genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.151.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  151  of  373  ( 44737 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50082351--50082464	24	4.4	25	79	18	119	26	23	12	37	1.90
50088857--50089109	39	6.5	39	91	1	391	28	28	22	20	1.99
50089102--50089233	39	3.4	39	91	2	203	25	25	18	29	1.98
50088857--50089226	78	4.7	79	85	5	355	27	27	21	23	1.99
50088857--50089188	117	2.8	117	85	5	368	28	27	21	22	1.99
50091219--50091421	40	5.1	40	89	4	279	26	28	22	22	1.99
50093001--50093171	40	4.3	40	88	3	220	25	27	21	25	1.99
50093002--50093224	40	5.6	39	83	5	216	25	27	21	25	1.99
50093001--50093224	80	2.8	79	80	7	238	25	27	21	25	1.99
50093156--50093233	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
50100383--50100553	40	4.3	40	88	3	220	25	27	21	25	1.99
50100384--50100606	40	5.6	39	83	5	216	25	27	21	25	1.99
50100383--50100606	80	2.8	79	80	7	238	25	27	21	25	1.99
50100538--50100615	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
50109867--50110069	40	5.1	40	86	8	265	26	28	22	22	1.99
50128472--50128497	5	5.2	5	100	0	52	42	0	0	57	0.98
50132766--50132814	25	2.0	25	95	0	89	32	2	12	53	1.50
50139072--50139274	40	5.1	40	88	3	277	24	29	24	21	1.99
50147063--50147214	67	2.3	67	81	9	175	32	15	30	21	1.95
50163183--50163355	46	3.7	46	76	13	201	21	19	27	30	1.98
50163180--50163350	93	1.8	93	94	0	306	21	19	28	29	1.98
50172955--50173132	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50172976--50173131	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
50180890--50181067	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
50180911--50181066	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
50191957--50192134	98	1.8	97	82	3	232	24	29	20	25	1.99
50191956--50192135	49	3.7	49	76	5	177	24	28	20	26	1.99
50192169--50192367	46	4.2	47	70	10	131	25	25	18	31	1.98
50193978--50194031	29	1.9	27	82	14	65	46	11	3	38	1.57
50199304--50199419	45	2.7	44	79	10	134	29	25	19	25	1.99
50200837--50200947	29	3.9	29	75	10	84	28	29	13	27	1.94
50201018--50201053	18	2.1	18	89	5	56	19	33	22	25	1.97
50203357--50203922	281	2.0	281	96	1	1046	22	33	16	26	1.95
50204605--50204651	20	2.3	21	81	3	60	55	23	2	19	1.54
50205623--50205661	21	1.9	20	94	5	69	30	0	23	46	1.53
50205623--50205669	21	2.3	21	85	10	62	31	2	21	44	1.64
50208800--50208900	47	2.1	47	98	0	193	31	9	28	29	1.89
50208869--50208922	16	3.4	16	75	10	65	37	3	24	35	1.73
50208868--50208932	32	2.0	32	100	0	130	38	6	21	33	1.78
50208821--50208979	79	2.0	79	96	0	291	35	7	25	31	1.84
50208900--50209199	47	6.2	47	94	2	492	32	8	28	31	1.86
50209317--50209395	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
50212235--50212313	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
50212432--50212795	47	7.6	47	90	4	566	29	30	8	32	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50212432--50212795	98	3.8	94	91	4	566	29	30	8	32	1.86
50212443--50212795	145	2.4	145	96	0	643	29	30	8	31	1.87
50215629--50215731	43	2.4	43	96	0	188	22	14	36	26	1.92
50215713--50215786	29	2.6	29	86	4	96	25	14	32	27	1.95
50216101--50216456	40	8.9	40	85	2	387	24	22	27	25	2.00
50216101--50216451	120	2.9	120	84	3	431	24	22	27	25	2.00
50219971--50220242	47	5.7	47	96	1	463	30	8	30	30	1.88
50220360--50220438	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
50222633--50222683	18	2.8	18	75	18	52	5	31	0	62	1.19
50223911--50224026	28	4.2	28	87	2	164	16	23	22	37	1.93
50231677--50231734	26	2.2	27	81	12	75	36	27	10	25	1.89
50249588--50249849	39	6.6	39	87	6	311	25	27	22	25	2.00
50257686--50257893	67	3.2	64	76	10	188	31	16	29	22	1.96
50266710--50266759	21	2.4	21	76	3	57	34	0	16	50	1.45
50267346--50267409	23	2.9	24	80	15	68	40	0	12	46	1.42
