genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.119.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38898491--38898670	81	2.2	81	82	3	238	32	23	8	35	1.86
38898653--38898878	27	8.4	27	83	2	179	37	20	15	26	1.93
38898653--38898874	81	2.8	80	80	4	205	37	19	16	26	1.93
38899084--38899173	25	3.6	25	94	4	148	22	26	24	26	2.00
38899084--38899186	25	4.2	24	91	3	136	25	24	24	26	2.00
38899091--38899198	49	2.2	49	82	11	123	25	25	23	25	2.00
38899205--38899307	27	3.8	27	92	0	170	38	21	10	29	1.87
38899205--38899385	54	3.4	54	83	3	186	38	19	14	27	1.91
38899262--38899431	27	6.3	27	86	0	187	35	20	18	25	1.95
38899205--38899431	81	2.8	78	80	6	204	36	18	17	27	1.93
38905076--38905211	48	2.8	48	82	0	155	27	21	20	30	1.98
38908151--38908322	93	1.8	93	93	2	301	28	29	20	20	1.98
38908143--38908318	46	3.8	46	78	11	198	29	29	20	20	1.98
38908194--38908337	46	3.1	45	74	11	139	29	29	20	20	1.98
38910713--38910790	15	5.2	15	71	9	52	55	14	17	12	1.70
38913152--38913182	14	2.2	14	100	0	62	45	12	12	29	1.80
38913514--38913686	93	1.9	93	92	2	294	27	30	21	20	1.98
38913507--38913682	46	3.8	46	77	11	198	28	30	21	19	1.98
38916061--38916140	15	5.4	15	72	12	67	58	12	17	11	1.62
38916072--38916149	15	5.2	15	70	11	61	56	14	16	12	1.68
38922612--38922675	32	2.0	33	87	3	94	28	18	21	31	1.97
38923070--38923106	17	2.1	19	85	10	51	27	43	18	10	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38930385--38930447	32	1.9	33	90	3	101	22	19	25	33	1.97
38938951--38938990	19	2.1	19	95	0	71	27	5	22	45	1.73
38945482--38945511	14	2.1	14	93	0	51	33	0	0	66	0.92
38959987--38960194	67	3.2	66	75	12	196	30	15	29	24	1.95
38964354--38964612	68	3.9	64	76	14	233	30	16	29	24	1.96
38970596--38970946	47	7.5	46	70	14	175	25	19	31	23	1.98
38970596--38970905	94	3.3	93	78	6	304	25	20	31	22	1.98
38973322--38973442	42	2.8	43	78	5	138	25	19	26	28	1.98
38973322--38973442	43	2.8	42	79	7	120	25	19	26	28	1.98
38975917--38976013	48	2.0	48	100	0	194	27	28	12	30	1.93
38978100--38978193	48	2.0	48	93	0	161	38	21	17	23	1.93
38984502--38984560	30	2.0	30	83	6	75	32	10	6	50	1.62
38984581--38984624	18	2.4	17	85	14	61	59	2	0	38	1.10
38984720--38984797	40	2.0	40	89	0	120	44	16	1	37	1.56
38985688--38985731	22	2.0	22	100	0	88	31	13	13	40	1.84
38992479--38992701	48	4.8	48	74	7	188	26	19	25	28	1.99
38996737--38996870	46	2.9	47	81	12	168	20	20	30	28	1.98
38999808--38999887	15	5.4	15	75	12	76	11	18	12	57	1.64
38999799--38999878	30	2.6	31	81	11	94	12	18	13	55	1.70
39002461--39002488	14	2.0	14	100	0	56	35	28	7	28	1.84
39006679--39006741	31	2.0	31	96	0	117	42	6	12	38	1.68
39010390--39010428	21	2.0	20	90	10	62	33	12	7	46	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39015063--39015551	47	10.4	47	95	0	834	32	8	29	29	1.87
39015670--39015748	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
39017119--39017348	47	5.0	45	84	5	253	34	16	25	23	1.95
39017306--39017500	54	3.6	54	80	4	214	36	15	25	23	1.94
39017314--39017512	108	1.8	109	84	1	274	36	15	25	23	1.93
39019599--39019629	13	2.4	13	94	0	53	29	45	19	6	1.75
39021699--39021883	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	24	2.00
39021700--39021883	40	4.6	40	82	9	207	25	22	27	24	2.00
39021752--39021916	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
39025401--39025438	16	2.4	16	91	4	60	31	10	0	57	1.32
39025786--39025865	27	3.0	27	72	7	81	30	20	31	18	1.96
39028170--39028292	28	4.4	28	90	2	176	33	28	12	26	1.92
39034815--39034868	27	2.0	28	85	7	76	31	18	20	29	1.96
39036299--39036351	24	2.2	24	86	0	70	15	39	3	41	1.65
39043222--39043427	40	5.2	40	86	2	272	22	19	28	30	1.98
39055812--39055890	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
39056007--39056294	47	6.1	47	89	3	434	28	30	9	32	1.88
