genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.244.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82909964--82910341	108	3.5	108	93	0	603	31	6	20	41	1.78
82909936--82910331	27	14.7	27	86	1	470	31	6	19	41	1.78
82909964--82910331	54	6.8	54	88	0	538	31	6	20	42	1.77
82912304--82912414	43	2.5	44	76	15	122	26	20	24	28	1.99
82919006--82919091	43	2.0	43	82	13	106	22	18	30	29	1.97
82924786--82924896	22	4.9	23	74	12	95	34	18	22	25	1.96
82924786--82924896	45	2.5	44	81	8	127	34	18	22	25	1.96
82924786--82924899	23	5.1	21	77	12	95	35	17	21	24	1.95
82924857--82924946	24	3.7	23	76	10	74	35	17	20	26	1.95
82924856--82924907	23	2.2	23	83	10	70	44	13	19	23	1.86
82927116--82927456	75	4.6	74	85	4	434	18	20	24	36	1.95
82927116--82927456	37	9.1	37	86	2	432	18	20	24	36	1.95
82934116--82934197	42	2.0	42	80	9	96	23	31	21	23	1.98
82935057--82935204	57	2.6	57	76	7	147	31	22	16	29	1.95
82937871--82938043	27	6.4	27	83	2	204	27	21	15	35	1.94
82937885--82938042	81	2.0	81	91	2	255	28	20	15	35	1.93
82951317--82951343	6	4.5	6	100	0	54	14	37	14	33	1.88
82952258--82952302	20	2.3	20	85	11	58	26	6	0	66	1.16
82954141--82954167	13	2.1	13	100	0	54	85	0	14	0	0.61
82960013--82960270	40	6.5	40	89	2	351	25	28	22	23	1.99
82967266--82967487	40	5.6	40	90	2	313	28	28	20	22	1.99
82969955--82969993	19	2.1	19	100	0	78	46	15	15	23	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82972146--82972184	19	2.1	19	85	0	51	2	30	0	66	1.05
82986361--82986590	27	8.6	27	81	9	274	31	10	18	39	1.84
82986361--82986594	53	4.4	54	83	8	275	31	9	19	39	1.84
82986354--82986594	80	3.0	79	84	9	319	31	9	19	40	1.83
82991074--82991101	2	14.0	2	100	0	56	0	0	50	50	1.00
82991551--82991606	27	2.1	27	96	0	103	39	5	21	33	1.76
82997571--82997718	43	3.5	43	77	9	142	28	25	18	27	1.98
82999444--82999494	25	2.0	25	100	0	102	49	15	3	31	1.63
83006764--83006911	43	3.5	43	72	9	117	29	22	20	27	1.99
83009346--83009388	22	2.0	22	86	4	61	60	4	0	34	1.17
83009342--83009390	22	2.4	20	80	12	55	63	6	0	30	1.19
83011341--83011384	3	14.7	3	100	0	88	0	34	0	65	0.93
83019057--83019247	50	3.8	49	84	4	231	27	18	26	27	1.98
83023838--83024032	50	3.9	49	80	7	205	25	19	28	26	1.99
83025621--83025840	44	5.0	45	76	6	186	24	17	25	33	1.96
83025675--83025840	41	3.9	41	69	15	115	24	18	25	31	1.98
83029794--83029828	17	2.1	17	100	0	70	40	11	5	42	1.65
83032016--83032049	11	3.1	11	100	0	68	26	44	0	29	1.55
83032560--83032599	20	2.0	20	95	0	71	47	7	0	45	1.31
83035461--83035516	28	2.0	28	92	0	94	39	8	12	39	1.75
83036281--83036428	61	2.4	61	80	0	152	32	16	22	27	1.96
83045614--83045914	151	2.0	151	100	0	602	30	15	23	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83047551--83047575	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
83077857--83078048	47	4.1	47	81	3	192	26	16	26	31	1.96
83085457--83085689	27	8.7	27	80	1	218	38	23	9	28	1.87
83085457--83085689	54	4.3	54	81	2	265	38	23	9	28	1.87
83085470--83085689	81	2.7	80	82	4	246	37	23	10	29	1.87
83085658--83085731	27	2.7	27	87	0	94	36	20	18	24	1.95
83086190--83086215	11	2.4	11	100	0	52	26	0	19	53	1.45
83091702--83091876	46	3.8	46	76	10	160	29	18	29	22	1.97
83091968--83092035	34	2.0	34	97	0	127	25	20	22	32	1.98
83093930--83093954	10	2.5	10	100	0	50	72	8	0	20	1.10
83095493--83095670	27	6.6	27	87	3	218	36	20	12	30	1.90
83095515--83095695	54	3.4	54	81	8	199	38	18	11	31	1.87
83095515--83095711	27	7.3	27	84	4	163	37	17	12	32	1.87
83095540--83095694	81	1.9	81	84	5	206	39	18	10	32	1.84
83098090--83098144	27	2.1	27	86	3	76	36	18	14	30	1.91
83106880--83106920	21	2.0	21	90	0	64	17	39	24	19	1.92
