genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.120.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39179405--39179608	26	7.7	27	80	2	218	27	17	21	33	1.96
39186221--39186310	45	2.0	45	97	0	171	31	16	24	27	1.97
39187206--39187478	46	5.7	50	78	11	220	25	19	30	25	1.98
39190272--39190323	17	3.2	17	69	20	56	23	7	19	50	1.73
39190259--39190323	32	2.0	32	100	0	130	24	9	15	50	1.73
39190262--39190312	15	3.3	15	70	20	50	25	7	13	52	1.67
39194003--39194260	40	6.5	40	90	4	373	22	23	28	25	1.99
39195993--39196106	43	2.7	43	76	5	122	28	18	26	26	1.98
39204866--39204928	13	4.9	13	82	1	83	33	26	9	30	1.88
39207969--39208099	46	2.8	48	77	14	157	22	19	27	29	1.98
39208392--39208527	68	2.0	68	100	0	272	23	17	8	50	1.74
39210195--39210278	27	3.1	26	81	6	96	23	11	26	38	1.90
39210195--39210300	54	2.0	54	80	0	122	24	10	26	38	1.87
39216506--39216566	26	2.3	26	91	0	95	19	16	27	36	1.93
39223018--39223075	24	2.2	28	80	17	72	6	34	3	55	1.44
39228467--39228670	40	5.1	40	81	5	227	24	22	26	25	2.00
39228520--39228684	79	2.1	79	84	4	208	24	21	27	26	1.99
39230335--39230380	18	2.4	19	79	17	51	21	21	34	21	1.97
39230598--39230921	27	12.0	27	87	0	434	35	20	19	24	1.96
39236661--39236830	39	4.3	39	86	0	205	27	28	23	21	1.99
39236659--39236910	78	3.2	77	80	6	233	28	27	22	21	1.99
39236797--39236915	39	3.1	39	81	4	161	30	29	21	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39236989--39237060	28	2.6	28	86	0	108	29	23	9	37	1.87
39238597--39238949	27	13.1	27	86	1	449	34	21	20	23	1.97
39238597--39238934	161	2.1	160	85	3	446	34	22	20	23	1.97
39240287--39240415	46	2.8	46	82	7	136	31	17	27	24	1.97
39244164--39244347	67	2.8	63	75	8	165	29	18	29	21	1.97
39251416--39251629	46	4.6	45	76	9	182	28	15	29	26	1.96
39253145--39253189	21	2.1	21	84	8	56	48	4	17	28	1.66
39257664--39257952	48	6.0	48	76	10	250	27	25	19	27	1.99
39258005--39258193	89	2.1	89	94	0	326	38	22	11	28	1.88
39268036--39268357	48	6.7	48	78	8	237	27	26	19	26	1.99
39272290--39272357	28	2.4	28	90	4	102	33	26	11	27	1.91
39273932--39273970	20	2.0	20	89	0	60	51	0	12	35	1.40
39274293--39274327	18	2.0	18	88	5	54	17	0	28	54	1.43
39282947--39283153	47	4.4	47	91	0	324	34	11	28	26	1.90
39283016--39283092	22	3.4	22	67	22	68	33	12	28	24	1.93
39284691--39285049	40	9.0	40	90	0	556	20	21	30	27	1.98
39285213--39285263	25	2.0	25	81	7	59	35	13	29	21	1.92
39288924--39289161	47	5.1	47	91	0	341	34	10	28	26	1.89
39288996--39289069	22	3.2	22	66	23	62	35	13	28	22	1.92
39288949--39289207	141	1.8	141	85	3	360	33	11	29	25	1.91
39288924--39289207	94	3.0	94	87	2	329	33	10	29	26	1.89
39290875--39291009	47	2.9	48	81	6	177	21	31	19	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39290870--39291053	47	3.9	46	74	18	148	23	29	20	27	1.99
39290875--39291053	94	1.9	94	86	2	252	22	30	19	27	1.98
39295193--39295250	25	2.3	25	96	0	107	34	31	0	34	1.58
39295226--39295723	49	10.3	49	94	3	877	29	29	8	32	1.86
39295226--39295723	96	5.2	96	95	2	892	29	29	8	32	1.86
39295226--39295723	195	2.6	194	97	1	923	29	29	8	32	1.86
39299022--39299422	40	10.1	40	90	1	590	24	27	22	25	2.00
39315747--39315856	53	2.1	53	91	3	177	39	20	10	30	1.86
39315755--39315855	27	3.8	26	79	6	114	41	16	9	31	1.81
39317163--39317337	46	3.8	46	78	13	214	29	29	20	20	1.98
39324730--39324904	46	3.8	46	76	13	196	28	29	20	21	1.98
39326196--39326323	27	4.8	26	80	7	114	39	15	11	33	1.84
39326192--39326323	54	2.4	54	81	5	151	38	15	12	33	1.85
39326278--39326339	27	2.3	27	86	5	81	40	12	16	30	1.86
39326700--39326756	22	2.6	22	82	0	60	17	19	21	42	1.90
39327130--39327186	28	2.0	28	82	0	69	22	21	21	35	1.96
