genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.288.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97646409--97646666	119	2.2	120	84	6	319	27	27	20	24	1.99
97647802--97647921	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
97654395--97654659	40	6.7	40	89	4	358	25	27	21	24	1.99
97654395--97654659	119	2.2	121	86	4	369	25	27	21	24	1.99
97655786--97655905	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
97668731--97668790	31	1.9	31	89	0	93	25	13	15	46	1.81
97672884--97672934	26	2.0	26	84	0	66	35	13	19	31	1.91
97672964--97673055	36	2.6	36	78	0	103	40	7	20	31	1.81
97673392--97673478	29	3.0	29	79	3	104	21	21	32	24	1.98
97675137--97675265	63	2.0	63	91	2	206	35	16	13	34	1.87
97676398--97676437	16	2.5	16	91	0	71	30	30	5	35	1.79
97676868--97676900	16	2.1	16	100	0	66	24	18	12	45	1.83
97683710--97683785	20	3.9	19	78	14	77	64	0	5	30	1.15
97685335--97685916	45	12.9	45	64	15	193	27	27	13	30	1.95
97685335--97685917	90	6.5	90	90	0	905	27	27	14	30	1.95
97693883--97693921	18	2.1	18	90	9	60	7	41	0	51	1.31
97697890--97697969	3	26.7	3	71	18	51	65	0	5	30	1.14
97697890--97697950	27	2.3	26	83	5	79	67	0	4	27	1.11
97697897--97697968	20	3.7	20	78	12	71	65	0	5	29	1.15
97697892--97697968	19	4.0	21	79	12	69	66	0	5	28	1.13
97702188--97702222	15	2.3	15	100	0	70	42	5	17	34	1.73
97705474--97705518	16	2.7	17	83	13	58	20	8	0	71	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97717006--97717181	68	2.6	68	77	12	166	33	14	28	22	1.94
97719907--97719945	18	2.2	18	85	0	51	15	38	0	46	1.46
97731123--97731152	15	1.9	16	93	6	53	53	6	20	20	1.67
97731540--97731573	18	2.0	17	88	11	52	47	2	11	38	1.55
97734239--97734302	31	2.1	31	100	0	128	39	20	21	18	1.93
97735262--97735299	19	2.0	19	85	10	51	18	10	0	71	1.14
97739146--97739197	23	2.3	23	87	9	72	21	9	3	65	1.38
97746844--97746899	26	2.2	25	80	3	67	55	8	5	30	1.53
97756897--97756931	17	2.1	17	88	0	52	60	5	5	28	1.43
97761221--97761317	46	2.1	45	90	1	149	27	17	19	35	1.94
97764184--97764227	22	2.0	22	100	0	88	50	9	18	22	1.75
97767700--97767753	26	2.1	26	100	0	108	25	20	22	31	1.98
97769727--97769779	27	2.0	27	96	0	97	52	7	22	16	1.69
97776735--97776842	26	4.2	26	92	2	173	33	7	23	36	1.83
97782932--97783039	26	4.2	26	91	0	180	31	7	25	36	1.83
97790335--97790360	11	2.4	11	100	0	52	19	42	0	38	1.51
97790995--97791084	45	2.0	45	93	0	153	27	10	11	51	1.69
97794892--97794995	52	2.0	52	88	0	154	30	25	9	34	1.88
97800629--97800748	45	2.8	42	77	8	118	30	25	18	25	1.98
97802306--97802486	47	3.8	47	85	5	197	22	15	30	31	1.95
97805981--97806045	28	2.3	28	89	0	94	32	26	7	33	1.85
97806152--97806225	28	2.6	28	91	4	123	21	25	22	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97806694--97806735	18	2.3	18	83	0	57	26	2	4	66	1.23
97812678--97812811	72	1.9	71	84	4	180	23	16	28	32	1.96
97825990--97826088	40	2.5	40	86	5	128	21	19	39	20	1.93
97827166--97827198	13	2.6	13	90	4	50	60	9	6	24	1.49
97828177--97828263	27	3.3	27	79	4	97	22	25	13	37	1.91
97830533--97830710	27	6.6	27	84	3	196	29	28	15	26	1.96
97830554--97830709	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
97847178--97847317	28	5.0	28	72	9	81	17	28	17	35	1.93
97865823--97865880	27	2.1	27	84	6	73	20	32	13	32	1.92
97865959--97866035	35	2.2	35	78	0	82	20	25	22	31	1.98
97876091--97876268	40	4.5	40	91	2	279	22	23	28	25	1.99
97879046--97879079	18	1.9	17	88	5	50	67	0	2	29	1.05
97885338--97885390	26	2.0	26	100	0	106	32	3	15	49	1.62
97890978--97891003	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
97893423--97893879	27	16.9	27	75	6	174	36	20	8	34	1.83
97893530--97893602	28	2.6	28	95	2	130	42	20	6	30	1.78
