genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.105.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   

This is table  105  of  373  ( 44737 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34304857--34304910	21	2.6	21	76	8	56	40	0	5	53	1.24
34304855--34305144	145	2.0	145	81	8	340	42	3	10	44	1.54
34306040--34306098	27	2.2	27	93	0	100	38	11	5	44	1.63
34306147--34306253	52	2.1	52	96	0	196	39	3	9	47	1.54
34308196--34308373	27	6.6	27	82	3	178	29	27	15	27	1.96
34308217--34308372	82	1.9	81	86	3	224	29	27	15	27	1.96
34328310--34328367	22	2.7	21	76	10	53	43	17	3	36	1.66
34328339--34328437	37	2.7	38	83	13	136	35	16	10	38	1.82
34328346--34328437	20	4.9	19	87	10	136	35	15	10	38	1.82
34328557--34328596	21	2.0	20	85	5	53	10	2	15	72	1.21
34330083--34330302	40	5.5	41	76	10	136	27	27	20	24	1.99
34330118--34330302	79	2.3	80	82	9	227	28	27	20	23	1.99
34330107--34330302	40	4.9	40	80	6	186	29	27	19	24	1.98
34337983--34338150	40	4.2	40	82	8	139	27	27	20	24	1.99
34338020--34338203	40	4.6	40	81	7	196	28	27	20	23	1.99
34337983--34338203	80	2.8	80	78	11	229	27	27	20	24	1.99
34350296--34350690	122	3.3	122	89	3	600	25	29	21	24	1.99
34350296--34350690	162	2.4	162	91	0	639	25	29	21	24	1.99
34350296--34350690	40	9.8	40	92	3	585	25	29	21	24	1.99
34361541--34361591	25	2.0	25	100	0	102	37	19	19	23	1.94
34361560--34361638	39	2.0	39	100	0	158	30	15	22	31	1.95
34367146--34367600	47	9.6	47	94	0	703	33	8	29	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34367303--34367378	22	3.3	22	66	16	64	32	10	30	26	1.90
34369992--34370053	32	1.9	32	96	0	115	22	20	27	29	1.99
34370037--34370075	17	2.3	17	100	0	78	23	17	35	23	1.95
34372626--34372881	40	6.4	40	88	3	322	23	23	28	25	1.99
34382292--34382321	15	1.9	16	93	6	53	23	10	13	53	1.69
34386473--34386592	43	2.8	42	82	7	152	30	15	23	30	1.96
34388301--34388353	6	8.7	6	80	12	63	16	18	15	49	1.80
34389831--34389988	43	3.7	43	78	12	164	32	27	16	24	1.96
34395761--34395933	38	4.5	38	87	1	229	34	24	20	20	1.97
34399501--34399607	44	2.5	41	78	11	99	23	20	20	35	1.96
34408123--34408154	13	2.5	13	100	0	64	25	31	31	12	1.92
34420802--34420830	14	2.1	14	100	0	58	27	27	17	27	1.97
34424399--34424516	43	2.8	42	81	8	150	30	26	18	24	1.98
34424399--34424555	43	3.7	43	74	15	146	31	25	19	24	1.98
34426745--34426773	15	1.9	15	100	0	58	68	0	13	17	1.20
34427118--34427231	41	2.7	43	90	2	178	29	27	19	23	1.98
34443708--34443755	24	2.0	25	84	12	64	56	2	0	41	1.11
34445657--34445740	36	2.3	36	81	2	96	38	2	4	54	1.34
34445863--34445898	18	2.0	18	89	10	56	66	2	0	30	1.06
34446682--34446723	17	2.5	17	76	3	50	52	2	2	42	1.27
34451756--34451832	34	2.3	35	77	6	86	31	11	14	42	1.81
34451779--34451852	34	2.2	34	82	0	85	27	9	14	48	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34451959--34452082	43	2.9	43	75	7	126	22	20	20	36	1.95
34452921--34452952	6	5.3	6	100	0	64	31	0	15	53	1.43
34463424--34463486	16	3.8	17	72	16	51	55	3	1	39	1.25
34463664--34463713	22	2.3	20	86	10	64	30	0	2	68	1.01
34463691--34463720	16	1.9	15	93	6	51	40	0	0	60	0.97
34467661--34467691	10	3.1	10	100	0	62	12	29	0	58	1.35
34469909--34469953	23	2.0	23	81	0	54	42	4	11	42	1.60
34469953--34469982	14	2.1	14	93	0	51	16	0	36	46	1.47
34473533--34473586	27	2.0	27	85	7	74	29	20	18	31	1.96
34473855--34474035	20	9.3	20	85	6	219	14	20	27	37	1.92
34473855--34474035	39	4.7	39	84	4	215	14	20	27	37	1.92
34473855--34474034	59	3.1	59	87	3	240	14	21	27	37	1.92
34475973--34476090	59	2.0	59	100	0	236	20	28	13	37	1.91
34476209--34476273	28	2.4	28	94	2	114	47	0	38	13	1.43
34478823--34478931	35	3.0	36	90	6	166	35	11	16	36	1.84
