Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   

This is table  235  of  373  ( 44737 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
79982551--79983327
133
5.8
133
80
4
760
32
16
21
29
1.95
79982514--79983347
44
18.8
44
75
5
597
32
15
21
29
1.95
79984707--79984748
15
2.6
16
81
7
50
26
0
4
69
1.08
79984680--79984846
65
2.5
69
84
7
202
28
6
1
62
1.30
79984681--79984868
69
2.8
64
80
9
200
29
6
2
62
1.32
79990477--79990990
258
2.0
258
99
0
1010
21
17
19
40
1.91
79995749--79995807
23
2.6
23
78
5
66
66
0
0
33
0.92
79995771--79995837
18
3.8
17
69
13
55
62
0
0
37
0.95
79995815--79995939
61
2.0
62
84
1
162
53
6
3
36
1.43
79995954--79996041
11
7.9
11
76
2
68
63
0
1
35
1.02
79995958--79996030
33
2.2
34
80
2
85
60
0
1
38
1.06
79996116--79996176
6
10.2
6
83
0
68
22
40
16
19
1.90
79996118--79996170
18
2.9
18
88
0
79
22
41
15
20
1.89
79998860--79999180
46
7.0
46
91
0
444
22
24
14
38
1.92
80001338--80001374
20
1.9
20
88
5
58
51
8
0
40
1.32
80002886--80002925
7
5.7
7
90
0
62
27
37
0
35
1.57
80003373--80003420
24
2.0
23
84
11
62
29
0
4
66
1.10
80007308--80007448
50
2.9
50
86
3
180
24
21
27
26
1.99
80010845--80010967
22
5.3
22
64
27
67
33
13
29
24
1.93
80010777--80011057
141
2.0
141
87
2
404
33
11
29
25
1.91
80010777--80011017
47
5.1
47
93
0
410
34
11
29
25
1.90
80016494--80016608
55
2.1
55
100
0
230
38
15
8
37
1.79
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
80016767--80016796
7
4.1
7
91
8
51
83
0
3
13
0.77
80016767--80016796
15
2.1
14
93
6
51
83
0
3
13
0.77
80017258--80017291
15
2.3
15
89
0
50
44
5
26
23
1.76
80017694--80017755
24
2.6
24
89
0
88
32
27
4
35
1.78
80019356--80019525
45
4.0
42
71
13
132
22
17
29
30
1.96
80019412--80019531
41
2.8
43
77
13
115
22
16
30
30
1.96
80024474--80024579
20
5.3
20
70
4
88
12
28
17
41
1.86
80024458--80024693
40
5.9
40
87
1
285
14
27
18
39
1.90
80024621--80024682
20
3.1
20
78
0
61
14
30
17
37
1.90
80024644--80024689
20
2.3
20
80
0
56
15
34
15
34
1.89
80025094--80025126
17
1.9
17
93
0
57
36
6
15
42
1.71
80025560--80025591
17
1.9
16
93
6
55
18
18
34
28
1.95
80031392--80031553
39
4.2
39
87
1
236
27
30
19
22
1.98
80031402--80031548
77
1.9
77
91
0
240
27
31
19
22
1.97
80038510--80038603
39
2.4
39
80
5
102
26
27
23
22
1.99
80038577--80038739
39
4.2
39
91
0
263
26
30
20
22
1.98
80046234--80046385
42
3.6
42
72
5
137
29
15
25
29
1.96
80046231--80046393
84
2.0
83
81
3
193
28
14
25
30
1.95
80049350--80049408
17
3.5
17
76
15
50
72
5
3
18
1.17
80051319--80051367
17
2.8
17
80
20
57
65
4
0
30
1.11
80055086--80055118
13
2.5
13
100
0
66
12
45
18
24
1.83
80057504--80057536
5
6.6
5
100
0
66
78
0
0
21
0.75
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
80058210--80058249
18
2.4
16
91
8
62
65
2
7
25
1.32
80061332--80061445
28
3.9
27
72
19
79
25
27
21
26
1.99
80061309--80061453
61
2.3
60
85
8
177
26
26
20
26
1.99
80061474--80061529
20
2.8
20
78
2
60
32
23
16
28
1.96
80069956--80070068
27
4.2
28
80
5
117
34
20
24
20
1.96
80069956--80070069
55
2.1
54
80
6
133
35
20
24
20
1.96
80070482--80070513
16
2.1
15
94
5
55
3
18
28
50
1.62
80073565--80073590
13
2.0
13
100
0
52
61
30
0
7
1.24
80079226--80079254
11
2.6
11
100
0
58
10
24
6
58
1.55
80080125--80080180
29
1.9
29
100
0
112
28
14
32
25
1.94
80082058--80082364
46
6.6
46
73
12
216
24
18
26
30
1.98
80082053--80082364
139
2.2
139
91
0
489
24
19
26
29
1.98
80086229--80086435
53
3.8
54
81
4
220
21
26
16
35
1.94
80086239--80086427
55
3.5
54
82
5
213
20
25
17
35
1.95
80089200--80089376
55
3.3
54
84
3
223
23
23
16
36
1.95
80089201--80089390
54
3.5
54
84
2
229
