genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.229.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77839448--77839949	174	2.9	174	97	0	959	30	14	24	31	1.94
77841473--77841531	31	1.9	31	85	0	82	38	6	13	40	1.71
77844657--77844871	46	4.7	46	80	1	173	21	20	15	42	1.89
77844659--77844871	45	4.7	45	79	4	187	21	20	15	42	1.88
77844747--77845004	45	5.7	44	75	6	178	20	20	16	42	1.89
77850798--77850854	6	9.3	6	74	11	53	77	3	5	14	1.08
77855005--77855161	82	1.9	82	96	0	287	21	17	21	40	1.92
77874506--77874723	39	5.6	39	88	1	303	30	3	21	44	1.69
77874557--77874621	22	3.2	22	62	33	54	30	3	21	44	1.67
77877159--77877234	37	2.1	37	97	0	143	30	15	6	47	1.71
77887306--77887384	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
77887503--77888023	47	11.1	47	96	0	898	28	29	9	32	1.88
77893387--77893425	19	2.1	19	100	0	78	46	15	0	38	1.46
77894602--77894637	18	1.9	19	88	5	56	0	30	0	69	0.89
77894657--77894686	11	2.7	11	94	0	51	13	6	0	80	0.91
77903197--77903427	48	4.9	47	77	9	256	25	19	25	29	1.98
77903197--77903427	91	2.5	93	82	7	254	25	19	25	29	1.98
77906279--77906456	27	6.6	27	83	3	196	26	15	28	29	1.96
77906280--77906435	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
77906276--77906456	82	2.2	81	82	2	220	27	16	27	29	1.97
77914386--77914563	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
77914387--77914542	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77914383--77914563	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
77916469--77916945	53	8.9	53	83	4	555	23	25	16	34	1.95
77916469--77916937	108	4.4	106	88	2	557	23	25	17	34	1.96
77916469--77916945	161	3.0	161	89	3	676	23	25	16	34	1.95
77916927--77917045	47	2.5	48	93	2	197	26	25	13	35	1.93
77926049--77926120	20	3.6	20	78	0	72	15	30	27	26	1.96
77932304--77932487	50	3.7	50	80	1	208	29	25	19	26	1.98
77932304--77932487	101	1.8	99	88	2	278	29	25	19	26	1.98
77933771--77933807	19	1.9	19	94	0	65	27	18	18	35	1.95
77935261--77935294	15	2.2	16	94	5	61	61	17	8	11	1.54
77938028--77938261	50	4.7	50	86	3	267	29	27	18	24	1.98
77960317--77960417	37	2.7	37	95	0	175	25	30	19	23	1.98
77960558--77961261	48	15.0	48	91	5	1129	31	27	6	33	1.83
77960659--77961213	181	3.0	181	94	1	975	31	27	6	33	1.83
77963075--77963120	22	2.0	23	84	12	60	21	19	0	58	1.39
77976972--77977106	43	3.2	43	76	10	125	27	24	19	28	1.98
77976972--77977063	42	2.2	43	84	5	116	29	25	18	27	1.98
78003569--78003695	55	2.3	55	76	2	148	14	25	33	25	1.95
78007383--78007421	14	2.8	14	96	0	69	61	12	5	20	1.50
78008081--78008143	26	2.4	26	81	2	81	38	20	26	14	1.91
78012806--78012882	25	3.2	24	76	10	68	25	22	18	33	1.96
78013106--78013149	21	2.0	23	87	12	67	45	6	13	34	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78013154--78013243	45	2.0	45	97	0	171	23	11	16	48	1.78
78020787--78021054	48	5.6	48	75	7	260	22	29	19	28	1.98
78020792--78021054	94	2.8	94	87	2	384	22	29	19	28	1.98
78023353--78023401	10	4.8	10	80	14	55	26	0	0	73	0.83
78023355--78023390	7	5.3	7	86	6	56	27	0	0	72	0.85
78023345--78023391	14	3.5	13	82	8	58	23	0	2	74	0.93
78023354--78023410	14	3.9	14	75	24	55	28	0	0	71	0.86
78029919--78030364	46	9.8	46	87	4	537	41	14	23	21	1.90
78037337--78037396	5	12.0	5	72	13	52	25	0	1	73	0.93
78037339--78037401	24	2.9	21	78	15	74	26	0	1	71	0.95
78040643--78040902	142	1.8	145	81	7	334	26	25	19	28	1.99
78040791--78040954	46	3.6	46	77	6	136	25	29	19	26	1.99
78052885--78053019	47	2.9	46	86	2	189	23	20	26	29	1.99
78052891--78053019	46	2.8	47	89	1	188	22	20	27	30	1.98
78062894--78063069	40	4.4	40	92	3	259	25	28	22	23	1.99
78073726--78073900	46	3.8	45	74	7	163	28	28	20	22	1.98
