Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   

This is table  39  of  373  ( 44737 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
11288950--11289008
30
2.0
30
93
0
100
32
15
22
30
1.94
11288983--11289142
42
3.7
43
78
6
137
31
14
25
28
1.95
11289025--11289140
42
2.7
43
84
4
146
31
15
24
28
1.95
11291239--11291314
30
2.5
30
82
4
91
38
0
2
59
1.12
11300170--11300215
22
2.0
24
83
8
60
50
6
4
39
1.48
11300590--11300653
32
2.0
32
100
0
128
37
25
6
31
1.81
11305912--11305949
5
7.4
5
88
5
58
81
0
2
15
0.80
11310370--11310394
5
5.0
5
100
0
50
80
0
0
20
0.72
11313489--11313664
46
3.8
46
76
11
180
21
20
29
28
1.98
11313486--11313657
93
1.8
93
91
2
283
21
20
29
27
1.98
11316323--11316406
23
3.7
23
85
0
105
44
22
15
17
1.87
11319404--11319500
47
2.0
48
80
9
110
48
2
2
47
1.25
11319514--11319561
23
2.3
22
86
13
66
50
8
10
31
1.66
11321024--11321122
47
2.1
47
83
3
119
22
22
25
30
1.99
11324365--11324404
21
1.9
21
94
0
71
22
25
27
25
2.00
11327090--11327149
30
2.0
30
93
0
102
58
15
1
25
1.46
11347195--11347292
5
19.6
5
97
0
187
60
1
0
38
1.04
11347412--11347464
16
3.3
16
76
10
63
35
24
5
33
1.79
11349375--11349450
28
2.7
29
83
4
91
28
28
17
25
1.97
11349341--11349450
57
1.9
57
81
3
132
28
29
15
27
1.96
11349678--11349724
16
2.9
16
78
6
51
12
21
19
46
1.82
11349672--11349732
24
2.6
23
79
7
68
11
19
18
50
1.76
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
11351514--11351565
20
2.5
21
81
12
63
34
0
7
57
1.27
11353719--11353871
23
6.5
23
76
9
130
15
23
24
36
1.93
11353715--11353871
46
3.3
47
72
13
160
15
22
24
36
1.94
11355278--11355333
28
1.9
30
85
7
80
39
21
1
37
1.64
11355546--11355580
17
1.9
18
88
11
54
0
31
0
68
0.90
11355625--11355659
16
2.2
16
89
0
52
25
8
2
62
1.38
11355713--11355755
19
2.2
20
80
8
54
34
6
2
55
1.39
11361709--11361749
17
2.4
17
87
0
55
41
26
21
9
1.84
11382574--11382781
5
41.2
5
89
1
317
56
0
3
39
1.21
11382938--11383022
32
2.7
32
84
0
125
38
17
3
40
1.67
11384193--11384239
21
2.2
21
85
11
60
23
8
2
65
1.31
11391137--11391215
27
3.0
26
67
22
65
60
2
32
3
1.28
11395611--11395663
26
2.0
27
85
7
74
24
15
22
37
1.92
11397148--11397203
26
2.2
26
96
0
103
33
28
7
30
1.84
11397202--11397233
10
3.2
10
95
0
55
31
18
9
40
1.83
11400799--11400856
30
1.9
30
85
0
80
17
25
36
20
1.94
11404028--11404057
11
2.7
11
100
0
60
16
0
16
66
1.25
11404024--11404077
22
2.4
22
75
9
56
22
1
9
66
1.30
11404099--11404168
3
22.3
3
74
18
54
32
5
1
60
1.29
11404070--11404120
26
2.0
26
84
7
68
33
5
1
58
1.33
11404067--11404143
12
6.5
12
75
19
65
31
3
2
62
1.27
11404221--11404445
109
2.1
109
99
0
441
42
7
4
46
1.51
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
11404416--11404461
22
2.1
23
84
8
60
39
6
2
52
1.40
11407859--11408002
12
12.0
12
71
14
50
29
2
3
64
1.24
11407862--11407970
40
2.7
39
78
10
96
28
1
3
66
1.19
11407944--11408028
3
27.3
3
74
19
68
32
4
1
61
1.24
11407912--11408003
12
7.5
12
70
20
66
30
3
2
64
1.21
11408080--11408304
109
2.1
109
98
0
432
42
8
3
46
1.50
11419307--11419345
8
4.6
8
84
9
51
82
0
0
17
0.68
11419304--11419345
17
2.3
18
88
8
59
80
0
0
19
0.70
11420155--11420537
44
8.7
42
76
8
298
33
13
27
26
1.93
11420154--11420619
132
3.6
131
89
2
653
32
13
27
26
1.94
11420154--11420832
88
7.8
89
71
12
318
32
14
26
26
1.95
11420554--11420849
44
6.7
44
69
15
171
32
15
26
25
1.95
11420154--11420790
132
4.9
128
81
10
418
32
14
26
26
1.95
11420658--11420864
89
2.3
88
78
8
206
32
15
26
24
1.96
11420547--11420861
133
2.4
134
88
2
465
32
15
26
26
1.96
11420660--11420867
45
4.7
45