34478823--34478931	18	5.9	19	86	8	163	35	11	16	36	1.84
34479250--34479313	28	2.3	26	82	15	67	32	4	3	59	1.34
34484675--34484717	8	5.6	8	78	10	54	86	0	13	0	0.58
34484672--34484717	21	2.2	20	88	3	74	86	0	13	0	0.56
34485672--34485810	43	3.3	41	69	17	106	30	23	20	24	1.98
34485663--34485952	87	3.4	84	84	5	388	32	23	20	22	1.98
34485745--34485946	43	4.7	42	66	16	112	33	25	19	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34486077--34486785	207	3.4	207	92	0	1123	30	17	22	29	1.97
34487187--34487293	17	5.9	18	89	6	164	39	11	13	36	1.80
34487195--34487293	35	2.8	35	96	3	180	38	12	13	36	1.81
34502702--34502739	18	2.1	18	90	0	58	52	0	10	36	1.36
34502851--34502970	3	39.7	3	76	5	89	56	1	9	32	1.41
34503129--34503204	23	3.3	23	73	12	68	57	3	5	32	1.39
34506974--34507039	19	3.2	21	87	6	64	36	19	9	34	1.84
34506991--34507088	19	5.2	19	91	7	155	34	16	10	38	1.82
34507013--34507069	17	3.5	15	88	11	53	35	15	10	38	1.82
34506991--34507082	36	2.4	37	92	7	150	35	15	10	38	1.82
34507747--34508533	84	9.4	84	86	5	1055	25	22	22	29	1.99
34507747--34508533	250	3.1	247	86	6	1061	25	22	22	29	1.99
34507747--34508529	334	2.3	334	92	1	1264	25	22	21	30	1.99
34508384--34508523	43	3.3	43	64	18	121	26	22	20	30	1.98
34509483--34509518	14	2.6	14	95	4	65	0	13	0	86	0.58
34509480--34509545	19	3.4	18	77	10	69	6	10	0	83	0.81
34509482--34509518	7	5.4	7	81	18	51	0	13	0	86	0.57
34510694--34510925	46	4.8	51	82	11	281	20	23	13	41	1.88
34510694--34510925	96	2.4	96	91	0	356	20	23	13	41	1.88
34513009--34513048	17	2.4	16	87	4	53	0	32	0	67	0.91
34513116--34513148	2	17.0	2	87	6	50	51	0	0	48	1.00
34519069--34519134	19	3.2	21	87	6	64	36	19	9	34	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34519086--34519164	19	4.2	19	90	9	126	35	16	10	37	1.82
34519108--34519164	17	3.5	15	88	11	53	35	15	10	38	1.82
34519086--34519164	36	2.1	39	90	9	128	35	16	10	37	1.82
34520651--34520704	26	2.1	26	96	0	99	57	5	7	29	1.49
34522251--34522290	19	2.0	20	90	4	64	47	0	7	45	1.31
34529121--34529298	27	6.6	27	80	8	191	29	28	15	26	1.96
34529142--34529296	82	1.9	81	88	4	231	29	27	15	27	1.96
34537291--34537467	27	6.6	27	79	10	182	29	28	15	26	1.96
34537312--34537465	81	1.9	81	87	2	229	29	27	15	26	1.96
34539775--34539918	40	3.6	40	83	5	175	26	24	26	22	2.00
34551060--34551204	40	3.6	40	92	1	229	24	22	27	25	2.00
34551060--34551236	80	2.2	80	85	5	225	25	22	26	25	2.00
34551463--34551506	22	2.0	21	83	16	54	31	18	13	36	1.90
34553387--34553540	81	1.9	79	82	6	193	20	20	31	28	1.97
34553679--34553719	21	1.9	22	85	5	57	39	4	24	31	1.76
34556705--34556836	51	2.6	51	85	0	165	35	20	22	21	1.96
34559506--34559729	39	5.7	39	90	0	349	29	28	20	20	1.98
34564883--34564915	16	2.0	17	88	5	50	27	12	18	42	1.85
34567023--34567064	17	2.5	17	100	0	84	50	11	23	14	1.76
34574734--34574802	33	2.1	34	86	8	97	33	26	18	21	1.97
34575324--34575369	19	2.5	17	80	19	56	23	36	26	13	1.91
34575474--34575500	8	3.4	8	100	0	54	11	22	11	55	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34578201--34578312	29	3.9	29	83	0	143	41	13	24	21	1.89
34579321--34579495	49	3.5	49	81	6	235	25	17	26	30	1.97
34579316--34579497	100	1.8	100	95	0	328	24	18	26	30	1.98
34591090--34591128	21	1.9	19	90	10	60	35	2	0	61	1.10
34592652--34592719	31	2.2	31	82	10	77	63	1	5	29	1.27
34593032--34593063	16	2.1	16	94	5	57	59	0	6	34	1.23
34594477--34594533	25	2.2	27	81	6	64	45	1	3	49	1.29
34596576--34596618	13	3.3	13	96	0	77	27	25	25	20	1.99
34597744--34597874	50	2.7	49	85	2	156	25	16	28	29	1.96
34597744--34597915	48	3.6	47	79	10	159	26	15	26	31	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373