genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.45.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13059730--13059813	6	13.8	6	68	20	50	20	17	15	46	1.84
13059707--13059779	31	2.3	31	92	2	119	19	13	13	53	1.73
13059739--13059804	24	2.7	25	83	4	89	19	18	13	48	1.81
13062425--13062576	78	1.9	78	92	2	252	31	21	14	32	1.93
13062541--13062678	40	3.5	40	83	0	168	36	21	12	30	1.90
13064957--13065001	23	2.0	23	82	4	56	15	0	35	48	1.45
13069673--13069724	24	2.2	24	86	6	70	50	26	3	19	1.65
13073376--13073639	56	4.7	56	87	1	377	26	15	24	34	1.95
13073376--13073671	112	2.6	111	81	8	350	26	15	24	33	1.95
13090598--13090779	45	4.1	45	85	2	246	26	29	20	23	1.99
13094507--13094705	108	1.8	108	84	5	276	24	25	17	33	1.96
13100163--13100310	46	3.2	46	70	20	121	29	29	18	22	1.98
13107579--13107751	46	3.8	45	76	15	183	28	28	20	21	1.98
13107586--13107756	93	1.8	93	89	2	272	29	28	20	21	1.98
13107579--13107772	46	4.2	46	72	15	150	29	28	19	22	1.98
13113190--13113271	28	3.0	28	91	5	132	21	23	19	35	1.96
13113189--13113312	27	4.6	26	85	5	131	20	22	20	35	1.96
13117012--13117519	255	2.0	255	92	0	838	27	22	21	28	1.99
13135434--13135669	27	8.7	27	92	0	355	28	22	8	39	1.83
13135486--13135787	27	11.2	27	87	1	194	33	22	8	35	1.84
13135414--13135698	81	3.5	81	82	3	304	30	21	8	38	1.83
13135662--13135843	27	6.8	27	79	3	188	40	20	9	29	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13135662--13135828	81	2.1	81	83	2	210	40	19	8	30	1.82
13135831--13136073	27	9.0	27	87	0	335	35	19	20	23	1.96
13136275--13136368	25	3.8	25	90	5	138	25	24	23	26	2.00
13136275--13136368	49	1.9	49	89	4	145	25	24	23	26	2.00
13136275--13136404	25	5.2	24	83	8	127	29	21	23	26	1.99
13138766--13138933	27	6.2	27	88	2	239	30	22	8	38	1.84
13138764--13138933	81	2.1	81	90	2	270	31	22	8	38	1.83
13138934--13139087	27	5.8	27	80	3	161	40	22	7	29	1.80
13139076--13139319	27	9.0	27	84	0	317	35	20	20	23	1.96
13139522--13139611	25	3.6	25	90	0	135	28	24	21	25	1.99
13139547--13139629	25	3.4	25	82	11	75	30	21	21	26	1.99
13139522--13139641	50	2.4	50	80	5	118	30	23	20	25	1.99
13156051--13156092	15	2.8	15	82	13	59	57	14	11	16	1.66
13164350--13164508	41	3.9	42	77	12	159	28	28	20	22	1.99
13169598--13169774	27	6.6	27	83	4	196	29	28	15	27	1.96
13169598--13169774	55	3.3	54	82	4	205	29	28	15	27	1.96
13169619--13169773	82	1.9	80	86	5	222	29	28	15	27	1.96
13170319--13170343	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
13177485--13177662	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
13177506--13177661	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
13178208--13178232	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
13185345--13185522	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13185366--13185521	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
13188672--13188758	43	2.0	43	100	0	174	50	6	4	37	1.50
13190123--13190249	35	3.6	35	84	0	146	29	14	19	37	1.91
13190182--13190269	35	2.5	36	83	5	108	30	17	21	30	1.96
13193958--13194011	27	2.0	27	100	0	108	55	11	22	11	1.66
13194986--13195010	13	1.9	13	100	0	50	16	0	0	84	0.63
13206017--13206049	17	1.9	17	93	0	57	54	9	15	21	1.68
13206136--13206165	15	2.0	15	100	0	60	26	13	13	46	1.80
13209489--13209531	18	2.7	15	80	19	59	32	20	23	23	1.98
13209655--13209688	18	1.9	18	94	5	61	55	5	11	26	1.58
13210410--13210459	10	5.0	10	81	13	59	68	2	8	22	1.26
13212144--13212270	35	3.6	35	83	0	155	28	13	22	36	1.92
13212220--13212289	35	2.0	35	85	0	95	28	14	24	32	1.94
13222741--13222780	20	2.1	19	86	9	55	52	20	5	22	1.65
13224342--13224395	22	2.5	21	75	6	54	40	20	7	31	1.80
13231165--13231213	21	2.3	21	96	0	89	34	14	10	40	1.79
