genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.184.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   

This is table  184  of  373  ( 44737 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61689123--61689295	55	3.5	48	83	13	217	31	16	26	26	1.96
61689173--61689283	55	2.0	55	100	0	222	32	16	23	27	1.96
61692653--61692870	49	4.5	50	69	14	145	25	19	28	26	1.99
61693568--61693633	32	2.1	32	97	0	123	21	9	30	39	1.84
61710150--61710327	27	6.6	27	83	3	196	30	27	15	26	1.96
61710171--61710326	82	1.9	81	88	3	233	30	27	15	26	1.96
61710808--61710833	12	2.2	12	100	0	52	42	0	7	50	1.31
61718246--61718423	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
61718267--61718422	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
61740616--61740641	13	2.0	13	100	0	52	30	0	7	61	1.24
61741935--61742140	40	5.2	40	91	1	326	23	21	27	27	1.99
61744049--61744408	48	7.6	48	74	13	216	24	28	19	27	1.98
61744049--61744456	46	8.6	46	73	14	196	23	28	19	28	1.98
61744200--61744456	138	1.8	140	82	7	335	22	28	19	29	1.98
61744150--61744459	94	3.3	92	76	13	242	22	28	19	29	1.98
61744150--61744456	48	6.5	45	75	15	189	22	28	19	29	1.98
61750069--61750260	40	4.8	40	94	0	330	21	22	26	29	1.99
61761677--61761713	12	2.9	13	88	8	58	75	0	0	24	0.80
61761678--61761713	17	2.1	18	89	5	56	77	0	0	22	0.76
61763625--61763658	18	1.9	18	88	5	52	55	8	11	23	1.63
61764378--61764429	20	2.5	20	81	9	61	69	1	5	23	1.20
61766029--61766088	29	2.1	29	100	0	120	25	13	21	40	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61766248--61766310	29	2.2	29	97	0	117	50	7	9	31	1.64
61767492--61767545	26	2.1	26	100	0	108	42	20	18	18	1.89
61769870--61769917	25	2.0	24	87	4	69	25	25	16	33	1.96
61771047--61771182	56	2.4	56	82	1	146	27	25	24	23	2.00
61772910--61772970	27	2.3	27	82	5	70	36	16	27	19	1.93
61775810--61776036	48	4.8	48	75	9	225	27	23	22	26	1.99
61778499--61778524	12	2.2	12	100	0	52	61	0	38	0	0.96
61783873--61783935	30	2.1	30	100	0	126	39	7	12	39	1.73
61785119--61785170	10	5.1	10	84	11	52	34	0	5	59	1.21
61785118--61785161	22	2.0	22	90	0	70	38	0	4	56	1.20
61795182--61795364	40	4.6	40	92	4	282	26	27	22	24	2.00
61799981--61800006	6	4.3	6	100	0	52	30	0	0	69	0.89
61801521--61801690	46	3.7	46	89	0	250	24	21	25	28	1.99
61801521--61801690	92	1.8	92	92	0	286	24	21	25	28	1.99
61809680--61809862	48	3.9	48	73	9	162	28	26	19	25	1.99
61810107--61810166	30	2.0	30	100	0	120	36	3	23	36	1.71
61812736--61812775	4	10.0	4	88	0	62	50	0	22	27	1.50
61820259--61820283	13	1.9	13	100	0	50	16	36	40	8	1.77
61830710--61830916	43	4.8	43	93	0	326	28	17	25	28	1.97
61841195--61841257	24	2.6	24	82	5	74	20	14	30	34	1.92
61843102--61843272	43	4.0	43	77	9	188	31	22	14	30	1.94
61845029--61845200	93	1.8	93	92	0	290	29	29	20	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61845022--61845197	46	3.8	46	78	12	189	30	29	20	19	1.97
61860320--61860374	28	2.0	28	92	3	94	27	16	3	52	1.60
61877827--61878009	40	4.6	40	83	7	230	25	22	26	25	2.00
61889295--61889338	21	2.1	21	83	8	54	56	0	34	9	1.31
61892187--61892333	46	3.2	47	75	13	171	34	19	22	24	1.97
61892146--61892384	90	2.6	91	87	5	320	34	18	23	23	1.96
61892131--61892333	44	4.5	46	75	12	170	33	19	24	23	1.97
61892356--61892524	47	3.6	47	95	0	302	36	14	23	26	1.93
61892497--61892764	54	5.0	54	82	1	268	38	16	22	23	1.93
61892503--61892764	108	2.4	107	84	3	328	37	17	22	22	1.94
61894211--61894298	45	2.0	45	90	0	140	23	11	23	40	1.87
61896158--61896202	24	2.0	23	82	8	56	55	13	2	28	1.50
61898471--61898525	24	2.3	23	82	14	67	74	3	5	16	1.15
61898483--61898531	5	9.6	5	82	12	64	75	4	2	18	1.06
61899833--61899858	12	2.2	12	100	0	52	23	0	7	69	1.14
