genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.278.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94191360--94191537	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
94191361--94191516	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
94191357--94191537	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
94193167--94193926	48	15.9	48	92	3	1187	35	6	27	30	1.82
94194063--94194159	37	2.6	37	85	3	124	28	20	26	23	1.99
94196101--94196143	21	2.0	21	82	8	52	34	6	6	51	1.56
94203574--94203650	26	3.0	26	80	5	93	19	18	22	40	1.92
94205445--94205622	40	4.5	40	90	3	254	25	26	22	24	2.00
94208512--94208692	40	4.6	40	78	11	176	25	26	22	25	2.00
94208512--94208692	81	2.3	79	84	4	231	25	26	22	25	2.00
94216698--94216914	40	5.5	40	93	3	334	25	27	23	23	2.00
94220285--94220336	24	2.2	24	89	0	77	44	3	40	11	1.59
94222349--94222532	40	4.7	40	82	7	216	25	27	22	24	2.00
94222351--94222532	79	2.3	80	83	6	210	24	27	23	24	2.00
94230294--94230517	79	2.8	79	83	6	283	25	28	21	24	1.99
94230294--94230517	40	5.7	40	83	7	269	25	28	21	24	1.99
94239531--94239649	50	2.4	50	92	1	195	18	21	31	28	1.97
94255313--94255489	40	4.4	40	84	2	232	24	22	26	26	2.00
94255715--94255756	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
94264003--94264071	26	2.8	25	85	8	88	31	23	23	21	1.98
94265477--94265708	40	5.8	40	91	2	365	23	28	21	26	1.99
94265477--94265716	82	3.0	81	92	1	383	23	27	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94265457--94265708	122	2.1	120	91	2	407	24	28	21	25	1.99
94273912--94274143	40	5.8	40	91	2	365	23	28	21	26	1.99
94273912--94274143	122	1.9	120	92	1	392	23	28	21	26	1.99
94273912--94274151	82	3.0	81	92	1	383	23	28	21	26	1.99
94279340--94279546	45	4.6	45	89	2	267	24	21	27	27	1.99
94281969--94282045	26	3.0	26	74	0	73	22	18	18	41	1.90
94287756--94287997	48	5.0	48	95	0	430	33	6	28	31	1.82
94288138--94288240	37	2.8	37	95	0	179	23	19	32	25	1.98
94293809--94293863	27	2.0	28	82	10	69	32	14	14	38	1.87
94294800--94294878	29	2.7	29	90	0	122	41	12	25	20	1.87
94294863--94294947	28	3.0	28	84	6	109	36	14	28	21	1.92
94294902--94294965	29	2.2	28	83	2	74	42	18	21	17	1.89
94301258--94301315	29	2.0	29	100	0	116	31	20	0	48	1.50
94301263--94301312	17	3.2	17	68	26	56	30	22	0	48	1.51
94302107--94302291	40	4.7	40	80	6	207	25	27	21	24	1.99
94302107--94302289	79	2.3	81	81	7	205	25	27	21	25	1.99
94310751--94310836	43	2.0	43	88	0	127	24	22	1	52	1.54
94312023--94312055	16	1.9	18	88	11	52	21	12	0	66	1.23
94314828--94315086	29	8.9	29	78	8	253	37	14	25	22	1.92
94314828--94315086	58	4.5	58	82	5	301	37	14	25	22	1.92
94314828--94315086	88	3.0	86	85	6	310	37	14	25	22	1.92
94319970--94320029	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94323355--94323617	40	6.6	40	86	3	298	27	27	20	24	1.99
94323549--94323626	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
94336819--94336941	47	2.6	47	87	1	158	21	16	27	34	1.95
94343103--94343135	17	2.0	17	88	5	50	54	18	0	27	1.44
94344904--94345028	42	3.0	42	83	6	130	32	25	15	27	1.95
94345034--94345209	48	3.7	48	87	0	262	28	30	16	23	1.96
94349134--94349182	22	2.3	22	92	3	82	42	22	12	22	1.86
94358218--94358336	28	4.2	29	87	4	129	23	12	33	30	1.92
94358236--94358331	28	3.4	28	91	1	147	22	13	34	29	1.93
94364061--94364088	13	2.2	13	100	0	56	14	25	35	25	1.93
94364176--94364202	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
94374530--94374577	24	2.0	25	84	12	64	62	8	2	27	1.35
94383603--94383662	18	3.4	17	70	25	52	26	10	28	35	1.89
94383579--94383684	36	2.9	36	79	5	124	30	11	26	32	1.91
94385833--94385884	25	2.1	25	100	0	104	32	28	11	26	1.91
94397690--94397874	40	4.7	40	81	7	200	24	22	27	25	2.00
