Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   

This is table  176  of  373  ( 44737 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
58935679--58936252
288
2.0
288
87
1
837
29
23
11
35
1.89
58941387--58941427
21
1.9
22
85
5
57
41
14
0
43
1.45
58942640--58942669
15
1.9
16
93
6
53
20
20
6
53
1.67
58944899--58945025
68
1.9
68
83
6
168
23
29
15
31
1.96
58945491--58945551
30
2.0
30
87
0
86
31
24
3
40
1.71
58950587--58950620
18
1.9
18
88
5
52
58
17
11
11
1.62
58955286--58955400
29
4.0
30
80
9
125
25
32
14
27
1.95
58955292--58955400
58
1.9
57
86
5
157
24
33
14
27
1.95
58956877--58956909
16
2.1
16
94
0
57
15
6
30
48
1.69
58958500--58958546
3
15.7
3
95
0
85
63
2
0
34
1.06
58958545--58958584
3
13.3
3
100
0
80
35
0
32
32
1.58
58959281--58959338
26
2.2
25
81
9
62
51
3
5
39
1.41
58959292--58959343
26
2.1
24
85
7
68
50
0
5
44
1.26
58971822--58971893
36
2.0
36
94
0
126
25
19
12
43
1.86
58972812--58972866
20
2.9
19
80
20
62
52
5
0
41
1.24
58982209--58982279
32
2.2
32
94
0
124
45
2
14
38
1.59
58992123--58992173
25
2.0
25
96
0
93
31
21
23
23
1.98
58992303--58992364
21
3.0
21
73
0
61
16
29
17
37
1.92
58992243--58992399
42
3.7
42
79
5
147
16
23
16
43
1.87
59015044--59015090
20
2.4
20
82
3
60
42
2
2
53
1.25
59019220--59019256
19
1.9
19
88
0
56
37
5
18
37
1.74
59021411--59021448
18
2.1
18
95
0
67
28
10
0
60
1.30
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
59022166--59022218
23
2.2
25
80
9
67
15
1
11
71
1.22
59022220--59022318
39
2.5
39
79
14
123
32
3
13
51
1.56
59022220--59022315
36
2.5
37
83
10
113
33
3
12
51
1.55
59029611--59030356
137
5.4
138
92
1
1196
26
8
7
57
1.54
59029917--59029953
13
2.8
13
91
0
56
16
2
2
78
0.98
59029879--59029936
23
2.5
24
76
21
68
27
1
6
63
1.29
59029611--59030356
276
2.7
274
91
2
1196
26
8
7
57
1.54
59030315--59030417
36
2.7
40
75
16
101
19
6
1
71
1.18
59030349--59030407
15
3.8
16
88
6
95
15
5
1
77
1.01
59030349--59030407
31
1.9
31
96
0
109
15
5
1
77
1.01
59030898--59030938
8
5.4
8
85
8
59
0
31
0
68
0.90
59030897--59030947
16
3.4
15
86
13
70
1
31
0
66
1.03
59031097--59031129
15
2.2
15
94
0
57
15
18
6
60
1.54
59031125--59031169
22
2.0
22
100
0
90
4
17
4
73
1.17
59031125--59031164
13
3.4
13
74
25
52
5
20
5
70
1.26
59031125--59031177
22
2.7
19
86
13
65
5
16
5
71
1.25
59033874--59033951
3
27.0
3
73
12
56
3
28
1
66
1.17
59033869--59033946
29
2.6
29
84
9
95
3
28
1
66
1.17
59040462--59040499
19
2.0
19
89
0
58
68
0
2
28
1.03
59041158--59041256
7
14.3
7
98
1
191
72
13
0
14
1.12
59041347--59041420
33
2.2
33
90
0
112
31
9
17
41
1.81
59041906--59041957
23
2.4
22
80
6
61
44
0
0
55
0.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
59049289--59049326
17
2.2
17
90
9
60
68
0
0
31
0.90
59050724--59051051
176
1.9
175
92
3
552
41
7
21
29
1.79
59051267--59051304
17
2.2
17
86
9
51
60
2
2
34
1.24
59056501--59056730
49
4.6
50
81
2
266
25
17
27
29
1.98
59056501--59056743
100
2.4
98
83
2
288
25
18
27
29
1.98
59058123--59058246
41
2.9
44
80
9
132
24
13
27
34
1.93
59058112--59058265
43
3.6
42
77
6
141
26
16
25
31
1.96
59060711--59060849
60
2.3
61
81
9
169
28
20
23
27
1.99
59067476--59067745
40
6.8
40
98
0
522
27
19
27
25
1.99
59067476--59067961
120
3.9
120
84
11
643
27
20
27
24
1.99
59067726--59067766
21
2.0
21
95
0
73
31
17
24
26
1.97
59067686--59067806
61
2.0
61
96
0
224
29
18
26
25
1.98
59067747--59067961
40
5.4
40
88
3
308
27
20
28
23
1.99
59067645--59067833
101
1.9
101
97
0
360
29
19
26
24
1.98
59067606--59067886
141
2.0
141
96
0
517
28
19
27
24
1.99
59067566--59067923
181
2.0
181
94
1
637
28
19
27
24
1.99
