genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.230.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  230  of  373  ( 44737 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78238606--78238653	13	3.9	12	81	13	53	2	16	0	81	0.79
78242591--78242618	13	2.2	13	100	0	56	14	14	0	71	1.15
78247595--78247712	47	2.5	47	83	8	143	25	33	16	25	1.96
78250733--78250763	8	3.9	8	91	0	53	35	3	0	61	1.12
78250886--78250960	35	2.2	35	92	2	125	20	8	6	65	1.42
78263446--78263579	40	3.3	40	83	3	126	28	19	26	26	1.99
78263474--78263613	40	3.5	39	86	2	181	25	21	27	25	1.99
78263474--78263648	79	2.2	80	80	4	185	26	21	28	24	1.99
78282029--78282122	18	5.4	18	92	3	131	36	25	9	28	1.87
78282029--78282109	9	9.0	9	70	0	54	34	27	9	28	1.89
78284480--78284568	21	4.1	21	84	5	90	53	10	23	12	1.68
78284480--78284548	21	3.3	21	87	2	95	55	8	24	11	1.64
78307058--78307109	23	2.2	23	82	3	59	53	7	3	34	1.48
78307678--78307731	22	2.4	22	87	3	72	12	37	3	46	1.60
78310600--78310821	46	4.7	47	78	8	184	28	18	29	22	1.98
78310641--78310863	47	4.7	49	78	10	178	28	17	30	23	1.97
78318273--78318481	46	4.5	45	76	9	181	29	17	29	23	1.97
78319525--78319589	28	2.3	28	94	0	112	16	23	43	16	1.88
78319546--78319605	28	2.1	27	82	11	68	20	20	43	16	1.88
78319739--78319777	21	1.9	20	89	5	60	12	41	28	17	1.87
78329687--78329801	29	4.0	29	84	6	137	27	28	15	27	1.96
78329678--78329786	58	1.9	58	88	1	166	26	29	16	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78334191--78334305	29	4.0	28	80	8	124	27	27	14	29	1.95
78334182--78334292	58	1.9	58	85	1	152	27	28	15	28	1.96
78345214--78345288	26	3.0	26	73	11	75	44	14	17	24	1.86
78346375--78346434	30	2.0	30	83	6	77	21	16	0	61	1.34
78359843--78359936	28	3.4	28	92	0	161	21	41	17	20	1.90
78361364--78361421	30	1.9	30	96	0	107	25	25	15	32	1.95
78364126--78364303	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
78364127--78364282	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
78364123--78364303	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
78372036--78372213	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
78372037--78372192	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
78372033--78372213	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
78379470--78379778	147	2.1	145	96	1	564	31	24	14	29	1.94
78379756--78379834	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
78387730--78387797	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
78387904--78387971	29	2.3	29	82	5	84	27	29	13	29	1.94
78388073--78388151	29	2.7	30	78	13	101	30	29	13	26	1.94
78387617--78388119	174	2.9	174	97	0	934	31	24	14	30	1.95
78389793--78389910	46	2.5	46	83	8	132	21	31	20	27	1.98
78391332--78391515	27	7.0	27	80	7	182	33	10	17	38	1.85
78391372--78391515	78	1.8	78	86	2	209	35	10	14	39	1.80
78391360--78391508	52	2.8	53	84	8	189	32	10	17	39	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78394894--78394938	20	2.2	20	84	0	54	46	4	13	35	1.63
78419736--78420040	27	11.3	27	85	2	371	35	16	12	35	1.86
78419736--78420037	81	3.7	81	90	0	426	35	16	12	35	1.86
78420038--78420133	27	3.6	26	80	5	111	41	18	20	18	1.90
78420040--78420161	27	4.5	26	76	10	86	40	18	21	18	1.91
78420038--78420160	54	2.3	54	80	8	126	41	18	21	18	1.91
78420504--78420555	18	2.8	19	77	8	63	25	21	15	38	1.92
78420552--78420683	34	3.9	34	87	0	165	31	19	21	27	1.98
78421492--78421960	157	3.0	155	83	8	581	42	3	10	43	1.57
78421902--78421970	23	3.0	23	72	16	63	37	2	11	47	1.55
78421902--78421970	21	3.0	23	72	20	63	37	2	11	47	1.55
78422443--78422490	19	2.5	20	80	16	57	29	2	4	64	1.23
78424572--78424609	17	2.2	17	90	4	58	13	10	7	68	1.39
78432172--78432357	98	1.9	98	86	2	266	36	10	19	32	1.87
78438004--78438060	19	3.3	19	68	27	63	24	7	24	43	1.79
