genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.155.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51593259--51593336	29	2.7	28	82	11	95	26	14	30	28	1.95
51594857--51595056	47	4.3	47	91	0	301	33	8	30	28	1.87
51595175--51595275	37	2.7	37	96	0	184	24	17	31	25	1.97
51599398--51599468	28	2.5	28	88	4	99	28	14	25	32	1.94
51600689--51600833	40	3.7	40	86	5	197	24	22	27	25	2.00
51600702--51600866	79	2.1	79	84	6	210	26	21	26	26	1.99
51604758--51604810	27	2.0	26	85	14	72	35	11	3	49	1.57
51604799--51604853	26	2.1	26	86	6	76	36	21	0	41	1.54
51604763--51604848	40	2.2	39	82	2	100	37	16	2	44	1.60
51609897--51609982	41	2.1	41	97	0	163	26	11	13	47	1.78
51612232--51612338	28	3.8	28	89	0	151	30	25	9	34	1.87
51616094--51616250	68	2.3	68	83	3	192	41	17	14	26	1.88
51620696--51620774	37	2.1	37	86	4	106	26	30	17	25	1.97
51620893--51621193	47	6.4	47	93	0	494	28	29	8	32	1.88
51624015--51624103	46	1.9	46	90	0	142	21	30	19	29	1.97
51626076--51626139	31	2.1	31	87	0	92	23	26	21	28	1.99
51634321--51634353	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
51636952--51637033	43	1.9	42	83	11	105	14	6	1	78	1.01
51651523--51651581	29	2.0	31	80	12	70	40	0	18	40	1.51
51658236--51658272	15	2.4	16	86	13	51	35	13	2	48	1.57
51661381--51661558	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
51661402--51661557	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51666762--51667466	349	2.0	349	98	0	1367	21	29	22	26	1.99
51669922--51670099	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
51669943--51670098	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
51673084--51673199	58	2.0	58	100	0	232	20	10	32	36	1.87
51676381--51676488	26	4.2	26	97	0	207	30	6	26	36	1.82
51678081--51678225	54	2.7	54	91	3	220	17	24	23	35	1.95
51678084--51678225	27	5.2	27	80	12	157	17	23	23	35	1.95
51686822--51686900	39	2.0	39	97	0	149	46	26	0	26	1.53
51689725--51689889	43	4.0	40	78	6	154	26	23	21	28	1.99
51689745--51689968	40	5.6	39	75	6	173	25	22	22	29	1.99
51689745--51689914	40	4.2	40	80	6	175	25	23	22	27	2.00
51693401--51693522	47	2.6	47	94	0	217	36	13	23	26	1.91
51693504--51693803	55	5.6	53	81	5	332	34	17	25	23	1.96
51693509--51693803	108	2.7	108	91	1	448	34	17	25	22	1.96
51693501--51693817	53	5.9	53	78	9	309	35	16	24	23	1.95
51697456--51697490	11	3.4	11	84	15	56	20	0	0	80	0.72
51697457--51697504	20	2.4	20	89	0	69	22	2	0	75	0.91
51698057--51698128	36	2.0	36	100	0	144	36	11	16	36	1.84
51701703--51701791	44	2.0	44	97	0	169	32	16	17	32	1.93
51706074--51706159	31	2.8	31	89	1	138	24	26	17	31	1.97
51706385--51706471	25	3.5	25	95	0	147	25	24	22	27	2.00
51713573--51713647	31	2.4	31	88	0	123	25	26	14	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51713852--51713959	25	4.4	24	89	4	128	25	23	23	27	2.00
51713865--51713958	25	3.8	25	92	1	145	26	23	24	25	2.00
51722807--51722831	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
51724562--51724785	40	5.7	40	89	3	294	22	22	27	27	1.99
51724562--51724810	80	3.2	79	86	4	308	23	22	26	26	2.00
51726851--51726935	26	3.1	28	86	10	138	36	8	14	41	1.75
51727258--51727435	79	2.2	79	81	3	205	25	21	28	24	1.99
51727205--51727427	40	5.6	39	79	7	198	25	21	27	25	1.99
51727285--51727462	79	2.2	80	81	2	198	24	21	28	24	1.99
51731797--51731850	25	2.2	25	100	0	108	31	16	31	20	1.95
51734524--51734701	79	2.2	79	79	3	187	25	21	27	25	1.99
51734471--51734695	40	5.7	40	78	7	190	25	21	27	26	1.99
51739711--51739973	40	6.6	40	88	3	325	26	27	20	24	1.99
51742244--51742453	40	5.3	40	92	0	314	24	20	27	27	1.99
51742244--51742488	80	3.1	80	85	2	226	25	20	27	26	1.99