61921661--61921874	54	4.0	54	80	7	211	22	24	17	35	1.95
61921847--61921968	47	2.6	47	90	0	190	27	26	10	35	1.89
61922108--61922191	44	1.9	44	85	4	116	27	25	11	35	1.91
61938474--61938753	40	7.2	40	88	4	360	26	27	20	25	1.99
61947441--61947482	21	2.0	21	100	0	84	57	14	9	19	1.64
61951987--61952357	46	7.8	48	75	11	270	26	18	30	25	1.98
61951994--61952360	48	7.7	47	75	12	244	26	18	30	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61952178--61952353	99	1.8	96	86	6	255	26	18	30	25	1.98
61956347--61956567	48	4.6	48	83	6	245	25	17	28	27	1.98
61956837--61956871	17	2.1	17	100	0	70	37	5	28	28	1.80
61957918--61957982	15	4.3	15	80	0	67	15	16	13	53	1.73
61963330--61963500	48	3.6	48	86	4	229	26	18	28	26	1.98
61965190--61965451	40	6.6	40	91	1	420	23	21	25	29	1.99
61973554--61973727	46	3.8	46	75	7	172	21	20	29	28	1.98
61973548--61973720	93	1.9	93	91	2	285	21	20	29	27	1.98
61976671--61976714	15	2.9	15	80	12	54	11	15	15	56	1.66
61979116--61979242	46	2.7	49	81	7	147	20	22	30	26	1.98
61981523--61981784	40	6.6	40	92	1	429	23	22	25	29	1.99
62005789--62005864	30	2.5	30	79	12	84	55	15	18	10	1.68
62005789--62005864	15	5.1	15	75	9	66	55	15	18	10	1.68
62008788--62009009	46	4.8	46	84	9	281	29	27	20	22	1.99
62016824--62016902	41	1.9	41	92	0	131	27	27	21	22	1.99
62016926--62016958	14	2.4	14	85	15	50	42	21	3	33	1.68
62024855--62025017	41	4.1	39	75	16	145	25	26	22	25	2.00
62027596--62027724	62	2.1	63	97	1	242	48	3	10	37	1.54
62029549--62029584	18	2.0	18	94	0	63	36	27	8	27	1.86
62034232--62034407	46	3.8	46	78	12	207	21	21	28	28	1.98
62034229--62034400	93	1.8	93	94	0	308	21	21	29	27	1.99
62041806--62041981	46	3.8	46	79	12	207	21	21	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62041803--62041974	93	1.8	93	94	0	308	21	21	29	27	1.99
62050432--62050609	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
62050433--62050588	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
62050429--62050609	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
62061064--62061120	24	2.4	25	76	8	64	5	24	1	68	1.20
62064472--62064655	40	4.6	40	76	10	171	25	28	21	24	1.99
62064474--62064656	79	2.3	80	81	7	203	25	27	21	24	1.99
62072110--62072286	39	4.6	38	77	14	157	25	28	21	24	1.99
62072110--62072249	38	3.6	38	84	6	167	25	28	20	25	1.99
62075273--62075342	21	3.2	21	70	18	70	40	27	12	20	1.88
62092052--62092218	43	3.9	42	77	10	178	33	26	13	26	1.94
62098145--62098265	44	2.8	42	75	9	136	28	23	16	31	1.96
62105170--62105338	48	3.6	45	74	6	158	30	19	26	23	1.98
62105170--62105465	48	6.2	49	68	11	154	29	19	27	23	1.99
62107934--62108004	28	2.6	27	80	10	72	21	29	12	36	1.90
62107989--62108046	27	2.1	27	80	0	62	22	22	15	39	1.91
62112015--62112270	40	6.4	40	90	4	351	24	22	26	26	2.00
62120115--62120356	40	6.1	40	92	1	364	23	22	27	26	1.99
62126398--62126464	34	2.0	34	85	11	93	25	22	22	29	1.99
62133838--62133870	5	6.6	5	100	0	66	0	18	0	81	0.68
62134804--62134866	18	3.3	19	76	14	58	30	6	1	61	1.30
62134829--62134875	20	2.3	21	78	14	53	31	4	2	61	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62135007--62135053	26	1.9	25	83	12	62	57	6	10	25	1.56
62135195--62135228	17	2.0	17	88	0	50	35	5	0	58	1.22
62135967--62136058	45	2.2	41	80	16	116	38	7	5	48	1.55
62136202--62136226	13	1.9	13	100	0	50	64	0	4	32	1.12
62137982--62138026	6	7.5	6	92	0	54	40	35	8	15	1.79
62143561--62143616	15	3.5	15	71	19	51	50	0	1	48	1.11
62143767--62143798	15	2.1	15	100	0	64	37	18	6	37	1.76
62144172--62144214	19	2.3	19	88	8	61	51	0	0	48	1.00
62152059--62152135	39	2.0	39	92	0	127	38	24	23	12	1.90
62152590--62152670	40	2.0	40	97	0	153	40	12	7	39	1.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373