83141425--83141554	55	2.4	55	80	5	145	14	27	30	26	1.95
83145248--83145277	14	2.1	15	93	6	53	63	13	10	13	1.52
83150520--83150557	18	2.1	19	90	9	62	28	5	26	39	1.78
83154386--83154415	14	2.1	14	100	0	60	30	13	20	36	1.90
83154908--83155068	77	2.1	77	90	0	250	27	11	22	37	1.89
83169009--83169175	39	4.3	39	89	0	253	22	26	19	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83176302--83176350	15	3.3	15	82	0	62	57	14	14	14	1.66
83189306--83189344	19	2.1	19	85	0	51	17	35	23	23	1.95
83190759--83190863	43	2.4	43	91	0	174	33	28	15	22	1.95
83207415--83207456	21	2.0	21	90	0	66	42	16	11	28	1.84
83228684--83228794	29	3.9	29	79	10	102	27	30	16	25	1.96
83236011--83236162	28	5.5	28	96	2	256	26	11	28	33	1.91
83236011--83236162	83	1.8	82	91	4	252	26	11	28	33	1.91
83235986--83236162	56	3.2	56	90	3	261	25	11	28	33	1.91
83263420--83263572	28	5.5	28	96	1	265	26	11	28	33	1.90
83263395--83263572	56	3.2	56	91	2	270	25	11	28	34	1.90
83284857--83285032	46	3.8	46	74	14	164	21	19	28	30	1.98
83284854--83285025	93	1.8	93	90	2	274	22	20	28	29	1.98
83297027--83297052	5	5.2	5	100	0	52	0	19	0	80	0.71
83297027--83297061	15	2.3	15	90	0	52	0	25	0	74	0.82
83312134--83312187	26	2.1	26	100	0	108	42	14	16	25	1.87
83331784--83331874	28	3.3	27	82	7	103	38	20	23	17	1.93
83332825--83332881	18	3.2	18	75	7	62	64	0	31	3	1.10
83334426--83334562	49	2.8	49	82	2	166	29	20	22	27	1.98
83354340--83354380	22	1.9	22	90	5	66	9	41	29	19	1.83
83355749--83355908	43	3.7	43	81	8	200	23	18	26	31	1.98
83360448--83360490	23	2.0	22	86	13	63	41	9	0	48	1.35
83363137--83363357	47	4.7	47	78	14	183	24	29	18	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83363141--83363357	94	2.3	94	80	12	241	25	29	17	27	1.98
83371581--83371635	28	2.0	28	100	0	110	27	14	10	47	1.78
83372996--83373060	21	3.1	21	72	12	62	43	18	23	15	1.88
83372968--83373118	42	3.6	42	79	9	148	44	17	21	15	1.87
83374832--83375016	40	4.7	40	78	7	182	23	22	28	25	1.99
83382704--83382888	79	2.3	81	82	7	218	24	22	28	24	2.00
83382705--83382888	40	4.6	40	81	9	198	24	22	28	24	2.00
83382757--83382921	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
83388273--83388315	22	2.0	22	86	9	61	20	11	9	58	1.61
83394949--83395344	44	8.8	44	71	9	219	31	17	21	29	1.96
83406785--83406970	49	3.8	49	80	5	230	24	20	26	27	1.99
83406780--83406967	100	1.9	100	95	0	340	23	21	26	28	1.99
83422299--83422477	27	6.6	27	85	3	218	39	20	8	31	1.83
83422299--83422531	54	4.3	54	78	7	222	39	21	9	30	1.84
83422299--83422531	81	2.9	81	81	8	242	39	21	9	30	1.84
83422299--83422532	27	8.7	27	79	7	183	39	20	8	30	1.84
83422461--83422586	27	4.7	27	71	7	76	38	22	7	31	1.83
83422570--83422773	27	7.6	27	84	4	225	34	21	20	24	1.97
83422570--83422773	81	2.5	81	80	4	250	34	21	20	24	1.97
83423219--83423282	22	2.9	22	79	9	76	20	21	23	34	1.97
83423441--83423542	27	3.8	27	81	5	116	19	21	22	36	1.95
83423679--83423792	6	18.3	6	73	20	92	18	16	14	50	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83423679--83423750	31	2.3	31	95	2	126	18	15	15	51	1.77
83423708--83423778	25	2.8	25	95	0	124	16	18	15	49	1.80
83423679--83423783	31	3.6	29	82	16	119	18	17	14	50	1.78
83425683--83426181	47	10.6	47	92	1	741	28	29	8	33	1.86
83427444--83427622	85	2.1	85	95	0	331	26	26	8	37	1.85
83428890--83429236	40	8.7	40	93	0	536	25	28	22	24	1.99
83429290--83429364	38	2.0	38	86	5	107	24	26	18	30	1.98
83431792--83432278	47	10.6	47	89	6	696	28	28	8	34	1.87
83433539--83433716	85	2.1	84	95	1	320	25	28	8	37	1.85
83434729--83434768	20	2.0	20	100	0	80	20	5	25	50	1.68

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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