genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.268.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91066194--91066296	50	2.1	50	98	0	197	26	22	13	37	1.91
91066244--91066782	296	1.8	296	93	1	947	33	19	9	37	1.84
91069253--91069550	38	7.6	39	88	7	362	24	27	21	26	1.99
91069253--91069550	78	3.8	77	86	8	358	24	27	21	26	1.99
91076679--91076850	93	1.8	93	95	2	310	28	29	20	20	1.98
91076672--91076847	46	3.8	46	79	14	209	29	29	20	20	1.98
91079797--91079898	27	3.8	27	92	0	150	19	18	21	40	1.92
91079771--91079895	54	2.3	54	84	2	153	20	20	19	39	1.93
91079797--91079914	27	4.4	27	88	2	94	18	19	22	38	1.93
91079798--91079914	54	2.2	54	82	0	135	18	19	22	39	1.93
91080756--91080803	10	4.7	10	75	14	53	50	14	0	35	1.44
91080741--91080809	31	2.2	31	97	0	129	50	15	0	33	1.45
91090112--91090353	55	4.6	53	76	9	208	37	16	23	21	1.94
91090556--91090586	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
91098085--91098475	192	2.0	192	95	0	701	20	21	31	26	1.98
91098637--91098677	21	2.0	21	90	0	64	24	29	19	26	1.98
91098642--91098683	21	2.0	21	85	0	57	23	30	21	23	1.99
91098819--91098888	34	2.1	34	91	0	113	28	15	21	34	1.94
91101043--91101099	9	6.1	9	82	8	51	0	19	3	77	0.92
91106213--91106332	44	2.8	42	84	3	159	35	17	23	24	1.96
91106464--91106530	31	2.2	31	83	0	80	56	17	5	19	1.61
91106782--91106857	21	3.6	21	75	10	84	1	47	19	31	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91107269--91107297	14	2.1	14	93	6	51	58	6	0	34	1.25
91107785--91107825	22	1.9	22	95	5	75	21	7	14	56	1.63
91112292--91112404	9	12.8	9	70	12	65	32	1	20	45	1.62
91112306--91112555	36	7.0	36	70	15	151	34	0	15	49	1.48
91112339--91112555	43	4.9	43	77	9	204	35	0	15	49	1.44
91112409--91112433	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
91112344--91112489	56	2.7	52	79	8	166	35	0	16	47	1.47
91112463--91112555	27	3.9	25	70	29	87	35	0	11	52	1.38
91112349--91112555	70	3.0	70	79	10	266	35	0	14	50	1.43
91115018--91115056	19	2.0	20	90	5	62	51	5	5	38	1.46
91116302--91116348	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
91120828--91120862	13	2.6	13	95	4	61	54	5	0	40	1.24
91121014--91121211	7	28.3	7	66	12	59	39	35	2	22	1.66
91121098--91121167	21	3.4	21	78	7	72	42	34	0	22	1.54
91121132--91121228	42	2.3	42	78	7	108	39	38	3	19	1.68
91121417--91121463	14	3.3	14	82	8	51	42	29	2	25	1.67
91121852--91122136	106	2.7	107	81	5	321	32	18	18	30	1.95
91124487--91124542	22	2.6	22	80	5	62	41	21	23	14	1.89
91125975--91126209	131	1.8	127	86	8	343	42	6	7	42	1.58
91135882--91136233	42	8.4	42	87	0	470	22	18	23	36	1.95
91135882--91136233	84	4.2	84	88	0	524	22	18	23	36	1.95
91136257--91136287	16	1.9	16	100	0	62	19	19	9	51	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91137044--91137442	150	2.6	150	83	8	454	41	4	9	43	1.58
91137917--91137963	24	1.9	24	83	12	60	29	8	6	55	1.55
91140792--91140837	20	2.3	20	82	14	60	28	28	17	26	1.98
91140804--91140847	19	2.2	20	84	4	54	34	25	18	22	1.96
91144638--91144771	60	2.2	63	78	9	152	28	25	19	26	1.99
91144724--91144777	27	2.0	27	82	10	65	24	27	22	25	2.00
91144793--91144838	20	2.3	20	82	14	60	28	28	17	26	1.98
91144805--91144848	19	2.2	20	84	4	54	34	25	18	22	1.96
91149262--91149295	12	2.8	12	95	0	59	35	11	17	35	1.87
91160304--91160417	45	2.5	45	84	0	138	43	17	21	17	1.88
91162850--91162890	12	3.3	13	73	13	50	60	19	12	7	1.54
91162840--91162912	24	3.0	24	89	2	110	50	27	15	6	1.69
91162887--91163066	41	4.4	41	89	0	252	33	24	22	19	1.97
91163079--91163193	54	2.1	55	85	1	151	49	26	0	23	1.50
91163385--91163428	21	2.1	21	83	8	54	27	2	34	36	1.70
91163398--91163460	21	3.0	21	68	11	56	28	3	28	39	1.72