78438006--78438072	32	2.1	32	100	0	134	25	7	22	44	1.78
78444200--78444418	46	4.8	46	78	7	207	25	28	18	28	1.98
78444244--78444414	93	1.8	92	86	3	245	24	28	18	28	1.98
78449742--78449866	48	2.6	48	84	7	171	24	26	16	32	1.96
78450785--78450837	26	2.0	26	96	0	97	16	20	26	35	1.94
78454466--78454736	48	5.7	48	79	5	262	26	18	28	26	1.98
78454473--78454735	96	2.8	95	81	4	289	26	17	28	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78462388--78462606	48	4.6	47	85	5	262	25	18	28	28	1.98
78462388--78462606	96	2.3	96	86	0	312	25	18	28	28	1.98
78462560--78462687	67	1.9	67	91	0	211	24	19	31	25	1.98
78467038--78467262	110	2.0	110	100	0	450	37	19	5	38	1.74
78467486--78467553	24	2.8	24	86	0	82	38	20	17	23	1.93
78473927--78474046	24	5.0	24	74	11	95	31	19	21	27	1.97
78479837--78479886	20	2.3	20	80	10	55	24	6	14	56	1.60
78485644--78485785	27	5.3	27	86	0	203	36	19	19	23	1.95
78486427--78486478	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
78486946--78487043	49	2.0	50	95	2	180	20	3	13	63	1.43
78496033--78496091	30	2.0	30	100	0	118	30	13	22	33	1.92
78496275--78496326	22	2.4	22	80	0	68	11	26	25	36	1.90
78499576--78499664	43	2.1	43	81	12	103	22	17	29	30	1.97
78503395--78503455	30	2.0	30	87	0	86	31	22	6	39	1.80
78509918--78510097	42	4.3	42	87	0	272	26	20	18	34	1.96
78509956--78510247	154	1.9	154	87	0	431	24	18	19	36	1.94
78510110--78510247	42	3.3	41	77	11	145	23	17	19	39	1.92
78510040--78510179	70	2.0	70	83	8	178	25	17	20	37	1.93
78509998--78510221	112	2.0	112	84	1	297	25	18	19	36	1.94
78515524--78515584	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
78523129--78523339	94	2.3	89	82	11	241	25	19	31	23	1.98
78523126--78523389	46	5.8	44	77	12	214	25	20	31	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78523129--78523389	90	2.9	90	80	12	225	25	19	31	23	1.98
78523128--78523426	46	6.5	43	75	16	196	25	20	30	24	1.98
78529359--78529569	46	4.6	44	77	10	158	25	19	30	24	1.98
78529493--78529606	46	2.5	46	84	5	158	27	19	28	25	1.99
78538104--78538146	17	2.7	15	80	13	50	51	20	13	13	1.76
78544354--78544578	40	5.6	39	84	7	281	24	28	23	23	2.00
78544354--78544578	83	2.8	80	87	4	344	24	28	23	23	2.00
78550207--78550431	40	5.6	39	80	7	245	27	26	22	24	2.00
78550207--78550431	83	2.8	80	82	4	272	27	26	22	24	2.00
78553010--78553464	145	3.1	145	84	8	553	40	4	9	45	1.57
78553009--78553479	150	3.2	141	82	10	486	40	4	9	45	1.57
78553975--78554005	16	1.9	16	93	0	53	22	3	6	67	1.28
78556330--78556426	40	2.5	40	84	5	126	24	26	23	24	2.00
78561306--78561366	30	2.0	30	90	6	97	42	27	9	19	1.83
78561476--78561730	79	3.3	77	81	7	255	34	18	18	29	1.94
78561515--78561730	79	2.7	78	85	5	265	33	17	18	30	1.94
78561631--78561990	93	4.1	91	74	15	326	33	18	20	26	1.96
78561904--78562049	75	1.9	76	88	2	222	26	22	18	32	1.97
78562074--78562351	76	3.9	71	78	15	288	28	23	17	30	1.97
78562075--78562216	74	1.9	75	89	5	225	27	23	17	31	1.97
78561571--78562218	170	3.8	169	92	2	905	31	20	18	29	1.97
78562101--78562351	138	1.8	136	89	3	396	27	23	17	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78562449--78562673	72	3.0	72	85	10	292	33	19	16	30	1.94
78562637--78562742	54	1.9	55	83	5	135	39	19	13	27	1.89
78562722--78562755	13	2.5	13	90	4	50	58	8	11	20	1.59
78562593--78562944	140	2.5	140	93	2	598	37	21	17	24	1.94
78562873--78563038	72	2.3	72	85	6	230	40	21	15	21	1.90
78562913--78563159	122	2.0	124	89	3	383	39	22	13	24	1.90
78563038--78563212	71	2.5	70	85	3	219	34	22	14	28	1.93
78575035--78575080	20	2.3	20	85	14	60	65	0	2	32	1.05
78576414--78576438	6	4.2	6	100	0	50	16	32	0	52	1.44
78578287--78578396	19	5.9	19	89	6	181	36	14	12	36	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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