genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.178.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59558651--59558870	47	4.6	50	74	12	169	23	27	20	29	1.98
59558651--59558875	96	2.4	97	80	8	241	23	27	20	28	1.99
59566549--59566676	46	2.7	46	86	4	177	21	30	19	28	1.98
59572125--59572261	46	3.0	46	86	0	184	25	32	8	33	1.87
59572235--59572617	47	8.1	47	89	3	507	27	30	11	31	1.92
59577831--59578153	46	6.8	46	74	14	243	24	28	17	29	1.98
59582808--59582961	42	3.6	42	87	2	211	27	27	18	26	1.98
59582982--59583024	22	1.9	23	85	4	61	37	0	4	58	1.19
59589206--59589250	18	2.4	18	88	3	63	51	2	40	6	1.41
59589458--59589514	22	2.7	20	77	22	62	33	1	1	63	1.15
59589909--59589954	21	2.1	22	88	4	67	45	39	0	15	1.46
59589943--59589988	7	6.6	7	87	0	56	52	23	0	23	1.48
59590268--59590314	24	2.0	24	95	0	85	38	4	2	55	1.31
59590930--59591016	41	2.1	42	89	8	135	19	27	20	32	1.97
59592601--59592625	3	8.3	3	100	0	50	36	32	0	32	1.58
59592452--59592753	158	1.9	157	92	0	505	27	20	20	32	1.97
59593536--59593603	29	2.4	28	81	15	79	39	4	5	50	1.47
59594090--59594127	11	3.0	13	85	14	53	68	0	0	31	0.90
59602468--59602652	40	4.6	40	85	4	221	24	23	25	25	2.00
59602470--59602622	81	1.9	81	87	5	229	24	23	25	26	2.00
59609944--59609982	19	2.1	19	85	0	51	41	41	5	12	1.65
59615632--59616177	47	11.6	47	93	1	905	29	29	8	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59615683--59615760	25	3.2	25	65	17	74	30	29	5	34	1.79
59619473--59619524	15	3.5	15	75	0	59	67	11	11	9	1.43
59626242--59626281	2	20.0	2	100	0	80	0	0	50	50	1.00
59628096--59628279	40	4.6	40	83	6	196	23	20	27	28	1.99
59628096--59628276	80	2.3	81	83	9	221	23	20	27	27	1.99
59633726--59633909	40	4.6	40	83	6	205	23	21	27	27	1.99
59633726--59633906	80	2.3	81	84	9	230	23	21	27	27	1.99
59640581--59640622	21	2.0	21	86	9	59	30	30	14	23	1.94
59643885--59643946	28	2.2	28	88	0	88	20	14	38	25	1.91
59644265--59644498	27	8.7	27	83	6	260	38	19	10	31	1.86
59644284--59644551	81	3.3	81	78	5	274	38	19	11	30	1.88
59644287--59644565	27	10.3	27	79	6	185	37	18	12	30	1.88
59647586--59647658	28	2.6	28	100	0	146	45	17	10	26	1.82
59652517--59652683	40	4.2	40	81	9	139	27	26	20	24	1.99
59652552--59652736	80	2.3	80	83	10	220	28	27	21	23	1.99
59652554--59652736	40	4.6	40	82	8	196	27	26	21	24	1.99
59669592--59669652	30	2.0	30	87	0	86	37	6	24	31	1.81
59670186--59670369	67	2.8	64	76	8	185	29	15	30	23	1.96
59674998--59675152	44	3.5	44	90	0	238	29	27	15	28	1.96
59684008--59685287	639	2.0	640	96	0	2382	24	28	15	31	1.96
59687556--59687863	133	2.4	130	83	4	363	34	18	21	25	1.96
59687556--59687896	129	2.6	132	83	3	404	33	19	20	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59691474--59691513	19	2.1	19	86	9	55	50	15	10	25	1.74
59698976--59699008	14	2.4	14	95	5	59	42	18	9	30	1.81
59703831--59704006	46	3.8	46	74	14	173	21	20	28	29	1.98
59703827--59703999	93	1.9	93	91	2	285	21	20	28	28	1.98
59711358--59711527	35	4.9	35	84	5	227	42	29	10	17	1.82
59711340--59711527	70	2.7	70	86	3	254	42	29	10	17	1.82
59716027--59716176	57	2.6	57	79	9	153	31	15	19	34	1.93
59721058--59721115	29	2.0	29	96	0	107	22	31	18	27	1.97
59731518--59731649	47	2.7	47	86	8	178	23	28	19	28	1.98
59740685--59740772	44	2.0	44	90	0	140	29	25	18	27	1.98
59763011--59763056	19	2.4	19	96	0	83	8	30	36	23	1.85
59764480--59764579	51	2.0	51	82	4	121	33	30	15	22	1.94
59768226--59768470	49	4.9	49	85	2	301	25	18	27	28	1.98
59768226--59768457	99	2.3	100	85	2	306	25	18	27	28	1.98
59771474--59771538	15	4.4	15	81	9	80	9	12	13	64	1.49
59771472--59771538	30	2.3	30	84	10	93	8	11	16	62	1.53
