genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.221.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75250068--75250253	100	1.9	100	95	0	336	27	25	19	26	1.99
75254486--75254656	43	4.0	43	72	13	136	22	15	26	35	1.94
75254723--75254786	32	2.0	32	96	0	119	48	9	17	25	1.76
75254891--75254962	22	3.3	22	64	21	60	43	2	16	37	1.63
75254883--75254968	44	2.0	44	100	0	172	40	2	16	40	1.61
75268565--75268707	47	3.0	47	96	0	259	29	14	13	41	1.85
75269510--75269727	44	5.0	44	80	5	228	26	20	29	23	1.99
75269509--75269727	88	2.5	88	82	3	280	26	20	29	23	1.99
75270256--75270288	16	1.9	18	88	11	52	24	15	12	48	1.78
75271565--75271673	45	2.5	44	79	8	116	33	25	16	23	1.96
75274443--75274758	48	6.6	49	81	6	339	25	29	18	27	1.98
75274443--75274758	96	3.3	96	84	6	374	25	29	18	27	1.98
75274443--75274760	144	2.2	143	82	7	376	25	28	18	27	1.98
75278637--75278783	51	2.9	51	87	0	204	29	25	12	31	1.93
75278807--75278901	28	3.5	28	74	11	108	26	23	16	33	1.96
75282357--75282388	15	2.0	17	88	11	50	25	3	28	43	1.69
75284191--75284274	28	3.2	28	67	25	83	22	16	30	29	1.96
75284086--75284331	49	4.9	50	79	2	253	23	17	28	30	1.97
75284089--75284331	100	2.4	98	82	2	279	23	17	28	30	1.97
75292589--75293321	47	15.6	47	94	0	1214	32	8	29	29	1.86
75294938--75294963	10	2.6	10	100	0	52	7	7	26	57	1.54
75295620--75295692	33	2.2	34	85	7	96	30	20	23	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75298878--75298921	20	2.2	20	83	0	52	9	13	36	40	1.76
75298885--75298931	20	2.3	20	77	0	58	10	17	29	42	1.82
75301815--75301858	6	7.3	6	80	10	54	18	15	13	52	1.75
75304039--75304069	16	1.9	16	93	0	53	29	19	16	35	1.93
75307315--75307435	6	19.7	6	73	17	97	49	15	15	19	1.80
75307299--75307454	31	5.1	31	86	2	190	50	15	15	19	1.79
75307602--75307675	27	2.8	27	80	10	80	37	20	22	18	1.94
75307620--75307675	26	2.1	27	83	3	69	39	23	21	16	1.92
75308352--75308519	27	6.2	27	89	0	237	24	19	20	35	1.95
75308324--75308519	54	3.6	54	86	0	250	25	20	19	35	1.96
75308325--75308519	81	2.4	80	84	4	239	25	20	19	34	1.96
75308503--75308796	27	10.9	27	76	7	204	32	8	21	38	1.83
75308558--75308799	81	3.0	81	82	2	254	30	9	21	38	1.86
75308612--75308797	27	6.9	27	85	2	230	31	9	20	38	1.85
75310739--75310860	6	19.8	6	69	20	74	48	16	15	19	1.81
75310784--75310848	19	3.8	19	67	26	63	49	16	15	18	1.80
75310781--75310883	31	3.3	31	95	1	179	51	14	14	19	1.76
75310753--75310854	25	3.8	26	77	16	102	49	16	15	18	1.81
75311038--75311093	26	2.1	27	86	3	78	39	25	21	14	1.91
75311252--75311316	22	3.0	21	75	8	58	33	23	23	20	1.97
75311742--75311964	27	8.3	27	83	0	232	24	18	19	37	1.94
75311955--75312020	27	2.4	27	71	0	69	31	7	19	40	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75312009--75312271	27	9.7	27	82	2	262	31	8	19	40	1.81
75315029--75315342	39	8.2	39	88	2	474	20	21	28	29	1.98
75315029--75315342	77	4.1	78	88	2	465	20	21	28	29	1.98
75315028--75315342	153	2.0	155	88	1	481	20	20	28	29	1.98
75321193--75321485	39	7.3	39	87	6	417	18	21	29	30	1.97
75321306--75321471	85	2.0	85	96	0	305	18	22	30	28	1.97
75323338--75323398	20	3.0	20	92	0	104	13	13	31	42	1.82
75325208--75325263	18	3.1	18	86	0	85	41	19	17	21	1.91
75328145--75328271	53	2.4	55	83	11	165	40	19	15	24	1.91
75328143--75328277	27	5.0	27	84	8	177	39	20	14	25	1.91
75328266--75328441	81	2.2	81	80	4	203	22	22	19	35	1.96
75328266--75328439	27	6.4	27	85	1	179	22	22	19	35	1.96
75331240--75331294	18	3.1	18	81	0	74	40	14	21	23	1.90
75331623--75331740	27	4.4	27	79	2	103	39	18	16	25	1.91
75331758--75331919	54	3.0	52	78	10	166	20	18	19	41	1.91
75331769--75331917	27	5.6	27	81	6	112	20	19	17	42	1.89
75331770--75331919	80	1.9	80	84	5	205	20	19	18	42	1.89
