genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.87.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27485651--27485704	27	2.0	27	85	0	72	38	7	14	38	1.75
27485953--27486195	49	4.9	50	83	2	283	26	18	25	29	1.98
27489600--27489631	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
27489831--27490224	50	7.9	50	75	7	343	29	24	18	26	1.98
27489842--27490224	151	2.5	151	92	0	635	30	25	17	26	1.97
27489831--27490218	101	3.9	100	78	6	331	29	25	18	26	1.98
27494795--27494878	28	3.0	28	100	0	168	39	21	3	35	1.71
27501470--27501504	15	2.3	15	100	0	70	34	0	0	65	0.93
27505677--27505725	25	2.0	25	87	0	71	40	0	14	44	1.45
27507098--27507157	24	2.5	24	91	0	93	21	16	21	40	1.92
27508213--27508249	20	1.9	18	89	10	56	37	0	8	54	1.30
27514877--27514944	21	3.2	21	61	19	50	25	25	20	29	1.99
27514716--27514997	43	6.6	43	87	2	334	29	25	16	28	1.97
27516289--27516317	14	2.0	15	93	6	51	48	20	0	31	1.50
27522509--27522564	26	2.1	28	86	6	80	57	3	5	33	1.39
27522571--27522655	17	4.6	18	79	16	84	61	0	3	35	1.13
27522559--27522655	29	3.4	28	80	9	106	59	0	5	35	1.19
27522587--27522639	7	7.7	7	73	26	51	58	0	1	39	1.09
27522587--27522628	12	3.4	12	84	15	59	57	0	2	40	1.12
27522559--27522639	41	2.0	41	83	9	103	58	0	4	37	1.20
27522570--27522640	19	3.7	20	77	17	78	60	0	2	36	1.11
27522557--27522640	10	8.3	11	71	18	67	59	0	4	35	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27524218--27524843	44	14.2	44	90	0	775	29	27	13	30	1.94
27525674--27525778	53	2.0	53	81	3	122	19	26	16	38	1.92
27536847--27536931	17	4.6	18	81	16	93	61	0	2	36	1.09
27536835--27536931	29	3.4	28	80	9	106	59	0	4	36	1.16
27536863--27536931	12	5.9	12	79	19	67	60	0	1	37	1.06
27549255--27549470	93	2.3	93	88	1	317	29	27	20	22	1.98
27549302--27549474	47	3.7	47	72	16	178	29	27	19	23	1.98
27555647--27555819	46	3.7	46	75	13	156	31	28	17	21	1.96
27555654--27555867	93	2.3	93	90	0	338	30	27	18	23	1.97
27555700--27555866	47	3.6	47	76	13	191	29	26	17	25	1.98
27561611--27561698	43	2.0	43	100	0	176	37	13	17	31	1.88
27561759--27561802	11	4.1	10	86	13	61	84	2	11	2	0.81
27561757--27561802	22	2.1	22	91	0	74	82	2	13	2	0.85
27566123--27566208	43	2.0	43	95	0	154	52	2	22	23	1.59
27570606--27570702	49	2.0	49	91	0	158	45	7	22	24	1.78
27581662--27581719	30	1.9	30	85	0	80	41	5	22	31	1.76
27582430--27582579	64	2.2	66	82	8	178	32	16	28	22	1.96
27582386--27582638	68	3.9	63	77	10	190	30	16	28	25	1.96
27582430--27582583	67	2.3	64	83	7	182	32	16	28	22	1.95
27599524--27599795	40	6.8	40	90	0	420	22	27	20	29	1.98
27608135--27608447	40	7.8	40	91	0	500	23	27	19	29	1.98
27612924--27612972	24	2.0	24	100	0	98	34	12	12	40	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27641175--27641329	39	4.0	40	86	3	133	27	30	21	20	1.98
27641170--27641331	78	2.1	78	82	5	195	26	30	22	20	1.98
27641208--27641331	39	3.2	39	94	0	203	27	30	20	20	1.98
27656393--27656580	99	1.9	101	83	2	245	23	18	26	31	1.97
27668486--27668535	13	3.9	12	77	12	55	36	28	8	28	1.85
27671708--27671887	50	3.6	50	92	2	274	24	17	29	28	1.97
27683183--27683325	72	2.0	72	95	0	259	31	18	19	30	1.96
27695513--27695561	19	2.6	19	81	12	64	16	36	30	16	1.91
27709476--27709558	41	2.0	41	92	0	139	37	18	20	24	1.94
27714101--27714140	21	1.9	21	89	0	62	40	27	12	20	1.88
27718144--27718299	43	3.7	42	74	9	102	24	16	28	31	1.96
27724990--27725014	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
27726124--27726290	43	3.9	43	82	5	205	23	17	28	31	1.97
27726124--27726290	85	2.0	85	88	7	250	23	17	28	31	1.97
27743327--27743377	26	2.0	26	96	3	95	37	7	7	47	1.62
27746121--27746298	27	6.6	27	83	6	198	26	15	28	29	1.96