94397743--94397907	79	2.1	79	84	6	210	25	21	27	25	1.99
94401395--94401435	20	2.0	20	90	9	66	46	14	9	29	1.77
94406379--94406490	27	4.2	26	83	10	127	35	23	25	16	1.94
94406379--94406490	54	2.1	54	85	6	147	35	23	25	16	1.94
94406904--94406945	8	5.2	8	85	0	57	9	26	21	42	1.83
94406904--94406947	16	2.8	16	89	0	70	11	25	22	40	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94406904--94406952	24	2.0	24	84	0	62	10	22	20	46	1.80
94411076--94411250	46	3.8	45	79	7	190	28	29	21	21	1.99
94411083--94411255	93	1.9	93	92	0	292	27	29	21	21	1.99
94416496--94416543	20	2.4	20	96	0	87	25	27	20	27	1.99
94417983--94418027	23	2.0	23	86	0	63	57	24	8	8	1.57
94440680--94440856	27	6.5	27	83	3	194	29	27	15	27	1.96
94440700--94440855	82	1.9	81	87	6	226	29	27	15	27	1.96
94445765--94446027	134	2.0	134	94	0	463	33	12	18	36	1.88
94446123--94446184	29	2.1	29	82	5	72	20	22	24	32	1.98
94449045--94449256	46	4.9	39	81	14	183	38	16	23	22	1.92
94449084--94449300	46	4.7	46	89	1	283	41	15	22	21	1.90
94449035--94449300	138	2.0	130	83	7	336	39	15	22	21	1.91
94449561--94449607	25	2.0	25	83	8	62	53	4	14	27	1.60
94453733--94453761	11	2.6	11	100	0	58	27	0	17	55	1.42
94461738--94461894	43	3.7	43	73	5	131	24	18	24	31	1.97
94463744--94463784	21	1.9	22	85	5	57	39	4	24	31	1.76
94465679--94466018	170	2.0	170	93	0	581	23	17	27	32	1.96
94470783--94470841	30	2.0	30	90	6	93	42	8	18	30	1.80
94471118--94471171	27	2.0	27	85	0	72	38	7	14	38	1.75
94471430--94471648	49	4.4	49	83	3	276	26	17	25	30	1.97
94474681--94474832	38	3.8	38	78	14	178	29	25	15	29	1.96
94476573--94476836	40	6.6	40	95	0	458	23	23	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94487333--94487386	27	2.0	27	85	0	72	38	7	14	38	1.75
94487645--94487863	49	4.4	49	83	3	276	26	17	25	30	1.97
94490895--94491046	38	3.8	38	78	14	178	29	25	15	29	1.96
94492784--94493071	40	7.2	40	93	2	458	23	22	27	26	2.00
94500981--94501221	40	6.2	40	90	6	365	23	22	27	26	2.00
94505437--94505470	15	2.3	15	89	0	50	55	11	14	17	1.68
94507312--94507347	14	2.6	14	100	0	72	5	16	50	27	1.68
94508606--94508667	11	5.5	11	75	9	54	58	24	12	4	1.54
94514548--94514708	38	4.2	38	89	1	243	21	22	25	30	1.99
94514702--94514814	46	2.5	45	80	10	117	23	22	28	26	1.99
94515899--94515937	14	2.6	15	92	8	62	58	10	23	7	1.56
94516096--94516127	10	3.4	10	83	16	50	71	0	0	28	0.86
94516090--94516138	18	2.8	18	75	3	55	67	0	0	32	0.91
94516954--94517028	38	2.0	38	94	0	132	28	28	17	26	1.98
94516999--94517165	47	3.5	47	89	0	253	32	22	13	30	1.93
94518724--94518901	27	6.6	27	83	5	180	28	28	16	26	1.97
94518745--94518900	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
94521845--94521975	51	2.5	51	87	4	183	27	14	29	28	1.95
94525560--94525737	27	6.6	27	83	3	178	30	28	14	25	1.95
94525581--94525736	82	1.9	81	89	3	242	30	28	14	26	1.95
94535359--94535410	25	2.1	25	100	0	104	36	7	25	30	1.84
94551289--94551515	40	5.7	40	94	0	400	22	27	20	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94559710--94559936	40	5.7	40	94	0	400	22	27	20	29	1.98
94565437--94565550	48	2.4	48	93	0	201	21	20	22	35	1.96
94567265--94567324	27	2.3	26	82	2	66	36	20	21	21	1.95
94567334--94567359	2	13.0	2	100	0	52	0	0	50	50	1.00
94568028--94568276	27	9.2	27	85	1	311	26	20	17	35	1.94
94568296--94568541	27	9.1	27	79	7	212	30	9	20	38	1.85
94568426--94568564	27	5.2	26	77	6	116	31	7	18	42	1.78
94570190--94570295	27	3.9	28	87	2	137	33	19	23	22	1.97
94570183--94570296	55	2.1	53	84	7	149	35	20	22	21	1.96
94570405--94570462	27	2.2	26	87	3	80	27	6	25	39	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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