75341608--75341670	24	2.7	23	85	7	81	33	28	15	22	1.95
75343216--75343279	32	2.0	32	100	0	128	40	21	6	31	1.78
75347747--75347834	40	2.2	40	79	2	97	26	28	22	22	1.99
75347770--75347914	40	3.6	40	83	4	175	23	24	24	26	2.00
75357821--75358061	47	5.1	47	89	0	374	34	12	27	25	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75357824--75358061	94	2.5	94	95	0	431	34	12	27	25	1.92
75358031--75358165	48	2.8	48	89	0	207	34	6	28	31	1.83
75358312--75358420	37	2.9	37	95	0	191	22	19	31	26	1.98
75359689--75360013	40	8.1	40	93	1	544	25	20	27	26	1.99
75360177--75360227	25	2.0	25	88	7	77	31	7	33	27	1.85
75363237--75363261	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
75364864--75365939	47	22.6	47	93	1	1702	34	8	27	29	1.86
75364864--75365939	143	7.5	141	94	1	1729	34	8	27	29	1.86
75364864--75365939	190	5.7	191	93	1	1842	34	8	27	29	1.86
75368740--75369027	47	6.1	47	92	0	459	32	12	28	26	1.92
75368997--75369131	48	2.8	48	93	0	225	33	7	28	30	1.85
75369278--75369390	37	3.1	37	96	0	199	22	19	30	27	1.98
75370281--75370525	29	8.4	29	70	8	138	24	25	12	37	1.91
75370395--75370520	58	2.2	57	87	4	180	23	27	12	35	1.91
75370307--75370526	87	2.5	86	79	12	259	24	26	12	36	1.91
75373667--75373823	43	3.7	42	80	8	147	24	17	25	33	1.96
75373655--75373808	42	3.6	43	77	11	145	24	16	24	34	1.95
75378431--75378985	47	11.6	47	89	4	822	32	8	29	29	1.87
75378431--75378985	190	2.9	190	92	3	857	32	8	29	29	1.87
75386106--75386177	36	2.0	36	97	0	135	33	15	19	31	1.93
75386262--75386301	20	2.0	20	85	0	53	45	2	17	35	1.62
75389951--75390060	55	2.0	55	98	0	211	46	23	7	22	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75395125--75395202	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
75395155--75395481	173	1.9	174	94	0	575	30	14	24	31	1.94
75398988--75399042	25	2.2	26	78	15	62	49	0	9	41	1.34
75399237--75399283	24	1.9	25	91	4	78	27	4	21	46	1.69
75399311--75399340	15	2.1	14	93	6	51	23	6	26	43	1.78
75399979--75400038	31	1.9	31	100	0	120	25	15	20	40	1.90
75403565--75403743	99	1.8	99	88	0	277	30	25	16	26	1.97
75403558--75403740	50	3.7	49	78	12	176	31	25	16	26	1.96
75411380--75411428	23	2.1	23	100	0	98	51	22	8	18	1.72
75412575--75412793	43	5.1	43	73	11	146	26	15	27	30	1.96
75416431--75416672	50	4.8	50	81	4	265	29	26	18	24	1.98
75435140--75435430	50	5.8	50	80	3	280	31	24	17	26	1.97
75435141--75435426	151	1.9	150	85	3	394	32	24	17	25	1.97
75438953--75439247	48	6.8	44	70	20	185	29	18	24	27	1.98
75439115--75439176	32	2.0	31	90	6	99	35	19	22	22	1.96
75442087--75442301	46	4.7	45	74	10	159	27	21	28	21	1.99
75443075--75443132	30	1.9	30	85	0	80	20	24	31	24	1.98
75445962--75446026	15	4.4	15	75	22	66	10	13	12	63	1.53
75447223--75447418	50	3.9	50	82	3	216	28	27	18	26	1.98
75447230--75447422	101	1.9	99	85	4	262	29	27	17	25	1.98
75449147--75449328	50	3.7	49	80	7	179	31	26	16	25	1.96
75449147--75449336	101	1.9	99	83	4	247	30	27	16	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75451344--75451386	13	3.2	13	87	9	52	32	2	4	60	1.30
75451438--75451488	15	3.2	16	72	8	50	33	5	0	60	1.21
75452048--75452096	16	3.1	15	82	11	62	26	2	0	71	0.97
75452544--75452771	127	1.8	127	83	3	309	29	16	16	37	1.91
75455811--75455865	26	2.1	26	100	0	110	30	7	27	34	1.84
75457353--75457405	26	2.0	26	85	7	72	35	22	16	24	1.95
75462512--75462567	26	2.2	26	96	0	103	30	7	25	37	1.82
75474364--75474541	40	4.5	40	90	3	254	23	24	28	24	1.99
75476320--75476606	44	6.4	45	71	9	142	29	16	26	27	1.97
75476229--75476909	178	3.8	178	89	0	979	28	17	27	27	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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