genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  80  of  373  ( 44737 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25009181--25009226	22	2.0	24	84	16	62	54	0	6	39	1.26
25009181--25009350	92	1.8	93	83	9	231	48	5	4	41	1.45
25015742--25015766	12	2.1	12	100	0	50	40	12	8	40	1.72
25015754--25015816	32	2.0	32	100	0	126	52	9	9	28	1.65
25018709--25018880	40	4.3	40	86	2	213	25	21	27	25	1.99
25024892--25024916	13	1.9	13	100	0	50	52	16	16	16	1.76
25025959--25026183	80	2.8	78	80	6	227	25	20	27	26	1.99
25025959--25026181	40	5.6	39	79	8	191	26	21	26	26	1.99
25028355--25028443	42	2.1	42	85	6	119	23	22	15	38	1.93
25030465--25030508	21	2.1	21	100	0	88	40	27	9	22	1.84
25036276--25036333	27	2.1	27	90	0	89	34	17	17	31	1.93
25041195--25041359	42	3.9	42	77	3	125	27	24	15	31	1.96
25060565--25060624	30	2.0	30	90	0	93	28	25	8	38	1.84
25063611--25063755	40	3.6	40	85	4	193	25	24	26	23	2.00
25065411--25065567	56	2.8	54	85	5	172	26	32	19	21	1.97
25068131--25068155	5	5.0	5	100	0	50	0	20	0	80	0.72
25068208--25068348	67	2.1	67	98	0	273	36	19	9	34	1.85
25071249--25071445	54	3.6	54	82	4	227	35	18	24	21	1.95
25073674--25073712	19	2.1	19	100	0	78	46	23	0	30	1.53
25075327--25075502	46	3.8	46	74	10	169	21	19	28	30	1.98
25075323--25075493	93	1.8	93	89	0	270	22	20	28	28	1.98
25081443--25081530	43	2.0	43	97	0	167	42	13	22	21	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25082835--25082860	11	2.4	11	100	0	52	84	0	0	15	0.62
25086437--25086703	46	5.8	44	75	13	193	23	29	20	25	1.99
25086489--25086703	94	2.3	90	82	7	238	24	30	19	25	1.98
25095820--25095857	5	7.8	5	88	11	53	57	0	2	39	1.12
25101940--25102058	42	2.8	42	76	0	121	31	12	26	29	1.93
25105021--25105214	40	4.9	40	91	0	291	27	21	27	23	1.99
25105039--25105241	40	5.1	40	90	1	176	27	22	27	22	1.99
25110794--25110978	79	2.3	82	85	7	247	25	27	22	23	2.00
25110775--25110978	40	5.1	40	83	8	247	25	27	22	24	2.00
25116014--25116247	40	5.9	40	91	0	362	26	20	28	24	1.99
25116014--25116274	120	2.2	119	85	4	355	27	21	27	23	1.99
25116014--25116274	40	6.6	40	88	1	204	27	21	27	23	1.99
25118111--25118226	61	1.9	58	86	5	160	50	3	4	42	1.39
25118200--25118253	17	2.9	18	77	20	58	53	1	1	42	1.22
25129881--25130055	49	3.5	49	77	10	185	28	17	24	30	1.97
25129876--25130055	100	1.8	100	88	2	281	27	17	23	30	1.97
25132882--25132950	15	4.7	15	79	15	81	10	13	15	60	1.58
25135405--25135586	49	3.7	49	79	2	202	25	18	25	30	1.98
25135407--25135594	100	1.9	100	88	0	286	26	19	24	30	1.98
25143436--25143526	45	2.0	45	91	0	146	38	21	13	26	1.90
25148594--25148646	27	2.0	27	100	0	106	30	5	11	52	1.60
25149009--25149077	25	2.8	25	70	0	75	23	26	18	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25149122--25149190	13	5.4	13	83	10	72	44	2	21	30	1.67
25150064--25150199	66	2.1	64	82	8	168	25	25	26	23	2.00
25150065--25150199	65	2.1	66	83	8	170	25	24	26	23	2.00
25154830--25154929	29	3.5	29	80	1	94	27	18	30	25	1.98
25157874--25157919	8	5.8	8	86	0	56	47	26	19	6	1.73
25158144--25158217	29	2.6	29	84	2	87	27	16	29	27	1.97
25158336--25158443	54	2.0	54	98	0	207	28	9	34	27	1.88
25161545--25161620	40	1.9	40	83	0	98	31	22	14	31	1.94
25167424--25167587	43	3.9	43	84	4	183	24	20	31	23	1.98
25168029--25168072	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
25173342--25173374	15	2.2	15	94	0	57	24	9	12	54	1.66
25174829--25174950	47	2.6	47	96	0	217	36	13	25	25	1.92
25174929--25175125	55	3.7	53	80	4	207	36	17	25	20	1.95
25174929--25175136	53	3.9	54	81	4	213	35	17	25	21	1.95
25179963--25179995	15	2.2	15	94	0	57	27	3	12	57	1.49
25188395--25188430	15	2.3	16	95	4	65	11	2	25	61	1.43
