genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.97.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31449008--31449130	57	2.2	57	100	0	246	33	21	26	19	1.97
31449136--31449261	55	2.3	55	77	8	130	24	26	28	19	1.99
31463667--31463825	46	3.4	46	72	14	155	23	21	27	27	1.99
31463743--31463814	20	3.3	20	65	20	54	23	25	26	25	2.00
31463649--31463817	93	1.8	93	85	0	239	24	22	26	26	2.00
31470203--31470243	20	2.0	20	95	0	73	34	2	31	31	1.71
31470205--31470253	20	2.3	20	86	6	62	38	4	28	28	1.75
31470611--31470793	48	3.8	48	75	0	143	31	19	24	25	1.98
31470623--31470842	96	2.3	96	85	2	280	30	19	24	25	1.98
31470662--31470809	48	3.1	47	71	3	134	31	20	24	23	1.98
31477105--31477165	18	3.5	18	67	24	58	14	21	34	29	1.93
31488293--31488414	23	5.3	23	80	12	126	27	22	16	32	1.96
31490584--31490626	19	2.3	19	92	4	70	18	30	37	13	1.90
31495191--31495363	48	3.6	48	78	0	184	30	19	24	25	1.98
31495232--31495379	48	3.1	47	74	1	143	27	20	27	24	1.99
31495195--31495396	96	2.1	96	86	3	273	30	19	24	25	1.98
31498379--31498598	27	8.2	27	87	1	162	31	11	17	39	1.85
31498416--31498757	54	6.4	54	82	5	336	32	10	18	38	1.85
31498422--31498757	134	2.5	134	84	5	410	32	10	18	38	1.85
31498475--31498757	27	10.6	27	85	5	344	32	10	19	38	1.85
31498445--31498757	107	2.9	107	85	5	393	32	10	19	38	1.85
31499092--31499166	28	2.7	28	91	0	132	28	37	16	18	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31531806--31531874	35	2.0	35	100	0	138	40	14	7	37	1.74
31537393--31537429	14	2.5	15	83	16	51	21	40	0	37	1.54
31540640--31540740	40	2.5	40	86	0	130	24	18	23	32	1.97
31540728--31540822	28	3.4	28	88	4	129	24	15	30	29	1.96
31547580--31547773	40	4.9	40	91	0	300	24	27	22	25	2.00
31555623--31555776	40	3.9	40	83	4	195	23	25	22	28	1.99
31555623--31555776	80	1.9	79	89	6	240	23	25	22	28	1.99
31561023--31561125	40	2.6	39	87	6	143	25	18	23	33	1.97
31561111--31561182	28	2.6	28	88	0	108	25	12	33	29	1.92
31567060--31567084	13	1.9	13	100	0	50	40	0	28	32	1.57
31577333--31577369	18	2.1	18	100	0	74	48	5	16	29	1.68
31584194--31584277	31	2.6	31	86	3	105	58	17	8	15	1.61
31584524--31584572	21	2.3	21	82	0	62	8	48	14	28	1.72
31590015--31590137	9	13.7	9	84	0	156	28	0	24	46	1.58
31590411--31590501	39	2.3	39	96	0	164	53	4	0	41	1.21
31590437--31590500	19	3.3	19	68	20	60	54	6	0	39	1.26
31590714--31590761	24	2.0	24	87	0	69	43	2	18	35	1.62
31591173--31591310	67	2.1	67	98	0	267	22	15	20	41	1.90
31594239--31594332	26	3.6	26	89	2	145	44	4	6	44	1.49
31594370--31594403	7	4.7	7	85	7	50	32	52	0	14	1.42
31594377--31594405	15	1.9	15	100	0	58	31	48	0	20	1.50
31594443--31594486	7	6.1	7	82	12	54	36	45	0	18	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31594503--31594535	14	2.3	15	94	5	59	48	33	0	18	1.48
31594559--31594607	15	3.3	15	82	2	55	46	34	0	18	1.49
31608504--31608534	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
31608501--31608540	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
31608773--31608980	55	3.9	52	76	7	166	22	25	16	35	1.95
31614724--31614911	40	4.7	40	97	0	349	30	20	27	21	1.98
31619928--31619958	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
31619925--31619964	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
31620150--31620404	55	4.8	54	76	9	215	21	24	17	36	1.95
31622853--31623140	50	5.7	50	84	3	319	25	19	26	28	1.98
31622913--31623040	51	2.5	51	96	0	229	25	21	25	27	1.99
31623550--31623653	51	2.0	51	100	0	208	31	5	23	39	1.78
31623779--31623820	21	2.0	21	95	0	75	42	9	11	35	1.74
31627414--31627566	75	2.0	75	96	0	279	28	18	8	44	1.79
31629188--31629294	42	2.5	42	78	3	108	28	24	15	30	1.96
31631996--31632278	48	5.9	48	78	2	237	24	30	19	26	1.98