91163398--91163487	43	2.1	43	83	8	112	30	2	27	40	1.69
91163587--91163625	14	2.8	14	84	0	51	25	2	28	43	1.68
91164082--91164121	19	2.1	19	85	0	53	75	2	5	17	1.10
91167024--91167201	43	4.1	43	88	0	248	28	19	26	25	1.99
91166997--91167201	86	2.4	86	85	2	261	28	19	26	25	1.98
91172308--91172360	19	2.7	19	81	18	65	75	3	7	13	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91172556--91172581	11	2.4	11	100	0	52	57	0	7	34	1.27
91172681--91172730	14	3.7	13	82	15	57	66	4	6	24	1.32
91172616--91172739	65	1.9	65	83	0	158	57	4	9	29	1.49
91172723--91172768	19	2.5	19	85	3	58	54	4	15	26	1.59
91172897--91172933	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
91175172--91175207	17	2.2	16	95	5	63	27	0	11	61	1.30
91179314--91179483	83	2.0	84	98	1	333	21	17	15	46	1.84
91182950--91182998	24	2.0	24	100	0	98	28	12	20	38	1.89
91183814--91183849	6	6.0	6	96	0	63	0	19	33	47	1.50
91185073--91185126	21	2.5	20	80	11	54	31	12	1	53	1.50
91188363--91188441	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
91188560--91188691	47	2.8	49	82	6	173	28	31	7	32	1.85
91191264--91191382	35	3.2	37	65	23	95	29	23	19	27	1.98
91191239--91191528	75	3.9	75	86	4	388	26	23	20	29	1.99
91196786--91196830	3	15.3	3	82	13	58	31	0	2	66	1.04
91196995--91197054	9	5.9	11	72	20	51	35	1	5	58	1.30
91197076--91197123	23	2.0	25	84	12	64	41	6	4	47	1.48
91197442--91197481	16	2.4	16	83	4	53	37	2	2	57	1.26
91197632--91197678	19	2.2	21	82	14	53	31	4	10	53	1.55
91197652--91197685	15	2.3	15	89	0	50	32	0	14	52	1.42
91200870--91200925	28	2.0	28	100	0	112	46	14	21	17	1.84
91208673--91208725	25	2.1	25	89	0	79	41	18	22	16	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91209910--91210077	90	1.9	91	87	3	250	30	16	16	35	1.92
91210138--91210185	13	3.6	13	83	5	69	22	14	6	56	1.61
91210308--91210336	14	2.0	15	93	6	51	20	13	6	58	1.58
91210246--91210499	89	2.9	87	82	9	291	25	16	22	36	1.94
91210426--91210569	75	1.9	75	85	5	202	22	17	24	35	1.95
91211821--91211867	16	2.9	16	80	0	58	0	48	0	51	1.00
91212504--91212563	9	5.9	11	72	20	51	35	1	5	58	1.30
91212950--91212989	16	2.4	16	83	4	53	37	2	2	57	1.26
91213141--91213187	19	2.2	21	82	14	53	31	4	10	53	1.55
91213161--91213194	15	2.3	15	89	0	50	32	0	14	52	1.42
91215204--91215460	131	2.0	131	88	0	388	35	19	17	27	1.94
91219473--91219551	28	2.8	28	84	0	95	34	11	26	27	1.91
91221401--91221612	28	7.5	28	74	3	190	16	19	33	29	1.94
91221429--91221642	29	7.4	29	71	4	164	17	18	35	29	1.93
91221399--91221642	57	4.2	57	90	1	380	17	18	34	29	1.94
91225957--91226035	28	2.8	28	86	0	104	34	11	25	29	1.91
91227517--91227768	133	1.9	133	89	0	396	28	26	17	26	1.98
91232190--91232245	17	3.4	17	75	5	69	28	23	0	48	1.51
91232188--91232267	33	2.4	33	97	0	151	30	21	1	47	1.59
91232193--91232250	20	3.2	20	61	38	51	27	22	0	50	1.50
91239502--91239759	131	2.0	131	90	1	410	36	18	18	26	1.94
91242812--91242859	10	4.9	10	78	14	55	68	0	0	31	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91242822--91242857	19	1.9	19	94	5	65	72	0	0	27	0.85
91242824--91242865	17	2.3	19	88	8	61	76	0	0	23	0.79
91244980--91245046	29	2.2	31	89	7	111	38	1	0	59	1.06
91244991--91245043	10	5.4	10	75	4	54	30	1	0	67	1.01
91244973--91245047	29	2.6	29	86	0	105	40	1	0	58	1.06
91252275--91252326	22	2.4	22	96	0	95	15	11	5	67	1.40
91262685--91262739	22	2.5	22	85	8	67	58	30	0	10	1.33
91264896--91265133	127	1.9	128	84	9	324	30	16	16	36	1.92
91274197--91274295	36	2.8	36	71	7	85	32	24	21	22	1.98
91274022--91274314	71	4.2	71	73	5	177	33	19	21	25	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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