74
9
183
32
16
25
25
1.96
11422302--11422331
11
2.7
11
100
0
60
16
0
16
66
1.25
11422341--11422434
12
7.5
12
70
21
68
30
3
2
63
1.21
11422322--11422397
29
2.6
29
80
12
84
30
2
2
64
1.21
11422339--11422436
26
3.9
25
75
24
91
30
3
2
64
1.20
11422373--11422459
3
28.3
3
73
21
65
33
4
1
60
1.24
11422338--11422443
27
3.9
26
78
17
94
32
2
1
63
1.20
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
11422341--11422401
15
4.4
14
76
19
74
31
1
1
65
1.12
11422512--11422736
109
2.1
109
99
0
441
42
7
4
46
1.51
11422707--11422752
22
2.1
23
84
8
60
39
6
2
52
1.40
11428452--11428507
15
3.7
15
85
0
85
23
23
25
28
1.99
11428513--11428576
24
2.7
24
77
0
74
39
17
14
29
1.88
11428627--11428683
15
3.9
15
75
6
64
28
22
21
28
1.99
11428620--11428688
29
2.3
29
82
5
84
28
23
17
30
1.97
11428787--11429104
34
9.4
34
85
0
411
32
18
16
32
1.94
11429111--11429195
24
3.7
23
70
7
64
32
10
22
34
1.88
11430850--11430955
43
2.5
43
76
6
124
30
23
17
28
1.97
11431738--11431772
10
3.4
10
92
7
61
8
11
2
77
1.10
11433655--11433688
15
2.2
16
89
5
52
70
0
0
29
0.87
11433773--11433811
7
5.6
7
100
0
78
12
12
0
74
1.08
11433983--11434099
10
12.4
9
71
15
69
55
2
5
36
1.36
11434035--11434101
19
3.4
21
78
13
72
56
0
5
37
1.24
11440788--11440885
49
2.0
49
95
0
178
40
20
14
24
1.89
11443654--11443716
27
2.3
26
76
10
63
50
11
0
38
1.38
11443683--11443712
15
2.0
15
93
0
51
40
10
0
50
1.36
11445294--11445339
5
9.6
5
77
17
53
76
0
2
21
0.90
11445294--11445337
13
3.1
14
87
6
63
77
0
2
20
0.88
11445298--11445339
22
2.0
20
90
9
66
76
0
2
21
0.90
11453411--11453451
20
2.0
20
85
0
55
60
2
7
29
1.36
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
11453453--11453515
27
2.3
26
76
10
63
50
11
0
38
1.38
11453482--11453511
15
2.0
15
93
0
51
40
10
0
50
1.36
11454115--11454181
34
2.0
34
82
11
84
34
10
13
41
1.79
11457358--11457407
22
2.3
22
80
16
59
32
52
4
12
1.57
11459136--11459192
26
2.2
26
96
0
105
36
26
5
31
1.79
11463243--11463268
8
3.2
8
100
0
52
11
11
0
76
1.01
11464973--11465028
27
2.1
26
83
9
69
58
5
5
30
1.42
11467493--11467533
21
2.1
19
86
9
55
60
0
2
36
1.10
11468196--11468271
31
2.5
31
80
6
84
30
11
9
48
1.71
11469048--11469084
19
1.9
19
88
0
56
81
0
18
0
0.70
11479724--11479923
20
9.9
20
73
9
111
20
20
8
51
1.73
11479705--11479891
40
4.7
41
73
12
156
18
18
8
55
1.67
11479727--11479875
60
2.4
61
80
2
156
19
18
10
52
1.73
11480361--11480430
21
3.4
20
79
13
88
20
18
5
55
1.62
11480349--11480440
42
2.2
41
84
7
125
19
18
8
53
1.70
11480980--11481049
35
2.0
35
100
0
140
34
20
22
22
1.97
11481674--11481712
9
4.3
9
86
0
51
25
28
0
46
1.53
11484598--11484712
48
2.3
50
89
5
189
36
6
14
42
1.71
11485592--11485898
138
2.2
139
87
1
438
39
22
21
17
1.93
11485858--11485919
21
3.0
21
81
13
74
37
17
29
16
1.92
11488537--11488578
14
2.8
15
82
10
50
47
28
0
23
1.52
11489493--11489548
26
2.2
26
83
6
69
37
19
1
41
1.62
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
11490003--11490038
17
2.1
18
89
5
56
61
2
0
36
1.11
11493648--11493689
3
14.3
3
90
5
59
64
0
4
30
1.14
11495315--11495339
13
1.9
13
100
0
50
32
4
24
40
1.73
11495946--11496100
43
3.7
43
81
4
172
29
16
23
30
1.97
11499896--11499922
6
4.5
6
100
0
54
29
0
0
70
0.88
11501059--11502316
81
15.5
81
80
6
1248
31
19
22
27
1.98
11501151--11502320
162
7.2
162
94
0
1894
31
19
22
26
1.98
11511684--11512175
99
5.0
99
95
0
858
19
36
12
31
1.88
11520216--11520571
177
2.0
177
100
0
712
29
10
20
39
1.85
11520948--11520990
21
2.0
22
81
4
52
32
34
23
9
1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373