78073734--78073904	93	1.8	93	88	0	261	28	28	20	22	1.99
78078654--78078703	22	2.3	21	83	10	57	10	56	18	16	1.67
78082800--78082849	24	2.1	24	85	7	66	22	24	12	42	1.87
78085384--78085428	5	9.0	5	83	9	56	82	0	17	0	0.68
78085564--78085622	30	1.9	31	86	3	84	45	1	22	30	1.62
78085859--78085911	11	4.9	11	79	4	54	33	0	1	64	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78087964--78088130	46	3.6	46	91	1	255	43	14	23	19	1.87
78091719--78091845	65	2.0	64	90	4	202	29	18	14	37	1.91
78091870--78094699	133	21.3	133	90	0	4231	28	18	24	27	1.98
78092366--78094690	45	52.5	45	64	14	379	28	18	24	28	1.98
78091870--78094699	664	4.3	664	96	0	5196	28	18	24	27	1.98
78091870--78094699	797	3.6	797	90	1	4309	28	18	24	27	1.98
78094574--78094770	88	2.2	88	85	2	254	29	21	21	27	1.99
78091870--78094699	531	5.3	528	88	2	3902	28	18	24	27	1.98
78096700--78097308	303	2.0	302	98	0	1182	32	9	9	49	1.67
78097901--78098159	131	2.0	131	90	1	412	27	17	20	35	1.94
78101871--78101921	27	2.0	27	84	7	70	52	0	9	37	1.34
78104260--78104397	66	2.1	66	86	2	188	14	24	18	42	1.87
78105928--78106010	43	2.0	42	83	7	105	28	16	25	28	1.97
78105978--78106210	48	4.9	48	84	2	306	26	22	24	26	2.00
78105965--78106210	96	2.6	96	92	2	413	26	22	24	26	2.00
78108711--78109470	381	2.0	382	95	0	1353	38	14	11	34	1.83
78110728--78110844	43	2.7	43	94	0	207	37	4	11	47	1.59
78114324--78114362	21	1.9	20	89	5	60	28	7	23	41	1.82
78116158--78116190	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
78119989--78120029	19	2.2	18	91	4	64	12	7	0	80	0.90
78121966--78122741	388	2.0	388	99	0	1543	28	25	23	21	1.99
78123338--78123370	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78126565--78126709	40	3.6	40	85	4	184	25	24	25	24	2.00
78145409--78145532	39	3.2	39	94	0	203	20	20	30	27	1.98
78145409--78145559	39	3.9	39	88	1	133	21	22	30	25	1.99
78145409--78145566	78	2.0	78	81	4	185	22	21	29	27	1.99
78148495--78148599	53	2.0	53	83	3	131	38	18	23	20	1.93
78150481--78150584	42	2.5	41	85	1	127	25	14	26	32	1.95
78155200--78155237	19	2.0	19	100	0	76	42	31	5	21	1.75
78156086--78156144	30	2.0	30	93	0	100	44	20	18	16	1.87
78156088--78156153	30	2.2	30	86	5	89	46	21	19	12	1.82
78159009--78159042	18	2.0	17	88	11	52	26	14	11	47	1.79
78160282--78160383	28	3.6	28	89	0	132	27	35	13	23	1.93
78160600--78160631	16	2.0	16	93	0	55	12	21	18	46	1.82
78164869--78164939	28	2.5	28	86	2	106	23	33	16	25	1.96
78168190--78168249	28	2.1	28	87	3	84	30	13	20	36	1.90
78168206--78168268	29	2.2	29	82	0	72	36	14	17	31	1.90
78170777--78170927	40	3.8	40	82	0	149	20	20	24	34	1.96
78170835--78170899	20	3.2	20	68	0	67	16	23	26	33	1.96
78177238--78177322	42	2.0	42	100	0	170	23	14	23	38	1.91
78179812--78179894	18	4.5	19	73	11	57	8	24	1	66	1.27
78179860--78179933	19	3.7	20	72	22	66	5	22	1	70	1.16
78179862--78179916	25	2.2	25	83	6	67	3	20	1	74	1.06
78179910--78179968	31	1.9	31	85	0	82	10	20	3	66	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78181878--78181932	28	2.0	28	92	0	92	29	18	23	29	1.98
78182341--78182374	10	3.4	10	91	0	50	47	20	20	11	1.81
78191115--78191152	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
78191429--78191514	46	1.9	45	85	4	120	30	27	19	22	1.98
78191926--78191985	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
78198604--78198641	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
78198918--78199003	46	1.9	45	83	4	111	30	30	19	19	1.97
78217345--78217470	39	3.2	39	80	4	155	34	19	24	22	1.96
78221968--78222270	40	7.6	40	89	2	396	27	28	20	24	1.99
78229328--78229630	40	7.6	40	89	2	396	27	28	20	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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