	39	26	3	31	1.72
76520756--76520819	13	4.9	13	75	7	67	39	26	4	29	1.76
76531615--76531648	18	2.0	16	88	11	50	64	0	2	32	1.08
76534365--76534459	26	3.7	26	73	5	77	26	21	17	34	1.95
76535858--76535900	20	2.2	20	83	8	52	34	0	27	37	1.57
76536706--76536755	22	2.3	21	86	3	64	14	36	36	14	1.86
76541555--76541605	26	2.0	26	88	7	77	19	23	23	33	1.97
76549361--76549410	26	1.9	26	87	0	73	18	22	24	36	1.95
76549512--76549577	28	2.4	28	79	5	71	24	24	24	27	2.00
76558111--76558204	6	15.3	6	70	16	68	48	13	18	19	1.80
76558132--76558204	31	2.4	31	90	0	110	47	13	19	19	1.82
76558395--76558445	27	1.9	26	84	4	66	35	19	27	17	1.94
76558307--76558464	67	2.3	68	85	4	210	30	20	29	19	1.97
76558681--76559128	27	16.2	27	80	5	428	40	6	22	30	1.79
76558681--76559128	81	5.4	81	80	7	486	40	6	22	30	1.79
76558834--76558941	38	3.1	37	64	32	85	45	6	22	25	1.76
76558868--76558942	38	2.0	38	86	5	107	46	6	22	24	1.75
76558754--76559050	146	2.0	146	88	1	434	42	6	22	28	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76559051--76559226	27	6.5	26	76	13	97	31	7	20	40	1.80
76558905--76559153	81	3.1	81	83	2	241	37	8	23	30	1.84
76559098--76559247	27	5.6	27	81	6	153	30	8	20	41	1.81
76559242--76559311	27	2.6	27	81	0	86	28	21	17	32	1.96
76561169--76561243	6	12.3	6	75	13	73	50	14	16	18	1.78
76561747--76562167	27	15.2	27	81	5	437	41	8	21	28	1.82
76561935--76562008	38	1.9	38	86	0	103	43	4	25	27	1.72
76561848--76562167	119	2.8	120	83	7	353	41	7	22	28	1.80
76561821--76562116	146	2.0	147	91	0	477	41	6	22	28	1.79
76561902--76562035	65	2.0	66	86	1	189	43	5	23	27	1.77
76562157--76562340	27	6.8	26	84	6	172	30	10	21	38	1.87
76561968--76562194	81	2.8	81	88	0	294	39	8	22	28	1.84
76562169--76562393	81	2.8	81	76	9	199	29	12	19	38	1.89
76562162--76562340	54	3.3	54	80	1	198	30	10	21	38	1.86
76562335--76562402	27	2.5	27	80	0	82	27	20	17	33	1.95
76562162--76562371	54	3.9	54	77	5	147	29	12	20	37	1.89
76569233--76569307	36	2.1	36	97	0	141	42	5	17	34	1.72
76585854--76585950	49	2.0	49	95	4	178	29	12	11	46	1.76
76585870--76585946	24	3.2	24	65	17	68	32	12	10	44	1.77
76603566--76603633	27	2.5	26	83	7	73	29	29	13	27	1.94
76605934--76605980	20	2.4	19	75	13	51	31	6	12	48	1.66
76616898--76616948	25	2.0	25	96	0	93	19	13	19	47	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76619204--76619379	46	3.8	45	73	16	146	21	19	27	30	1.98
76619200--76619371	93	1.8	93	85	7	242	21	20	28	29	1.98
76627844--76627875	15	2.1	15	94	0	55	53	6	15	25	1.65
76630070--76630203	44	3.0	44	97	0	250	30	24	20	24	1.98
76630243--76630295	28	2.0	28	85	7	74	66	3	3	26	1.26
76633532--76633562	3	10.3	3	100	0	62	67	32	0	0	0.91
76635318--76635343	7	3.7	7	100	0	52	23	0	0	76	0.78
76635681--76635734	23	2.3	23	83	6	63	46	1	5	46	1.37
76635815--76635916	14	7.2	14	70	10	55	46	26	1	25	1.64
