genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.256.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86769389--86769429	21	2.0	21	95	0	73	14	26	7	51	1.69
86785791--86785838	2	23.5	2	91	4	78	50	0	47	2	1.12
86786067--86786186	33	3.2	37	63	23	95	40	9	3	47	1.52
86786058--86786207	77	2.0	73	92	5	246	38	9	6	46	1.61
86788033--86788077	22	2.0	23	82	4	56	42	0	0	57	0.98
86788699--86788731	14	2.3	15	85	15	52	60	0	0	39	0.97
86789588--86789625	19	2.1	18	90	9	60	15	39	34	10	1.82
86790501--86790719	46	4.7	47	79	9	179	24	29	18	27	1.98
86802128--86802351	40	5.6	40	83	5	281	23	23	26	26	2.00
86802132--86802351	83	2.7	81	86	6	288	23	24	26	25	2.00
86810037--86810220	40	4.6	40	83	8	223	23	24	26	25	2.00
86811729--86811885	78	2.0	78	97	0	296	41	10	14	33	1.81
86812932--86812965	16	2.1	17	88	5	52	29	23	5	41	1.78
86814096--86814130	18	1.9	18	94	0	61	31	25	14	28	1.95
86818008--86818041	16	2.1	17	88	5	52	41	5	23	29	1.78
86819653--86819691	21	1.9	20	85	15	53	38	10	17	33	1.84
86819681--86819715	18	1.9	18	94	0	61	28	14	25	31	1.95
86827884--86827935	16	3.3	15	76	7	50	65	3	0	30	1.10
86840883--86841189	40	7.9	40	93	5	540	23	21	30	24	1.99
86841203--86841364	38	4.2	39	89	5	247	24	22	30	22	1.99
86849533--86850046	40	12.9	40	95	0	893	24	21	29	24	1.99
86851423--86851618	50	3.9	49	81	3	248	29	27	17	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86857567--86857644	22	3.3	22	65	25	59	30	30	15	23	1.95
86857495--86857728	50	4.7	50	89	1	308	29	27	18	25	1.98
86859226--86859255	14	2.1	14	100	0	60	20	20	6	53	1.67
86870334--86870389	28	2.0	28	92	0	94	26	16	19	37	1.92
86872391--86872520	21	6.2	21	79	0	98	46	13	20	20	1.82
86876005--86876174	40	4.3	40	85	0	207	24	30	21	23	1.99
86882385--86882455	37	1.9	37	91	5	117	36	8	16	38	1.80
86882708--86882830	21	6.0	21	80	3	124	46	16	20	17	1.84
86882981--86883015	17	2.0	18	88	5	54	51	14	0	34	1.42
86887246--86887292	2	23.5	2	100	0	94	51	48	0	0	1.00
86890226--86890262	20	1.9	18	89	10	56	43	0	21	35	1.53
86892500--86892577	29	2.7	28	84	11	104	25	14	30	29	1.94
86892530--86892858	175	1.9	174	95	0	595	30	14	24	30	1.95
86896844--86896907	28	2.3	28	97	0	119	17	48	20	14	1.81
86897905--86898108	46	4.4	46	83	4	223	25	26	19	28	1.98
86898441--86898498	30	1.9	30	92	0	98	27	25	13	32	1.94
86918509--86918626	18	6.6	18	75	7	87	41	17	5	34	1.74
86918599--86918680	18	4.6	18	81	6	94	32	13	17	36	1.88
86918571--86918680	36	3.1	35	81	7	114	36	13	15	34	1.87
86918787--86918816	6	5.0	6	95	0	51	46	16	20	16	1.84
86918801--86918919	51	2.3	53	83	4	143	39	19	22	18	1.92
86919597--86919630	17	2.1	15	89	10	50	2	32	0	64	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86921468--86921537	25	2.8	25	95	0	122	25	22	25	25	2.00
86921752--86921922	53	3.2	53	88	6	240	26	19	18	35	1.95
86921752--86921922	27	6.4	26	86	6	209	26	19	18	35	1.95
86921917--86921991	26	2.8	26	91	2	123	36	13	13	37	1.84
86921885--86922201	27	11.8	26	78	9	241	29	11	21	37	1.89
86921994--86922254	134	1.9	135	89	2	409	28	9	22	39	1.84
86921969--86922254	27	10.6	27	83	3	335	29	9	21	39	1.85
86921927--86922414	27	18.1	27	82	5	276	32	9	20	36	1.86
86924494--86924576	29	2.8	29	76	10	87	26	22	18	32	1.97
86924797--86924866	25	2.8	25	97	0	131	27	22	24	25	2.00
86925069--86925309	27	9.0	27	84	2	265	25	18	19	36	1.94
86925298--86925426	27	4.8	27	84	0	143	31	10	20	38	1.85
86925337--86925449	54	2.1	53	88	1	163	29	8	20	41	1.82
86925312--86925477	27	6.2	27	78	5	115	30	9	18	40	1.83
86925337--86925477	53	2.6	54	85	1	167	29	9	19	41	1.82
86925470--86925599	27	4.8	27	92	0	197	38	8	23	29	1.84
86928366--86928446	39	2.1	39	95	0	144	34	11	17	37	1.85