51763330--51763539	40	5.3	40	93	0	323	24	20	28	27	1.99
51763330--51763574	80	3.1	80	86	2	244	25	20	28	26	1.99
51778755--51778898	71	2.0	71	100	0	288	30	34	11	24	1.90
51782959--51782992	15	2.3	15	94	0	59	67	0	5	26	1.13
51783259--51783326	33	2.1	33	100	0	136	30	5	20	42	1.76
51785802--51785860	30	2.0	30	83	6	75	30	25	5	38	1.77
51789229--51789272	18	2.6	16	82	7	52	11	13	4	70	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51789333--51789373	18	2.3	18	86	0	55	24	9	2	63	1.37
51789892--51789936	11	3.9	11	80	11	54	35	0	2	62	1.08
51792081--51792244	46	3.9	38	86	9	130	35	15	23	25	1.94
51792070--51792289	92	2.5	87	86	5	284	37	14	23	24	1.92
51792119--51792289	46	3.7	46	92	0	270	38	14	24	22	1.92
51792972--51793096	3	42.7	3	70	19	68	28	6	2	63	1.32
51793175--51793230	3	18.7	3	85	7	78	30	3	1	64	1.21
51797229--51797308	41	2.0	38	88	7	115	50	11	8	30	1.68
51797372--51797407	18	2.0	18	88	0	54	72	0	5	22	1.05
51801635--51801681	23	2.0	23	95	0	85	36	8	6	48	1.59
51805169--51805199	3	10.3	3	100	0	62	32	32	0	35	1.58
51805950--51805982	15	2.1	16	94	5	59	6	9	6	78	1.08
51806761--51806791	15	2.1	15	100	0	62	51	12	0	35	1.40
51813563--51813835	141	2.0	135	91	4	438	26	6	22	44	1.78
51840168--51840224	23	2.4	23	82	2	69	38	19	21	21	1.93
51841533--51841602	21	3.2	21	64	18	52	21	14	25	38	1.91
51844456--51844512	29	2.0	29	96	0	105	33	8	8	49	1.65
51845797--51845843	24	1.9	25	83	12	62	14	36	4	44	1.65
51846905--51846982	39	2.0	39	94	0	138	34	19	8	37	1.83
51852310--51852379	21	3.2	21	66	18	61	41	27	11	20	1.86
51854410--51854511	44	2.4	42	80	13	118	25	18	23	32	1.97
51856016--51856192	50	3.6	50	84	4	225	29	27	18	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51856018--51856200	100	1.8	99	87	3	269	28	27	18	25	1.98
51865829--51866004	50	3.5	48	86	3	217	30	26	18	25	1.98
51865829--51866012	101	1.8	99	88	2	278	29	26	19	25	1.98
51870824--51870944	43	2.8	42	79	7	127	26	18	27	28	1.98
51873979--51874007	14	2.1	14	100	0	58	13	24	13	48	1.79
51877867--51877905	21	1.9	20	94	5	69	25	30	33	10	1.89
51879090--51879218	50	2.6	50	82	6	163	24	32	20	23	1.98
51879186--51879402	46	4.7	46	78	11	203	23	28	20	28	1.99
51879142--51879402	140	1.9	140	83	5	348	23	29	19	27	1.98
51880105--51880129	13	1.9	13	100	0	50	64	16	4	16	1.44
51886651--51886826	46	3.8	46	77	4	183	22	20	27	29	1.98
51889766--51889815	15	3.4	15	86	2	66	10	18	12	60	1.59
51892208--51892381	46	3.8	46	77	10	183	22	21	27	28	1.99
51892204--51892375	93	1.8	93	89	0	272	22	21	29	27	1.99
51898276--51898308	16	2.0	17	94	5	59	78	15	6	0	0.93
51910032--51910255	39	5.7	40	83	7	246	25	22	27	25	2.00
51910032--51910255	40	5.6	39	84	5	231	25	22	27	25	2.00
51910089--51910255	79	2.1	79	86	4	230	24	21	27	26	1.99
51910089--51910278	79	2.4	78	81	7	190	25	21	27	25	1.99
51917972--51918156	40	4.7	40	80	7	191	25	21	26	27	1.99
51921189--51921259	27	2.6	28	79	4	72	38	23	16	21	1.93
51921204--51921259	27	2.1	27	86	0	76	32	25	21	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51927072--51927098	7	3.9	7	100	0	54	11	0	0	88	0.50
51929405--51929582	27	6.6	27	82	3	196	27	15	27	29	1.96
51929402--51929582	82	2.2	81	85	2	238	27	15	27	29	1.96
51937495--51937672	27	6.6	27	82	3	196	27	15	27	29	1.96
51937492--51937672	82	2.2	81	85	2	238	27	15	27	29	1.96
51951817--51952000	40	4.6	40	82	6	196	23	20	27	28	1.99
51951817--51951997	80	2.3	81	83	9	221	23	20	27	27	1.99
51951818--51952037	40	5.6	38	78	10	165	24	20	27	27	1.99
51963428--51963534	53	2.0	53	85	0	142	28	8	9	54	1.61
51964180--51964220	18	2.3	18	83	8	57	21	0	4	73	1.02

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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