39339256--39339327	34	2.1	34	84	5	92	20	23	25	30	1.99
39358286--39358362	33	2.3	34	86	2	102	28	24	20	25	1.99
39358298--39358362	34	1.9	33	90	3	103	29	24	21	24	1.99
39372634--39372679	17	2.7	18	75	21	53	19	17	19	43	1.88
39378745--39378784	21	1.9	21	89	0	62	55	2	7	35	1.42
39388886--39388911	9	2.9	9	100	0	52	11	0	23	65	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39389647--39389771	42	2.8	43	82	9	128	28	16	26	28	1.97
39394104--39394288	40	4.7	40	84	7	227	23	22	28	25	1.99
39394104--39394286	79	2.3	81	85	7	241	24	22	27	25	2.00
39394105--39394311	79	2.6	79	80	12	237	25	21	27	25	1.99
39400828--39401210	40	9.6	40	92	2	556	27	27	20	24	1.99
39408867--39409160	40	7.2	40	89	7	423	27	28	20	24	1.99
39420265--39420343	34	2.4	34	82	2	88	20	24	22	32	1.97
39432520--39432558	20	1.9	21	84	5	53	41	28	15	15	1.87
39435980--39436167	40	4.7	40	95	0	313	22	25	20	31	1.98
39444376--39444424	20	2.5	20	82	0	62	51	20	20	8	1.73
39445552--39445655	27	3.8	26	67	20	70	34	26	8	29	1.87
39445640--39445807	27	6.2	27	86	2	230	34	17	21	26	1.96
39446195--39446250	22	2.5	22	83	11	78	23	26	17	32	1.97
39446195--39446259	22	3.0	21	72	28	55	23	27	18	30	1.97
39446418--39446525	27	4.0	27	84	5	121	18	22	21	37	1.94
39446418--39446521	54	1.9	53	84	1	136	19	22	20	38	1.94
39446646--39446766	6	19.7	6	66	17	61	18	19	14	47	1.83
39446646--39446708	25	2.5	25	84	0	81	17	19	15	47	1.83
39446674--39446740	19	3.6	19	82	11	93	16	22	14	46	1.84
39446674--39446745	37	1.9	37	94	0	126	16	22	13	47	1.82
39448016--39448097	18	4.6	18	92	0	119	42	15	14	26	1.86
39449125--39449157	15	2.2	15	100	0	66	54	24	0	21	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39473028--39473052	13	1.9	13	100	0	50	20	40	24	16	1.91
39479232--39479309	39	2.0	39	94	0	138	26	28	10	34	1.89
39482341--39482526	80	2.3	80	83	9	229	27	27	20	23	1.99
39482343--39482526	40	4.6	40	83	7	205	27	27	21	23	1.99
39485129--39485518	197	2.0	198	96	0	719	34	13	16	36	1.87
39527649--39527889	47	5.1	47	91	0	356	33	10	28	27	1.90
39528097--39528204	37	2.9	37	95	0	189	23	19	31	25	1.98
39529949--39529999	20	2.6	20	96	3	95	19	37	33	9	1.85
39538356--39538396	21	2.0	22	85	9	59	24	4	9	60	1.47
39539942--39540091	43	3.5	42	77	5	158	26	14	25	34	1.94
39541084--39541312	114	2.0	114	98	0	440	23	20	31	24	1.98
39541787--39541845	31	1.9	31	86	6	84	55	3	23	16	1.56
39554620--39554760	31	4.5	31	92	0	228	28	24	17	30	1.97
39554784--39554875	42	2.2	42	92	0	148	34	21	14	29	1.93
39555013--39555082	25	2.8	25	84	4	88	25	22	27	24	2.00
39556001--39556109	27	3.9	27	74	15	87	33	6	17	43	1.74
39556065--39556160	27	3.6	26	80	9	97	26	5	22	45	1.73
39556192--39556634	27	16.4	27	89	1	620	40	7	22	30	1.81
39558951--39559033	31	2.7	29	87	7	121	28	25	15	30	1.96
39559253--39559322	25	2.8	25	91	4	106	28	22	24	24	1.99
39560129--39560193	27	2.4	27	84	5	87	23	24	16	35	1.95
39560237--39560294	27	2.1	27	80	0	62	36	13	15	34	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39560244--39560467	27	8.2	27	77	6	159	32	9	18	39	1.84
39560335--39560488	54	2.8	53	80	4	191	29	8	22	39	1.83
39560338--39560488	81	1.9	82	87	4	225	29	8	21	40	1.83
39560520--39560636	27	4.3	27	85	4	155	41	8	21	28	1.82
39562990--39563581	47	12.6	47	91	0	923	28	29	8	33	1.87
39565811--39565875	34	1.9	34	87	0	94	26	24	20	29	1.99
39566274--39566447	27	6.4	27	85	3	125	23	17	19	39	1.92
39566330--39566502	27	6.4	27	85	4	222	19	19	21	39	1.93
39566304--39566524	82	2.7	81	83	4	248	21	18	21	38	1.93
39571836--39572144	27	11.4	26	77	7	224	19	18	21	40	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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