25195739--25195874	45	3.2	44	83	10	140	25	30	19	24	1.98
25195768--25195882	45	2.6	45	90	6	175	27	27	21	22	1.99
25197606--25197810	40	5.2	40	92	1	333	24	22	26	26	2.00
25209893--25209921	14	2.1	14	100	0	58	51	6	0	41	1.28
25209821--25209972	64	2.4	64	95	0	268	40	7	5	46	1.56
25210330--25210426	33	2.9	33	75	0	95	28	19	31	19	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25211287--25211320	14	2.4	14	100	0	68	44	5	14	35	1.70
25216002--25216062	30	2.0	30	87	0	86	29	21	8	40	1.82
25216935--25216961	5	5.4	5	100	0	54	18	0	0	81	0.69
25232219--25232277	21	2.8	22	80	7	61	22	0	8	69	1.15
25232271--25232298	14	2.0	14	100	0	56	28	0	7	64	1.20
25233259--25233285	13	2.1	13	100	0	54	40	7	22	29	1.81
25240761--25240821	26	2.4	26	94	5	108	44	3	19	32	1.67
25242341--25242400	20	2.9	21	75	7	59	25	13	23	38	1.91
25242341--25242432	43	2.2	43	90	2	141	26	10	23	39	1.88
25242363--25242431	22	3.2	22	65	19	54	26	10	23	40	1.86
25243611--25243745	42	3.2	42	96	0	252	20	20	33	26	1.97
25260253--25260580	40	8.2	40	94	1	459	22	22	27	27	1.99
25260257--25260322	22	3.2	22	60	24	52	22	21	27	28	1.99
25262637--25262738	45	2.3	45	82	0	132	41	17	17	23	1.90
25264123--25264183	24	2.5	23	80	15	61	49	4	0	45	1.23
25264131--25264210	35	2.3	35	85	8	103	50	5	0	45	1.23
25265969--25266137	49	3.6	47	77	7	164	26	28	15	29	1.96
25266298--25266329	16	2.0	16	93	0	55	37	15	6	40	1.73
25268276--25268328	18	2.9	19	80	11	74	13	37	7	41	1.72
25268260--25268328	36	1.9	36	87	0	102	13	40	7	39	1.72
25270476--25270594	57	2.1	58	85	6	161	44	8	21	26	1.80
25270657--25270747	45	2.0	45	97	0	173	40	8	12	38	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25284684--25284736	21	2.6	21	77	19	58	52	16	1	28	1.54
25291129--25291160	15	2.1	15	100	0	64	75	0	25	0	0.81
25291245--25291300	28	2.0	28	100	0	112	39	3	17	39	1.67
25292211--25292373	47	3.5	46	88	4	238	13	19	25	42	1.87
25292361--25292391	6	5.2	6	92	0	53	12	16	19	51	1.76
25292504--25292558	18	2.9	19	81	5	76	30	5	12	50	1.63
25292504--25292574	18	3.9	18	77	1	70	32	7	15	45	1.73
25293961--25294071	40	2.8	40	83	1	98	25	28	23	22	1.99
25293984--25294120	40	3.4	40	85	5	177	23	26	24	25	2.00
25298928--25299100	46	3.7	46	74	13	156	28	30	20	21	1.98
25298935--25299107	93	1.9	93	92	0	292	27	30	20	21	1.98
25308841--25308873	15	2.2	15	94	0	57	57	12	12	18	1.64
25311994--25312168	49	3.5	49	73	9	156	29	26	18	25	1.98
25311987--25312173	100	1.9	101	85	1	259	29	26	18	25	1.98
25313798--25313837	6	6.7	6	88	0	62	80	2	0	17	0.83
25315486--25315545	29	2.1	29	83	0	75	71	8	11	8	1.30
25323022--25323068	23	2.0	23	100	0	94	44	0	21	34	1.52
25323764--25323793	15	2.0	15	93	0	51	43	0	6	50	1.28
25323865--25323904	20	2.1	20	86	9	57	40	12	5	42	1.64
25325090--25325134	9	5.4	9	82	17	62	57	0	0	42	0.98
25325090--25325134	17	2.8	17	90	6	67	57	0	0	42	0.98
25325230--25325273	20	2.2	20	87	0	61	56	6	0	36	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25326171--25326204	16	2.1	16	94	0	59	47	14	5	32	1.69
25326461--25326531	31	2.3	30	83	9	81	29	14	21	35	1.92
25327794--25327908	57	2.0	58	91	3	187	20	25	13	40	1.89
25331852--25332002	74	2.0	74	85	2	205	27	9	16	46	1.79
25339310--25339371	30	2.1	30	87	6	90	3	9	48	38	1.52
25341464--25341496	16	2.0	17	88	5	50	60	12	6	21	1.53
25341811--25341863	12	4.4	12	76	9	54	30	1	35	32	1.69
25343661--25343729	27	2.6	27	80	0	75	21	15	18	43	1.88
25344000--25344067	27	2.6	27	76	6	68	22	19	27	30	1.97
25348823--25348928	23	4.4	24	75	11	101	23	22	18	34	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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