59067526--59067961
221
2.0
221
92
1
732
27
19
27
24
1.99
59067747--59067988
120
2.0
119
82
4
290
26
20
28
24
1.99
59069579--59069766
49
3.8
49
80
5
234
28
26
18
27
1.98
59069584--59069771
100
1.9
100
93
0
322
28
26
19
26
1.98
59072223--59072440
40
5.5
40
85
4
266
25
28
22
22
1.99
59076135--59076244
58
1.9
58
83
9
145
27
24
22
25
2.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
59078459--59078523
31
2.1
30
91
2
103
27
15
24
32
1.95
59080462--59080679
40
5.5
40
87
3
298
25
27
22
23
2.00
59084153--59084212
26
2.3
27
88
2
95
30
21
5
43
1.74
59084215--59084344
27
4.8
27
79
4
138
40
20
10
28
1.86
59084248--59084372
27
4.6
27
81
7
121
41
21
8
28
1.81
59084248--59084456
54
3.9
54
79
6
199
39
20
9
31
1.84
59084301--59084429
27
4.7
27
80
9
136
41
19
7
31
1.79
59084272--59084429
55
2.9
55
83
2
185
41
18
8
31
1.82
59084474--59084551
27
2.9
27
77
11
88
37
21
20
20
1.95
59085343--59085412
25
2.8
25
91
0
104
27
24
22
25
2.00
59085343--59085425
25
3.4
25
82
11
84
30
21
22
25
1.99
59085636--59085714
31
2.6
31
92
4
126
27
16
26
29
1.97
59095654--59095698
22
2.1
22
83
4
56
17
31
31
20
1.96
59097440--59097540
43
2.4
41
79
12
107
29
17
23
28
1.97
59097634--59097680
20
2.3
20
92
0
85
31
0
29
38
1.58
59103173--59103216
8
5.2
8
82
17
54
68
0
2
29
1.02
59103173--59103216
17
2.7
15
80
19
52
68
0
2
29
1.02
59105988--59106167
25
7.1
25
82
3
207
35
19
15
29
1.93
59105988--59106167
78
2.4
75
88
2
270
35
19
15
29
1.93
59109414--59109482
28
2.4
30
76
11
72
37
4
20
37
1.72
59116400--59116456
30
1.9
30
85
7
80
22
22
8
45
1.80
59118286--59118344
21
2.8
21
86
0
73
37
28
6
27
1.82
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
59120975--59121227
68
3.9
64
78
10
219
29
16
29
24
1.97
59121044--59121227
67
2.8
64
79
8
212
28
17
30
22
1.97
59121020--59121199
67
2.7
64
81
8
184
30
17
30
21
1.96
59122312--59122336
2
12.5
2
100
0
50
48
0
0
52
1.00
59139390--59139519
50
2.6
49
90
1
188
30
26
17
26
1.98
59139390--59139574
101
1.8
99
83
2
244
29
24
18
27
1.98
59142263--59142314
17
2.9
17
91
5
77
11
38
30
19
1.87
59148849--59148906
23
2.6
23
97
2
109
18
46
8
25
1.78
59157509--59157584
26
2.9
26
80
0
89
17
19
25
38
1.93
59162296--59162479
40
4.6
40
93
0
314
29
28
17
23
1.97
59166938--59167048
40
2.7
43
75
12
115
26
15
26
32
1.95
59166938--59167094
83
1.9
83
81
7
194
26
14
25
33
1.95
59171554--59171843
50
5.8
50
79
6
291
31
26
16
25
1.96
59180562--59180860
40
7.6
40
90
4
430
26
22
25
25
2.00
59180562--59180860
79
3.8
80
90
3
464
26
22
25
25
2.00
59188782--59189080
40
7.6
40
93
3
473
25
22
26
25
2.00
59196500--59196637
44
3.2
42
81
5
143
31
24
15
27
1.96
59213349--59213499
43
3.5
42
75
13
139
24
17
24
33
1.97
59215979--59216238
53
4.8
53
79
5
254
38
17
24
20
1.93
59223839--59223965
43
3.0
43
77
12
136
24
15
25
34
1.95
59226682--59226715
17
2.0
17
100
0
68
29
11
11
47
1.76
59239200--59239350
43
3.5
43
71
16
125
33
23
15
27
1.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
59240956--59240989
18
1.9
18
88
5
52
29
17
11
41
1.85
59242210--59242308
28
3.5
28
90
0
153
25
34
15
25
1.94
59242189--59242308
56
2.1
57
87
1
170
24
31
15
28
1.96
59246548--59246720
46
3.8
45
80
13
208
21
20
27
29
1.98
59246545--59246715
93
1.8
93
93
0
297
21
21
28
28
1.98
59251810--59251955
43
3.4
43
77
5
116
28
16
25
29
1.97
59257576--59257722
40
3.7
40
92
1
224
24
21
25
28
1.99
59257575--59257786
40
5.3
40
85
3
223
24
20
26
28
1.99
59259725--59259989
40
6.7
40
85
6
272
25
27
21
25
1.99
59259921--59259998
40
1.9
41
82
10
97
26
28
20
24
1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373