59773783--59773920	49	2.8	49	91	0	204	24	19	27	28	1.99
59773676--59773870	106	1.8	108	88	2	304	25	17	27	29	1.97
59781495--59781665	93	1.8	93	88	0	261	30	29	19	21	1.97
59781494--59781662	46	3.7	45	73	19	141	30	28	18	21	1.97
59782084--59782144	30	2.0	30	90	0	95	29	24	8	37	1.84
59800329--59800376	25	1.9	25	86	0	69	35	22	12	29	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59800413--59800479	20	3.3	20	89	0	98	32	13	20	32	1.92
59800531--59800648	23	5.1	23	94	2	209	26	21	22	30	1.98
59800861--59800924	31	2.1	31	87	0	92	37	15	21	25	1.93
59817853--59817904	23	2.3	23	93	0	86	44	19	17	19	1.87
59826330--59826378	11	4.3	12	77	10	50	73	4	20	2	1.10
59827493--59827587	27	3.4	28	89	2	129	26	12	28	32	1.93
59827518--59827601	27	3.1	27	87	5	98	29	11	26	32	1.92
59833051--59833108	25	2.3	25	85	11	75	37	3	0	58	1.15
59836697--59836730	17	1.9	18	88	5	52	55	8	8	26	1.59
59837452--59837501	10	5.0	10	83	13	59	70	4	8	18	1.28
59838117--59838149	8	3.7	9	88	12	50	0	12	0	87	0.53
59839213--59839261	21	2.3	21	89	0	71	67	4	2	26	1.19
59839256--59839302	10	5.0	10	82	7	55	82	0	8	8	0.83
59839235--59839298	6	10.3	6	79	14	51	79	0	4	15	0.89
59839246--59839308	16	3.9	15	83	10	72	82	0	6	11	0.83
59843012--59843071	10	6.0	10	84	11	79	68	1	8	21	1.25
59853949--59854094	37	3.9	37	96	0	247	26	31	18	23	1.97
59854240--59854425	100	1.9	96	89	6	284	30	26	6	36	1.83
59854396--59854636	47	5.1	47	92	0	338	26	29	10	32	1.90
59854464--59854541	23	3.2	25	64	29	69	29	32	10	28	1.90
59854489--59854607	22	5.1	22	63	25	66	25	30	12	31	1.93
59854300--59854636	94	3.6	94	81	4	351	27	29	9	33	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59854558--59854637	25	3.3	25	66	16	69	32	27	6	33	1.82
59858768--59858998	40	5.8	40	95	1	419	24	28	21	25	1.99
59858768--59858998	79	2.9	80	95	1	419	24	28	21	25	1.99
59860268--59860413	37	3.9	37	93	0	229	26	30	19	23	1.98
59860559--59860745	48	3.8	48	88	5	277	31	26	6	35	1.82
59860559--59860744	100	1.9	96	89	6	284	31	26	6	35	1.82
59860559--59860846	48	5.9	48	83	8	248	29	27	8	34	1.87
59860715--59860908	47	4.1	47	89	0	253	27	29	9	32	1.89
59860808--59860879	22	3.1	22	64	24	58	25	30	12	31	1.92
59860619--59860908	94	3.1	92	79	5	289	28	28	8	33	1.87
59863680--59863738	29	2.0	29	100	0	118	20	27	10	42	1.84
59869069--59869230	43	3.8	42	70	9	121	32	25	20	21	1.98
59870417--59870528	38	2.9	38	87	1	125	29	25	20	25	1.99
59870417--59870541	39	3.2	39	87	2	171	28	25	22	24	2.00
59879132--59879301	40	4.3	40	83	3	200	24	29	21	24	1.99
59887050--59887219	40	4.3	40	85	0	207	24	30	21	23	1.99
59889413--59889538	39	3.2	39	87	0	180	31	26	20	21	1.98
59897789--59897928	51	2.7	51	83	4	167	27	30	15	26	1.96
59897856--59898003	51	2.9	51	81	4	149	28	28	17	25	1.98
59899630--59899705	24	3.2	24	92	3	127	34	3	40	21	1.71
59901115--59901225	27	4.2	26	86	5	141	15	25	22	36	1.93
59914572--59914874	40	7.6	40	93	1	466	25	22	26	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59914572--59914874	121	2.5	120	90	3	468	25	22	26	25	2.00
59914576--59914874	161	1.9	159	91	4	494	24	22	27	25	2.00
59916960--59917199	119	2.0	118	99	0	471	27	8	24	40	1.83
59917023--59917205	59	3.1	59	60	20	128	25	9	24	40	1.84
59919898--59919939	20	2.1	20	90	0	66	30	16	35	16	1.92
59927717--59927827	57	2.0	57	83	5	145	27	30	15	27	1.96
59927714--59927825	28	4.0	28	81	4	127	27	30	15	26	1.96
59927897--59927934	19	2.0	19	94	0	67	23	39	10	26	1.87
59930084--59930191	57	1.9	57	88	0	162	38	4	22	34	1.75
59932150--59932294	55	2.6	55	84	6	179	34	19	25	20	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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