genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.255.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86516139--86516216	25	3.0	25	71	15	68	23	3	7	65	1.35
86516234--86516355	26	4.6	26	78	10	131	33	4	1	59	1.28
86516234--86516434	25	7.8	25	73	10	145	30	5	3	59	1.38
86516321--86516465	75	1.9	76	83	9	190	29	7	4	57	1.47
86525698--86525753	28	2.0	28	100	0	112	39	10	14	35	1.81
86530778--86530955	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
86530779--86530934	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
86530775--86530955	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
86538714--86538891	27	6.6	27	82	3	196	27	15	27	29	1.96
86538715--86538870	82	1.9	81	86	3	224	27	15	27	29	1.96
86538711--86538891	82	2.2	81	82	2	220	27	15	27	29	1.96
86543236--86543280	22	2.0	22	83	8	56	35	17	8	37	1.81
86547107--86547257	27	5.6	27	90	3	223	30	28	14	26	1.95
86547107--86547257	55	2.8	54	88	3	223	30	28	14	26	1.95
86547107--86547257	82	1.9	81	90	1	239	30	28	14	26	1.95
86554125--86554169	22	2.0	22	83	8	56	35	17	8	37	1.81
86558668--86558789	63	1.9	63	98	0	235	31	13	25	28	1.94
86563251--86563333	22	3.6	22	84	7	103	33	20	20	25	1.97
86563229--86563333	24	4.4	23	84	6	104	31	22	20	24	1.98
86570900--86570968	24	2.9	24	84	4	86	37	20	20	21	1.94
86570909--86571000	23	4.0	22	80	7	76	35	21	20	21	1.96
86570886--86570991	47	2.2	49	81	9	121	32	23	21	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86574974--86574998	6	4.2	6	100	0	50	80	0	0	20	0.72
86590271--86590310	21	2.0	20	90	5	62	20	27	40	12	1.88
86590443--86590806	192	1.9	192	94	0	638	22	30	22	24	1.99
86591634--86591954	96	3.4	94	79	10	309	23	30	19	26	1.98
86591634--86591994	46	7.6	48	75	13	245	24	29	19	26	1.98
86591634--86591994	94	3.8	91	75	12	272	24	29	19	26	1.98
86593274--86593709	214	2.0	213	92	1	739	39	15	8	36	1.77
86596953--86596990	18	2.0	20	90	10	62	36	0	0	63	0.95
86597507--86597538	16	2.0	16	93	0	55	59	0	0	40	0.97
86602832--86602965	70	1.9	70	83	3	171	47	14	12	24	1.79
86622931--86623011	24	3.2	25	77	10	85	41	1	3	53	1.27
86622931--86623011	25	3.2	24	77	11	74	41	1	3	53	1.27
86627618--86627649	12	2.6	13	85	14	50	31	0	18	50	1.48
86627677--86627729	4	13.0	4	81	2	61	28	5	22	43	1.76
86627584--86627704	59	2.1	59	98	0	233	42	9	11	37	1.73
86630557--86630623	19	3.2	20	76	20	66	56	4	0	38	1.19
86630557--86630609	20	2.7	19	82	14	63	58	5	0	35	1.22
86635396--86635577	91	2.0	91	100	0	364	38	13	18	29	1.89
86639902--86639960	30	1.9	31	86	3	84	49	1	20	28	1.59
86642787--86642826	21	1.9	21	100	0	80	35	22	32	10	1.87
86644525--86644689	39	4.2	38	85	3	143	30	32	21	16	1.95
86644542--86644718	39	4.5	39	88	2	248	29	29	22	18	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86650918--86651088	39	4.4	38	83	6	130	32	29	21	16	1.95
86650945--86651111	39	4.3	39	85	5	214	32	28	21	17	1.96
86654229--86654344	46	2.6	45	85	9	148	24	31	17	27	1.97
86657714--86657967	39	6.5	39	88	3	350	20	22	27	29	1.98
86660262--86660370	43	2.5	43	86	2	148	37	20	14	27	1.92
86663369--86663394	12	2.2	12	100	0	52	23	30	19	26	1.98
86666471--86666515	23	2.0	23	86	8	65	37	8	17	35	1.81
86666597--86666667	29	2.4	31	71	4	74	56	2	2	38	1.29
86669912--86669992	42	1.9	41	80	14	94	20	25	35	17	1.95
86670114--86670187	31	2.4	31	81	0	94	17	29	32	20	1.95
86670592--86670648	18	3.1	18	77	7	62	38	0	1	59	1.08
86676827--86676872	19	2.4	18	85	7	56	54	2	21	21	1.56
86680400--86680463	13	4.8	13	77	11	67	35	18	1	43	1.60
86680398--86680470	26	2.8	26	76	12	78	35	17	1	45	1.58
86681617--86681667	21	2.4	22	86	3	68	17	37	31	13	1.89
86691250--86691287	20	1.9	20	88	0	58	28	34	10	26	1.90
86702033--86702149	22	5.2	22	74	20	75	73	3	3	19	1.12
