genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.248.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   

This is table  248  of  373  ( 44737 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84325542--84325713	89	2.0	88	85	7	235	43	3	4	48	1.40
84325995--84326144	26	5.7	27	80	7	141	26	14	28	30	1.95
84333487--84333513	12	2.2	12	100	0	54	51	7	0	40	1.30
84333988--84334165	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
84333989--84334144	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
84333985--84334165	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
84339472--84339516	10	4.5	10	88	5	65	68	2	6	22	1.24
84340586--84340636	7	7.0	7	80	14	59	41	0	0	58	0.98
84340578--84340636	22	2.7	22	80	12	68	38	0	0	61	0.96
84342349--84342393	22	2.0	22	95	0	81	11	8	11	68	1.39
84349131--84349179	26	1.9	26	91	4	82	61	4	0	34	1.15
84360182--84360302	42	2.8	42	75	7	111	30	19	20	28	1.97
84360144--84360302	85	1.9	85	80	7	189	28	20	22	28	1.99
84368831--84368976	43	3.4	43	98	0	283	22	14	35	27	1.93
84368958--84369031	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
84369342--84369697	40	8.9	40	84	2	378	24	22	27	25	2.00
84369342--84369692	120	2.9	120	83	3	422	24	22	27	25	2.00
84373222--84373300	25	3.3	25	61	10	65	32	5	29	32	1.79
84373209--84373433	49	4.7	48	97	1	382	31	8	30	29	1.88
84373229--84373364	47	3.0	40	91	7	119	31	8	30	29	1.88
84373209--84373433	96	2.3	95	93	3	380	31	8	30	29	1.88
84373551--84373629	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84385138--84385308	46	3.7	46	77	4	182	29	27	19	22	1.98
84385139--84385309	93	1.8	93	89	0	270	29	28	19	22	1.98
84385729--84385788	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
84387125--84387162	6	6.3	6	88	11	60	84	0	13	2	0.73
84389691--84389750	28	2.2	26	77	11	66	26	26	11	35	1.91
84389705--84389776	28	2.6	28	88	0	99	29	27	12	30	1.93
84394743--84394897	28	5.5	28	72	6	132	29	32	19	18	1.96
84394713--84394899	57	3.2	57	90	3	286	28	33	17	19	1.95
84394768--84394869	29	3.6	28	75	7	107	29	35	16	18	1.93
84396861--84396921	28	2.3	26	78	10	68	27	24	13	34	1.93
84396876--84396947	28	2.6	28	88	0	99	30	26	12	30	1.93
84401219--84401275	30	1.9	30	85	7	80	47	1	24	26	1.62
84405257--84405309	26	2.0	26	100	0	106	26	7	26	39	1.83
84405590--84405672	15	5.5	15	76	0	76	12	18	16	53	1.73
84418340--84418448	51	2.1	51	79	3	121	28	24	18	28	1.98
84430470--84430519	17	2.9	17	75	19	50	8	28	0	64	1.22
84436261--84436422	35	4.6	35	80	0	180	43	17	9	30	1.80
84438576--84438757	28	6.5	28	96	0	312	25	12	28	32	1.93
84447288--84447379	28	3.3	28	98	0	175	27	13	27	32	1.93
84453442--84453608	42	4.0	42	85	4	203	29	25	15	29	1.96
84463659--84463734	37	2.1	37	87	0	107	25	34	18	22	1.96
84463855--84464117	47	5.6	47	86	2	357	29	30	7	31	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84463910--84464106	96	2.1	96	94	0	340	31	29	7	31	1.85
84463855--84464117	143	1.9	141	86	3	375	29	30	7	31	1.86
84467428--84467543	40	2.9	40	84	0	124	25	30	20	23	1.99
84467454--84467664	80	2.6	80	78	10	200	25	28	19	26	1.99
84467533--84467665	40	3.3	40	87	6	189	23	27	20	28	1.99
84467955--84468033	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
84468015--84468108	43	2.2	43	98	0	179	26	36	14	22	1.93
84468085--84468130	22	2.1	22	100	0	92	23	32	17	26	1.97
84468042--84468173	65	2.0	65	97	0	246	26	33	14	25	1.94
84468018--84468216	108	1.8	108	97	0	380	27	33	14	25	1.94
84468107--84468311	43	4.8	43	99	0	401	27	32	14	26	1.94
84470165--84470240	37	2.1	37	87	0	107	25	34	18	22	1.96
84470361--84470670	47	6.6	47	90	1	440	29	31	7	31	1.85
84470361--84470670	143	2.2	141	88	1	449	29	31	7	31	1.85