27746118--27746298	82	2.2	81	82	4	222	27	16	27	29	1.97
27754316--27754493	27	6.6	27	82	3	196	27	15	28	29	1.96
27754317--27754472	82	1.9	81	86	3	224	27	15	28	28	1.96
27754313--27754493	82	2.2	81	82	2	220	27	15	27	29	1.96
27758265--27758317	15	3.5	15	76	5	54	11	15	13	60	1.59
27781394--27781571	46	3.8	46	78	5	207	29	28	20	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27781402--27781573	93	1.8	93	91	2	283	28	29	20	21	1.98
27782955--27783069	42	2.7	41	78	7	124	26	14	26	32	1.95
27783921--27783970	26	1.9	26	84	8	66	8	20	40	32	1.81
27787952--27788219	47	5.7	47	75	13	180	27	18	29	24	1.98
27787957--27788214	140	1.8	140	80	4	315	27	17	29	25	1.98
27802957--27803132	46	3.8	46	78	12	198	20	19	29	30	1.97
27802954--27803125	93	1.8	93	93	0	299	20	20	29	29	1.98
27818912--27818948	17	2.2	17	90	4	58	32	16	2	48	1.60
27827467--27827563	30	3.2	30	78	12	83	56	13	17	12	1.67
27827484--27827563	30	2.7	30	82	7	99	56	15	17	11	1.67
27827484--27827554	15	4.7	15	81	6	90	57	12	18	11	1.64
27827486--27827563	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
27832433--27832474	20	2.1	20	95	0	75	64	11	9	14	1.50
27838211--27838433	40	5.6	40	86	3	236	24	21	27	26	1.99
27838286--27838468	79	2.3	80	82	1	226	25	20	27	25	1.99
27846050--27846272	40	5.6	40	86	3	245	24	20	27	26	1.99
27846125--27846307	79	2.3	80	82	1	226	25	20	27	25	1.99
27853487--27853664	27	6.6	27	83	3	196	29	28	15	26	1.96
27853508--27853663	82	1.9	81	86	3	224	29	28	15	26	1.96
27871384--27871556	40	4.4	39	88	3	206	25	19	27	27	1.99
27871337--27871556	79	2.8	79	80	6	205	25	20	27	26	1.99
27879218--27879440	40	5.6	40	86	3	236	24	21	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27879293--27879475	79	2.3	80	82	1	226	25	20	27	25	1.99
27882027--27882076	26	1.9	26	84	8	66	38	22	16	24	1.93
27887991--27888046	26	2.2	26	100	0	112	30	7	26	35	1.83
27891686--27891866	40	4.6	40	88	2	249	24	22	25	27	2.00
27894443--27894472	15	2.0	15	93	0	51	60	13	10	16	1.59
27899614--27899727	27	4.2	27	85	6	151	20	23	21	34	1.97
27899614--27899745	27	4.9	27	84	10	121	21	24	20	34	1.97
27902071--27902248	39	4.6	39	92	0	302	21	20	27	29	1.98
27915210--27915296	27	3.2	27	82	9	115	17	24	25	33	1.96
27922049--27922175	46	2.8	44	77	8	132	22	29	19	29	1.98
27924081--27924125	3	15.0	3	95	0	81	0	31	0	68	0.89
27929113--27929240	46	2.8	46	91	0	202	28	29	22	19	1.98
27938498--27938538	20	2.2	18	86	8	55	58	0	2	39	1.11
27941086--27941402	87	3.7	86	72	13	294	27	19	18	33	1.96
27953635--27953675	20	2.2	20	86	8	59	58	0	2	39	1.11
27958081--27958456	131	2.9	130	82	3	398	36	18	18	25	1.94
27961898--27961927	15	2.0	15	93	0	51	16	13	0	70	1.18
27963705--27963762	26	2.2	26	93	0	98	34	5	24	36	1.78
27967739--27967787	23	2.1	23	96	0	89	38	8	6	46	1.58
27976615--27976775	41	3.9	41	79	7	157	34	21	21	22	1.97
27976678--27976775	41	2.4	41	92	0	160	35	25	19	19	1.95
27976945--27976993	7	7.0	7	78	0	53	26	0	28	44	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27976940--27976993	14	3.9	14	80	0	63	27	0	25	46	1.53
27977024--27977061	14	2.7	15	84	12	53	18	0	36	44	1.50
27977029--27977157	7	18.1	7	74	7	91	21	0	41	37	1.54
27977075--27977116	22	1.9	22	80	9	50	23	0	42	33	1.55
27980471--27980543	36	2.0	36	97	0	137	43	19	12	24	1.85
27981642--27981675	16	2.2	16	89	5	52	52	8	11	26	1.67
27982903--27982955	22	2.4	22	87	6	72	28	5	22	43	1.76
27983030--27983055	7	3.7	7	100	0	52	30	11	15	42	1.82
27990709--27990738	16	1.9	16	93	6	53	30	6	10	53	1.60
28000032--28000141	47	2.4	47	87	4	152	25	19	23	31	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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