genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.199.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67079257--67079316	11	5.7	11	84	9	81	36	13	18	31	1.89
67079364--67079453	25	3.6	25	90	0	135	26	24	23	25	2.00
67079677--67079756	31	2.6	31	88	6	117	35	17	23	23	1.96
67099055--67099246	40	4.8	40	90	1	217	27	27	21	24	1.99
67099026--67099245	80	2.8	80	80	4	239	28	26	20	24	1.99
67101522--67101654	27	5.0	27	87	6	182	35	23	24	17	1.95
67101518--67101654	54	2.5	54	92	2	231	35	22	24	17	1.95
67103238--67103345	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
67111621--67111758	69	2.0	69	100	0	276	36	21	13	28	1.91
67133532--67133576	23	2.0	23	100	0	90	13	40	4	42	1.64
67137505--67137536	14	2.4	13	90	10	55	62	12	6	18	1.50
67141893--67141930	19	2.0	19	100	0	76	26	5	26	42	1.76
67143366--67143396	15	2.1	15	100	0	62	25	32	12	29	1.93
67144595--67144672	28	2.8	28	77	9	72	17	3	35	42	1.68
67144657--67144727	7	9.9	7	80	6	70	16	0	46	36	1.48
67144604--67144698	28	3.4	28	80	4	93	16	2	40	41	1.61
67144664--67144726	22	2.9	22	82	0	81	15	0	47	36	1.46
67144639--67144727	14	6.2	14	82	7	81	17	0	43	38	1.50
67148345--67148704	9	40.3	9	79	4	372	46	22	0	30	1.56
67148345--67148701	53	6.7	54	81	6	388	46	22	0	29	1.56
67148345--67148704	62	5.8	62	84	4	368	46	22	0	30	1.56
67148527--67148568	21	2.0	21	86	9	59	50	28	0	21	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67148345--67148704	44	8.3	44	79	5	331	46	22	0	30	1.56
67158726--67158770	20	2.3	20	88	3	65	28	17	26	26	1.98
67158860--67158912	28	1.9	28	88	3	81	30	20	24	24	1.99
67161274--67161302	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
67161720--67161792	21	3.5	21	76	0	74	28	16	49	5	1.68
67162144--67162312	86	2.0	86	86	2	241	26	18	26	29	1.98
67162127--67162287	43	3.7	43	80	4	182	27	18	26	27	1.98
67186450--67186482	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
67191845--67191891	6	7.8	6	90	0	76	14	2	2	80	0.89
67194716--67194748	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
67210536--67210605	30	2.3	30	92	0	113	20	30	34	15	1.93
67211197--67211275	12	6.2	13	75	17	69	22	7	3	65	1.34
67212831--67212915	6	14.3	6	90	2	100	16	5	2	75	1.10
67212866--67212903	17	2.2	17	90	0	58	15	5	0	78	0.91
67212860--67212915	23	2.4	23	90	3	85	16	3	1	78	0.97
67212831--67212920	29	3.1	29	84	10	103	15	5	3	75	1.12
67213114--67213155	22	2.0	21	86	13	61	23	0	14	61	1.32
67215054--67215113	30	2.0	30	100	0	120	36	16	10	36	1.82
67220450--67220502	25	2.1	25	82	3	61	45	1	0	52	1.11
67221041--67221387	174	2.0	173	99	0	685	44	10	6	38	1.65
67230687--67230728	22	1.9	22	85	0	57	64	9	14	11	1.50
67232072--67232165	18	5.5	17	71	15	77	13	19	2	64	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67239625--67239659	18	1.9	18	88	0	52	8	31	11	48	1.69
67250457--67250637	98	1.8	98	83	2	238	24	24	17	33	1.96
67250577--67250628	27	1.9	27	84	0	68	23	25	21	30	1.99
67250456--67250682	98	2.4	97	79	8	232	24	22	17	35	1.95
67258809--67259026	40	5.5	40	93	0	348	25	27	23	23	2.00
67265067--67265408	47	7.2	47	88	2	495	31	8	30	29	1.87
67265067--67265408	96	3.6	96	91	0	517	31	8	30	29	1.87
67265070--67265408	143	2.4	143	89	3	506	32	8	30	28	1.87
67265526--67265604	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
67271127--67271304	40	4.5	40	89	0	259	24	26	23	24	2.00
67283642--67283742	50	2.0	50	98	0	193	35	17	3	42	1.68
67289891--67289947	21	2.7	21	91	5	89	17	35	31	15	1.92
67292638--67292677	21	2.0	21	85	14	57	17	25	45	12	1.83
67295467--67295647	98	1.9	97	82	3	229	24	27	20	27	1.99
67304726--67304911	40	4.7	40	81	7	202	24	21	26	26	1.99
67304727--67304944	80	2.7	79	78	8	185	26	20	27	26	1.99