84474163--84474261	33	3.0	33	86	2	128	25	26	21	27	1.99
84474613--84474680	27	2.5	27	95	0	118	23	17	19	39	1.92
84474634--84474698	27	2.4	27	81	0	76	24	20	20	35	1.96
84483701--84483770	21	3.3	21	76	7	70	24	14	8	52	1.69
84486555--84486699	29	5.1	29	74	2	114	26	13	18	41	1.87
84500058--84500117	29	2.1	29	100	0	120	38	13	10	38	1.78
84502506--84502546	21	2.0	21	85	9	57	48	9	4	36	1.58
84509578--84509618	20	2.1	20	90	4	66	48	7	7	36	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84512682--84512860	27	6.6	27	83	5	191	29	27	15	27	1.96
84512708--84512858	82	1.9	81	87	4	223	28	27	15	27	1.96
84513407--84513431	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
84528695--84528872	27	6.6	26	82	6	178	27	15	27	29	1.96
84528696--84528851	82	1.9	81	86	3	224	27	16	27	28	1.97
84528692--84528872	82	2.2	81	82	2	220	27	16	27	29	1.97
84536758--84536908	27	5.6	27	82	6	153	28	15	27	28	1.96
84536757--84536908	55	2.8	54	81	5	164	28	15	27	28	1.96
84536758--84536908	82	1.8	82	82	2	196	28	15	27	28	1.96
84557646--84557678	17	1.9	17	93	0	57	51	12	9	27	1.69
84571867--84571970	28	3.8	28	81	7	104	27	35	11	25	1.90
84571872--84571970	26	3.6	28	82	8	121	28	37	10	24	1.88
84572189--84572228	8	5.0	8	90	0	62	2	22	25	50	1.62
84573740--84573792	20	2.7	20	81	0	61	16	39	30	13	1.87
84579845--84579900	10	5.8	10	85	8	71	60	7	0	32	1.24
84590982--84591027	19	2.4	19	85	3	56	43	13	2	41	1.55
84593631--84593692	15	4.1	15	82	0	79	62	14	11	11	1.54
84593631--84593692	30	2.1	30	87	0	88	62	14	11	11	1.54
84598735--84598906	46	3.7	46	77	13	199	21	20	29	29	1.98
84598730--84598899	93	1.8	93	93	0	295	22	21	28	28	1.99
84605524--84605697	46	3.8	46	79	13	212	20	20	29	28	1.98
84605519--84605690	93	1.8	93	94	0	308	20	20	29	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84607405--84607454	22	2.3	22	100	0	100	30	8	24	38	1.84
84613130--84613155	12	2.2	12	100	0	52	53	30	0	15	1.42
84615674--84615910	39	6.1	39	94	0	411	21	25	29	23	1.99
84624925--84625110	41	4.6	41	87	3	243	25	24	25	24	2.00
84624927--84625080	81	1.9	82	90	4	249	24	24	25	25	2.00
84639969--84639995	13	2.1	13	100	0	54	29	37	18	14	1.91
84645253--84645436	79	2.3	81	83	8	227	25	27	22	24	2.00
84645234--84645436	39	5.1	40	81	9	229	24	27	22	25	2.00
84653186--84653371	80	2.3	81	83	7	229	26	26	22	25	2.00
84653186--84653371	40	4.7	40	78	11	202	26	26	22	25	2.00
84660155--84660214	30	2.0	30	90	0	93	38	8	25	28	1.84
84662727--84662844	43	2.8	42	81	7	130	26	19	22	32	1.97
84664154--84664205	24	2.3	23	84	12	65	26	0	23	50	1.50
84666798--84666854	30	1.9	30	88	0	87	24	28	10	36	1.88
84666810--84666895	29	2.9	29	80	1	100	20	30	13	34	1.92
84678514--84678743	95	2.5	90	80	10	243	30	24	20	25	1.99
84678514--84678741	48	4.9	48	76	11	204	29	24	20	25	1.99
84679286--84679917	324	2.0	324	96	0	1167	30	13	22	32	1.93
84685477--84685753	40	6.9	40	93	0	464	24	28	20	25	1.99
84692871--84693067	54	3.6	54	85	4	254	37	17	22	22	1.94
84695556--84695642	27	3.2	27	88	0	111	36	19	21	21	1.95
84701484--84701544	30	2.0	31	90	3	97	34	4	22	37	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84703248--84703504	27	9.5	27	86	0	316	41	19	8	31	1.80
84703248--84703504	54	4.8	54	88	0	361	41	19	8	31	1.80
84703248--84703555	54	5.7	54	81	5	302	40	19	8	31	1.81
84703248--84703560	27	11.6	27	80	5	258	40	19	8	30	1.82
84703603--84703790	27	7.0	27	88	1	272	36	18	20	23	1.95
84704239--84704285	22	2.1	22	84	7	60	23	27	21	27	1.99
84704444--84704545	27	3.8	27	81	5	116	20	22	20	36	1.95
84704712--84704838	6	20.7	6	72	16	91	20	19	14	45	1.85
84704703--84704824	31	3.9	31	90	0	172	22	20	13	43	1.87
84705481--84705631	55	2.8	54	83	7	191	35	18	25	20	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373