genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.118.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38574618--38574787	93	1.8	92	91	3	279	29	29	20	20	1.98
38574613--38574784	46	3.7	46	76	15	185	30	28	20	20	1.98
38575207--38575266	30	2.0	30	86	0	84	30	23	8	38	1.84
38578816--38578898	21	3.9	21	68	9	60	38	25	20	15	1.92
38578837--38578888	21	2.4	21	87	6	68	36	26	23	13	1.92
38579272--38579329	15	3.8	15	88	2	89	51	12	0	36	1.39
38580599--38580625	5	5.4	5	100	0	54	59	0	0	40	0.98
38586194--38586285	39	2.3	41	83	9	111	28	15	28	28	1.96
38601008--38601116	37	2.9	37	94	0	182	26	32	19	22	1.97
38601266--38601399	48	2.7	49	91	4	209	30	25	7	36	1.83
38601369--38601558	47	4.0	47	91	0	290	25	28	11	34	1.91
38601415--38601533	23	5.1	22	62	28	59	24	30	13	31	1.93
38605671--38606022	40	8.8	40	91	0	542	25	28	22	23	1.99
38607291--38607396	37	2.9	37	92	0	167	27	33	16	22	1.96
38607549--38607682	48	2.7	49	91	4	209	30	25	7	36	1.83
38607652--38607841	47	4.0	47	91	0	290	25	28	11	34	1.91
38607698--38607816	23	5.1	22	62	28	59	24	30	13	31	1.93
38612743--38612833	40	2.3	40	83	7	105	27	16	28	27	1.97
38639835--38639889	25	2.2	25	87	6	76	50	5	25	18	1.67
38639861--38639973	41	2.8	40	87	4	163	51	7	20	20	1.72
38642841--38642874	16	2.1	16	88	0	50	61	0	5	32	1.20
38642895--38642946	23	2.3	23	79	0	59	34	7	11	46	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38644237--38644281	22	2.0	22	100	0	90	22	13	13	51	1.75
38646293--38646414	46	2.7	46	96	0	217	21	21	27	29	1.98
38652716--38652791	39	1.9	39	83	0	98	46	19	5	28	1.72
38654646--38654827	49	3.7	49	84	2	256	25	19	26	29	1.98
38654648--38654840	100	1.9	100	94	0	341	25	19	25	29	1.99
38658379--38658415	15	2.3	17	86	9	51	67	5	0	27	1.12
38666177--38666263	44	2.0	43	90	2	138	49	13	6	29	1.68
38675479--38675540	31	2.0	31	96	0	115	38	12	8	40	1.73
38677499--38677546	25	1.9	25	82	0	60	20	4	2	72	1.11
38681286--38681326	21	2.0	21	85	9	57	21	14	0	63	1.30
38684266--38684335	25	2.8	25	86	0	104	27	21	24	27	1.99
38684540--38684701	27	6.0	27	89	0	234	24	22	19	33	1.97
38684541--38684702	54	3.0	54	93	0	261	24	22	19	33	1.97
38684729--38685142	27	15.3	26	77	8	258	30	8	21	39	1.84
38684775--38685062	81	3.6	80	79	7	296	29	9	21	39	1.84
38684830--38685088	81	3.2	80	79	7	315	28	9	22	39	1.85
38684748--38685122	54	6.9	53	78	6	315	30	9	21	39	1.84
38684856--38685122	81	3.3	80	79	5	295	29	9	22	38	1.86
38692947--38693096	37	4.1	37	88	1	212	29	29	18	22	1.98
38693394--38693513	22	5.2	22	64	25	68	25	29	13	32	1.93
38693301--38693532	47	4.9	47	94	0	365	26	28	12	33	1.92
38705362--38705440	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38705559--38705938	47	8.1	47	93	0	600	28	29	8	32	1.88
38710258--38710317	27	2.3	27	79	2	68	41	20	20	18	1.90
38710458--38710705	27	9.2	27	83	6	245	25	21	18	33	1.96
38710452--38710705	54	4.7	54	82	4	298	25	22	18	33	1.97
38710443--38710706	81	3.3	80	80	5	291	26	21	18	33	1.97
38716530--38716565	15	2.4	15	95	0	63	19	44	0	36	1.51
38717630--38717870	68	3.7	64	78	9	229	29	17	28	24	1.97
38727709--38727923	48	4.5	48	94	1	378	33	8	29	28	1.87
38727710--38727923	95	2.2	96	94	0	376	33	8	29	28	1.87
38728093--38728195	37	2.8	37	96	0	188	23	20	32	24	1.98
38730211--38730393	82	2.2	82	81	2	217	26	15	29	27	1.96
38730214--38730393	27	6.6	27	82	5	166	26	15	30	27	1.96
38732702--38733057	40	8.9	40	92	1	538	22	21	30	25	1.99
38733063--38733192	29	4.6	29	80	6	140	20	15	30	33	1.94
38733064--38733192	57	2.3	57	82	5	145	20	15	31	32	1.94
38736724--38737035	48	6.5	48	94	0	507	33	8	29	28	1.86
38737205--38737344	37	3.8	37	95	0	253	22	19	32	25	1.97