86931208--86931428	50	4.6	50	74	10	221	23	28	19	28	1.98
86936824--86936937	30	3.8	30	98	0	219	35	22	16	24	1.95
86937296--86937335	21	2.0	20	85	14	55	20	25	40	15	1.90
86939075--86939131	30	2.0	28	82	6	69	24	21	21	33	1.97
86959278--86959314	20	1.9	20	88	5	58	35	5	10	48	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86962237--86962342	43	2.5	43	84	3	133	25	16	26	32	1.96
86964332--86964410	36	2.2	36	86	2	104	12	29	13	44	1.81
86966187--86966257	37	1.9	37	91	0	115	22	36	19	21	1.95
86976990--86977043	28	1.9	28	84	0	72	31	24	24	20	1.98
86977782--86977976	27	7.2	27	78	8	116	32	10	15	41	1.81
86977826--86977976	54	2.8	54	85	6	173	33	9	15	41	1.79
86977799--86977976	81	2.2	80	85	7	227	33	9	15	42	1.79
86978195--86978230	17	2.1	18	89	5	56	19	41	22	16	1.90
86984761--86984822	30	2.1	30	96	0	115	30	11	24	33	1.90
86999621--86999652	9	3.6	9	95	0	55	34	12	34	18	1.89
87004352--87004530	53	3.4	52	83	7	204	36	17	26	20	1.94
87004743--87004773	16	1.9	16	93	0	53	38	3	22	35	1.71
87010861--87011123	40	6.6	40	84	4	246	26	27	20	25	1.99
87010826--87011123	80	3.7	81	75	11	233	25	27	20	25	1.99
87010861--87011123	120	2.2	119	80	4	289	26	27	20	25	1.99
87011055--87011132	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
87017970--87018241	40	6.8	40	92	0	445	29	20	27	22	1.98
87026709--87027020	40	7.8	40	92	0	498	29	20	27	23	1.98
87046920--87047083	43	3.9	42	79	4	159	25	18	25	30	1.98
87046970--87047104	42	3.2	41	77	9	128	28	17	22	31	1.97
87057849--87058020	40	4.3	40	85	2	204	24	22	27	25	1.99
87057876--87058053	79	2.3	79	80	3	189	24	22	28	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87071519--87071652	27	5.0	26	80	11	137	20	24	19	35	1.96
87071515--87071660	54	2.7	54	88	5	197	19	23	20	35	1.96
87079502--87079646	54	2.7	54	91	3	220	18	25	21	34	1.96
87079505--87079664	27	5.9	27	79	12	159	20	25	20	34	1.96
87079505--87079664	81	2.0	81	81	7	191	20	25	20	34	1.96
87084906--87085077	40	4.3	40	86	2	195	26	27	21	24	1.99
87084906--87085130	40	5.7	40	81	7	181	26	27	21	24	1.99
87092124--87092295	40	4.3	40	87	2	204	26	28	21	23	1.99
87092124--87092348	80	2.8	79	79	7	204	26	28	21	24	1.99
87092280--87092357	40	1.9	41	82	10	97	28	28	20	23	1.99
87096067--87096172	37	2.9	37	94	0	176	27	32	16	23	1.96
87096321--87096505	48	3.8	48	87	4	273	30	25	5	37	1.80
87096321--87096504	98	1.9	98	88	4	284	30	26	5	37	1.80
87096475--87096621	47	3.1	47	87	0	204	26	29	10	32	1.90
87101848--87101894	21	2.2	21	77	7	51	48	14	0	36	1.44
87107917--87108002	45	1.9	45	97	0	163	27	15	8	48	1.73
87109707--87109879	46	3.8	45	77	13	181	21	21	28	27	1.99
87116624--87116799	46	3.8	45	78	11	178	21	21	28	28	1.98
87116621--87116791	93	1.8	93	89	2	272	21	21	29	28	1.98
87135245--87135391	74	2.0	74	98	0	285	48	10	10	30	1.70
87143996--87144074	31	2.5	31	93	0	140	26	26	17	29	1.98
87144098--87144189	42	2.2	42	92	0	148	34	21	14	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87144334--87144431	26	3.8	26	93	1	171	25	23	24	26	2.00
87145232--87145296	27	2.4	27	82	5	78	21	23	20	35	1.96
87145354--87145448	28	3.4	27	78	15	86	31	10	16	41	1.83
87145327--87145782	27	16.8	27	78	5	249	32	8	19	38	1.83
87145440--87145673	81	2.9	80	86	2	317	29	8	21	41	1.81
87147056--87147119	33	1.9	33	100	0	128	35	12	14	37	1.83
87150757--87150800	20	2.2	20	88	4	63	36	0	2	61	1.09
87152154--87152263	18	6.1	18	79	8	107	37	15	13	33	1.87
87152242--87152325	18	4.7	18	75	5	62	38	5	20	35	1.77
87161252--87161308	26	2.2	26	100	0	114	24	7	35	33	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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