97893516--97893648	55	2.4	55	81	3	151	39	21	7	32	1.81
97894780--97894915	52	2.7	51	92	5	215	28	20	23	27	1.99
97894780--97894915	26	5.3	26	88	3	190	28	20	23	27	1.99
97895048--97895139	42	2.2	42	90	0	139	30	14	20	34	1.92
97895163--97895241	31	2.5	31	93	0	140	30	18	25	25	1.98
97899976--97900069	27	3.5	27	75	5	91	21	26	15	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97904837--97904867	13	2.3	14	94	5	55	67	6	3	22	1.28
97908733--97908775	21	2.0	21	100	0	86	46	9	9	34	1.68
97909040--97909066	12	2.2	12	100	0	54	29	14	0	55	1.40
97917581--97917610	6	4.8	6	95	4	51	46	0	16	36	1.47
97917947--97917979	10	3.3	10	91	0	57	36	42	3	18	1.66
97926689--97926794	54	2.0	54	88	0	158	33	17	14	34	1.90
97930121--97930189	34	2.0	34	100	0	138	37	11	23	27	1.89
97942025--97942082	20	2.8	21	68	2	55	43	3	8	44	1.51
97944120--97944144	13	1.9	13	100	0	50	64	0	12	24	1.27
97946584--97946630	21	2.1	23	84	7	62	23	31	34	10	1.89
97946598--97946639	21	1.9	22	85	9	59	21	28	38	11	1.89
97950376--97950629	126	2.0	126	99	0	499	27	29	22	20	1.98
97950425--97950618	59	3.2	59	65	23	155	24	30	22	22	1.99
97952616--97952655	20	2.0	20	100	0	80	40	15	15	30	1.87
97955542--97955656	56	2.1	56	93	0	194	40	14	17	27	1.89
97956996--97957218	122	1.8	122	96	0	410	36	16	7	39	1.76
97957146--97957300	79	2.0	79	97	0	292	35	18	6	40	1.76
97957024--97957410	201	1.9	201	93	1	668	36	17	7	38	1.78
97960801--97960868	24	2.8	24	97	0	127	32	13	25	29	1.93
97960872--97960934	23	2.7	23	73	7	65	34	20	17	26	1.95
97968159--97968257	23	4.3	23	79	6	103	32	20	21	26	1.97
97972155--97973329	586	2.0	586	98	0	2269	41	21	10	27	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97977822--97978002	96	1.9	96	96	0	335	46	22	9	22	1.80
97983518--97983630	58	1.9	59	92	5	194	27	7	29	36	1.83
97990072--97990263	39	4.9	39	88	0	276	15	24	22	38	1.92
98001072--98001385	44	6.7	47	73	13	222	21	29	19	29	1.98
98008579--98008721	67	2.1	68	96	2	263	26	23	18	32	1.97
98008606--98008710	32	3.2	32	64	12	77	26	22	20	30	1.98
98008689--98009000	44	6.7	45	73	15	210	22	29	19	29	1.98
98008689--98008952	47	5.6	48	75	12	233	22	29	18	29	1.97
98014627--98014683	29	1.9	30	85	3	80	54	8	3	33	1.48
98014627--98014713	31	2.9	30	80	10	88	52	6	3	36	1.45
98015013--98015044	14	2.3	15	89	10	50	46	0	6	46	1.27
98017041--98017075	11	3.2	11	88	11	54	0	54	0	45	0.99
98017997--98018104	24	4.4	24	73	23	73	30	8	5	55	1.52
98018088--98018170	34	2.4	34	80	8	96	34	4	7	53	1.50
98019024--98019307	137	2.1	137	95	0	514	32	24	17	25	1.97
98021100--98021235	26	5.2	26	95	0	218	34	25	5	35	1.78
98024951--98025237	137	2.1	137	96	0	520	31	23	19	25	1.98
98025485--98025537	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
98027023--98027106	26	3.2	26	87	0	123	34	21	5	38	1.78
98039511--98039673	73	2.2	74	86	5	224	26	18	19	34	1.95
98039692--98039875	73	2.5	73	85	1	244	30	20	22	26	1.98
98039530--98039984	234	1.9	234	84	6	598	28	17	20	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98039818--98040173	89	4.0	86	77	8	295	27	17	18	37	1.93
98040084--98040396	73	4.2	73	82	8	355	28	16	20	34	1.94
98040084--98040398	149	2.1	148	83	6	379	28	16	20	34	1.94
98041026--98041073	25	1.9	25	91	0	78	31	31	8	29	1.87
98041814--98041848	11	3.2	11	88	11	54	0	54	0	45	0.99
98042757--98042818	22	2.7	22	72	16	63	32	1	9	56	1.41
98042788--98042865	36	2.2	34	84	8	95	37	5	5	52	1.46
98042777--98042865	34	2.5	34	82	8	99	35	4	6	52	1.48
98046726--98046856	46	2.8	46	86	3	183	32	25	21	21	1.98
98049575--98049646	15	5.0	14	71	21	51	29	1	4	65	1.20

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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