genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.287.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97188445--97188478	17	1.9	18	88	5	52	50	5	5	38	1.51
97190247--97190356	54	2.0	54	96	0	202	24	11	30	33	1.91
97196420--97196462	23	1.9	22	85	4	59	13	6	30	48	1.69
97204178--97204242	31	2.1	31	91	0	103	23	21	15	40	1.91
97204436--97204554	24	5.0	24	89	5	179	28	21	21	29	1.98
97204436--97204554	47	2.5	48	90	5	179	28	21	21	29	1.98
97204608--97204650	20	2.2	20	91	0	68	30	20	13	34	1.92
97207730--97207776	23	2.0	23	95	0	85	36	2	17	44	1.60
97208972--97209006	13	2.7	13	100	0	70	54	8	0	37	1.31
97209029--97209071	23	1.9	22	85	4	59	62	18	6	11	1.50
97213926--97213953	12	2.3	12	100	0	56	42	0	0	57	0.99
97221233--97221259	13	2.1	13	100	0	54	14	25	37	22	1.93
97230825--97230880	15	3.8	14	75	13	51	12	19	17	50	1.78
97230822--97230884	30	2.1	29	85	11	83	14	17	15	52	1.75
97241714--97242032	46	7.0	46	88	0	424	40	13	24	21	1.89
97242313--97242345	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
97255478--97255530	18	2.9	18	82	0	61	41	13	20	24	1.88
97257147--97257318	79	2.2	79	84	3	220	25	21	27	25	1.99
97257094--97257316	40	5.6	39	81	8	209	25	21	27	25	1.99
97257174--97257351	79	2.2	80	80	3	191	25	21	28	24	1.99
97265106--97265277	79	2.2	79	84	3	220	25	21	27	25	1.99
97265053--97265275	40	5.6	39	81	8	209	25	21	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97265133--97265310	79	2.2	80	80	3	191	25	21	28	24	1.99
97266967--97267172	27	7.6	27	82	4	209	39	18	13	28	1.88
97266983--97267172	81	2.3	81	85	1	256	38	17	13	29	1.89
97267163--97267279	27	4.3	27	85	2	146	18	18	21	41	1.91
97270913--97271024	46	2.4	47	85	5	156	19	32	22	25	1.98
97277392--97277421	3	10.0	3	92	0	51	66	0	30	3	1.07
97277389--97277421	12	2.8	12	95	0	57	66	0	27	6	1.15
97279685--97279735	25	2.0	25	100	0	102	27	11	15	45	1.81
97281401--97281490	38	2.4	38	88	0	135	32	12	21	34	1.90
97287581--97287791	40	5.3	40	92	2	338	23	27	22	26	2.00
97287581--97287791	79	2.7	80	91	2	347	23	27	22	26	2.00
97294804--97294854	25	2.0	25	100	0	102	27	11	15	45	1.81
97296520--97296609	38	2.4	38	88	0	135	32	12	21	34	1.90
97302690--97302911	40	5.6	40	92	1	340	22	27	23	27	1.99
97317559--97317820	40	6.6	40	92	1	393	21	26	24	27	1.99
97323643--97323686	22	2.0	22	100	0	88	22	22	22	31	1.98
97341149--97341191	22	2.0	21	86	4	59	16	4	27	51	1.64
97341149--97341194	10	4.4	10	81	10	56	17	4	28	50	1.65
97343751--97343813	21	3.0	21	73	17	58	38	34	4	22	1.75
97345518--97345804	40	7.2	40	86	2	328	26	27	23	22	2.00
97353765--97354051	40	7.2	40	86	2	337	25	27	22	23	2.00
97356805--97356845	21	2.0	21	85	9	57	56	24	0	19	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97359817--97359956	42	3.3	41	73	11	122	32	24	17	25	1.97
97359784--97359940	42	3.6	44	69	12	110	32	24	18	24	1.97
97361199--97361236	18	2.1	18	100	0	76	26	26	13	34	1.93
97365675--97365738	18	3.6	18	84	0	83	48	14	18	18	1.81
97365704--97365747	18	2.4	18	88	0	61	45	11	20	22	1.83
97366078--97366214	27	5.1	27	88	0	193	41	18	14	24	1.89
97370405--97370571	43	3.9	41	71	10	111	34	25	15	23	1.95
97390216--97390322	23	4.6	23	78	10	101	35	18	20	25	1.95
97390216--97390297	23	3.5	24	83	9	107	34	19	21	24	1.97
97390216--97390332	47	2.5	45	83	5	126	35	18	20	24	1.95
97400730--97400817	46	1.9	46	92	0	140	28	29	21	20	1.98
97402492--97402743	39	6.2	39	82	10	272	23	23	28	24	2.00
97402598--97402693	50	1.9	50	93	0	165	19	26	30	23	1.98
97402559--97402728	89	1.9	89	96	0	313	21	26	29	22	1.99
97411109--97411139	15	2.1	15	93	0	53	48	3	0	48	1.17
97413083--97413152	31	2.3	31	94	0	122	31	20	18	30	1.96
97424705--97424754	21	2.4	21	90	6	75	26	20	12	42	1.86
