genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.267.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90775935--90775959	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
90785661--90785754	40	2.4	40	78	3	102	36	37	12	13	1.84
90786103--90786138	18	2.1	18	89	5	56	13	41	30	13	1.84
90795725--90795791	27	2.5	27	87	4	91	38	13	26	20	1.90
90800079--90800462	149	2.6	151	86	4	507	44	3	10	40	1.58
90800438--90800487	25	2.0	25	100	0	100	44	8	12	36	1.71
90801043--90801089	24	1.9	24	83	12	60	31	6	6	55	1.51
90801113--90801171	22	2.7	22	82	12	68	22	5	1	71	1.15
90801115--90801176	27	2.4	26	80	17	67	20	4	1	72	1.12
90803848--90803927	41	2.0	41	82	5	99	28	21	31	18	1.97
90806218--90806248	13	2.4	13	94	0	53	74	6	3	16	1.16
90813522--90813565	22	2.0	22	100	0	88	27	13	36	22	1.92
90817866--90818050	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	24	2.00
90817867--90818050	40	4.6	40	82	9	207	25	22	27	24	2.00
90817919--90818073	79	2.0	79	83	7	199	26	21	27	25	1.99
90820094--90820118	13	1.9	13	100	0	50	56	20	0	24	1.43
90828939--90828995	24	2.4	24	90	0	87	42	17	22	17	1.89
90832340--90832379	21	2.0	20	85	14	55	35	0	20	45	1.51
90837193--90837352	42	3.8	42	84	1	194	30	23	14	31	1.94
90843354--90843393	21	2.0	20	90	5	62	35	0	22	42	1.54
90843359--90843401	21	2.1	21	83	12	54	32	2	20	44	1.65
90846549--90846733	40	4.7	40	80	7	200	25	22	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90846549--90846733	79	2.3	81	81	7	218	25	22	27	24	2.00
90846602--90846766	79	2.1	79	82	6	192	27	21	26	24	1.99
90850253--90850311	17	3.5	17	77	9	59	81	6	6	5	0.99
90850715--90851091	42	9.0	42	83	2	447	23	18	21	36	1.95
90850737--90851062	166	2.0	166	86	1	456	23	18	22	36	1.95
90851833--90852597	155	5.0	154	85	6	956	41	4	10	43	1.58
90853092--90853138	24	1.9	24	83	12	60	31	6	6	55	1.51
90853162--90853196	10	3.4	10	84	7	52	20	5	0	74	1.02
90859029--90859205	46	3.9	44	77	14	196	29	28	20	21	1.98
90859036--90859208	93	1.9	93	93	2	303	28	28	21	21	1.98
90862488--90862615	24	5.4	24	85	9	149	33	18	21	26	1.96
90862489--90862615	48	2.7	46	82	11	168	33	18	21	26	1.96
90870189--90870274	20	4.3	20	68	19	63	44	1	2	52	1.21
90870058--90870756	178	3.9	177	92	1	1096	45	5	3	45	1.43
90870062--90870756	237	2.9	234	90	3	1086	45	5	3	45	1.43
90870058--90870756	59	11.8	59	92	0	1056	45	5	3	45	1.43
90877837--90877973	27	5.1	26	72	7	105	37	20	9	32	1.85
90877848--90877973	54	2.4	53	82	6	139	38	19	10	31	1.85
90877941--90878019	27	2.9	27	86	0	104	36	17	17	27	1.93
90881575--90881616	21	2.0	21	85	0	57	16	4	26	52	1.63
90897423--90897843	27	15.7	27	83	3	404	29	11	21	38	1.88
90898156--90898262	28	3.8	28	94	0	178	28	34	14	22	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90901378--90901453	38	2.0	38	94	0	134	34	13	21	31	1.91
90902642--90902786	40	3.6	40	85	4	193	25	24	26	23	2.00
90905957--90905983	7	3.9	7	100	0	54	44	40	0	14	1.46
90907236--90907327	20	4.8	20	63	20	54	41	1	3	54	1.24
90907205--90907346	55	2.5	55	79	10	155	44	1	3	50	1.27
90907508--90907574	16	4.2	16	84	0	89	25	26	7	40	1.82
90907993--90908054	32	1.9	32	90	0	97	43	9	1	45	1.46
90909856--90909891	12	2.8	14	88	12	51	22	16	16	44	1.86
90910662--90910711	25	2.0	25	100	0	100	44	20	4	32	1.70
90912124--90912196	29	2.5	31	78	10	82	60	5	0	34	1.20
90912753--90912797	23	2.0	23	87	8	67	11	6	20	62	1.50
90913318--90913347	16	1.9	16	93	6	53	36	6	6	50	1.55
90916896--90916937	22	1.9	22	90	0	66	19	54	2	23	1.55
90917468--90917507	8	5.0	8	93	0	71	2	25	22	50	1.62
90921519--90921653	29	4.7	29	88	4	202	25	33	15	25	1.95
90921877--90921912	16	2.2	16	95	0	63	13	25	11	50	1.75
