genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.117.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38245832--38245931	36	2.8	36	93	0	164	26	5	20	49	1.69
38246431--38246530	50	2.0	50	98	0	191	66	11	6	17	1.42
38247325--38247396	37	1.9	37	83	10	94	58	1	2	37	1.21
38250708--38250784	22	3.4	22	66	13	66	31	0	12	55	1.38
38250690--38250784	46	2.1	46	95	0	172	34	1	12	51	1.47
38251621--38251653	2	16.5	2	93	0	57	51	0	3	45	1.16
38252181--38252218	18	2.1	18	90	9	60	60	0	5	34	1.19
38252240--38252286	23	2.0	23	100	0	94	36	0	8	55	1.31
38253450--38253512	29	2.3	27	86	10	92	47	9	1	41	1.45
38256636--38256674	20	2.0	20	85	10	53	35	20	0	43	1.52
38262595--38262754	42	3.8	42	81	4	189	29	13	25	32	1.93
38264186--38264275	37	2.5	37	83	8	105	44	25	10	20	1.82
38267840--38269618	964	1.9	949	87	4	2647	37	20	14	27	1.91
38276579--38276643	27	2.4	26	78	19	71	47	13	3	35	1.59
38276584--38276643	25	2.3	26	81	16	70	48	13	3	35	1.59
38279412--38279456	19	2.4	19	85	7	56	64	4	0	31	1.13
38282497--38282534	20	1.9	20	94	0	67	71	2	5	21	1.19
38282550--38282587	13	2.8	13	88	4	58	44	13	0	42	1.43
38283156--38283180	3	8.3	3	100	0	50	0	32	0	68	0.90
38285937--38286019	14	5.7	14	75	24	75	77	0	1	21	0.84
38285939--38286019	10	8.9	9	78	20	80	76	0	1	22	0.86
38285939--38286012	4	18.8	4	74	22	68	75	0	1	22	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38285938--38286012	29	2.7	29	86	12	95	76	0	1	22	0.87
38298258--38298295	20	1.9	20	94	0	67	71	2	5	21	1.19
38301654--38301981	50	6.5	50	82	5	338	33	26	16	23	1.96
38301654--38301981	151	2.2	151	84	2	408	33	26	16	23	1.96
38304936--38304980	15	3.0	15	90	0	72	55	13	17	13	1.69
38304922--38304980	30	2.0	30	83	6	75	55	13	16	13	1.68
38308441--38308676	50	4.7	50	79	8	273	31	26	17	25	1.97
38308441--38308673	101	2.3	100	83	6	276	30	26	17	24	1.97
38324344--38324372	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
38327309--38327797	47	10.4	47	94	0	825	32	8	29	29	1.87
38327309--38327797	237	2.1	235	93	1	843	32	8	29	29	1.87
38327916--38327994	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
38336662--38336692	15	2.1	15	93	0	53	19	0	25	54	1.44
38337242--38337337	45	2.1	45	92	0	156	23	13	26	36	1.92
38339198--38339234	3	12.3	3	100	0	74	35	0	0	64	0.94
38339943--38340011	34	2.0	34	100	0	138	28	15	14	40	1.87
38341452--38341497	19	2.4	19	100	0	92	36	26	15	21	1.93
38349951--38350129	94	1.9	94	98	0	349	39	15	13	31	1.86
38364127--38364186	24	2.5	24	84	10	70	20	16	30	33	1.94
38370561--38370637	39	2.0	39	94	0	136	36	20	6	36	1.79
38376802--38376832	15	2.1	15	93	0	53	41	16	22	19	1.89
38385001--38385038	6	6.3	6	100	0	76	18	0	50	31	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38386383--38386508	51	2.5	51	82	0	171	42	13	5	38	1.68
38391585--38391710	51	2.5	51	82	0	171	42	13	5	38	1.68
38392552--38392608	21	2.8	20	86	10	71	26	17	5	50	1.67
38392571--38392637	28	2.4	28	82	0	80	26	19	4	49	1.67
38396814--38396981	63	2.7	62	80	2	176	34	30	7	27	1.84
38403519--38403569	23	2.2	23	96	0	93	49	9	7	33	1.65
38404095--38404152	29	2.0	29	100	0	116	27	10	17	44	1.81
38404098--38404159	29	2.1	29	90	0	97	30	11	12	45	1.78
38404750--38404800	22	2.3	22	86	6	77	45	17	23	13	1.84
38407647--38407728	36	2.2	36	95	2	146	30	4	15	48	1.66
38414872--38414903	15	2.0	17	88	11	50	43	31	0	25	1.55
38421194--38421284	39	2.3	39	90	1	137	23	12	5	59	1.53
38429090--38429159	18	3.9	18	85	10	83	71	10	1	17	1.20
38429099--38429159	6	10.5	6	89	10	83	72	11	0	16	1.13
38430822--38430890	34	2.0	34	86	10	97	71	2	5	20	1.20
38430839--38430876	20	1.9	19	89	5	58	71	0	5	23	1.07
38433778--38433822	19	2.3	20	85	7	58	44	13	17	24	1.85