31638623--31638903	48	5.9	48	73	8	189	23	29	19	27	1.98
31638624--31638891	96	2.8	95	77	8	258	22	29	20	28	1.98
31642084--31642255	40	4.3	40	87	2	213	25	27	21	25	1.99
31642086--31642308	40	5.6	39	82	5	207	25	26	21	26	1.99
31642084--31642308	80	2.8	79	80	7	231	25	27	21	25	1.99
31642240--31642317	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31649492--31649663	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
31649494--31649716	40	5.6	39	83	5	216	25	27	21	25	1.99
31649492--31649716	80	2.8	79	80	7	240	25	27	21	25	1.99
31649648--31649725	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
31651955--31652149	48	4.2	44	87	5	171	29	25	18	26	1.98
31651980--31652159	48	3.8	48	90	0	272	29	26	18	25	1.98
31652142--31652223	37	2.2	37	86	0	110	26	25	20	26	1.99
31655166--31655226	30	2.0	30	93	0	104	44	11	9	34	1.74
31662238--31662509	40	6.8	40	94	0	449	26	27	23	22	1.99
31665232--31665477	49	5.0	50	80	4	275	25	17	26	30	1.97
31672209--31672430	49	4.5	50	77	4	227	25	17	27	30	1.97
31674874--31674929	29	2.0	28	96	3	103	17	19	28	33	1.95
31676314--31676354	21	2.0	21	85	0	55	53	2	2	41	1.27
31677385--31677595	56	3.8	56	86	1	289	27	14	23	35	1.93
31677379--31677626	112	2.2	111	83	7	322	27	14	23	34	1.93
31683074--31683162	47	1.9	46	95	2	160	33	11	28	26	1.91
31683130--31683181	16	3.4	16	68	10	54	32	11	26	28	1.91
31683128--31683193	30	2.2	31	94	5	125	33	12	28	25	1.92
31683081--31683240	77	2.1	78	96	2	304	33	12	28	25	1.92
31683176--31683251	22	3.3	22	67	22	66	31	13	30	25	1.93
31683159--31683342	47	4.0	47	91	2	284	31	13	29	25	1.93
31683225--31683300	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31683313--31683447	50	2.7	50	95	2	236	36	7	25	31	1.83
31683507--31683610	37	2.8	37	94	0	172	23	19	32	25	1.97
31684885--31685276	40	9.8	40	90	0	613	25	22	27	25	2.00
31686784--31686966	79	2.3	81	84	7	232	25	27	22	24	2.00
31686763--31686966	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	24	2.00
31692817--31693008	47	4.1	47	91	1	298	32	11	29	26	1.92
31692842--31692917	22	3.3	22	67	22	66	31	13	30	25	1.93
31692891--31692966	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
31693123--31693231	37	2.9	37	94	0	182	22	18	32	26	1.97
31694752--31694897	37	3.9	37	88	0	220	28	30	17	23	1.97
31695047--31695193	50	3.0	50	89	3	217	29	24	10	36	1.88
31695152--31695390	47	5.1	47	92	1	365	25	28	12	33	1.92
31695243--31695365	22	5.3	22	65	24	74	25	28	13	33	1.93
31695225--31695411	94	2.0	91	83	8	236	30	26	10	32	1.90
31714197--31714302	55	1.9	54	81	5	124	13	23	32	31	1.93
31718934--31719092	43	3.7	43	78	10	182	29	28	18	23	1.97
31718934--31719095	86	1.9	85	83	8	213	30	28	17	22	1.97
31724608--31724664	30	1.9	30	85	0	78	35	14	24	26	1.93
31725015--31725220	47	4.5	46	77	10	179	27	19	29	23	1.98
31725004--31725220	94	2.4	91	82	6	242	27	19	29	23	1.98
31727827--31727960	55	2.4	55	93	0	223	26	15	26	32	1.96
31740546--31740581	18	1.9	19	94	5	65	52	0	41	5	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31743860--31743918	30	2.0	30	86	0	82	44	6	20	28	1.77
31752999--31753146	26	5.7	26	91	1	226	29	20	21	28	1.98
31752979--31753146	52	3.3	52	89	4	227	29	20	22	27	1.99
31753196--31753270	20	3.8	20	87	6	102	36	18	8	37	1.80
31753196--31753253	11	5.6	11	74	15	61	34	18	8	37	1.82
31767269--31767333	34	1.9	33	81	9	78	27	26	21	24	1.99
31769083--31769154	34	2.1	34	87	5	101	30	22	22	25	1.99
31769145--31769170	12	2.2	12	100	0	52	50	7	19	23	1.73
31771536--31771718	40	4.6	40	95	0	312	21	28	22	27	1.99
31774876--31774990	29	4.0	30	75	7	114	26	30	13	29	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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