90921883--90921935	24	2.3	23	86	3	70	13	24	13	49	1.77
90921877--90921920	16	2.8	16	89	0	52	13	25	13	47	1.79
90927974--90928053	39	2.1	39	97	0	151	33	20	11	35	1.88
90931826--90931862	18	2.1	18	100	0	74	21	21	29	27	1.99
90932289--90932407	29	4.2	30	83	10	135	28	31	11	28	1.92
90932291--90932403	58	2.0	57	87	5	165	27	31	12	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90932475--90932511	19	2.0	19	89	5	58	18	40	16	24	1.90
90932618--90932653	16	2.2	16	95	0	63	13	25	11	50	1.75
90932624--90932676	24	2.3	23	86	3	70	13	24	13	49	1.77
90932618--90932661	16	2.8	16	89	0	52	13	25	13	47	1.79
90941092--90941311	109	2.0	110	97	0	415	36	14	19	29	1.91
90941502--90941554	22	2.3	23	84	9	65	52	1	0	45	1.11
90941503--90941556	23	2.4	21	79	14	56	53	1	0	44	1.11
90946984--90947092	20	5.9	18	69	21	66	51	4	2	41	1.37
90949463--90949500	19	2.1	19	85	5	51	36	15	7	39	1.77
90950245--90950298	21	2.5	22	90	3	83	59	25	7	7	1.51
90952696--90952823	40	3.2	40	81	7	154	28	27	20	23	1.99
90956884--90956916	17	2.0	17	88	5	50	33	18	0	48	1.48
90957195--90957407	101	2.1	101	89	1	320	26	25	15	31	1.96
90959091--90959115	13	1.9	13	100	0	50	40	12	0	48	1.40
90960496--90960870	27	13.9	27	83	4	479	27	22	9	40	1.85
90960883--90961078	27	7.3	27	85	1	205	36	16	18	27	1.93
90961277--90961359	27	3.1	26	84	8	96	20	20	21	37	1.95
90961447--90961505	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
90961670--90961744	27	2.8	27	86	6	91	17	24	21	37	1.94
90961886--90961992	6	17.8	6	77	14	105	21	14	13	50	1.77
90961886--90961966	36	2.2	36	95	0	144	23	14	12	49	1.77
90961886--90961992	36	3.2	33	80	15	121	21	14	13	50	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90961861--90962013	30	5.1	30	82	8	150	20	16	13	49	1.80
90963991--90964051	27	2.3	27	82	5	70	32	26	9	31	1.89
90964008--90964390	54	7.1	54	86	4	495	27	22	9	40	1.85
90964008--90964390	27	14.2	27	84	4	445	27	22	9	40	1.85
90964011--90964385	81	4.6	81	88	4	506	27	22	9	41	1.84
90964395--90964588	27	7.2	27	80	5	196	35	18	19	27	1.95
90964395--90964589	54	3.6	55	83	5	229	34	18	18	27	1.95
90964770--90964852	27	3.1	26	84	8	96	20	20	21	37	1.95
90964940--90964998	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
90965163--90965236	27	2.8	27	85	6	89	17	24	21	36	1.95
90965379--90965540	6	26.8	6	77	15	165	20	17	13	48	1.80
90965354--90965540	85	2.2	85	95	0	338	20	18	13	47	1.82
90965354--90965540	30	6.4	30	83	11	244	20	18	13	47	1.82
90970627--90970653	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
90976486--90976517	15	2.1	15	94	0	55	68	9	6	15	1.36
90980594--90980644	22	2.3	22	83	9	68	56	3	3	35	1.36
90989644--90989718	9	8.3	9	89	0	105	25	9	21	44	1.82
91006552--91006610	30	2.0	30	100	0	118	38	0	13	47	1.43
91026194--91026218	13	1.9	13	100	0	50	16	24	40	20	1.91
91028522--91028559	19	2.0	19	90	10	60	21	5	0	73	1.02
91028522--91028583	14	4.2	15	78	15	67	20	6	0	72	1.06
91041742--91041778	17	2.1	19	90	10	60	45	13	13	27	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91042823--91042997	49	3.5	49	82	6	226	26	18	25	29	1.98
91042818--91043000	100	1.8	100	92	0	312	26	19	25	28	1.98
91044917--91045009	45	2.1	45	83	4	116	39	13	20	25	1.90
91046478--91046502	3	8.3	3	100	0	50	68	0	32	0	0.90
91048558--91048883	46	7.0	46	90	4	465	38	15	24	22	1.92
91048659--91048849	98	2.0	98	93	1	330	38	15	24	21	1.92
91051590--91051657	30	2.3	30	82	5	75	48	5	17	27	1.70
91052009--91052039	3	10.3	3	100	0	62	67	0	32	0	0.91
91054101--91054420	46	7.0	46	92	0	489	38	15	24	21	1.92
91063299--91063405	26	4.2	26	91	1	180	31	7	25	35	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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