38440580--38440618	20	2.0	20	89	0	60	48	2	10	38	1.51
38445911--38445944	16	2.1	16	88	0	50	41	23	23	11	1.87
38446161--38446263	28	3.7	28	88	3	145	22	15	35	26	1.94
38448866--38448918	24	2.2	23	83	9	70	32	5	28	33	1.81
38448876--38448923	24	2.0	24	95	0	87	31	4	27	37	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38448982--38449013	13	2.5	13	100	0	64	18	18	25	37	1.94
38457658--38457704	13	3.5	13	82	2	58	25	2	2	70	1.10
38458983--38459007	11	2.3	11	100	0	50	68	8	8	16	1.38
38461352--38461493	51	2.8	53	84	8	179	25	19	25	30	1.98
38464136--38464168	13	2.6	13	90	4	50	81	0	6	12	0.85
38464569--38464601	6	5.7	6	96	3	59	18	0	12	69	1.18
38464595--38464621	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
38464563--38464627	12	5.3	12	83	12	55	21	0	6	72	1.06
38474630--38474763	18	7.4	18	79	1	135	36	13	12	37	1.83
38474630--38474781	36	4.2	36	82	0	160	36	13	13	37	1.83
38474642--38474781	54	2.6	54	84	0	181	35	12	12	38	1.82
38474630--38474781	18	8.4	18	79	0	133	36	13	13	37	1.83
38474935--38475026	44	2.1	44	83	4	114	35	23	19	20	1.95
38475123--38475160	20	2.0	20	89	5	60	44	10	2	42	1.52
38475767--38475834	16	4.1	16	70	21	50	45	5	1	47	1.36
38475916--38475947	13	2.5	13	100	0	64	21	0	0	78	0.76
38477466--38477568	42	2.4	42	80	7	111	26	20	24	29	1.99
38477466--38477576	43	2.6	42	77	9	118	25	19	25	29	1.99
38482589--38482683	25	3.8	25	80	4	111	27	22	23	27	1.99
38482589--38482683	50	1.9	50	84	4	129	27	22	23	27	1.99
38483493--38483567	27	2.8	27	80	9	82	20	20	22	37	1.94
38483611--38483842	27	8.4	27	76	9	137	32	8	18	40	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38483588--38483828	54	4.4	54	75	10	191	31	9	19	40	1.82
38483672--38483950	54	5.2	54	81	6	179	32	8	22	36	1.84
38483792--38483967	27	6.5	27	89	0	235	37	7	22	31	1.83
38488293--38488324	16	2.0	16	100	0	64	37	6	18	37	1.76
38490753--38490853	50	2.0	50	98	0	193	33	17	3	44	1.68
38491303--38491385	43	1.9	43	92	0	139	27	31	19	21	1.97
38491351--38491469	43	2.8	43	81	1	132	32	26	16	24	1.96
38494490--38494689	48	4.2	48	73	9	158	29	21	22	27	1.99
38499974--38500095	43	2.9	41	80	11	147	28	24	16	30	1.96
38503265--38503437	46	3.7	46	75	13	192	21	20	27	29	1.98
38505520--38505608	34	2.7	33	80	1	106	29	21	20	29	1.98
38518588--38518673	42	2.0	42	100	0	172	34	16	13	34	1.88
38531172--38531208	19	2.0	18	89	5	56	29	0	21	48	1.50
38532681--38532872	47	4.1	47	90	1	289	32	11	29	26	1.92
38532706--38532781	22	3.3	22	67	22	66	32	13	28	25	1.93
38532755--38532830	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
38532831--38532977	50	3.0	50	91	3	235	36	8	24	29	1.86
38532843--38533001	50	3.2	50	78	9	164	33	7	27	31	1.85
38533127--38533234	36	2.9	37	93	2	182	23	18	31	26	1.97
38536443--38536679	50	4.8	49	77	9	239	31	26	17	24	1.97
38551719--38551994	50	5.6	48	81	6	275	29	27	18	23	1.98
38557576--38558123	48	11.4	48	90	4	847	36	6	26	30	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38557576--38558123	146	3.8	146	92	3	932	36	6	26	30	1.81
38559616--38559990	120	3.1	120	90	4	537	24	20	27	27	1.99
38559622--38559990	40	9.2	39	91	3	453	24	20	27	27	1.99
38560022--38560121	28	3.5	28	78	8	103	21	17	30	32	1.95
38563348--38563903	48	11.4	48	93	1	905	36	6	26	30	1.82
38563348--38563903	98	5.7	96	92	2	905	36	6	26	30	1.82
38563349--38563903	146	3.8	146	95	0	970	36	6	26	30	1.82
38566988--38567193	43	4.9	43	75	11	144	22	18	26	32	1.97
38567044--38567121	39	2.0	39	92	0	129	26	19	23	30	1.98
38569410--38569470	30	2.0	30	87	0	86	31	22	8	37	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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