76635814--76635897	21	4.0	21	71	3	60	45	28	1	25	1.61
76636066--76636115	21	2.4	21	89	0	73	36	44	2	18	1.61
76636082--76636156	14	5.3	14	80	3	69	45	33	0	21	1.52
76636122--76636181	22	2.7	24	73	21	58	43	30	1	25	1.64
76636745--76636839	40	2.4	40	87	3	129	21	15	25	37	1.93
76640636--76640794	27	5.9	27	82	11	184	35	22	23	18	1.96
76640654--76640794	54	2.6	54	93	2	239	35	24	23	17	1.95
76642423--76642523	26	3.9	26	89	2	150	35	23	6	33	1.82
76651926--76651959	16	2.1	17	88	5	52	52	14	0	32	1.42
76654405--76654439	17	2.1	17	88	0	52	40	2	2	54	1.30
76655845--76656033	48	3.9	48	80	4	202	19	16	27	35	1.94
76658009--76658149	51	2.8	49	78	4	147	26	24	22	26	2.00
76666558--76666993	216	2.0	217	94	1	768	33	18	16	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76670233--76670290	24	2.3	26	79	5	66	37	1	46	13	1.54
76678285--76678324	21	1.9	21	84	0	53	37	12	12	37	1.81
76683965--76684026	31	2.0	31	100	0	124	35	9	25	29	1.88
76685917--76685955	18	2.2	18	86	9	53	61	0	7	30	1.24
76690367--76690589	79	2.8	78	82	9	265	24	27	22	25	2.00
76690367--76690589	39	5.7	40	86	8	266	24	27	22	25	2.00
76698340--76698562	79	2.8	78	82	9	265	24	27	22	25	2.00
76698340--76698562	39	5.7	40	86	8	266	24	27	22	25	2.00
76702023--76702132	29	3.9	29	85	2	143	27	28	16	28	1.97
76702277--76702581	153	2.0	153	98	0	583	22	28	21	26	1.99
76705633--76705672	19	2.1	19	100	0	80	57	10	5	27	1.52
76706378--76706486	58	1.9	58	90	1	175	27	29	15	27	1.96
76706381--76706486	29	3.7	29	78	6	108	27	28	16	28	1.97
76706716--76706747	8	4.0	8	91	0	55	9	25	25	40	1.85
76706720--76706754	16	2.2	16	94	0	61	8	22	20	48	1.76
76709608--76709796	48	3.9	48	89	2	274	19	19	28	33	1.96
76714815--76714864	24	2.1	24	84	0	64	22	20	30	28	1.98
76718219--76718385	43	3.9	44	78	13	186	28	14	25	32	1.94
76718219--76718385	86	2.0	85	82	8	205	28	14	25	32	1.94
76720281--76720336	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
76720270--76720336	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
76720384--76720489	24	4.4	24	95	3	187	29	19	21	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76720693--76720754	29	2.1	29	84	6	79	38	16	20	24	1.92
76728369--76728435	20	3.3	20	89	0	98	32	13	22	31	1.92
76728484--76728579	24	4.0	24	89	6	142	28	20	21	29	1.98
76728486--76728558	23	3.1	23	94	3	128	28	20	20	30	1.98
76728773--76728836	31	2.1	31	87	0	92	35	14	25	25	1.93
76741442--76741479	20	1.9	20	88	0	58	28	2	34	34	1.71
76741441--76741485	20	2.3	19	81	11	54	28	2	35	33	1.70
76743768--76743835	33	2.1	33	88	5	102	23	14	33	27	1.94
76753708--76754066	47	7.6	47	92	2	540	28	29	8	33	1.86
76753708--76754066	192	1.9	188	92	3	603	28	29	8	33	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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