genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.171.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   

This is table  171  of  373  ( 44737 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57355932--57356149	40	5.5	40	91	2	334	24	22	27	25	2.00
57357878--57357909	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
57365468--57365554	42	2.1	42	84	0	111	27	28	17	26	1.97
57365511--57365639	48	2.7	49	76	3	136	26	28	17	27	1.97
57369972--57370002	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
57369969--57370008	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
57370241--57370441	108	1.8	110	86	4	291	22	24	17	34	1.96
57370194--57370448	55	4.8	52	76	10	198	21	24	16	36	1.94
57401025--57401129	43	2.5	42	78	7	106	21	18	27	32	1.97
57405782--57405836	24	2.2	26	83	6	69	56	10	23	9	1.62
57408343--57408560	40	5.5	40	89	4	293	25	28	22	22	1.99
57416414--57416631	40	5.5	40	90	4	302	25	28	22	22	1.99
57429160--57429327	39	4.3	40	88	4	218	26	29	20	23	1.99
57429160--57429380	40	5.6	39	83	5	216	27	28	19	24	1.99
57429158--57429380	79	2.8	78	82	5	252	27	28	19	24	1.99
57453278--57453603	28	11.6	28	80	2	341	23	20	19	37	1.95
57454300--57454358	30	1.9	31	86	3	84	44	3	23	28	1.70
57456310--57456366	26	2.2	26	83	3	69	28	17	17	36	1.93
57456613--57456655	12	3.4	13	81	15	54	27	0	0	72	0.85
57456613--57456655	15	2.9	14	81	18	52	27	0	0	72	0.85
57460972--57461032	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
57462953--57463090	40	3.5	40	81	2	161	29	13	20	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57463637--57463696	20	3.0	20	97	0	111	26	10	20	43	1.83
57463644--57463710	20	3.3	20	89	2	71	28	13	19	38	1.89
57467274--57467452	51	3.5	52	88	8	237	28	15	28	27	1.96
57473142--57473189	23	2.1	23	92	0	78	27	2	14	56	1.50
57474349--57474575	40	5.7	40	84	1	287	18	19	27	33	1.96
57474349--57474583	119	2.0	119	84	3	312	18	18	28	34	1.95
57482128--57482315	40	4.7	40	88	2	236	19	20	27	32	1.97
57482128--57482315	80	2.4	79	88	2	261	19	20	27	32	1.97
57489594--57489637	20	2.3	19	81	14	54	20	9	31	38	1.84
57496599--57496648	25	2.0	25	100	0	100	24	24	24	28	2.00
57497790--57497872	40	2.1	40	95	0	148	33	15	22	27	1.95
57512696--57512773	40	2.0	40	84	5	104	30	20	19	29	1.97
57517033--57517217	40	4.7	40	82	7	209	24	22	27	25	2.00
57517033--57517217	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	25	2.00
57517086--57517250	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
57525531--57525630	40	2.4	43	82	11	136	30	28	15	27	1.96
57528310--57528382	37	2.0	36	89	2	110	36	4	12	46	1.61
57529096--57529194	49	2.0	49	98	0	189	25	22	11	41	1.86
57531264--57531329	32	2.1	32	100	0	132	18	15	21	45	1.85
57534618--57534642	12	2.1	12	100	0	50	40	8	0	52	1.31
57536691--57536736	17	2.5	19	82	10	60	45	0	2	52	1.13
57552308--57552337	13	2.3	13	94	0	51	13	33	33	20	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57554056--57554113	26	2.2	26	96	0	107	48	3	13	34	1.60
57558016--57558186	24	7.0	24	71	6	103	36	15	21	25	1.93
57558020--57558186	73	2.3	73	90	0	280	35	16	22	25	1.94
57558653--57558716	31	2.1	31	96	0	119	21	10	18	48	1.79
57559449--57559482	17	2.0	17	88	11	52	29	8	11	50	1.69
57559603--57559676	37	2.0	37	97	0	139	40	10	9	39	1.73
57562706--57562899	49	3.9	49	80	6	212	24	18	29	27	1.98
57570080--57570147	27	2.5	27	85	4	84	22	26	32	19	1.97
57570323--57570347	6	4.2	6	100	0	50	84	0	16	0	0.63
57571053--57571128	30	2.8	25	75	21	73	68	2	3	25	1.20
57570904--57571429	155	3.5	153	90	3	800	59	7	5	27	1.46
57571511--57571538	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
57574768--57574943	46	3.8	46	76	12	198	21	20	28	29	1.98
57574765--57574936	93	1.8	93	94	0	308	21	20	29	28	1.98