23
23
15
37
1.93
80090864--80091038
46
3.8
45
79
7
199
29
29
19
21
1.98
80090872--80091040
93
1.8
93
90
2
277
29
28
19
21
1.98
80090915--80091058
46
3.1
45
71
21
111
29
29
18
22
1.97
80092973--80093020
15
3.2
15
80
11
62
58
14
14
12
1.64
80095964--80096092
46
2.8
46
90
0
204
30
27
20
21
1.98
80095969--80096111
46
3.1
45
83
4
119
29
27
20
22
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
80104838--80105772
465
2.0
462
92
1
1550
37
10
17
33
1.85
80105729--80106017
147
2.0
147
84
1
382
35
9
15
39
1.80
80109020--80109238
51
4.3
51
90
1
307
27
21
23
27
1.99
80109487--80109540
27
2.0
27
85
0
72
38
14
7
38
1.75
80114948--80115124
49
3.6
49
80
8
232
29
26
19
24
1.99
80114935--80115116
100
1.8
100
93
0
319
28
26
20
24
1.99
80121991--80122150
76
2.1
77
87
3
225
35
15
25
23
1.94
80123461--80123504
22
2.0
22
100
0
88
40
31
9
18
1.81
80128619--80128841
39
5.7
40
84
8
248
25
22
26
25
2.00
80128619--80128847
79
2.9
81
84
7
283
26
22
27
24
2.00
80128619--80128874
79
3.3
77
81
9
236
26
21
26
24
2.00
80131415--80131496
40
2.0
40
100
0
164
30
14
13
41
1.84
80132024--80132099
37
2.1
37
100
0
152
36
2
26
34
1.71
80133169--80133223
21
2.6
21
88
0
83
3
50
16
29
1.62
80133632--80133660
13
2.1
14
93
6
51
55
10
0
34
1.34
80138861--80138890
13
2.3
13
100
0
60
36
0
10
53
1.35
80139750--80139873
50
2.5
49
81
3
133
42
4
12
40
1.63
80142877--80142945
21
3.3
21
82
8
95
46
33
4
15
1.66
80142880--80142961
42
2.0
42
95
0
146
45
35
3
15
1.64
80142892--80142961
21
3.3
21
78
7
88
44
38
1
15
1.56
80143410--80143463
22
2.5
22
88
8
76
25
0
24
50
1.50
80143754--80143787
17
2.0
17
88
0
50
76
0
5
17
0.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
80144116--80144335
114
1.9
115
84
4
293
29
22
18
29
1.98
80145119--80145174
27
2.1
27
83
6
69
50
3
5
41
1.43
80156864--80156997
59
2.2
59
80
12
137
30
6
1
61
1.31
80157046--80157099
23
2.3
22
75
12
54
33
1
1
62
1.16
80169032--80169237
44
4.6
45
70
4
148
33
20
19
26
1.96
80169032--80169237
89
2.3
89
85
1
261
33
20
19
26
1.96
80169466--80169555
44
2.0
44
82
4
110
32
21
18
27
1.97
80171701--80172022
48
6.8
46
70
13
172
26
19
29
24
1.98
80171750--80171969
96
2.3
96
82
8
243
26
19
30
23
1.98
80175393--80175432
15
2.7
16
85
11
50
10
17
17
55
1.69
80175759--80175872
60
1.9
58
81
8
133
28
7
2
61
1.36
80175774--80175887
60
1.9
60
80
8
133
29
6
2
61
1.34
80175967--80176024
22
2.6
22
84
15
75
31
3
1
63
1.21
80175838--80176023
26
7.4
26
68
19
74
33
4
3
58
1.36
80175860--80176025
26
6.4
26
68
17
96
32
4
4
58
1.38
80177001--80177042
20
2.1
20
100
0
84
28
16
9
45
1.79
80180960--80181259
148
2.0
150
90
2
471
48
5
7
39
1.54
80181026--80181257
75
3.1
75
67
14
210
49
4
5
40
1.46
80182049--80182151
50
2.1
50
92
0
170
15
12
12
59
1.62
80185677--80185703
14
1.9
14
100
0
54
44
7
0
48
1.31
80186889--80186919
16
1.9
16
100
0
62
38
22
12
25
1.90
80187258--80187292
17
2.1
17
94
0
61
45
0
8
45
1.34
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
80187600--80187788
96
2.0
96
81
4
220
21
21
12
44
1.85
80189765--80189821
24
2.3
26
84
6
73
21
12
5
61
1.50
80192006--80192056
20
2.5
20
93
0
84
45
17
0
37
1.49
80197494--80197578
39
2.2
38
89
2
125
31
14
16
37
1.88
80197724--80197810
43
2.0
43
80
8
97
33
25
10
31
1.89
80197776--80197935
44
3.6
44
78
9
146
26
20
16
36
1.94
80200640--80200717
31
2.5
31
82
0
84
44
14
11
29
1.80
80203890--80204010
49
2.5
49
95
2
219
32
6
28
33
1.83
80203977--80204037
27
2.3
27
94
0
113
34
0
27
37
1.57
80203929--80204082
76
2.0
76
100
0
308
32
5
29
33
1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373