39056007--39056294	96	3.0	94	89	3	434	28	30	9	32	1.88
39056022--39056294	143	1.9	143	91	1	449	28	30	9	31	1.89
39060049--39060147	40	2.5	40	80	9	121	23	27	24	25	2.00
39060453--39060531	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
39060513--39060658	43	3.4	43	96	0	274	26	36	15	21	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39062721--39063054	47	7.1	47	93	1	542	28	29	9	32	1.88
39062721--39063054	143	2.4	143	91	2	541	28	29	9	32	1.88
39066733--39066778	24	1.9	24	81	0	56	10	36	6	45	1.65
39068409--39068729	48	6.8	48	87	5	393	25	14	30	28	1.95
39072668--39072845	27	6.6	27	83	3	196	26	15	28	29	1.96
39072669--39072824	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
39072669--39072845	82	2.2	81	85	3	230	25	15	28	29	1.96
39099343--39099421	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
39099539--39099996	47	9.7	47	98	0	853	30	29	8	31	1.87
39099784--39099958	22	7.5	23	61	11	70	30	28	9	31	1.88
39099762--39099983	25	9.4	24	60	11	82	31	27	7	32	1.84
39103460--39103682	40	5.6	40	87	2	243	25	26	23	24	2.00
39105298--39105365	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
39105187--39105514	174	1.9	174	96	0	611	31	24	14	29	1.94
39105467--39105545	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
39107337--39107415	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
39107397--39107499	43	2.4	43	98	0	197	27	35	14	22	1.93
39109030--39109091	5	12.0	5	76	17	56	46	17	1	33	1.58
39109029--39109092	20	3.0	21	88	11	96	48	17	1	32	1.56
39109029--39109092	11	6.1	11	83	8	89	48	17	1	32	1.56
39109650--39109728	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
39109846--39110128	47	5.9	47	96	1	485	30	29	8	31	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39112350--39112672	50	6.4	50	82	0	331	30	27	16	25	1.97
39112386--39112716	100	3.3	102	81	9	313	31	27	16	25	1.96
39112365--39112714	151	2.3	150	83	2	414	31	27	16	25	1.96
39112486--39112716	101	2.3	100	86	6	297	32	26	16	25	1.96
39113193--39113218	12	2.2	12	100	0	52	15	7	42	34	1.75
39126577--39126717	27	5.2	27	81	11	173	17	24	22	34	1.96
39126574--39126717	54	2.7	54	93	2	236	17	25	22	34	1.96
39126577--39126735	81	2.0	80	81	10	191	18	24	21	35	1.96
39149308--39149528	46	4.7	46	83	10	245	27	19	30	22	1.98
39149359--39149576	46	4.7	48	83	9	220	28	17	30	23	1.97
39149308--39149575	92	2.9	92	80	8	242	28	18	30	23	1.97
39152276--39152545	40	6.8	40	93	2	402	27	28	21	22	1.99
39159878--39160000	22	5.3	22	62	11	66	29	9	31	29	1.89
39159864--39160314	47	9.5	47	94	1	740	31	8	31	29	1.87
39159864--39160314	143	3.2	141	92	2	740	31	8	31	29	1.87
39159864--39160314	96	4.8	94	94	1	740	31	8	31	29	1.87
39162355--39162429	39	1.9	39	83	5	98	26	14	30	28	1.95
39162420--39162654	40	5.9	40	90	0	317	25	22	27	25	2.00
39162816--39162866	25	2.0	25	85	7	68	29	7	33	29	1.85
39166005--39166434	46	9.5	47	92	6	660	31	7	31	28	1.86
39166005--39166434	93	4.8	94	91	6	660	31	7	31	28	1.86
39168446--39168520	39	1.9	39	83	5	98	26	14	30	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39168511--39168745	40	5.9	40	90	0	317	25	22	27	25	2.00
39172096--39172235	47	3.0	47	92	3	232	29	7	31	32	1.84
39172110--39172185	22	3.3	22	66	10	62	28	9	31	30	1.88
39172204--39172260	19	3.4	19	64	31	56	26	10	29	33	1.90
39172197--39172266	31	2.2	32	94	2	124	25	8	30	35	1.86
39172150--39172308	75	2.0	82	91	8	269	27	7	31	33	1.85
39172243--39172525	47	6.0	47	94	2	478	31	8	30	28	1.87
39172328--39172450	22	5.3	22	62	11	66	30	11	30	27	1.91
39176936--39177205	40	6.8	40	89	2	366	27	27	21	23	1.99
39179410--39179608	53	3.8	53	86	2	274	27	17	21	33	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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