57589354--57589387	14	2.4	14	90	0	50	50	2	0	47	1.16
57589564--57589597	13	2.8	12	86	8	50	52	2	5	38	1.41
57590269--57590305	13	2.8	13	95	4	65	37	0	8	54	1.30
57597155--57597382	40	5.7	40	94	0	377	26	22	27	23	2.00
57603791--57603823	13	2.5	13	100	0	66	48	12	0	39	1.40
57604882--57605031	42	3.5	42	82	7	178	30	12	24	32	1.92
57606001--57606034	13	2.6	13	90	0	50	5	26	44	23	1.76
57607695--57607743	25	2.0	25	100	0	98	44	26	0	28	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57608812--57608837	13	2.0	13	100	0	52	30	7	15	46	1.74
57614163--57614226	30	2.1	29	83	11	76	14	17	14	54	1.71
57620407--57620515	46	2.3	48	80	9	132	31	29	5	33	1.80
57620523--57620598	22	3.3	22	66	28	59	23	27	13	35	1.92
57620520--57620760	47	5.1	47	93	0	410	24	26	12	36	1.91
57620486--57620907	94	4.6	94	83	8	512	25	28	11	33	1.91
57620664--57620739	22	3.3	22	66	16	64	26	28	11	32	1.92
57620728--57620793	33	2.0	33	90	0	105	28	27	7	36	1.84
57620520--57620887	127	2.8	128	87	5	477	26	27	11	34	1.91
57620681--57620840	80	2.0	80	91	0	257	28	27	10	34	1.89
57620761--57620909	47	3.2	47	96	0	253	26	29	12	31	1.92
57620817--57620890	23	3.2	23	62	24	55	31	29	10	28	1.91
57620587--57620907	174	1.8	174	90	0	516	26	28	11	33	1.91
57620761--57620938	94	1.9	94	85	0	248	28	29	10	31	1.90
57620540--57620938	221	1.8	221	88	0	609	26	28	11	33	1.91
57624410--57624511	28	3.6	28	83	10	136	33	30	9	26	1.89
57624492--57624595	40	2.6	40	82	0	127	34	25	15	25	1.95
57639008--57639155	67	2.2	69	78	10	162	31	16	28	22	1.96
57639032--57639154	67	1.9	67	84	5	171	29	16	30	24	1.96
57642304--57642535	40	5.8	40	91	2	184	28	26	20	24	1.99
57642348--57642535	80	2.4	79	90	2	295	29	25	20	24	1.99
57647940--57647977	16	2.5	16	83	8	53	60	7	15	15	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57653640--57653751	27	4.1	27	85	7	138	37	22	24	16	1.93
57656712--57656771	30	2.0	30	83	0	75	41	6	25	26	1.80
57661162--57661286	64	2.0	64	96	0	232	27	24	12	36	1.91
57665020--57665052	16	2.1	16	100	0	66	48	18	6	27	1.71
57665890--57665959	35	2.0	35	97	0	131	25	11	21	41	1.86
57673383--57673445	28	2.2	28	88	0	99	36	9	25	28	1.87
57682159--57682389	40	5.8	39	90	1	302	21	23	29	25	1.99
57682159--57682389	120	1.9	119	88	4	349	21	23	29	25	1.99
57699916--57699956	18	2.3	18	87	8	57	46	12	19	21	1.82
57700272--57700430	27	5.9	27	91	0	248	42	18	13	25	1.87
57704677--57704714	14	2.6	14	87	4	58	0	28	0	71	0.87
57709202--57709265	28	2.3	28	88	0	92	17	17	39	26	1.91
57710771--57710944	68	2.6	68	78	12	162	34	15	28	21	1.94
57713190--57713329	37	3.8	37	96	0	244	25	31	19	24	1.98
57713470--57713654	48	3.9	48	96	0	343	30	29	6	34	1.83
57719354--57719429	27	2.8	27	80	7	100	44	23	6	25	1.77
57724946--57725049	36	2.9	38	76	20	107	43	10	23	23	1.84
57725072--57725267	52	3.7	54	82	8	215	35	18	24	21	1.96
57725066--57725267	51	3.8	52	81	8	221	35	17	24	21	1.95
57730511--57730940	27	16.2	27	82	7	504	26	23	9	40	1.86
57730766--57730807	19	2.2	19	100	0	84	16	26	9	47	1.77
57730712--57730862	73	2.1	74	91	1	241	24	23	9	42	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57730774--57730816	19	2.3	19	87	0	59	23	27	9	39	1.85
57730685--57730882	101	2.0	100	86	3	281	25	23	9	41	1.85
57730945--57731112	27	6.2	27	81	2	178	36	17	20	26	1.94
57730953--57731114	54	3.0	54	88	1	227	36	17	20	25	1.94
57730944--57731111	81	2.1	81	80	4	196	36	16	20	26	1.93
57731316--57731421	27	4.0	26	90	3	140	21	19	20	37	1.94
57731316--57731421	54	2.0	54	88	5	162	21	19	20	37	1.94
57731666--57731708	6	7.2	6	89	10	70	16	16	16	51	1.77
57736410--57736533	45	2.8	46	89	4	175	20	20	29	29	1.98
57741107--57741222	58	2.0	58	98	0	223	35	25	20	18	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373