13235242--13235349	26	4.2	26	91	0	171	37	23	6	33	1.80
13248671--13249226	206	2.7	205	87	1	817	31	17	22	28	1.97
13252735--13252788	16	3.4	16	79	5	65	38	22	0	38	1.54
13258858--13258972	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
13258858--13258991	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
13261091--13261130	20	2.0	20	85	0	53	32	0	5	62	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13261141--13261183	18	2.4	18	85	11	54	44	0	9	46	1.35
13261162--13261428	111	2.4	112	89	2	401	25	0	14	58	1.41
13261577--13261762	43	4.3	43	80	5	191	33	27	13	24	1.94
13262643--13262715	33	2.2	33	97	0	137	61	13	5	19	1.51
13263757--13263802	18	2.5	18	85	3	65	47	8	0	43	1.34
13268155--13268214	10	6.0	10	84	11	79	68	1	8	21	1.25
13269500--13269542	12	3.3	12	76	17	50	48	11	18	20	1.79
13269791--13269846	15	3.9	14	77	11	60	76	0	3	19	0.93
13269793--13269852	18	3.2	18	82	15	68	75	0	3	21	0.95
13269803--13269851	5	10.0	5	82	12	66	77	0	2	20	0.87
13269799--13269852	21	2.8	20	78	18	60	75	0	1	22	0.89
13273595--13273631	14	2.7	14	87	4	58	32	48	0	18	1.49
13273629--13273674	14	3.2	14	82	14	58	50	28	0	21	1.49
13274052--13274377	155	2.1	154	83	2	404	29	18	18	33	1.95
13274569--13274630	21	2.9	21	88	7	72	9	9	11	69	1.37
13274569--13274612	21	2.1	21	100	0	88	9	9	11	70	1.34
13291958--13291998	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
13297453--13297510	26	2.2	26	82	11	66	44	0	1	53	1.10
13300908--13301040	71	1.9	70	87	4	196	44	0	29	25	1.60
13302324--13302406	43	1.9	43	82	0	103	24	25	31	19	1.98
13303738--13303807	33	2.1	33	82	10	81	40	1	4	54	1.29
13304055--13304098	12	3.6	12	87	3	61	75	0	25	0	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13304055--13304098	6	7.2	6	81	2	52	75	0	25	0	0.81
13304059--13304093	18	1.9	18	94	0	61	71	0	28	0	0.86
13304650--13304756	45	2.4	45	90	3	162	20	17	19	42	1.90
13304740--13304774	18	1.9	18	88	0	52	17	25	17	40	1.90
13305497--13305532	3	12.3	3	94	5	65	69	0	0	30	0.89
13307516--13307610	49	2.0	48	91	2	154	31	28	12	27	1.93
13307710--13307858	31	4.8	31	92	0	244	26	26	19	27	1.99
13307834--13307962	50	2.5	51	88	2	197	26	23	15	34	1.94
13326784--13326899	49	2.4	49	89	0	169	31	37	15	14	1.88
13326807--13326912	49	2.2	49	84	3	135	31	41	15	12	1.83
13329666--13329773	47	2.3	47	81	9	132	28	18	28	24	1.98
13329666--13329786	47	2.6	47	79	12	117	27	19	29	23	1.98
13330631--13330748	55	2.1	55	88	0	182	20	22	31	26	1.98
13337176--13337344	46	3.6	46	81	7	153	27	18	31	21	1.97
13342535--13342599	26	2.4	27	80	7	80	72	1	1	24	1.02
13346142--13346187	16	2.9	15	83	9	56	52	0	2	45	1.13
13346151--13346180	15	1.9	16	93	6	53	50	0	0	50	1.00
13356493--13356840	174	2.0	178	91	2	578	37	23	22	16	1.94
13358183--13358243	25	2.4	25	80	0	68	62	1	1	34	1.15
13358298--13358361	34	1.9	32	84	12	85	50	6	1	42	1.37
13360003--13360053	19	2.6	19	84	9	59	35	0	0	64	0.94
13363134--13363227	48	2.0	48	87	8	138	40	27	12	19	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13368790--13368838	17	2.9	17	78	3	55	36	2	2	59	1.21
13368905--13368945	17	2.3	18	87	4	57	41	0	0	58	0.98
13379698--13379864	35	4.6	35	84	7	192	33	23	10	31	1.89
13379694--13379864	75	2.4	74	84	7	217	33	23	11	32	1.90
13384735--13384832	23	4.3	23	90	2	162	31	26	21	20	1.98
13384742--13384830	45	2.0	45	95	0	160	31	26	22	19	1.97
13386706--13386840	43	3.1	44	81	6	166	25	17	28	28	1.97
13387110--13387269	38	4.2	38	87	4	198	21	22	26	30	1.99
13387262--13387421	45	3.6	45	84	5	200	23	23	27	25	2.00
13392557--13392581	11	2.3	11	100	0	50	28	0	0	72	0.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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