genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.89.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28502612--28502722	54	2.1	54	89	0	168	30	17	18	34	1.93
28517877--28518054	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
28517898--28518053	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
28517877--28518066	82	2.3	83	78	12	221	30	27	14	27	1.95
28526835--28526881	15	3.2	15	71	17	53	23	8	14	53	1.69
28531217--28531255	19	2.1	19	85	9	53	38	7	5	48	1.54
28533685--28533741	25	2.2	25	75	3	60	33	8	3	54	1.48
28533999--28534051	29	1.9	28	85	11	74	24	9	1	64	1.34
28534239--28534288	23	2.0	23	81	11	55	20	12	6	62	1.50
28539869--28539968	28	3.6	28	86	0	101	27	31	11	31	1.91
28539979--28540064	40	2.2	39	85	2	118	27	27	17	26	1.98
28541840--28541887	20	2.5	20	86	3	62	64	2	6	27	1.28
28541882--28541944	27	2.3	26	76	10	63	50	11	0	38	1.38
28541911--28541940	15	2.0	15	93	0	51	40	10	0	50	1.36
28546818--28546915	28	3.5	28	92	1	162	32	27	12	27	1.92
28550149--28550183	9	3.9	9	100	0	70	11	0	22	65	1.24
28556153--28556265	43	2.7	43	83	6	124	23	17	27	30	1.97
28556377--28556443	33	2.0	33	100	0	134	40	8	23	26	1.84
28558047--28558151	27	3.9	27	70	5	95	35	25	8	30	1.86
28558133--28558221	27	3.3	26	80	14	101	37	16	19	26	1.93
28558865--28558913	19	2.6	19	93	0	80	18	24	12	44	1.84
28558833--28558893	25	2.4	25	78	10	79	22	21	9	45	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28558833--28558918	25	3.7	24	75	20	74	20	22	11	45	1.83
28564879--28564928	18	2.8	18	93	3	84	26	16	6	52	1.66
28567205--28567549	138	2.5	139	80	8	384	24	29	18	27	1.98
28567205--28567549	46	7.5	45	73	13	204	24	29	18	27	1.98
28572333--28572363	9	3.3	9	95	4	53	48	19	0	32	1.49
28576980--28577126	56	2.6	58	80	6	174	34	17	17	31	1.93
28583297--28583445	31	4.8	31	91	0	244	27	19	26	26	1.99
28583467--28583676	47	4.6	46	78	9	180	29	14	27	28	1.95
28583515--28583685	49	3.7	47	82	9	185	29	13	28	28	1.94
28583515--28583702	42	4.2	42	79	11	148	30	13	27	28	1.94
28584839--28584863	10	2.5	10	100	0	50	32	28	12	28	1.92
28585917--28585990	19	4.4	18	65	25	54	33	6	29	29	1.83
28585898--28585994	48	2.0	48	97	0	185	34	8	27	29	1.86
28591627--28591740	28	4.1	28	84	0	156	29	30	12	27	1.93
28591631--28591740	56	2.0	56	90	3	177	29	30	12	27	1.93
28593061--28593134	31	2.4	31	88	0	103	21	33	27	17	1.96
28593394--28593430	5	7.6	5	87	6	58	21	0	2	75	0.92
28593394--28593430	15	2.6	14	91	8	65	21	0	2	75	0.92
28594430--28594459	14	2.1	14	93	0	51	10	6	10	73	1.25
28595849--28595974	48	2.6	48	93	0	198	22	14	30	32	1.93
28600319--28600494	46	3.8	46	78	14	200	20	19	29	30	1.97
28600316--28600485	93	1.8	93	94	2	306	21	20	29	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28605650--28605678	15	2.0	15	93	6	51	55	20	13	10	1.68
28609135--28609170	6	6.0	6	100	0	72	83	0	0	16	0.65
28615999--28616041	15	2.9	15	92	0	68	53	13	11	20	1.71
28619524--28619673	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
28619548--28619731	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
28629622--28629745	47	2.6	48	83	3	144	25	17	27	29	1.98
28630937--28630978	22	1.9	22	85	9	59	42	2	21	33	1.66
28636532--28636565	18	1.9	17	88	5	50	52	14	11	20	1.73
28636553--28636628	6	12.3	6	75	15	66	47	14	18	19	1.83
28636553--28636628	31	2.5	31	91	0	116	47	14	18	19	1.83
28636743--28636824	28	3.0	26	82	8	92	36	21	21	19	1.95
28637419--28637579	27	6.0	27	89	1	234	24	20	18	37	1.94
28637416--28637582	81	2.1	81	94	0	289	25	19	17	37	1.93
28637618--28637905	81	3.6	78	82	7	285	31	7	20	40	1.80
28637674--28637905	54	4.4	54	85	4	285	33	6	19	40	1.77
28637564--28637919	27	13.3	27	80	3	256	32	7	20	39	1.81