50267569--50267673	23	4.6	23	86	3	149	22	20	20	36	1.95
50267569--50267675	45	2.3	45	88	6	153	23	21	19	35	1.96
50272314--50272372	21	2.8	21	84	5	84	18	32	25	23	1.97
50275766--50275813	21	2.3	21	88	0	69	16	29	29	25	1.97
50287997--50288027	16	1.9	16	93	0	53	77	6	0	16	0.97
50291424--50291452	11	2.6	11	100	0	58	55	0	0	44	0.99
50296022--50296193	40	4.3	40	88	2	222	25	21	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50296022--50296193	79	2.2	79	84	3	220	25	21	27	25	1.99
50296049--50296226	79	2.2	80	80	3	191	25	21	28	24	1.99
50303904--50303957	24	2.2	24	86	0	81	25	1	22	50	1.59
50307139--50307218	22	3.6	22	81	6	90	25	18	17	38	1.92
50312794--50312858	34	1.9	34	93	0	112	21	23	24	30	1.99
50312798--50312870	34	2.1	34	85	5	94	26	21	21	30	1.99
50313833--50313857	12	2.1	12	100	0	50	8	48	16	28	1.74
50319906--50320133	40	5.7	40	93	3	379	25	22	26	25	2.00
50319906--50320166	119	2.2	119	88	4	375	26	22	26	24	2.00
50326811--50327064	53	4.8	53	77	9	218	35	16	24	22	1.95
50326818--50327017	108	1.8	109	84	5	271	34	17	25	24	1.96
50327255--50327285	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
50334410--50334643	55	4.4	53	78	9	246	36	17	25	20	1.94
50336336--50336414	39	2.0	39	97	0	149	45	3	17	32	1.67
50337933--50337994	22	2.9	22	87	2	90	20	27	40	11	1.87
50338895--50339106	47	4.5	44	77	14	178	26	30	16	25	1.97
50338895--50339106	93	2.3	93	84	8	261	26	30	16	25	1.97
50345871--50345990	46	2.6	47	86	5	154	22	31	19	26	1.97
50348945--50348972	14	2.0	14	100	0	56	50	7	7	35	1.57
50355676--50355749	23	3.2	23	64	17	62	29	10	27	32	1.90
50355659--50356060	47	8.6	47	91	0	597	34	12	26	25	1.92
50356074--50356164	46	2.0	46	84	0	119	34	7	31	26	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50357615--50357681	23	3.2	23	60	24	56	25	23	26	23	2.00
50357606--50358124	40	13.0	40	88	0	716	24	21	28	26	1.99
50358288--50358340	25	2.1	25	82	6	63	35	13	30	20	1.91
50361891--50361964	23	3.2	23	67	17	71	29	9	27	33	1.88
50361874--50362275	47	8.6	47	91	0	588	34	12	26	26	1.92
50362289--50362379	46	2.0	46	84	0	119	34	7	31	26	1.85
50363831--50363897	23	3.2	23	60	24	56	25	23	26	23	2.00
50363822--50364249	160	2.7	160	94	0	730	25	20	28	26	1.99
50363822--50364259	40	10.9	40	89	0	606	24	20	28	26	1.99
50366274--50366384	27	4.1	26	81	7	123	17	23	23	36	1.95
50366274--50366384	54	2.1	54	86	3	152	17	23	23	36	1.95
50370484--50370829	47	7.4	47	92	0	514	32	9	30	26	1.89
50374712--50375118	47	8.6	49	91	3	615	32	7	29	29	1.86
50374712--50375064	96	3.7	96	93	3	611	32	7	28	30	1.86
50377342--50377774	165	2.7	159	89	6	656	24	22	28	25	2.00
50377342--50377774	40	10.7	40	88	4	620	24	22	28	25	2.00
50381130--50381488	96	3.8	96	89	3	539	32	7	30	29	1.86
50381130--50381488	47	7.6	47	89	3	522	32	7	30	29	1.86
50383892--50383952	27	2.3	26	80	11	61	21	27	16	34	1.95
50387756--50387808	27	2.0	27	85	7	72	32	24	24	18	1.97
50395038--50395160	22	5.3	22	63	24	65	31	9	30	27	1.89
50395030--50395423	47	8.4	47	93	1	646	32	7	29	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50397271--50397622	40	8.8	40	87	0	508	21	21	30	25	1.99
50397269--50397597	80	4.1	80	93	0	559	21	20	30	26	1.98
50401408--50401801	47	8.4	47	94	0	662	31	7	30	29	1.86
50401416--50401585	22	7.3	22	63	18	67	31	9	30	28	1.88
50403571--50403685	31	3.7	31	89	1	178	29	25	15	29	1.96
50403709--50403842	42	3.2	42	96	0	250	34	19	14	31	1.92
50403990--50404058	25	2.8	25	89	6	97	24	24	26	24	2.00
50404857--50404921	26	2.5	27	80	12	73	26	23	20	30	1.98
50404976--50405028	27	2.0	27	81	7	63	39	15	11	33	1.83
50404986--50405094	27	4.0	27	76	13	78	33	9	16	40	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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