86702055--86702169	6	18.3	6	72	18	65	73	2	4	20	1.13
86702034--86702169	17	7.7	17	73	15	82	72	3	3	19	1.15
86702034--86702155	28	4.2	28	75	17	83	73	3	4	18	1.13
86702074--86702112	10	3.7	10	80	12	51	76	5	0	17	0.96
86702040--86702125	45	1.9	45	81	9	104	75	3	3	17	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86702115--86702378	3	88.7	3	72	7	189	60	3	5	30	1.36
86703731--86703882	44	3.5	43	75	8	130	26	21	21	30	1.99
86703765--86704555	44	17.8	44	70	10	313	28	21	18	30	1.97
86704008--86704258	134	1.9	136	83	1	335	33	19	16	30	1.94
86703771--86704555	89	8.8	88	71	9	394	29	21	18	30	1.97
86710782--86710822	8	5.0	8	87	3	55	82	2	0	14	0.76
86710819--86710848	12	2.5	12	100	0	60	70	10	0	20	1.16
86710782--86710834	16	3.2	16	81	5	52	79	3	0	16	0.88
86710858--86711008	3	50.3	3	81	2	169	62	3	3	29	1.29
86710840--86710997	42	3.8	42	78	8	121	64	3	5	27	1.29
86711660--86711691	17	1.9	16	93	6	55	87	0	12	0	0.54
86711658--86711691	13	2.6	13	86	13	52	88	0	11	0	0.52
86712581--86712642	25	2.4	27	81	8	74	38	0	1	59	1.07
86713336--86713400	25	2.6	25	97	0	121	44	9	20	26	1.81
86715444--86715476	2	16.5	2	100	0	66	51	48	0	0	1.00
86716712--86716868	56	2.8	56	90	1	235	33	7	14	44	1.72
86718281--86718352	29	2.5	29	81	2	83	62	12	6	18	1.51
86718577--86718638	30	2.0	31	84	9	83	69	0	30	0	0.89
86718583--86718648	20	3.3	19	77	10	60	71	0	27	1	0.95
86718684--86718769	17	4.9	18	74	16	74	16	1	15	67	1.30
86718736--86718763	13	2.2	13	100	0	56	21	0	14	64	1.29
86718698--86718772	16	4.5	16	74	19	73	18	1	16	64	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86718684--86718763	36	2.3	33	81	12	99	16	1	15	67	1.30
86725254--86725317	13	4.7	13	78	16	58	28	1	0	70	0.97
86725434--86725469	12	2.8	13	83	8	56	22	0	0	77	0.76
86725418--86725470	17	3.4	17	70	20	51	28	0	0	71	0.86
86725230--86726324	149	7.5	148	86	8	1351	27	5	8	58	1.51
86725230--86726324	290	3.7	292	85	8	1385	27	5	8	58	1.51
86725992--86726324	148	2.2	150	90	1	526	27	6	8	57	1.53
86726463--86726487	7	3.6	7	100	0	50	88	0	0	12	0.53
86726919--86726974	20	2.8	20	81	13	78	1	35	0	62	1.06
86736432--86736529	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
86736460--86736542	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
86736432--86736543	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
86744615--86744786	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
86751924--86752095	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
86754359--86754456	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
86754387--86754469	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
86754359--86754470	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
86760940--86760969	14	2.1	14	93	0	51	63	10	6	20	1.47
86761787--86762008	46	4.8	46	75	14	192	24	29	18	27	1.98
86762264--86762357	30	3.3	30	72	22	101	42	24	2	30	1.66
86762972--86763012	2	20.5	2	100	0	82	51	48	0	0	1.00
86763757--86763807	25	2.0	26	84	3	68	39	1	3	54	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86763877--86763911	11	3.2	11	87	0	52	34	0	2	62	1.10
86763821--86763906	20	3.8	21	72	21	59	33	1	8	56	1.36
86763750--86764210	24	19.8	24	67	19	144	34	3	6	55	1.42
86763761--86764019	49	5.4	46	72	17	174	33	4	5	57	1.40
86764043--86764083	21	2.0	20	85	4	55	34	2	7	56	1.40
86764162--86764229	28	2.6	25	76	13	73	32	4	4	58	1.37
86764266--86764364	25	3.7	27	76	14	98	33	6	4	56	1.43
86764342--86764385	21	2.1	21	87	4	63	34	9	6	50	1.61
86766816--86766843	13	2.2	13	100	0	56	28	0	0	71	0.86
86767202--86767231	13	2.2	13	94	5	51	86	0	0	13	0.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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