genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.213.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72688172--72688312	51	2.7	53	80	10	159	26	16	27	29	1.97
72693763--72693896	52	2.6	50	82	4	144	26	16	24	32	1.96
72699350--72699431	26	3.2	26	64	25	66	25	13	28	32	1.93
72699243--72699587	51	6.8	51	82	6	312	25	18	25	30	1.98
72699243--72699526	101	2.8	100	85	2	354	25	19	25	30	1.98
72715622--72716169	47	11.5	47	92	2	873	29	29	8	33	1.86
72715622--72716169	96	5.8	94	92	3	882	29	29	8	33	1.86
72715631--72716169	143	3.8	143	96	0	972	28	29	8	33	1.86
72720208--72720612	40	10.1	40	92	0	666	25	28	21	24	1.99
72723766--72723834	27	2.6	27	90	0	102	26	14	28	30	1.95
72731804--72731981	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
72731805--72731960	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
72731803--72731981	82	2.2	81	83	3	225	26	15	27	29	1.96
72736934--72736987	12	4.5	12	84	6	56	53	18	20	7	1.68
72739348--72739406	26	2.3	26	93	0	100	38	23	16	20	1.92
72745358--72745839	177	2.7	176	85	2	671	29	18	25	26	1.98
72747425--72747454	13	2.3	13	94	0	51	33	6	3	56	1.42
72748100--72748148	22	2.2	22	86	13	66	22	4	2	71	1.13
72748111--72748148	16	2.4	16	82	8	51	18	2	2	76	1.02
72748114--72748157	21	2.1	21	83	8	54	22	4	2	70	1.17
72749752--72749784	16	2.1	16	100	0	66	24	15	6	54	1.63
72758710--72758892	39	4.7	39	84	4	208	26	21	25	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72758710--72758854	78	1.9	78	92	0	245	26	20	25	27	1.99
72762800--72762829	5	6.0	5	100	0	60	80	0	0	20	0.72
72767301--72767373	29	2.5	28	84	10	94	27	13	30	28	1.94
72767331--72767658	174	1.9	174	96	0	602	29	14	24	30	1.95
72785724--72785794	29	2.5	29	86	6	92	33	25	12	28	1.92
72789061--72789238	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
72789062--72789217	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
72789058--72789238	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
72797168--72797345	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
72797169--72797324	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
72797165--72797345	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
72801265--72801383	6	19.3	6	69	20	77	48	15	16	19	1.81
72801315--72801372	19	3.4	19	65	30	58	46	17	17	18	1.84
72801274--72801383	31	3.5	31	91	3	159	49	14	17	19	1.80
72801521--72801621	27	3.8	26	82	5	112	36	17	23	21	1.95
72801780--72801843	22	2.9	22	75	9	67	34	21	21	21	1.97
72802271--72802438	27	6.3	27	86	8	229	23	22	21	33	1.97
72802271--72802438	80	2.1	80	87	5	243	23	22	21	33	1.97
72802495--72802586	27	3.4	27	87	3	123	33	10	17	38	1.85
72802479--72802924	81	5.5	80	82	3	331	30	8	21	39	1.82
72802549--72802932	27	14.2	27	85	0	507	30	7	21	40	1.81
72802565--72802942	108	3.5	108	95	0	639	30	7	21	40	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72802565--72802939	54	6.9	54	90	0	579	30	7	21	40	1.80
72804990--72805118	46	2.8	46	79	8	138	26	19	29	24	1.98
72805130--72805306	49	3.7	47	79	7	160	30	18	27	23	1.98
72809655--72809689	16	2.2	16	90	10	54	65	0	0	34	0.93
72809723--72809777	19	2.9	19	72	20	60	52	1	0	45	1.11
72823015--72823232	40	5.5	40	87	2	289	23	23	27	24	2.00
72827474--72827698	40	5.6	39	86	7	299	24	28	24	22	1.99
72827474--72827698	83	2.8	81	90	6	350	24	28	24	22	1.99
72836079--72836104	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
72838099--72838222	56	2.2	56	85	0	167	36	23	12	27	1.91
72846133--72846368	49	4.7	50	82	2	260	26	19	27	27	1.99
72846133--72846368	101	2.4	98	82	2	274	26	19	27	27	1.99
72850227--72850291	5	13.4	5	75	18	57	36	7	20	35	1.81
72850229--72850307	20	4.2	19	78	15	76	35	8	20	35	1.84
72850246--72850286	11	3.9	11	75	12	50	36	9	19	34	1.85