28637898--28638186	27	10.7	27	87	0	371	39	8	22	30	1.83
28640783--28640835	26	2.0	26	100	0	106	26	7	11	54	1.62
28650315--28650347	16	2.1	16	94	0	57	30	12	30	27	1.92
28655406--28655752	27	12.9	27	84	3	385	31	20	5	41	1.76
28656079--28656138	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
28656257--28656387	6	21.3	6	68	16	72	19	17	12	50	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28656257--28656364	31	3.3	31	75	14	108	19	18	12	49	1.80
28656257--28656378	37	3.5	37	79	13	139	18	18	12	50	1.77
28659131--28659173	21	2.0	21	100	0	86	48	18	23	9	1.76
28669584--28669645	25	2.4	26	81	10	74	35	1	6	56	1.35
28670611--28670719	47	2.2	49	82	12	125	4	32	0	63	1.15
28670623--28670699	10	7.0	10	72	16	55	2	33	0	63	1.08
28670625--28670720	52	1.9	49	83	10	124	4	33	0	62	1.14
28671989--28672532	274	2.0	274	100	0	1088	23	16	29	31	1.96
28677712--28677819	43	2.5	43	90	0	180	32	31	25	11	1.90
28677812--28677935	38	3.2	38	82	2	122	29	25	22	23	1.99
28688170--28688660	27	18.2	27	84	2	574	28	21	9	41	1.84
28688665--28688861	54	3.6	54	82	2	234	38	19	17	25	1.93
28688673--28688861	27	7.0	27	81	0	198	38	19	17	24	1.93
28688673--28688858	81	2.3	81	84	0	237	38	18	17	25	1.93
28689062--28689140	27	3.0	27	83	9	99	22	17	21	37	1.94
28689210--28689268	22	2.7	22	78	0	55	22	25	20	32	1.98
28689433--28689501	27	2.6	27	86	4	86	18	24	20	36	1.95
28689624--28689798	6	28.8	6	75	17	148	21	17	12	48	1.81
28689624--28689739	49	2.4	49	88	8	166	22	18	12	46	1.82
28689624--28689786	73	2.2	73	83	10	192	22	17	12	47	1.80
28689649--28689798	30	5.2	30	82	13	197	21	17	12	48	1.80
28691815--28692304	27	18.1	27	85	3	610	27	21	9	41	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28692309--28692503	27	7.2	27	77	4	196	36	18	18	26	1.94
28692316--28692505	54	3.5	54	87	1	256	36	19	18	25	1.95
28692317--28692502	81	2.3	81	85	3	232	36	18	18	25	1.94
28692703--28692785	27	3.1	27	84	8	107	20	20	21	37	1.95
28692855--28692913	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
28693060--28693147	27	3.3	26	81	7	79	17	21	22	38	1.93
28693077--28693150	27	2.8	25	84	10	85	17	24	21	36	1.95
28693268--28693527	6	42.8	6	72	17	191	20	16	13	48	1.80
28693277--28693319	19	2.3	19	84	4	52	25	16	13	44	1.85
28693293--28693527	30	8.2	30	78	12	260	20	16	13	49	1.79
28693268--28693431	73	2.2	73	79	10	167	21	15	14	48	1.80
28693293--28693527	85	2.8	85	96	0	425	20	16	13	49	1.79
28698956--28699023	32	2.1	32	84	10	86	25	4	14	55	1.57
28699019--28699091	32	2.5	27	76	19	83	26	4	19	50	1.65
28699032--28699092	32	1.9	32	93	0	104	27	4	18	49	1.68
28700042--28700130	22	4.0	22	75	15	92	28	5	21	44	1.74
28700045--28700176	68	1.9	68	93	0	210	27	6	21	44	1.77
28700586--28700623	14	2.7	14	91	0	58	39	15	5	39	1.70
28702635--28702734	30	3.2	30	63	18	76	40	11	11	38	1.76
28702611--28702743	65	2.0	65	100	0	266	40	10	10	38	1.74
28702815--28702855	21	2.0	21	85	9	57	29	14	26	29	1.95
28702863--28703017	43	3.7	43	72	8	129	23	16	29	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28704073--28704120	20	2.3	21	75	10	53	35	2	12	50	1.52
28706055--28706416	45	8.1	45	91	2	536	27	29	19	22	1.98
28709694--28709728	18	1.9	18	88	11	54	20	34	28	17	1.95
28710322--28710351	13	2.3	13	94	0	51	23	16	6	53	1.66
28710567--28710639	36	2.0	36	97	0	137	23	20	19	36	1.95
28712570--28712604	18	1.9	18	88	0	52	57	5	28	8	1.52
28716248--28716432	40	4.7	40	82	6	216	24	28	22	24	2.00
28716248--28716432	79	2.3	80	82	7	216	24	28	22	24	2.00
28723022--28723176	77	2.0	77	98	0	301	35	27	17	19	1.94
28724533--28724715	39	4.6	40	78	11	189	24	27	22	24	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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