67312626--67312808	40	4.6	40	82	8	205	25	21	27	26	1.99
67315048--67315250	40	5.1	40	83	5	243	23	23	27	25	2.00
67315044--67315231	80	2.4	79	88	2	270	24	23	26	25	2.00
67329406--67329530	29	4.3	29	89	3	182	30	29	12	27	1.93
67329587--67329621	17	2.0	18	88	5	54	20	37	22	20	1.95
67330914--67330983	25	2.8	25	95	0	122	25	22	25	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67331188--67331337	27	5.6	27	80	3	122	28	18	16	36	1.92
67331190--67331356	81	2.1	81	84	0	217	29	17	15	37	1.91
67331217--67331356	27	5.2	27	84	0	163	30	17	14	37	1.90
67331189--67331348	54	3.0	54	85	0	194	28	18	16	36	1.93
67331341--67331601	27	9.6	26	75	12	82	29	8	22	39	1.82
67331341--67331657	108	2.9	108	81	5	300	29	8	22	39	1.83
67331480--67331684	108	1.9	108	95	0	374	29	8	21	40	1.83
67331388--67331716	27	12.1	27	80	6	326	30	9	20	39	1.84
67333974--67334150	40	4.4	40	90	3	243	24	23	27	24	2.00
67334377--67334420	22	2.0	21	83	16	54	31	18	13	36	1.90
67337310--67337875	138	4.1	138	89	2	841	41	8	5	44	1.57
67337310--67337875	278	2.0	276	90	3	895	41	8	5	44	1.57
67341341--67341377	19	1.9	19	88	0	56	56	18	8	16	1.64
67342076--67342141	35	1.9	33	85	14	89	7	27	0	65	1.20
67342075--67342149	34	2.2	35	81	11	93	9	25	0	65	1.22
67352885--67353049	77	2.2	75	79	8	181	51	12	9	26	1.70
67357004--67357037	17	2.0	17	88	0	50	41	32	2	23	1.69
67359918--67359992	27	2.8	27	93	0	132	38	17	16	28	1.91
67362633--67362784	40	3.8	40	88	4	200	26	28	21	24	1.99
67367676--67367701	12	2.2	12	100	0	52	0	34	0	65	0.93
67369007--67369064	27	2.1	27	96	0	107	34	17	22	25	1.96
67369023--67369104	40	2.0	40	85	0	110	30	21	20	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67369065--67369496	27	15.7	27	80	4	459	33	20	21	25	1.97
67369165--67369240	36	2.1	36	95	0	134	34	26	17	22	1.96
67369639--67369693	27	2.0	27	85	0	74	21	21	16	40	1.91
67369843--67369908	33	2.0	33	88	5	98	27	24	25	22	2.00
67379005--67379034	15	1.9	16	93	6	53	36	20	0	43	1.52
67386999--67387159	43	3.8	42	79	8	155	31	23	16	28	1.96
67386998--67387159	44	3.8	42	78	11	159	31	23	16	28	1.96
67409248--67409317	34	2.1	33	86	7	97	27	20	24	28	1.99
67411283--67411332	25	2.0	25	100	0	100	28	16	8	48	1.74
67415582--67415663	26	3.3	23	82	14	85	31	6	0	62	1.20
67415582--67415638	24	2.4	22	83	13	69	29	5	0	64	1.15
67415660--67415734	37	1.9	37	82	12	89	34	8	1	56	1.37
67415949--67415992	22	2.0	22	83	12	56	29	6	6	56	1.51
67426953--67427064	7	14.9	7	75	16	50	80	5	11	2	0.98
67426946--67427037	29	3.2	29	81	6	107	81	7	6	4	0.98
67426963--67427022	18	3.4	17	76	23	61	83	10	1	5	0.87
67426952--67427039	36	2.4	38	79	9	101	82	7	5	3	0.92
67429065--67429143	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
67429262--67429752	47	10.4	47	93	0	811	29	29	8	32	1.87
67429262--67429748	190	2.6	190	94	0	825	29	29	8	32	1.87
67432268--67432807	206	2.6	206	90	1	841	30	17	22	29	1.97
67434542--67434595	21	2.3	23	87	12	76	31	5	0	62	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67434906--67434949	22	2.0	22	83	12	56	29	6	6	56	1.51
67440145--67440198	24	2.2	26	83	12	69	55	0	5	38	1.23
67441080--67441255	96	1.8	96	85	8	248	26	18	30	25	1.98
67440990--67441259	47	5.7	48	71	17	181	26	17	30	24	1.97
67445427--67445460	16	2.1	17	88	5	52	35	20	5	38	1.77
67465131--67465209	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
67465310--67465529	47	4.6	47	94	3	379	30	29	8	32	1.86
67465316--67465508	96	2.0	96	100	0	386	30	29	8	32	1.86
67473804--67473944	27	5.2	27	86	6	90	29	24	9	35	1.88
67473821--67474007	27	6.9	27	87	4	261	27	22	10	39	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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