72850353--72850501	26	5.8	26	88	0	212	26	20	22	30	1.99
72858305--72858383	20	4.2	19	81	15	85	35	10	20	34	1.86
72858429--72858577	26	5.8	26	94	0	248	26	24	23	26	2.00
72859781--72859982	109	1.8	110	88	7	313	23	25	17	33	1.96
72859781--72859983	55	3.7	55	79	5	209	23	25	17	33	1.96
72866357--72866536	67	2.8	64	80	9	195	24	30	16	28	1.96
72870622--72870652	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72870619--72870658	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
72870891--72871091	108	1.8	110	88	4	309	22	26	17	33	1.96
72870891--72871098	55	3.8	53	79	8	215	22	26	17	34	1.96
72874797--72874986	56	3.4	56	86	0	254	33	24	14	27	1.94
72874934--72875072	43	3.2	43	89	2	172	30	28	16	24	1.96
72883942--72884012	34	2.1	34	92	2	117	28	28	23	19	1.99
72888086--72888175	28	3.2	28	85	3	117	27	27	13	31	1.94
72894546--72894601	28	2.0	28	86	3	78	28	23	19	28	1.98
72894568--72894694	34	3.7	34	83	6	150	27	25	21	25	1.99
72897653--72897825	56	3.1	56	88	3	249	27	13	24	34	1.93
72901894--72901963	22	3.3	21	70	20	56	25	4	2	67	1.23
72907426--72907548	42	3.1	42	61	21	102	30	24	26	18	1.98
72907428--72907569	76	1.9	76	96	0	266	31	23	26	17	1.97
72909648--72909727	40	2.0	40	100	0	160	35	7	22	35	1.82
72909651--72909715	20	3.2	20	63	16	53	32	6	24	36	1.80
72911695--72911727	13	2.5	13	90	9	50	48	15	12	24	1.78
72920117--72920176	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
72920138--72920201	33	2.0	32	84	3	83	35	20	23	20	1.96
72920217--72920268	27	2.0	26	84	3	68	34	21	25	19	1.96
72923132--72923472	27	12.7	27	86	2	427	34	14	14	36	1.88
72923465--72923583	27	4.4	27	80	2	98	38	19	19	22	1.93
72923618--72923667	23	2.2	23	86	13	68	28	14	16	42	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72923923--72923972	18	2.8	18	75	0	55	32	18	12	38	1.87
72923963--72924076	34	3.4	34	86	2	149	34	23	18	23	1.96
72923974--72924094	34	3.6	34	84	1	109	33	23	21	21	1.98
72926991--72927198	27	7.7	27	88	1	310	31	15	16	36	1.90
72927190--72927304	27	4.3	26	85	2	122	41	19	20	19	1.90
72927337--72927392	23	2.4	23	80	14	62	25	12	21	41	1.88
72927649--72927684	18	2.0	18	94	0	63	25	22	13	38	1.91
72927674--72927795	34	3.6	34	86	0	154	29	19	23	27	1.98
72929054--72929081	13	2.2	13	100	0	56	60	0	14	25	1.34
72936337--72936406	36	1.9	36	97	0	131	38	15	15	30	1.89
72938782--72938809	14	2.0	14	100	0	56	35	14	14	35	1.86
72942844--72942893	20	2.3	21	86	10	66	58	12	4	26	1.51
72943961--72944022	27	2.3	27	94	0	106	40	8	14	37	1.76
72948935--72949027	20	4.7	20	80	5	89	35	22	32	9	1.87
72948933--72949024	40	2.3	40	83	10	125	32	23	33	9	1.88
72953872--72953906	16	2.2	16	100	0	70	51	25	0	22	1.48
72955960--72956113	35	4.4	35	84	6	172	26	16	17	38	1.91
72955953--72956114	70	2.3	68	83	7	209	26	17	17	38	1.91
72957469--72957531	15	4.1	15	79	2	63	41	12	17	28	1.86
72960020--72960147	44	2.9	44	82	3	141	21	15	28	34	1.94
72979629--72979755	44	2.9	43	83	3	137	34	29	15	20	1.94
72979646--72979755	45	2.5	44	83	4	132	33	30	16	19	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72982290--72982352	15	4.1	15	79	2	63	28	17	12	41	1.86
72983713--72983874	35	4.6	35	76	15	147	38	17	17	26	1.91
72983713--72983874	70	2.3	69	83	7	211	38	17	17	26	1.91
72984519--72984543	13	1.9	13	100	0	50	12	16	40	32	1.84
72985931--72985965	16	2.2	16	100	0	70	22	0	25	51	1.48
72990825--72990919	20	4.8	20	79	5	102	9	32	23	34	1.87
72990828--72990919	40	2.3	39	83	10	123	9	33	23	32	1.88
73006468--73006575	39	2.8	39	89	0	162	33	21	25	20	1.97
73006566--73006661	38	2.5	39	86	6	126	20	23	28	27	1.99
73008192--73008325	27	5.0	27	82	0	133	26	13	17	42	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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