97425243--97425375	49	2.7	49	80	0	140	30	14	15	39	1.87
97443323--97443395	29	2.6	29	84	6	96	27	30	16	26	1.97
97446544--97446639	40	2.4	39	80	3	111	31	26	11	31	1.91
97448473--97448521	21	2.3	21	89	6	73	24	18	10	46	1.79
97448997--97449127	51	2.6	49	75	4	127	26	16	16	41	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97454442--97454499	22	2.6	22	83	0	71	44	22	15	17	1.86
97454899--97455021	41	3.0	41	90	0	201	25	30	23	21	1.99
97455301--97455618	27	11.8	27	79	6	216	30	8	19	42	1.81
97455260--97455645	54	7.2	53	74	5	235	30	9	19	40	1.83
97455279--97455653	81	4.7	79	76	9	287	30	9	18	41	1.82
97455286--97455653	27	13.7	26	75	11	106	30	9	18	41	1.82
97455639--97455733	27	3.5	27	80	0	118	29	21	16	32	1.95
97467138--97467169	14	2.4	13	90	10	55	62	12	6	18	1.50
97474275--97474314	10	3.9	10	87	6	62	30	20	20	30	1.97
97474358--97474442	25	3.5	24	84	9	109	27	23	22	27	1.99
97474650--97474732	30	2.7	31	90	5	143	33	15	26	24	1.95
97482202--97482241	10	3.9	10	87	6	62	30	20	20	30	1.97
97499471--97499606	48	2.8	48	82	3	157	22	30	19	27	1.98
97511816--97511881	33	2.0	33	84	0	87	30	24	21	24	1.99
97519724--97520025	40	7.7	40	86	6	307	25	28	20	25	1.99
97519724--97519934	79	2.7	80	85	2	275	26	28	20	24	1.99
97519957--97520034	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
97521990--97522027	19	2.0	19	85	10	51	15	21	42	21	1.89
97525250--97525393	78	1.8	78	87	0	216	36	15	18	29	1.92
97525239--97525673	37	11.6	37	76	6	276	30	15	19	35	1.92
97534605--97534647	19	2.4	17	84	7	50	25	16	4	53	1.62
97537635--97537682	25	2.0	24	91	4	78	22	25	20	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97537640--97537696	25	2.3	25	84	6	71	22	29	17	29	1.97
97537701--97537757	25	2.3	25	81	3	62	31	21	21	26	1.98
97543155--97543238	42	2.0	42	92	0	141	40	8	16	34	1.79
97544221--97544383	43	3.8	42	77	10	152	28	19	23	29	1.98
97544855--97545053	91	2.2	91	92	0	326	23	6	27	42	1.79
97553194--97553385	40	4.8	40	90	1	217	27	27	21	24	1.99
97553165--97553384	80	2.8	80	80	4	239	28	26	20	24	1.99
97556371--97556546	27	6.6	27	81	5	169	28	28	15	26	1.96
97556371--97556546	55	3.3	54	80	5	187	28	28	15	26	1.96
97556392--97556545	82	1.9	79	84	6	202	28	29	15	26	1.96
97564294--97564471	27	6.6	27	80	3	160	28	29	16	25	1.97
97564315--97564470	82	1.9	81	84	3	206	28	29	16	25	1.97
97581320--97581455	44	3.2	42	80	9	116	31	24	17	26	1.97
97581341--97581457	44	2.7	44	82	5	150	29	25	20	23	1.99
97586244--97586297	27	2.0	27	85	0	72	38	7	14	38	1.75
97590400--97590437	15	2.6	15	91	4	60	15	13	10	60	1.59
97592899--97592952	27	2.0	27	85	0	72	40	7	12	38	1.72
97596599--97596638	17	2.4	17	87	4	55	75	2	7	15	1.14
97600108--97600170	7	9.0	7	78	0	63	26	11	28	33	1.91
97600108--97600170	28	2.2	28	86	5	83	26	11	28	33	1.91
97601868--97601913	23	2.0	23	83	8	58	36	0	2	60	1.09
97617388--97617562	94	1.9	93	80	2	208	25	28	19	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97622222--97622282	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
97632178--97632349	93	1.8	93	94	0	308	27	30	21	20	1.98
97632170--97632345	46	3.8	46	81	10	214	28	29	21	21	1.98
97634732--97634820	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
97634732--97634811	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
97634743--97634820	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
97637758--97637846	46	2.0	45	88	4	135	30	30	20	19	1.97
97640576--97640753	27	6.6	27	81	3	169	29	28	15	27	1.96
97644088--97644204	58	2.0	58	96	0	216	15	21	24	38	1.92
97646409--97646620	40	5.3	41	90	3	319	26	28	20	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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