38742450--38742596	42	3.4	41	78	10	134	34	24	17	24	1.96
38747343--38747370	13	2.2	13	100	0	56	25	7	28	39	1.82
38748004--38748048	23	1.9	24	82	13	58	28	4	33	33	1.77
38752820--38752941	48	2.6	46	85	11	144	28	18	29	23	1.97
38754899--38755017	29	4.2	29	75	8	111	26	32	14	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38754901--38755013	58	2.0	58	85	1	156	25	33	15	25	1.95
38755216--38755256	16	2.6	16	92	0	64	17	26	14	41	1.88
38757232--38757456	40	5.6	40	79	3	229	26	23	25	24	2.00
38760197--38760279	40	2.1	40	90	4	132	28	24	19	27	1.98
38773303--38773420	29	4.1	30	77	12	115	27	27	14	30	1.95
38773304--38773416	58	2.0	57	82	5	138	25	29	15	30	1.95
38776047--38776103	30	1.9	30	92	0	96	28	22	7	42	1.80
38778109--38778147	21	1.9	20	94	5	69	12	41	30	15	1.85
38792603--38792633	16	1.9	16	93	0	53	38	12	6	41	1.69
38800528--38800581	27	2.0	27	100	0	108	51	3	22	22	1.63
38802700--38802909	40	5.3	39	87	5	233	24	21	28	25	1.99
38802647--38802909	120	2.2	120	81	4	300	25	21	27	25	1.99
38802700--38802944	80	3.1	80	81	3	228	25	21	28	24	1.99
38804808--38804853	23	2.0	23	82	0	56	47	17	23	10	1.79
38805063--38805130	28	2.4	29	85	9	95	27	13	29	29	1.94
38808624--38808847	40	5.6	40	87	1	290	24	21	25	28	1.99
38817096--38817309	40	5.4	40	90	1	306	23	22	26	28	1.99
38820330--38820430	50	2.0	50	98	0	193	39	13	22	23	1.90
38824766--38824974	27	7.7	27	91	0	283	31	23	7	37	1.83
38824746--38825091	27	12.8	27	86	2	138	35	21	7	34	1.82
38824791--38825001	54	3.9	53	86	2	251	30	23	8	37	1.84
38824791--38825001	81	2.6	81	87	1	253	30	23	8	37	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38824955--38825121	27	6.1	28	82	5	146	39	20	7	32	1.80
38824967--38825121	82	1.9	81	81	6	188	41	20	7	31	1.79
38825110--38825299	27	7.0	27	89	0	272	35	21	20	23	1.96
38825502--38825571	25	2.8	25	82	0	86	30	24	21	24	1.99
38825527--38825598	25	3.0	24	78	13	67	31	22	20	25	1.98
38830098--38830160	29	2.2	29	91	0	99	26	28	7	36	1.85
38830820--38830867	21	2.2	22	82	14	64	35	18	0	45	1.50
38833236--38833284	20	2.6	17	81	15	53	77	10	0	12	0.99
38833225--38833295	26	2.7	26	76	10	65	76	8	5	9	1.16
38833280--38833313	6	5.7	6	89	10	52	82	0	17	0	0.67
38833280--38833313	11	2.8	12	86	13	52	82	0	17	0	0.67
38837988--38838017	12	2.5	12	94	0	51	30	40	23	6	1.80
38853914--38854136	40	5.6	39	81	8	200	25	21	27	26	1.99
38861299--38861475	39	4.5	39	85	5	171	25	19	27	26	1.99
38861252--38861475	40	5.7	40	82	8	217	25	20	27	26	1.99
38861252--38861475	79	2.8	79	80	7	213	25	20	27	26	1.99
38878607--38878812	40	5.2	40	90	2	326	24	21	24	28	1.99
38878592--38878812	80	2.8	80	93	2	365	25	21	24	28	1.99
38887046--38887269	40	5.6	40	86	1	281	24	20	25	29	1.99
38890076--38890188	46	2.5	46	84	5	151	24	19	31	23	1.98
38895380--38895525	27	5.4	27	91	0	238	28	23	8	39	1.85
38895515--38895627	27	4.2	27	81	8	122	38	23	10	27	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38895367--38895546	54	3.3	54	83	1	209	33	23	8	34	1.85
38895367--38895564	81	2.4	80	81	6	213	33	22	9	35	1.86
38895612--38895753	27	5.3	27	84	0	185	35	19	19	26	1.95
38895581--38895754	81	2.1	81	80	10	203	36	19	17	25	1.94
38895607--38895735	54	2.4	54	90	0	213	37	19	17	25	1.94
38895960--38896050	25	3.7	24	94	2	146	21	25	26	26	2.00
38895960--38896086	25	5.0	24	84	8	130	26	22	25	25	2.00
38898485--38898751	27	9.9	27	82	4	128	34	22	9	34	1.86
38898493--38898670	54	3.3	54	85	1	223	32	23	8	35	1.86
38898639--38898752	54	2.1	54	88	3	167	38	25	8	27	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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